当夜朱由检即与袁崇焕、李来亨、曹文诏等人登船，四艘运粮船加上刚刚修复的袁崇焕座舰，五船向宁远缓缓进发。
不过这次可没有来的时候快了，因为海上风力一下子转弱，尽管水手们不断调整航向和船帆，让船只尽可能借助风力，可船速还是如乌龟一般，在海上漂了两天，才到达波海口附近。这也将海运在这个时代的缺点暴露无遗，那就是除了风力以外，没有其他的动力，因而可靠性比其陆地来大为不如。
朱由检虽然心急如焚，却也无可奈何，只能每日与袁崇焕等人研究辽东地形，聊以解闷。心中却在想，现在指望发动机出现显然是不现实的，如想逆风行舟，就只有依靠人力划桨。
但海船不是小艇，自重很大，要想用船桨划动，除了船只需要改装以外，还要增加大量桨手，至少也得有几十人。那么船只每次出海，必须多带几十人，以及这几十人的粮食和淡水，消耗自然大增。在速度和消耗之间如何取舍，这还真是个让人头疼的难题。
到了第三天，由于春天渐近，海上转为东南风，船速陡然加快。众人皆欢声雷动，将航向对准宁远，挂上满帆全速前进。
又过了一天，已经远远地望见了觉华岛的轮廓。众人欢呼之际，朱由检却想起两年多前岛上军民被后金军屠戮殆尽、上千船只被焚毁的往事，心中不禁黯然。
忽听袁崇焕惊叫道：“圣上，有两艘船正向我们接近！”
船上的水手和士兵立即进入警戒状态，运粮船上是没有火炮的，只有袁崇焕的座舰侧舷上有四门小型佛郎机炮，此时炮手赶紧手忙脚乱地填装弹药，准备射击。因为女真人虽然没有海军，但近来倭寇越来越猖獗，偶尔也会流窜到这一海域，所以众人都是如临大敌。
待距离近些，袁崇焕才长出一口气道：“圣上勿忧，是我们的船，那船头上的人还向我们挥手呢。咦，此人体态怎么有些眼熟…”
待双方距离更近，朱由检与袁崇焕却大吃一惊。原来那船上不是别人，正是吏部尚书孙承宗！只见这老爷子急得满脸通红，在船头蹦着高向这边拼命大喊。但是距离太远，喊什么实在听不清楚。
朱由检心中猛地一紧，暗想孙承宗不是被自己甩到了山海关么，这会跑来宁远做什么，又为何如此惊慌？难道是辽东局势有变？
待双方船只相距不足百丈，对面船上的水手突然齐声呐喊：“锦州、大凌河被围！”
朱由检脑袋“嗡”地一声，险些没坐到甲板上。袁崇焕急忙搀住，朱由检却奋力甩开他的胳膊，破口大骂道：“你大爷的袁崇焕，看看你干的好事！你不在宁远呆着，非要跑去皮岛，还耽误了朕十几天的时间！若两城边军全军覆没，朕非活剐了你不可！”
袁崇焕当然也知道情况的严重性，吓得跪倒在甲板上连连磕头。朱由检恨得咬牙切齿，刚飞起一脚想踢袁崇焕，却又生生地顿住道：“磕头有个屁用！赶紧靠岸进宁远城，想法子补救！”
几艘船迅速靠岸，孙承宗也从船上下来，几乎是连滚带爬地跑到朱由检面前，气喘吁吁地道：“圣…圣上，你好大心，怎么去了这么久！大凌河和锦州已经被围五天，建虏正全力猛攻，这可如何是好！”
朱由检忙飞身跨上早已准备好的骏马，一边进宁远城，一边听孙承宗详细汇报战况。
原来后金大汗皇太极一方面派宁完我去京师议和，另一方面也厉兵秣马，随时准备发动进攻。尽管朱由检很快就来到辽东，并且将消息封锁了几天，但由于皮岛之行一来一回耽误了十几天的时间，后金方面还是获知了宁完我被杀的消息。
皇太极闻讯勃然大怒，而且本来长冬过去，他也准备兴兵南侵了，于是当即尽起后金、蒙古、汉军八旗十余万大军，从沈阳、辽阳和广宁分别出发，只用了一天半时间就兵临大凌河城下，将这座尚未竣工的城池团团围住。
大凌河守将、平辽前锋总兵官祖大寿正率领三万五千边军在此筑城，见后金大军骤至，当然不敢出城迎敌，只得紧闭四门龟缩不出，后金军立即将大凌河四面围得如铁桶一般。
皇太极还觉得意犹未尽，十几万大军围困这座弹丸小城，兵力不易展开，又命四大贝勒之一的正蓝旗旗主莽古尔泰为帅，统领济尔哈朗的正白旗、岳托的镶红旗，以及自己的长子豪格率领的镶黄旗之一部，迅速越过大凌河城，直扑几十里外的锦州。
锦州现在的守将是总兵朱梅，他因为受到祖大寿排挤，手下只有八千老弱残兵。锦州虽然已经筑城完毕，但这八千弱兵自保尚嫌不足，更别提救援大凌河了，因此朱梅也只好死守锦州，同时飞马向宁远告急。消息刚刚送出去，八旗大军就合围锦州，此后就再也没有消息传出了。
偏巧驻节宁远的袁崇焕去了皮岛，宁远守将哪敢做主，只得继续向山海关的高第通报。高第和孙承宗正在山海关苦等皇帝，突闻此大变，皆吓得魂飞魄散。
高第本来就没什么军事才能，让他守山海关可能还行，遇到如此紧急情况，他也不知道该怎么办才好了。倒是孙承宗还沉得住气，一方面命人快马去追赵率教，让他赶紧率军返回山海关再说；另一方面亲率满桂所部一万多兵力向宁远急行军，用了两天两夜的时间匆匆赶到。
可是孙承宗也知道，这一万多人若去和后金军野战，多半是凶多吉少。而锦州和大凌河存粮颇丰，城池又很坚固，应该可以守一段时间。再说他现在可不是统兵的督师，只是吏部尚书，无权做出如此重大的军事决定。因此他急盼皇帝回来主持大局，心急之下，竟也乘船出海，想要到皮岛去找朱由检，幸亏走了不远便碰上了。
朱由检听罢介绍双眉紧锁，良久才道：“尚书大人，还有你，袁崇焕！你们认为现在该怎么办？”