里斯本丸于1920年7月8日下水，原先是一艘邮政船，隶属日本横滨船坞公司，船舶番号是27254。它长136米，宽18米，安装了两台往复式主机，最大功率是4684马力，载重量是7053吨。太平洋战争爆发前，主要是从日本经巴拿马运河到美国纽约的航线上行驶。1940年，被改装成货轮，并被日本军方征用。甲板上有2台起货机及左右舷2根吊杆，船分4个舱室，货舱在船艏。战俘分住在一、二、三号船舱内，由25名荷枪实弹的日本官兵日夜看押。所有船舱有2层结构，每层用木质结构成阶梯式，这样可以运输更多的人。随船只带了4艘救生艇、6条救生筏。船员77名，船长是经田茂，轮机长是山口末次。
一号舱，关押着J·T·波洛克指挥的皇家海军，约500多人；
位于船桥前部的二号舱（即主机舱），面积最大，关押着斯图尔上校指挥下的皇家苏格兰团、米德尔赛克思团第一营和部分英国侨民等，约千人；
船桥后部的三号舱，关押着彼特上校指挥的皇家炮兵团官兵，有355人。
由于人多舱小，就像沙丁鱼罐头那样，战俘们被日军用刺刀一一驱入船舱，基本上是后背贴前胸，拥挤、憋闷，几乎没有任何可以活动的空间。
26日下午，778名的日本军人（包括一些伤兵）登船，占据了船前部甲板的大部分好位置。
27日上午8点10分，里斯本丸满载1816名英军战俘、700多名日本士兵、部分英国侨民和1676吨布匹、食品等物资等，从香港出发，向东北方向的日本九州门司港航行。也许是因为得意忘形，也许是由于护航能力不足，日军并没有派军舰护送。
里斯本丸起航了。甲板上，即将回国与亲人见面的日军官兵，个个兴高采烈，有的挥手向香港招手，有的把面包捏碎，撒向海面，观赏着海鸥们掠水争抢。而闷热的船舱内，英军俘虏无法同时躺下，许多人只能穿着裤衩、背心，站立在摇摇晃晃的里斯本丸上。他们神情沮丧，不知道前面的里程是凶是吉。一些基督教信徒合上眼睛，默默地祈祷着……
因为是战争年代，日本的运输船经常遭遇美军潜艇的攻击，沉船事件时有发生。可是，令人奇怪的是，里斯本丸将本国士兵与英军俘虏混装运输，本来就违犯了《日内瓦协定》；如果悬挂相应旗帜，可以提醒敌方，避免误击事件的发生，但里斯本丸并没有这样做；里斯本丸虽然在船上加装了火炮等军事装备，但自卫火力十分有限，航行时，没有任何护航舰艇的里斯本丸，在炮火纷飞的大海上，简直就是一艘移动的“活靶子”，危险性可想而知。
其实，这并非是日本人的愚昧或者一时的粗心大意，恰恰是他们精心策划的阴谋。因为，这些战俘，偷运到日本，既可以无尝进行各种重体力劳动，又可以作为与同盟国交换战俘的筹码，而一旦被世人发觉，必将受到口诛笔伐，让日本政府陷入被动。所以，藏在运兵船内，运往日本，比较安全。而且，他们也相信，无孔不入的英、美间谍，很快就会刺探到这一情报，投鼠而忌器，不敢对里斯本丸发动攻击。
而经田茂船长见多识广，深知此次航行伴随着凶险，因此，他特意贴近海岸线，在浅水海域，采取“之”字形航线，希望最大限度地躲避英、美海军潜艇的盯梢。
前四天风平浪静，有过几次小小的险情，都被经田茂一一化解。谢天谢地，里斯本丸总算在有惊无险中向前继续行驶，北门司港，也是每时每刻地向着里斯本丸靠近。
抵达目的地的时间在不断缩短，但船舱内的英军俘虏，还是感到度日如年，过着地狱般的生活。
登船以后，战俘们的伙食，比在战俘营里稍微改善了一些。每天两顿饭，包括米饭、罐头牛肉和一小勺蔬菜。白天，还给抽烟的人提供几支劣质香烟。
可是，他们的生活环境却在迅速恶化。
船舱内，空气不流通，又热又闷，又不让上甲板去“方便”，晕船者的呕吐物四处都是，烟气味、汗臭味、呕吐味和排泄物的腥臭味，混杂在一起，让人呼吸困难，直倒胃口。更加惨无人道的是，给战俘的饮用水很少，也未实行配给，让每个战俘口开舌燥，嘴唇上起了一圈圈水泡。因为只有舱口附近有些光亮，而舱室里面黑不隆咚的，人们连手表的指针都看不清，对于白天黑夜，逐渐失去了概念，时间一久，不少人变得神志麻木、反映迟钝。
经过战俘代表的多次交涉和强烈抗议，和田秀男少尉才勉强同意，白天，每个战俘组轮换着到甲板上放两三次风，每次仅有一刻钟。时间宝贵，战俘们一爬出舱口，就争前恐后地奔向船舷边，那里有几个用木头搭建的简易厕所……
恶劣的生存环境，导致感冒和痢疾流行。病轻者，随船医生不予理睬；重病患者，医生只给几粒黄连素，敷衍一下。军士长威格泽尔不幸身亡，日军端着刺刀逼迫身体好一点的战俘，四个人，有的扯腿有的扯胳膊，抬出船舱，扔进了波涛汹涌的大海。
9月30日下午，天气转阴，风浪渐大。到了晚上，天降大雨，浊浪翻卷，惊涛裂岸，能见度很低，只能看出二三十米。不凑巧的是，经田茂船长又患了“登革热”，浑身发烧，头重脚轻。他坚持了又坚持，到了后半夜，实在坚持不住了。他感到自己的运气不错，里斯本丸已经驶入舟山海域，还有一天时间，就可以抵达中转港上海，而且，这一带海域处于皇军空军和海军的羽翼之下，相对来说也比较安全。因此，他便把里斯本丸的指挥权交给了副手，并嘱咐他暂时驶离海岸、以每小时3海里的航速谨慎航行，以防触礁，等天亮能见度变好了，再返回沿岸航线。
没料想，里斯本丸变换航线不久，就被等候多时的美军鲈鱼号潜艇发现了……