设立市舶所，是朱由检和熊汝霖早就规划好的一步棋。当熊汝霖以飞鸽传书急奏京师后，因为不涉及祖制等麻烦问题，朱由检又向温体仁等人暗示过，“温党”阁臣加上中间派阁臣，以及黄宗羲等中书舍人均对熊汝霖的想法表示支持。
而东林党人这时候仍把全部精力都集中在“督师不力”的周延儒身上，对东南沿海一个偏远小县的事情，并无多大兴趣。所以很快内阁便出了票拟，同意在南安县设立市舶所。朱由检立即批红生效，心中自是大喜：这可是个重要的“判例”，以后也可以成为“旧制”了。
得到朝廷的批准以后，南安市舶所立即开始运作了。办公地点很简陋，就是在南安最大的河流晋江入海口处搭了个简易棚子，因为很多商船都是从晋江中启航。
不过，别看办公地点简陋，市舶所的权力却不小。此前虽有三大市舶司，但朝廷对每个市舶司的运作并未做统一规定，各市舶司都是各行其是。这就给了南安市舶所足够的空间，朱由检把这里做为试点，推出了与其他市舶司并不相同的政策。
市舶所的基本规则很简单：凡是南安县境内百姓，欲出海打渔或是贸易者，必须以船只为单位，在市舶所注册登记。只有注册过、有市舶所颁发牌照的船只，才允许出海，否则一律不准出海，抓到了就以走私论处，船即没收，人即收监定罪。至于南安县境外的船只，也可以在市舶所注册登记，只要来了南安县，与南安本县的船只待遇相同。
依规注册的船只，则分为渔船和商船两种，颁发不同的牌照。渔船禁止从事贸易，但相应地，收取的税银也很少，每月仅象征性地收取一两银子。只要渔民够勤快，天天出海打渔，这个生意是稳赚不赔的。
至于商船，则根据船只的载货量分为两档。二百料以上的船只，每船收取税银一百五十两，或所载货物三十取一，从其较少者为征。二百料以下船只，每船收取税银一百两，或所载货物四十取一，从其较少者为征。不论出口进口，税率标准统一。
这个税率标准，是朱由检和熊汝霖经过反复探讨后暂定的。在朱由检看来，这个税率实在不高。不但比三大市舶司的税率低很多，即使是和现代社会比，各国关税的平均水平也大大高于这一标准。而且不论何种货物，一律按一个税率计征，也过于简陋了点。
但熊汝霖认为，民间走私成风，根本没有交税的习惯。如果税率上来就定得很高，则不利于促使百姓依规通过市舶所进行贸易。如果把税率先定低点，给贸易者增加的成本小一点，市舶所就容易被接受。待大部分对外贸易都纳入市舶所管理以后，再根据实际情况调整税率，事情就比较好办了。包括各类货物的税率细则，那时再慢慢制定也不迟。另外，市舶所的工作人员也需要一个熟悉工作的过程，单一税率有助于他们尽快上手。
反过来说，如果市舶所定了这么低的税率，你还去走私的话，那可就是敬酒不吃吃罚酒，到时候就别怪朝廷不客气了。
朱由检认真考虑了熊汝霖的建议，觉得熊汝霖的思路非常好，那就是让守法的收益尽可能大，违法的成本尽可能高，这样就能培养人人守法的良好风气。看来不光是对外贸易法规，以后对《大明律》的修订，也应该遵循这一原则。
市舶所开始办公以后，南安县的渔船注册，倒还比较顺利。因为市舶所不是只向渔民收钱，还提供一系列服务。别的不说，单是昼夜巡逻防备海盗这一条，每月一两银子就很值了。熊汝霖还许诺，将尽快在晋江南安外海的狐狸尾岛上修建一座灯塔，为往来船只指引方向。有了灯塔，航行就安全多了。
尤其值得一提的是，渔民中有相当一部分是蛋民。蛋民属于“贱籍”，不在四民之列，一直受尽歧视。在福建方言中，把蛋民成为“曲蹄”，这是一种侮辱性的称呼，讽刺蛋民整日在船上光着脚。
不仅是这种语言上的侮辱，蛋民没有土地，没有房屋，不许读书识字，不得与陆上百姓通婚，只能以船为家，而且受到极重的盘剥。
此前张煌言和郑森在出使南洋的途中，曾经在广东海澄县招募了一些蛋民并脱籍入军，还鼓励蛋民多出海捕鱼，加工腌鱼肉，增加一项生计。不过，那还只能算是临时性的措施。
这次熊汝霖依照朱由检的嘱咐，在设立市舶所的同时，也在探索让蛋民重获新生、融入社会的方法。南安外海有不少无人海岛，熊汝霖因地制宜，宣布只要蛋民的渔船在市舶所注册登记，对他征税的标准便与其他渔民完全相同，任何人不得再行盘剥；更允许他一家在海岛上划一片地，兴建房屋，把家安在那里。
这个政策对蛋民可是太有吸引力了，谁愿意过居无定所的生活呢？过去蛋民见了官府的人，第一反应便是逃跑；这次却反了过来，南安县几乎所有蛋民都来登记，两三天的时间就注册了一百多艘渔船。
其实对熊汝霖来说，此举是一举两得。既把为数不少的蛋民纳入了市舶所的管理，也相当于不费一兵一卒就驻守了海上星罗棋布的小岛。要知道这些无人海岛，本来是走私船和海盗的天然驻足之所。现在蛋民既然以这些小岛为家了，自会努力经营。走私船和海盗再去骚扰，这些蛋民也不会同意。
当然，这项政策还只是第一步，让蛋民融入社会乃至脱去贱籍，还需要相当长的时间。不过，至少蛋民的收入可以先多起来，钱多了，受的歧视自然就少了。商人不就是很好的例子么？
与渔船注册的热火朝天相比，商船注册却遭遇冷场。市舶司设立五天了，居然一艘注册的商船都没有！