朱由检之所以信任熊汝霖，可能还要从熊汝霖恩科最后一场的策论说起。彼时谈论起国家大事，几乎所有考生都把注意力集中在辽东建虏，或是流贼身上。
惟有熊汝霖观点独特，认为东南海疆防御薄弱，是大明的心腹大患，其危害甚至可能超过建虏。他还特意在试卷中提到，有些海盗表面上接受招抚，实则仍然我行我素，朝廷不可不早图之。虽未提名道姓，朱由检自然知道他说的就是郑芝龙。
所以在熊汝霖到南安赴任之际，朱由检也用密诏对他交了实底。那时候郑芝龙还未与叛军勾结，但朱由检已经下定决心，要铲除这股最大的海盗势力。但郑芝龙尚未公开反叛，朝廷四处用兵，也确实没有余力，所以朱由检叮嘱熊汝霖，要在郑芝龙的家乡南安县密切关注郑芝龙的动向，设法削弱他在大陆的势力。
熊汝霖接诏之后喜忧参半。喜的是，皇帝虽然年轻，却是高瞻远瞩，不但非常重视东南海疆，还认清了郑芝龙的真面目。此时的朝廷，从上到下没有一个官员主张打击郑芝龙，所以从某种意义上来说，皇帝是采纳了熊汝霖策论中的意见。这就叫知遇之恩，熊汝霖怎能不感激涕零？
而忧的是，南安与同安完全不同。在同安县，他可以仅凭几个锦衣卫就扳倒当地势力，因为当地势力就是再大，也不敢与朝廷对抗。可南安县就不同了，郑氏一族已经在当地经营多年，除去郑氏本身外，南安县的很多人也受到郑芝龙诱惑，跟着他出海当海盗去了。其时福建海防形同虚设，这些人来去自如，官府要么根本不知道这些人的现况，要么即使知道也不想管。
也就是说，这些人是根本不服朝廷管束的。如果熊汝霖仍然只凭一己之力对付郑芝龙，轻了无人理睬，重了的话，比如又用锦衣卫逮捕郑芝龙的党羽，那说不定这些海盗就会公然劫牢反狱。锦衣卫就是能耐再大，毕竟人数太少，寡不敌众，后果不堪设想，更糟的是还会刺激郑芝龙，与皇帝暗中制约的思路不符。
所以熊汝霖经过深思熟虑后，决定先组建一支完全听命于自己的力量，也就是民团。之所以不用卫所军或是衙役，是因为这些人本身就不干净。尤其是南安县的衙役，熊汝霖还在同安县时就听说过，他们收了走私船主的好处，不但对走私偷渡等行为视若无睹，还会在府县应付差事的巡视之前，给走私船主通风报信，结果自然是一无所获。
因此民团成立起来以后，熊汝霖做的第一件事，就是整肃衙役队伍。他的手段说起来非常简单：让民团团勇偷偷跟着衙役，看看他吃的什么、用的什么，家里要花多少银子，然后把衙役叫到二堂对质：你一个月的薪水才有多少，怎能花钱如此大手大脚？那些银子都是从哪来的？
这些衙役平时作威作福惯了，怎么也没想到新来的知县大老爷刚一上任，就查到他们头上！有人便想抵赖，说这是祖产。熊汝霖倒也不刑讯迫供，只是对每个有问题的衙役都单独审讯，吓唬他说：如实招供者，只要数额不大且积极退赃，本老爷便不深究。如果拒不承认，也没有用，因为某某人可已经都招了。你若不招，也只是为他人顶缸而已。本来顶多只是打二十板子的事，你非要挺到死罪，那也随你。
这些衙役久在公门，自然知道此中利害。知县老爷懂断案的不多，一般都是刑名师爷代劳。这师爷和下面的龌龊事，那就不可胜数了。但看这位新任知县的架势，钱粮、刑名师爷，一概不用，审案全是亲力亲为，想通融也通融不了。
这些衙役虽然没少和案子打交道，但多是文盲，真正的律法条文，他们怎么也抠不过读书人啊。意欲撒泼耍赖死不认账，那些民团的泥腿子们却在一旁怒目而视，看样子只要知县一声令下，就得把他们打个半死。没奈何，只得招认。
这就如同一座并不坚固的堤坝，只要有一个招的，就像堤坝出了一个小小的溃口，很快就会全线崩溃。这些衙役为了减轻自己的罪责而互相攀咬，最后全县衙六十多个衙役，竟然没有一人不受走私船主贿赂。而这些船主的后台，毫无疑问就是郑芝龙。
熊汝霖当然知道这一切都和郑芝龙有关，但假作不知，只把矛头指向那些走私船的船主。那些衙役招供以后，熊汝霖把他们全关在县衙大牢之中，对外封锁消息，只提出几个熟知走私船出没规律的，让他们引着民团在海滩上埋伏。
结果这个伏击战打得异常漂亮，到了半夜，来了八艘二百料的武装商船，船上的几十名水手虽然都有鸟铳等武器，但谁也没想到在郑芝龙的老家，这个走私了多少年的地方还会出问题，因此都毫无警惕地下船交易。
与他们交易的则是南安县的走私商人，他们同样对熊汝霖抓捕衙役的事一无所知，赶着满载货物和银两的马车前来接头。结果五百团勇鼓噪而出，水手和商人们猝不及防，全被当场擒住。所有货物和银两均被视为赃银而扣押，但最大的收获，还是那八艘武装商船，和几十条鸟铳。因为朱由检在密诏中早有安排，知道熊汝霖根本没有家底，便许南安县凡是查获走私船只和武器，可先自行使用。
这样一来，熊汝霖的民团初战告捷之后，便有了战船和武器，已经是一股不可忽视的力量了！
至于那些走私商人，到现在还没搞清楚状况。因为郑芝龙在名义上还是福建水师总兵，他们便赶紧把郑芝龙抬了出来，希望用郑芝龙的名头把熊汝霖吓唬住，然后大事化小，出点银子也就完了。
不想熊汝霖冷笑一声道：“尔等刁民，十分大胆！朝廷已开海禁，不是不让尔等出海，因何不在官府登记？不就是为了逃避税银么？单是走私也就罢了，还敢诬陷郑总兵大人！来呀，每人重责二十，看他们还敢不敢胡言乱语！”