先锋左营的战舰在海面上形成了品字形船队，士兵们刀出鞘、箭上舷，用力划桨，一路顺风顺水向澎湖冲击靠拢。
这时，郑军派刘国轩坐镇指挥，欲在澎湖阻击蓝理的进攻。
交战双方在澎湖海域激战过程中，两军的战况十分激烈，多艘舰船起火，双方炮击引发的硝烟和水气遮天蔽日，水柱冲天，咫尺莫辩，双方将士不断有人伤亡，落水者无数。
首战澎湖海受阻，遭到刘国轩拼命抵抗，蓝理将军也因此战而受了箭伤，施琅只能命令全军后撤。
第二轮海战很快就开始了。
这天黑云低垂，浪滔迸岸，施琅的水师再次将整片海域给铺满了，汹汹而来。
刘国轩立即率领郑军，再一次阻击施琅的进攻。
只见炮矢纷飞，大小火罐不时引发烟火，施琅的水师勇武不凡，战鼓声、喊杀声震天动地，施琅将军奋勇攻击，郑军则拼命御敌，数战下来，双方军士各有伤亡。
刘国轩占着对澎湖海域了如指掌，于是下令郑军佯装节节后退，处处挨打。施琅将自己的水师处于上风上水之势，便踊跃进攻，因为顺风，他们的小火罐得以顺利抛向郑军舰船，顷刻间收到了火烧连营的效果，而施琅官军锐不可挡，许多郑氏舰船起火、被撞沉，士兵纷纷跳水逃命，更多的船开始后退。
就在施琅以为自己将要拿下澎湖之时，自己所乘坐的帅船不幸触礁搁浅了。
刘国轩得知此事之后，脸上浮起了久违的笑容，心想，这次定要让施琅葬身澎湖不可。
于是，刘国轩便立即指挥郑军船只，朝施琅搁浅的指挥舰疾驶过去，如下饺子一般将施琅的指挥舰包围其中，同时组织炮火对其进行凶猛的轰击。
施琅眼见情况十分危急，自己这次恐怕很难逃过葬身海底喂鱼的歹运。情急之下，施琅朝天膜拜，祷告道：“妈祖娘娘，请施以援手，救末将一命吧！”
施琅的话音刚落，突然之间，天际处忽隐忽现有旗帜飘扬，不多时，妈祖头戴凤冠，身披锦服，乘坐凤辇显现在了云雾之中。
而时，海面上两员身披铠甲，手持兵刃的天兵神将踏浪而来，屹立在海涛之上，指挥着天将神兵，保护施琅将军的帅船不受郑军所伤。
于此同时，因战斗受箭伤的蓝理正躺在营帐中调养身体，忽然听到有人急呼着：“主帅有难，蓝将军还不去救援，更待何时！”
蓝理不禁从睡梦中惊醒过来，虽然这只是一个梦境，但他生怕此梦会成真，于是便擂鼓升帐，率领其余驻岛水师立即驾船前来澎湖海域，察看战况。
本来将施琅指挥舰围得水泄不通的郑军炮船，一看到蓝理率船舰前来救援，心知不妙，郑军将领都知道蓝理乃勇猛善战之辈，若是被他反包围起来，郑军所有的炮船必将全军覆没。
刘国轩不敢大意，为杀一个施琅而损失所有炮舰，可谓得不偿失，于是下令郑军，所有围攻施琅的炮船立即撤离避闪，均不敢与蓝理正面较量。
可蓝理实在是太过勇猛，他亲率救援炮舰迅猛地冲进了郑军的重围，对郑军进行猛烈的攻击，杀溃郑军数不胜数，一举救下了搁浅被围的施琅。
施琅见蓝理率军救援，心中既是感激，又是惊讶，连忙询问道：“蓝将军啊，你可真是我的‘及时雨’啊！对了，你不是应该卧床静养吗，怎么会突然率军前来救援的？”
蓝理支支吾吾地不知如何说起，思索片刻道：“或许这是上天神明庇佑将军，于睡梦中托梦给末将，让末将速来救援。”
施琅闻言，这才想起刚才云端隐隐约约显现着妈祖的妆容，恍然大悟道：“莫非是妈祖娘娘显身！刚刚我在指挥舰上时，好像看到妈祖娘娘指挥着天兵天将前来助战，这才使我得以等到蓝将军的救援。”
说也奇怪，就在澎湖海战之际，浯屿岛的村民们在祭拜妈祖神像的时候，发觉神像身着的衣袍及云靴尽皆湿了个透，村民们整个诡异，最近天气晴朗，未有雨水，且宫庙瓦顶又没有破损泄漏，更没有村民故意将妈祖神像的衣袍弄湿，为何妈祖神像的衣袍会湿了个透呢？
这时候，蓝理营救施琅的事在兵营中传得沸沸扬扬，甚至在整个浯屿村不胫而走。一时之间，浯屿岛上流传起了妈祖赴澎湖海上助战施琅的传奇故事。
施琅指挥战船三百多艘，将领士卒三万多人再次出发，乘南风之势，进军澎湖与郑军决战。
澎湖决战，经过五个时辰的激烈战斗，以清军的胜利而结束。
澎湖失守，郑军水军全军覆没，台湾失去了屏障，延平王连忙召集百官商议台湾的去向，百官批驳了“血战到底”和洪旭的“弃岛计划”，同意了刘国轩提出议和则保全，再战必覆灭的观点，年幼的延平王郑克塽在关键时刻果断决定，由刘国轩负责与清廷议和。 八月十三日，施琅率精兵登陆鹿耳门，直抵龙亭。八月十五日，台湾归清的隆重典礼在孔庙门前广场举行，施琅宣谕了康熙皇帝对台湾归顺清朝的圣诏。
施琅统一台湾后，心里一直感念妈祖助战的恩情，便写了一本奏章，将浯屿岛天妃宫妈祖娘娘“涌泉济师”“助战湿袍”的事如实地禀报给康熙皇帝知晓。康熙皇帝心念妈祖显圣，助君收复台湾之贡献，便于康熙二十四年乙丑孟冬谷（公元1685年1月14日），御赐匾额褒奖妈祖，并敕封妈祖为“护国庇民昭灵显应仁慈天后”，从“天妃”晋升为了“天后”。
如今，这块“清康熙皇帝御祭天妃祭文”的木匾，依旧悬挂在浯屿天后宫大殿的神龛之上。