“干的好，大颚蚁。”小飞捡起皮卡丘的宝贝球后蹲下来对着大颚蚁道。“莱依。”大颚蚁高兴的蹭着小飞。接着小飞把皮卡丘放了出来，并细心地为他上药，皮卡丘见此也接受了小飞。接着小飞收回了皮卡丘和大颚蚁后带着伊布向着常磐市走去。
而森林的另一边，小智正骑着自行车带着皮卡丘全力向着常磐市冲去，而身后有数不胜数的烈雀正紧追着他们，“砰。。”的一声，自行车失去平衡令小智和皮卡丘摔在了地上，而天空也已经开始暗了下来，此时的烈雀们见此向着一人一宠俯冲而下，“不要伤害皮卡丘。”小智立刻爬起挡在了皮卡丘面前，而正当烈雀们要啄中小智时，被小智的举动感动了的皮卡丘借着小智的肩膀一跃而上全力使出了十万伏特。看见了冲向云霄的粗壮雷柱的小飞，立刻向着雷柱方向跑去，等小飞赶到时，小智和皮卡丘已经陷入了昏迷当中，周围到处都是被电昏过去的烈雀，小飞立刻抱起皮卡丘为它治疗。
片刻后，天空慢慢变晴，一道彩虹屹立在空中。“皮卡丘。”小智缓缓地睁开眼睛，见皮卡丘不在身边，连忙向四周望去，只见小飞正抱着皮卡丘看着天上的彩虹，小智立刻起身道：“小飞，你怎么在这？”小飞苦笑着对他说：“你呀！总是这么冲动，下次可就没这么好运了，知道了吗？”“嘻嘻，对了，皮卡丘怎么样了？”小智傻笑后忙问皮卡丘的情况。“我已经帮它缓解了伤势，但情况还是不怎么乐观，你还是尽快带它去常磐市神奇宝贝中心治疗吧。”小飞说完把皮卡丘送回了小智的怀中。而此时，伊布似乎感到了什么，碰了碰小飞示意他往上看，小飞和小智抬起头，只见一只巨大的鸟形神奇宝贝正往彩虹的方向飞去，“总算出现了，凤王。”小飞立刻拿出图鉴拍下了凤王的照片，并把蓝色皮卡丘和大颚蚁放了出来，对它们道：“大家看到了没有，总有一天，我会让你们像凤王一样强大，甚至超过它，大家加油吧！”三宠听了小飞的话后立刻兴奋起来，眼中都充满着斗志。小飞见此微微一笑，收回了大颚蚁和皮卡丘。“小飞，那是什么神奇宝贝啊，怎么图鉴上没有显示啊？”小智疑惑地问道。“它是凤王，世上仅此一只的神奇宝贝，不过因为它是一只超神兽所以收复它非常困难。”小飞道。“哦。”小智似懂非懂道。“好了小智，皮卡丘的伤不能再拖了，赶紧走吧。”小飞指着皮卡丘道。“哦对，我们快走吧。”小智听到后和小飞一同跑向了常磐市。
来到常磐市入口的两人便被值班的君莎拦了下来，“你们很可疑哦，小弟弟你们有身份证吗？”“啊？我没有身份证诶，我的皮卡丘受了重伤，请让我们过去吧。”小智道。“的确伤的很重啊，不过没有身份证还是不能过去。”君莎道。这时小飞拿出了神奇宝贝图鉴，按了个按钮后，一个机械般的声音响了起来：“这个神奇宝贝图鉴赠送给真新镇的小飞，好好加油吧，神奇宝贝训练家，另外这个神奇宝贝图鉴一旦丢失就无法补发，所以请多多注意啦，大木博士留。”接着小飞也把小智的图鉴拿出来给君莎看后道：“这下可以了吧。”“当然可以了。”君莎笑道。“原来这就是身份证啊！”小智嘀咕道。“你们现在是要去神奇宝贝中心吧，就让我载你们去吧。”君莎说着从警局旁的仓库中取出了她的坐骑，在小飞和小智坐上去以后，飞一般的向神奇宝贝中心驶去。很快小飞他们就来到了神奇宝贝中心，小智下车后就把皮卡丘交给了乔伊治疗，乔伊小姐说了小智几句后便和吉利蛋治疗皮卡丘去了。小智低着头，不安地在治疗室门口走来走去。“放心吧，皮卡丘肯定会没事的。”小飞拍了拍小智的肩膀道。“嗯。”
接着恢复了一点神色的小智去给他妈妈打电话去了，而小飞也想起了什么打起了电话，电话接通，入眼的是一个正在吃面的人，“大木博士，注意这边。”小飞道。“哦是小飞啊，你现在在哪里啊？”大木博士抬起头看到是小飞后道。“我到常磐市了。大木博士，给你看一样好东西。”小飞说着拿出用图鉴拍的凤王照片给大木博士看，“这不是传说中的神奇宝贝凤王吗，你居然能见到它，快点把它的照片传过来，我要好好研究一下。”大木博士激动得道。“传过来可以，用两颗大师球来换。”小飞道。“狮子大开口啊你，知不知道大师球很珍贵的啊。”“您要不给也可以啊，既然你不想要照片的话。”小飞说着做出了关电话的动作。“等等，大师球给你，快把照片给我吧。”大木博士一副认输的表情道。小飞见计谋得逞，这才心满意足的把照片传了过去。一会儿后，小飞把两颗大师球放入了背包中，而大木博士拿着照片研究去了。紧接着神奇宝贝中心的大门便被推开了，扛着像鱼骨头似的自行车的小霞走了进来，看到小智后便气愤地冲了上去要小智赔她自行车，而在小智说明了情况后便让小智去照顾皮卡丘去了。小飞心想火箭队应该要来了吧。
果不其然，只听广播突然响起；“紧急事态，有神奇宝贝绑架集团入侵，请各单位注意。”话音未落，两颗宝贝球打碎了神奇宝贝中心的天花板后落了下来，紧接着一只阿柏蛇和一只瓦斯弹从球中出来并释放了烟雾笼罩了整个神奇宝贝中心。“怎么回事？”小智大喊道。“既然你诚心诚意地发问了”，“我们就大发慈悲的回答你”，“为了防止世界被破坏”，“为了守护世界的和平”，“贯彻爱与真实的邪恶”，“可爱又迷人的反派角色”，“武藏”，“小次郎”，“我们是穿梭在银河的火箭队”，“白洞，白色的明天再等着我们”，“就是这样，喵”。随着最后的猫声结尾火箭队三人组闪亮登场。“比动漫上的好看多了。”小飞想道。“火箭队，你们要干什么？”小霞大喊。“这里的稀有神奇宝贝我们火箭队要了，识相的就快点把它们交出来。”小次郎道。“什么？我不会让你们抢走皮卡丘的。”小智激动得道。“这种小老鼠我们才不要呢，我们要的是稀有精灵”武藏道。“小智，别被他们小瞧了，让他们看看皮卡丘的厉害吧。”小飞来到小智身边道。“对，我可是要成为神奇宝贝大师的人，皮卡丘上。”小智道。“不知天高地厚的小子，阿柏蛇上。”武藏道。“你也是，瓦斯弹。”小次郎道。
而随着皮卡丘的活跃表现，火箭队成功的被打上了天。“小智，厉害啊。”小飞吹捧道。“那是。”受到了小飞的夸奖，小智得意忘形道。“呵呵，小智接下来你可就麻烦了哦。“小飞想道。“好了，小智，我先去休息了，再见。“小飞说完把伊布三宠交给了乔伊后到乔伊为其准备的房间休息去了。