2012年10月的某个晚上，当许多人正在熟睡中时，一名少年正在电脑前看着一个叫神奇宝贝的动画。“不会吧，将近一百级的皮卡丘居然打不过一只刚领的5级左右的叶藤蛇，真不知道小智怎么指挥的，就算电系技能不能用，其它的也行啊！要是我的话，一个高速移动冲过去再加钢铁尾巴这么一扫，直接解决战斗，我还不信叶藤蛇的速度比皮卡丘快。”看着动画中小智那怂样，小飞不禁吐槽道。忽然，小飞面前的电脑突然黑屏，“怎么回事？”小飞惊讶道。在小飞按了几下鼠标后，电脑恢复了，可上面不是黑屏前的内容，而是一行字：想去神奇宝贝世界吗？字的下面有两个选项，是·不是。“这黑客！”小飞苦笑道。接着小飞点了是。霎时，有一行字显现出来：想带什么神奇宝贝去？“蛮有意思的嘛，我就陪你玩玩。”小飞想着就填下了烈空座。烈空座算是小飞最喜欢的神奇宝贝了。接着又出现了一行字：想去哪个初始镇？1，关东地区真新镇2，城都地区若叶镇3，芳圆地区未白镇4，神奥地区真砂镇5，合众地区鹿子镇。“额！”小飞心想这黑客在搞什么飞机。但他还是填了关东地区真新镇。画面上的字慢慢消失，随后就没了动静。小飞摇了摇头，正想去点鼠标时，一阵强光袭来，瞬间淹没了小飞。当小飞再次睁开眼时，发现自己躺在一个陌生的房间的床上，旁边还有个闹钟正滴答滴答的走着。“这是哪啊？“小飞想着并坐了起来。这时有一个东西突然扑到了小飞的身上，“啊！”小飞吓了一跳，叫了起来的同时把扑在他身上的东西甩在了地上。声音刚落，就有一个大约26岁左右的女生打开了房门说道：“小飞，发生了什么事？”小飞疑惑地看着面前的女孩，可嘴巴却自己动了起来：“姐，我没事。”小飞也不知道自己为什么会说出这些话。“没事就好，刚刚那么大的声音吓了我一跳呢！”小飞的姐姐笑着离开了。“为什么我会叫她姐姐呢？真是奇怪。”小飞说着看了看自己的身体，意外地发现自己居然缩小了，虽然脸还是原来的脸，但身体却像个5岁的孩子一样。就在小飞继续打量自己的身体时，刚刚被小飞甩在地上的东西跳上了床，睁着大眼睛看着小飞。小飞这才注意到它，并发现它居然是大颚蚁，小飞抱起它并抚摸着它，大颚蚁便非常乖得趴在小飞怀中。“这难道是真的？”小飞想着捏了一下自己的脸，“痛痛痛。”因为用力过度小飞叫了起来。“这么说这是真的？我穿越到神奇宝贝世界啦！”小飞高兴地笑了起来。“反正在地球上我是个孤儿，少我一个也没什么。”这样想的小飞抱起大颚蚁走出房门。过了五年，真新镇的某个房子里，一名少年正坐在床上边穿着衣服边自言自语道：“今天就是我领取初始神奇宝贝的时候了啊，而且和我一起领神奇宝贝的居然是小智小茂他们，看来前世看得动画可以派上用场了啊，真是期待。”这个少年正是小飞。穿完衣服后的小飞对照着镜子，蓝色的短发，黑色的眼瞳配上帅气的脸庞，脖子上还挂着一颗大师球，大师球里的自然是穿越前小飞在电脑上打的烈空座。话说烈空座来到小飞身边的时候，还下了小飞的姐姐一跳呢！小飞满意的看着自己的身体，接着小飞便带着大颚蚁走下了楼。
