但是，关于库尔斯克号沉没的原因，仍存争议。俄罗斯官方宣布事故调查结论不久，吉尔吉斯鱼雷生产厂商、达斯坦股份公司董事会向俄罗斯有关媒体和吉外交部提交抗议，声明吉尔吉斯制造的鱼雷“没有爆炸”。他们郑重声明，在吉保密工厂内，鱼雷被称为“产品”，但吉生产的不是“气体产品”，而是“电子产品”，即吉从来就没有生产过气体鱼雷。吉鱼雷质量绝对可靠。
吉达斯坦股份公司的前身，是吉达斯坦仪器制造厂，创建于1956年。1950年代，全苏一半以上精密医疗设备出自该厂；1960年代，为适应快速发展的船舶制造工业，该厂被改造成为无线通讯设备专业生产厂家；1980年代起，生产家用电器及小型机械辅助设备；1992年12月，苏联解体后，改制为现在的达斯坦股份公司。国外制造商曾想购买吉“产品”的工艺秘密，但没有成功。
此外，一些人还对调查结论提出质疑。他们列出了一些证据：为什么打捞上来的艇员尸体（包括在爆炸后留下遗书的科列斯尼科夫和鲍利索夫）被烧伤，甚至部分被烧焦？他们哪有时间写下遗书？为什么美国国防部长科恩在发表电视讲话时，一副东张西望、惊慌失措的模样？为什么在计划之外，克林顿又与普京通了25分钟电话？在这25分钟之内，美国总统只是反复向普金总统说一些深表同情之类的话？为什么在事故发生第5天即8月17日，美国中央情报局局长焦耳什·捷尼特乘坐私人飞机，化名来到莫斯科？是不是来做什么私下交易，以便俄、美两国统一口径……
在《库尔斯克号爆炸之迷》中，《俄罗斯报》著名记者尼古拉·切尔卡申一口气，竟然连提了12个为什么：
1、事件发生之后，俄罗斯与美国总统马上就通了电话，他们的谈话内容是什么？
2、为什么在库尔斯克号事件发生之后，尽管已经耗费了巨资，但美国人还是回绝了建立新的反导弹防御系统？
3、为什么中央情报局局长急匆匆来到莫斯科？
4、为什么在事件发生之后，西方一笔勾销了俄罗斯10亿美元的债务？
5.为什么普京总统没有接受国防部长、海军司令和北方舰队司令的辞呈？
6、为什么在事故调查结束之前，普京总统就签署了对库尔斯克号遇难人员的嘉奖令？
7、为什么北方舰队的领导只透露外国潜艇的某个“环节”，而没有采取任何措施打捞这个“罪证”？
8、为什么海军司令库罗耶多夫将军在开始阶段（8月14号）就宣布库尔斯克号上的艇员生还的希望不大？
9、为什么在展开营救时，斯维尔号医用船却留在了北莫尔斯克？
10、为什么“救援行动”负责人禁止挪威潜水员靠近失事潜艇的艇艏？
11、怎样理解克列巴诺夫副总理“库尔斯克号非常奇怪的毁坏情景”这句话？
12、库尔斯克号发生时，在巴伦支海活动的另外两艘多用途潜艇（美国和英国潜艇）在干什么？是不是它们撞毁了库尔斯克号？
他还郑重写道：“当听了北方舰队司令波波夫说的话以后，凭感觉我更加肯定了这个说法。他说：‘我今生要想尽一切办法，一定要亲眼看到导演这个惨剧的人的眼睛。’”波波夫的话，潜台词有是什么？
对于这些不同声音，一直没有任何部门或个人出面给予解释。