四天之后，当雄伟的山海关突然出现在眼前，数万边军全都感到愕然。因为在连绵不绝的松岭山中跋涉数日，周围的景致又异常单调，他们早就丧失了距离感，甚至连方向也辨不大清了。明明是要回宁远，怎么一下子走过了二百里，跑到山海关来了？
只有军中的高级将领才知道，崇祯皇帝已经将关外所有城池全部放弃了，包括宁远在内。临时坐镇宁远的孙承宗按照朱由检的旨意，在援军从松岭山秘密北上的同时，也派出数千士卒沿着辽西走廊缓缓推进。但一遇到后金军的侦察骑兵，立即缩回宁远，给后金造成畏敌如虎、不敢北援的假象。
而与此同时，宁远城已经开始大规模撤离。除了城中的边军以外，还有大量的家属、农户，也都被强令退入山海关中。所谓破家值万贯，老百姓们当然舍不得自己的家当，但孙承宗晓谕军民：不日后金军即将大举入寇，宁远已不可守。凡随大军退回山海关者，朝廷会补偿银两、粮食，还会划分耕地；若是不肯走，则以通敌论，不分男女老幼一律斩首。
在这道蛮不讲理的命令之下，老百姓们就是再舍不得走，也不敢有片刻停留了。不过几天时间，宁远、前屯及附近十余处明军据点，已是人去城空。但凡值点钱的东西，老百姓全运走了；实在运不走的，则加以捣毁。
边军也运走了所有粮饷、弹药，尤其是城墙上的大炮，更是重点保护对象，派重兵沿途护送到山海关。但奇怪的是，朱由检特意叮嘱孙承宗，不得破坏城墙和房屋，只要是空的就行。
除了宁远城之外，东面的觉华岛也奉命全体撤离，守军和眷属们乘坐着数百条大大小小的船只，直接赶到山海关，倒是比陆路快得多。
孙承宗是最后离开宁远城的。望着巍峨雄壮，却是渐渐变小、消失在东北方地平线上的城墙，这位三朝元老不禁黯然神伤。关宁锦防线是他毕生得意之作，可皇帝一句话，他的心血就全白费了！数年来朝廷为了这几座城池，花费了上千万两白银，至此也全打了水漂！
可是就算再想不通，皇帝已下严旨，而且专让孙承宗督办，这位忠心耿耿的老臣还是不折不扣地执行了。当在山海关前接到皇帝以及他带回来的数万和叫花子一样的边军时，孙承宗终于再也止不住委屈的泪水，跪在朱由检马前放声痛哭。
他这一哭不要紧，本来边军已经极度疲乏，此时突然得知宁远已经放弃了，连带着那边的房子、田产，一切的一切全没了，一路上勉强维持着的士气一下子跌入低谷，也都嚎啕大哭起来。
朱由检心里当然也不好过。虽然他本来就要暂时放弃山海关外的一切土地，因此丢了大凌河、锦州乃至宁远，他都并不心疼；但是在大凌河及锦州的守城、突围战中，还是有近万边军阵亡，这才是让他痛彻心扉的重大损失。
不过眼见孙承宗悲痛欲绝，朱由检还是勉强打起精神笑道：“尚书大人，此役虽然损失不小，朕好歹把大部分边军救了出来，朝廷并未损伤元气。如今且稳守山海关，同时注意打探建虏的动向。辽东局面如此，冰冻三尺非一日之寒，尚书大人也不要过于心急了，尚须从长计议。如今还是先让大军入城吧。”
孙承宗这才止住悲声，与辽东巡抚高第、刚刚从去蓟州的半路返回的赵率教等一起把朱由检等人迎入城中。
刚一进城门，突然从旁边蹿过一人，拉着朱由检的战马又哭又笑。朱由检定睛一看，原来是多日未见的赫尔哲，忙跳下马来歉然道：“本想着去皮岛几天就能回来，哪知道后来又发生这么多事。你在山海关住得还习惯吧？”
赫尔哲却把脸一沉，又快又急地道：“万岁爷心也太大了，这么多天把人家扔在这里不管，人家都快急疯了！”
孙承宗和袁崇焕等人见一个女子竟然当众训斥皇帝，立时把脸沉下来，刚要厉声斥责，却见朱由检拉着赫尔哲的手，低声下气地道：“朕也是身不由己嘛。怎么样，京师那边有什么动静？”
“你自己看好了！”赫尔哲气鼓鼓地从随身携带的挎包中取出一大叠经过破译的密奏，一股脑摔入朱由检怀中，扭头便跑开了。朱由检则是满脸尴尬，顾左右而言他道：“那什么，将士们一路辛苦，食宿得尽快安排好，连朕在内，多少天都没吃过一次热乎饭了！”
众人这才看出些端倪，只得忍着笑陪朱由检进入原来的经略府。当然，由于朱由检已经裁撤辽东经略，现在这里已经改名为巡抚府了。
朱由检先是与众人狼吞虎咽地喝了几碗热粥，出了一身大汗，这才将体内积攒的寒气痛痛快快地驱赶了出去。然后立即聚将议事，孙承宗、高第、袁崇焕、满桂、赵率教、祖大寿、何可纲、朱梅、曹文诏等重要将领全部出席。
首先，朱由检当着众将的面正式宣布裁撤辽东经略一职，高第改任辽东巡抚，袁崇焕回京另有任用。并且通报了毛文龙因罪被逮入京、皮岛由黄龙接任、统归高第节制的情况。这算是给袁崇焕留了个面子，其实众将都知道，袁崇焕实际上是因为越权擅杀毛文龙而被免职了。
接下来是对辽东边军的安排。赵率教仍然调至蓟州，满桂与祖大寿同守山海关。这样一来，驻守山海关的边军达到六万多，从兵力上来说确实是不少了，也改变了之前辽东边军分驻山海关、宁远、锦州、大凌河等处，力量较为分散的局面。
其实朱由检是很想撤掉祖大寿的。但是考虑到他在军中很有威望，如果骤然将他免职，可能会引起军心浮动，甚至哗变，所以朱由检也不得不暂时隐忍。不过做为对他的制约，朱由检将朱梅和何可纲都升为总兵，这样一座山海关之内，就有了满桂、祖大寿、朱梅、何可纲四位总兵官。
接下来众人又讨论山海关的具体防务，正专心致志之时，忽见侍立在议事厅内的两名中军不时抓挠腋下和裆部，并且一个劲地哆嗦不止。孙承宗大为不悦道：“陛下在此，你们两个怎么如此不注意仪态？”
那两名中军吓得赶紧跪倒，却是上下牙床打架，一个字也说不出来，呼吸越来越急促，突然身子一歪倒在地上！