围攻土伦的计划在紧密锣鼓的进行着，拿破仑每天辛苦忘我的工作着，他几乎从未离开过他的工作岗位。
由于战争越来越处于一触即发的状态，部队里大多数军官对于画家出生的总指挥官卡尔托越来越不满，他们都极力要求巴黎方面能给他们派来一位真正的军事指挥家。
没过多久，巴黎方面果然换掉了卡尔托，派来了一位名叫多佩的指挥官，新任的指挥官上任后，军官们的怨言这才稍微少了一点。
多佩到达部队后，积极对部队进行各个方面的整改，使部队里的纪律有了一些好转，对于整改队伍的纪律来说，多佩很是在行，军官们渐渐的对这位新来的指挥官给予了很大的期望。
对于拿破仑在部队里的表现，多佩是由衷的表示赞赏的态度，他曾经在日记这样写到：“拿破仑，这位前不久刚被提升为少校的小个子军官，是给我的印象最深刻的一位军官，他工作很是刻苦，我发现他总是坚守在他的工作岗位上；当他需要时，他就裹着大氅，睡在地上，他从未离开过炮群。
现在，正值秋雨连绵；在这里，他染病发烧。这个病使他随后几天两颊更加苍白，眼圈旁边起了皱纹，这样就使他的眼神显得神秘莫测，几乎有些像幽灵似的；这种眼神使人见到就毛骨悚然，直到最后才会看出这种眼神里面燃烧着火一般的旺盛精力。也是在这里，由于他的满腔热情、过人的才略、无畏的胆量，以及那种使天才有别于一般才能的微妙特质，他很快就折服了法国士兵们的心。我从未见到过这样刻苦而聪明的军官，我想他一定会有一个光明的辉煌的前途的。”
1793年11月10日，多佩接受拿破仑的建议，召开部队的全体军官会议，共同商讨对抗土伦守军的作战计划。
“今天召集大家来，就是和大家一起共同商讨攻克土伦的作战计划。大家都有什么好的计划，尽管说出来。”多佩说着。
“将军，我有。”
“拿破仑少校，尽管说来听听。”
“是，将军，。”
拿破仑缓缓的走到作战地图前。
“将军，我们要想攻下土伦，首先就要先攻下位于这里的要塞，而整个要塞的关键是控制着内外两港的拉塞因半岛。如果我们能占领这个呷角，那么我们不仅可以控制内港的入口，而且还可以迫使英国军舰在内外两港都无以立足。”
“大家都同意拿破仑少校的说法吗？”
“我同意，少校的分析很正确，我坚决拥护他的进攻计划。”萨利切蒂开口说道，众人见巴黎来的特派员都开口表示同意，其他的人便都都纷纷举手表示同意。
“好，大家既然都同意拿破仑少校的计划，那就一切按照他的计划进行，大家散会。”
而于此同时，驻土伦的英国守军很快就发现自己所处的弱点，便迅速在要点建立起了一个坚固的据点，他们称之为“马格雷夫堡”，针对英国守军的据点建立情况，拿破仑立即着手在英军防线的西南面构筑了13个攻城炮兵阵地，一场争夺马格雷夫堡的血战开始了。
战斗打得异常的激烈，朝马格雷夫堡进攻的法军，一批批的倒下，又一批批的冲了上去，英军凭借天然的地理优势打退了法军的一次又一次的进攻，看到这种状况，拿破仑马上调整了进攻的策略。
他立刻下令在距英军控制的马尔格雷夫堡很近的地方建立一个炮兵阵地，该阵地距马格雷夫堡甚近，以致萨利切蒂描写道：该阵地是在英军的手枪射程之内的。如果那个炮兵阵地能够开炮，是会产生决定作用的。但是，谁能在这个阵地上开炮呢？
