朱由检干净利落地免了首辅黄立极的职，又引发朝中的一片猜议。一方面，皇帝连首辅都说罢就罢了，还有谁的官不能罢？这登时让不少官员人心惶惶。
另一方面，首辅的空缺也让一些官员看到了晋升的希望。尤其是东林系官员，更欲借着这个机会，将施凤来等其他三位阁臣也全部从内阁中驱逐出去，恢复东林党一统天下的局面。
不过接下来朱由检的旨意，就又让大臣们看不懂了。他连下四道圣旨，分别任命赋闲在家的孙承宗和袁可立为吏部右侍郎和兵部右侍郎，又调南京兵部尚书王在晋至京师，出任户部尚书。最后则是宣布今春开恩科取仕，但不再对考生资格做出限制，凡有心做官、并且有能力至京师考试者，一概准许报名。
如果说孙承宗和东林党人关系还算不错的话，那么袁可立和王在晋却和东林党没什么关系，属于大臣中的中间派。这让满腔热情急于夺权的东林党大臣们又有些摸不着头脑了。
至于这个亘古未有的恩科，更是出乎所有人的意料之外。因为按照这个时代的科举制度，科举分为院试、乡试、会试三级，通过院试的叫“生员”，通过乡试的叫“举人”。只有举人才有资格参加会试，而且会试是每三年才有一次。
虽然过去的皇帝也会开“恩科”，即额外加一次会试，但考生资格这一条可从来没变过，一般每次参考的考生规模都控制在三四千人左右，录取率则约为百分之十。
而对绝大多数读书人来说，别说参加会试，就连乡试都过不了，因为乡试的录取率更低，只有百分之五不到。有人考了一辈子科举，到死还是个老童生。如今崇祯竟要让所有人都可参加恩科，这岂不是要让几十万读书人都来京赶考？又该录取多少？就算不考虑这些，单是食宿、考场都没法安排！
但是这次居然没人对朱由检的决定做出非议。一方面，黄立极的前车之鉴摆在那里，谁反对谁就丟乌纱帽，没人愿意冒这个风险；另一方面，大臣们也多少抱着点幸灾乐祸的心理，想要看看这次恩科是如何无法收场的，也好让年轻的皇帝吃些教训，不要再瞧不起他们这些经过科举考试选拔出来的精英。
但是朱由检自有打算。他当然要将阉党势力拔除干净，因为这帮人不管有才无才，全是些德行有亏、奸诈阴险、自私自利之徒。任用这样的人为官，那是典型的祸国殃民。
但是对东林党人，朱由检也并不感冒。之前他就没少和杨涟、左光斗这些东林党人打交道，他们之中虽然有不少正人君子，也无一不是满腹经纶，但实际工作能力却不怎么样，尤其是在经济和军事方面，更是一窍不通。
不仅如此，东林党为了和浙党、楚党等政治小集团争斗，也同样拉帮结伙，排斥异己。就像前任吏部尚书赵南星，在京察中凡是东林党人就提拔，凡是浙党、楚党就贬斥，这种行径与阉党也没多大差别了。
朱由检可不想按下葫芦起来瓢，打倒了阉党，又出现一个更为强大的东林党。他真正想做的是给官场来一次大换血，能者上、庸者下，人尽其才，不论是心术不正的小人还是只会掉书袋的书呆子，全都回家卖红薯去！
当然，饭得一口一口吃，朱由检也不可能上来就把现有大臣全部免职，那样朝廷就无法运转了。所以他先提拔孙承宗、袁可立、王在晋三人，这几位都是经验丰富的老臣，可以借用他们的人品威望，将阉党彻底根除。然后再从恩科中选拔符合自己的用人标准的人才，用几年时间逐步安排上重要岗位。
到目前为止，朱由检对自己做出的一系列决定都很满意，局势也在按照他的预想，向着对他越来越有利的方向发展。但惟一出乎他意料之外的是，张太后不肯回宫！
礼部官员已经奉旨两次去潭柘寺去请张太后，但张太后均闭门不见，只让随她一起出家的贴身宫女答复，说太后对尘世已无留恋，情愿长伴青灯古佛，为皇帝和皇后祈福。即使礼部官员说客氏已被贬入浣衣局，可说大仇得报，太后仍不为所动。朱由检听完回奏，不禁怅然若失。
又过了几天，顺天府尹来报：皇后与德妃已经进入顺天府境，同行的还有燕凌及杨涟、左光斗等人。
原来自从接到当时还未驾崩的天启圣旨，蕊儿和包玉怜就已经从秦王庄启程赴京。在半路上朱由检登基为帝，又因京师局势凶险，戚美凤即向蕊儿飞鸽传书，要她们一路慢行。
后来朱由检一举平定乱党，蕊儿与包玉怜却因大雪封路，被困在开封城中。正好燕凌奉旨至河南请“东林六君子”回京，两路人马合在一处，这才兼程而来。
朱由检大喜过望，立即安排亲自出迎。而且不单是出城，而是接出五十里之外。这时又有朝臣觉得不合适了，上疏说朱由检贵为天子，除了大军凯旋可以郊迎之外，是不宜随意出迎的。不料却立刻遭到朱由检降旨申斥：“朕与皇后、德妃乃患难夫妻，远迎有何不可？杨涟、左光斗等皆忠贞尽节之国士，隆遇又有何过处？”
第二日，朱由检就在三千秦兵的严密保护下，率领文武百官骑马出城，至京南五十里外的长亭等候。
皇帝出宫，那可是极其少见的盛事。尤其崇祯甫一登基就扳倒魏忠贤，京师百姓无不欢呼雀跃，都想借着这个机会一睹天颜。即使到了五十里外，道路两旁还是聚满了老百姓，山呼万岁之声不绝，倒让朱由检觉得老大不好意思。没想到自己出来一回，竟给老百姓带来了不小的麻烦，最起码这一天是无法工作了。
不多时，燕凌率军保护着蕊儿等人的车驾赶到。车子刚一停稳，蕊儿和包玉怜就从跳了下来，跌跌撞撞地跑到朱由检跟前，搂住他抱头痛哭道：“万岁！您在爆炸中受了伤，现在可痊愈了？”
朱由检心中猛一刺痛，李贞妍的音容笑貌又浮现在眼前。他虽然口中安慰着蕊儿与包玉怜“朕一切都好”，眼泪却还是忍不住夺眶而出。