南军众将惊得呆了，各自逃生，柯驸马大叫：“我非柯引，吾乃柴进，宋先锋部下正将小旋风的便是。随行云奉尉，即是浪子燕青。今者已知得洞中内外备细，若有人活捉得方腊的，高官任做，细马拣骑。三军投降者，俱免血刃，抗拒者全家斩首！”回身引领四将，招起大军，杀入洞中。方腊领着内侍近臣，在帮源洞顶上，看见杀了方杰，三军溃乱，情知事急，一脚踢翻了金交椅，便望深山中奔走。
宋江领起大队军马，分开五路，杀入洞来，争捉方腊，不想已被方腊逃去，止拿得侍从人员。燕青抢入洞中，叫了数个心腹伴当，去那库里掳了两担金珠细软出来，就内宫禁苑放起火来。柴进杀入东宫时，那金芝公主自缢身死。柴进见了，就连宫苑烧化，以下细人，放其各自逃生。众军将都入正宫，杀尽嫔妃彩女、亲军侍御、皇亲国戚，都掳掠了方腊内宫金帛。宋江大纵军将，入宫搜寻方腊。
却说阮小七杀入内苑深宫里面，搜出一箱，却是方腊伪造的平天冠、衮龙袍、碧玉带、白玉玉、无忧履。阮小七看见上面都是珍珠异宝，龙凤锦文，心里想道：“这是方腊穿的，我便着一着，也不打紧。”便把衮龙袍穿了，系上碧玉带，着了无忧履，戴起平天冠，却把白玉玉插放怀里，跳上马，手执鞭，跑出宫前。三军众将，只道是方腊，一齐闹动，抢将拢来看时，却是阮小七，众皆大笑。这阮小七也只把做好嬉，骑着马东走西走，看那众将多军抢掳。
正在那里闹动，早有童枢密带来的大将王禀、赵谭入洞助战。听得三军闹嚷，只说拿得方腊，径来争功。却见是阮小七穿了御衣服，戴着平天冠，在那里嬉笑。王禀、赵谭骂道：“你这厮莫非要学方腊，做这等样子！”
阮小七大怒，指着王禀、赵谭道：“你这两个，直得甚鸟！若不是俺哥哥宋公明时，你这两个驴马头，早被方腊已都砍下了！今日我等众将弟兄成了功劳，你们颠倒来欺负！朝廷不知备细，只道是两员大将来协助成功。”王禀、赵谭大怒，便要和阮小七火并。当时阮小七夺了小校枪，便奔上来戳王禀。呼延灼看见，急飞马来隔开，已自有军校报知宋江。飞马到来，见阮小七穿着御衣服。宋江、吴用喝下马来，剥下违禁衣服，丢去一边。宋江陪话解劝。王禀、赵谭二人虽被宋江并众将劝和了，只是记恨于心。
当日帮源洞中，杀的尸横遍野，流血成渠，按《宋鉴》所载，斩杀方腊蛮兵二万余级。当下宋江传令，教四下举火，监临烧毁宫殿。龙楼凤阁，内苑深宫，珠轩翠屋，尽皆焚化。
当时宋江等众将监看烧毁已了，引军都来洞口屯驻，下了寨栅，计点生擒人数，只有贼首方腊未曾获得。传下将令，教军将沿山搜捉。告示乡民：但有人拿得方腊者，奏闻朝廷，高官任做；知而首者，随即给赏。
却说方腊从帮源洞山顶落路而走，便望深山旷野，透岭穿林，脱了赭黄袍，丢去金花幞头，脱下朝靴，穿上草履麻鞋，爬山奔走，要逃性命。连夜退过五座山头，走到一处山凹边，见一个草，嵌在山凹里。方腊肚中饥饿，却待正要去茅内寻讨些饭吃，只见松树背后转出一个胖大和尚来，一禅杖打翻，便取条绳索绑了。那和尚不是别人，是花和尚鲁智深。拿了方腊，带到草中，取了些饭吃，正解出山来，却好迎着搜山的军健，一同绑住捉来见宋先锋。
宋江见拿得方腊，大喜，便问道：“吾师，你却如何正等得这贼首着？”鲁智深道：“洒家自从在乌龙岭上万松林里厮杀，追赶夏侯成入深山里去，被洒家杀了贪战贼兵，直赶入乱山深处。迷踪失径，迤鯻随路寻去，正到旷野琳琅山内，忽遇一个老僧，引领洒家到此处茅中，嘱付道：‘柴米菜蔬都有，只在此间等候。但见个长大汉从松林深处来，你便捉住。’夜来望见山前火起，小僧看了一夜，又不知此间山径路数是何处。今早正见这贼爬过山来，因此，俺一禅杖打翻，就捉来绑，不想正是方腊！”
宋江又问道：“那一个老僧，今在何处？”鲁智深道：“那个老僧，自引小僧到茅里，分付了柴米出来，竟不知投何处去了。”宋江道：“那和尚眼见得是圣僧罗汉，如此显灵，令吾师成此大功，回京奏闻朝廷，可以还俗为官，在京师图个荫子封妻，光耀祖宗，报答父母劬劳之恩。”鲁智深答道：“洒家心已成灰，不愿为官，只图寻个净了去处，安身立命足矣！”宋江道：“吾师既不肯还俗，便到京师去住持一个名山大刹，为一僧首，也光显宗风，亦报答得父母。”智深听了，摇首叫道：“都不要，要多也无用。只得个囫囵尸首，便是强了。”宋江听罢，默上心来，各不喜欢。点本部下将佐，俱已数足，教将方腊陷车盛了，解上东京，面见天子，催起三军，带领诸将，离了帮源洞清溪县，都回睦州。
却说张招讨会集刘都督、童枢密，从、耿二参谋，都在睦州聚齐，合兵一处，屯驻军马。见说宋江获了大功，拿住方腊，解来睦州，众官都来庆贺。宋江等诸将参拜已了，张招讨道：“已知将军边塞劳苦，损折弟兄。今已全功，实为万幸。”宋江再拜泣涕道：“当初小将等一百八人，破辽还京，都不曾损了一个。谁想首先去了公孙胜，京师已留下数人。克复扬州，渡大江，怎知十停去七！今日宋江虽存，有何面目再见山东父老，故乡亲戚？”张招讨道：“先锋休如此说。自古道：‘贫富贵贱，宿生所载；寿夭短长，人生分定。’常言道：‘有福人送无福人。’何以损折将佐为耻！今日功成名显，朝廷知道，必当重用。封官赐爵，光显门闾，衣锦还乡，谁不称羡！闲事不须挂意，只顾收拾回军。”