在拿破仑热情语言的鼓励下，法国士兵们冒着英军密集的火力很快建立起了一个炮兵阵地，第一天，该阵地的全部炮手都被打死或打伤了。这时，面对着敌方的枪林弹雨，即使那些不顾生死的雅各宾派也畏缩了。波拿巴就下命令说：
“士兵们，你们个个都是勇敢的战士，我想你们谁都不愿意做一个胆小鬼，孬种，你们看见那个离敌人很近的炮兵阵地了吗？从今天开始，我就把它命名为‘无畏勇士的炮组’！能否攻陷敌人的据点，就靠你们这些无畏的勇士了。”
奔放的法国人性格中最敏锐的感情------强烈的个人荣誉感和国家荣誉感，为之打动了；从那以后，那个大炮阵地的炮手前仆后继，始终保持了满员状态。
1793年11月15日，法军总指挥官多佩集结法军的全部军队，并亲自率领队伍，向马格雷夫堡发起猛烈进攻，一排排的法军向着那险恶的棱堡发起冲锋；反法同盟军的指挥官奥哈拉命令英军猛烈出击，密集的火力打退了法军的进攻。
拿破仑很快率领着重新集结的冲锋队伍，向该堡背面的入口处直插过去，眼看着计划就要成功了，而就在这时，多佩却下令吹号收兵。多佩低下的指挥让拿破仑顿时怒不可遏，再加上前额受轻伤、流血不止，眼睛都给弄花了，他冲回到多佩所在的地方。大骂道：“多佩，就是因为你一个人他妈的下命令退却，我们对土伦的打击才成了白搭！我们的那些兄弟才会冤死，你如何向那些冤死的勇士们交代！”
拿破仑对战场总指挥官毫无畏惧的怒骂，引起了周围士兵们热烈的拥护，他们纷纷为这种革命式的奔放语言喝采着。
“拿破仑少校，好样的，我们需要的就是你这样的军官，多佩，你该走了，我们都强烈建议换掉指挥官。”士兵们个个振臂高呼高呼着。
面对拿破仑劈面而来的怒骂和质问，多佩也是怒不可遏。他愤怒的命令着身边的士兵。
“来人啊，把拿破仑给我抓起来，军法处置。”
但没有任何人听从他的指挥，面对这种尴尬的局面，多佩不得不离开。多佩离开了，士兵们热烈的欢呼着。
特派员萨利切蒂迅速的把此事报告给了巴黎方面，没过几天巴黎方面迅速的换掉了法军多佩，派来了身材高大而颇有军人气魄的迪戈米埃，继任法军司令官，增援部队亦源源而来，使法军围城的兵力增至3.7万人。尤其重要的是，迪戈米埃授予拿破仑以指挥炮兵的全权。于是，法军新建立的炮兵阵地开始从大陆方面轰击“马格雷夫堡”。
战斗又很快打响了，迪戈米埃率领着法军猛烈出击，战斗打得异常激烈，反法同盟军总指挥官奥哈拉勇猛地率领一支队伍出击，这一次在迪戈米埃和拿破仑共同率领下的法国士兵们很快打败了英国的进攻，并俘获了反法同盟军的总指挥奥哈拉。顿时，法军士气大振。
由于主帅被俘，反法同盟军开始意气沮丧了。最使守军感到失望的事，则是奥地利政府拒不履行其9月份所庄严作出的派出正规军5000参加保卫土伦的诺言。
土伦最后一战，是12月18日夜到19日进行的。那天晚上，大雨滂陀，狂风呼啸，电闪雷鸣，增添了这一仗的恐怖气氛。法军的进攻部队刚刚离开拉塞因堡的围墙，拿破仑的战马就中弹倒了下去。整连整连的法军，在黑夜行军中迷了路。不过，法军中校军官维克托所率领的第一个纵队的2000兵力，冲到了马格雷夫堡的外缘栅栏，一举将其捣毁，并且涌进了那个堡垒；但他们却在敌方第二道防线前面大批阵亡了。在第二个纵队的支援下，他们重新集结，但再次被敌方凶残的火力压了下去。迪戈米埃在绝望中急调后备部队上阵；拿破仑就在这支后备部队中，等待着对付紧急情况。