在这里说明一下，小飞生活的这个家里面只有小飞和他的姐姐欧阳凌云，小飞的父母在小飞3岁时出车祸去世了。而为了这个家小飞的姐姐凌云便毅然放弃旅行，用旅行中赚到的钱开了一家饭店供姐弟两人生活，而这也让凌云找到了自己的另一半，小飞对此非常惊讶，因为自己的姐夫就是龙系天王渡，据说是一次因为店里来了几名不良分子见到凌云的样貌就向前搭讪，结果被凌云的神奇宝贝狠狠的收拾了一顿，凌云在放弃旅行前是训练家。而那些不良分子不甘心，找到了自己的老大来为自己报仇，结果凌云被打败了，当时的小飞还太小，也没有神奇宝贝，所以只能躲在角落，看着那些不良分子砸店以及欺负自己的姐姐。等小飞穿越在这个小飞的身上时，就感到原来的小飞非常痛恨不良分子，小飞心想既然这样以后遇到那些家伙的话，我也有理由可以教训他们了。而就在这时偶然经过的渡帮助凌云接了围，把那个老大和其小弟都给抓走了。之后渡更是经常来此，还时不时给凌云的神奇宝贝训练，以防再有这种人来是凌云可以自保并且保护自己的弟弟，就这样两人的关系越来越好，最后两人终于走在了一起。而小飞的这只大颚蚁则是渡送给小飞五岁的生日礼物。而当凌云将裂空座的事告诉了渡后，渡也非常的惊讶，几经考虑之后渡让凌云转告小飞不要将裂空座的事告诉他人，这件事必须保密，否则让邪恶组织知道了事情会变得很严重的。忘记说了，小飞还有一个朋友兼死党，比小飞大3岁，叫小风，全名刑天风，小风个孤儿，从小便和小飞一起玩耍，在小飞七岁，也就是他十岁的时候，他便带着大木博士给他的初始精灵小火龙离开了真新镇，并对小飞说等他当了训练家的时候他一定会来找他的，还说到时一定会让小飞大吃一惊的，就这样他离开了真新镇，而在这三年里他一次都没有和小飞联系过。
“小飞，快来吃饭吧，等会儿就要去领初始精灵了哦！”看着从楼上走下来的小飞，凌云道。“知道了，姐姐。对了姐姐，姐夫他不来吗？“小飞道。“你说渡啊！他有任务要办，所以不能来了，他还让我对你说声抱歉呢！好了，快去吃饭吧！”凌云说道。“好。”一会儿后，吃完早餐的小飞便带着大颚蚁往大木博士研究所而去。来到大木研究所，只见研究所门口已有一大群人站在那儿议论，小飞抱着大颚蚁从人群中钻出并进入了大木研究所。研究所内，小茂看到小飞的到来而对正在做着研究的大木博士说道：“爷爷，人到齐了，快带我们去领神奇宝贝吧。”大木博士闻言停下了手头的工作转身看了看3人，点了点头后说道“好吧，你们跟我来。”3人跟着大木博士来到屋内，只见大木博士从一个圆柱型的台子里拿出了3个神奇宝贝球。“这里是妙蛙种子，杰尼龟和小火龙，你们自己来选吧。”大木博士说完后小茂边拿走了杰尼龟的宝贝球，小飞也上前拿走了小火龙，另一个人则拿走了妙蛙种子。接着3人便打开球准备与神奇宝贝打招呼，可当小飞打开球后便发现球内并没有小火龙，小飞便问道：“博士，小火龙呢？”大木博士挠挠头道：“不好意思啊小飞，联盟那出了点问题，所以这次没有小火龙，不过你别担心，我这里还有两只刚捉来的小精灵，一只皮卡丘，一只伊布，你可以从中选一只来代替小火龙。”说完大木博士便从另一张台子上拿了两颗球道。“那就伊布吧！”小飞思索了一下后道。之所以不选皮卡丘，不是小飞不喜欢，而是小飞知道这只皮卡丘是小智因为迟到而得的精灵，更何况如果小智没有皮卡丘，接下来的剧情就将不复存在，因此小飞便选择了伊布。小飞把装有伊布的神奇宝贝球打开，出来的伊布好奇地观望着四周，“伊布你好，我叫小飞，这是大颚蚁，以后我们便是伙伴了哦！”小飞道，大颚蚁也向伊布打起了招呼。“布伊！”伊布叫了一声后便跳上小飞肩膀亲昵的蹭着小飞的脸。