朱由检在接见苏禄贡使时，提出一个“兄弟之国”的崭新概念。几位阁臣一开始还没醒过味来，过了一会儿才明白了皇帝的意思。文震孟与何如宠立即明确表示反对，毕自严与杨嗣昌也委婉地表示这种称谓似乎不妥，只有王应熊表示支持。
其实王应熊只是因为自己的建议被朱由检驳斥，正在惶恐之中，故而无论朱由检说什么，他都会无条件支持。若究其内心，对“兄弟之国”这种说法也是不以为然的，其他几位阁臣就更不用说了。在他们看来，大明帝国是当之无愧的天朝上国，四方万国来朝，定君臣之分才是正理，怎能与番邦称兄道弟？
朱由检心里却清楚：中国自古以来推行的封贡宗藩羁縻体系，虽然曾经发挥过积极的作用，但随着地理大发现接近完成，西方列强的触角已经伸到东亚，这一体系的弊端已经越来越明显，越来越不利于中国的生存和发展。
首先，是中国的士人阶层沉醉于“天朝上国”的地位，不肯“开眼看世界”，而是宁肯采取闭关锁国的鸵鸟政策，拒不与西方国家来往，从而错过工业革命的绝好发展良机。
第二，封贡羁縻体系导致宗主国与藩属之间的主权与领土问题很不清晰，这对当代国家而言是不可思议的，朱由检实在无法接受。理论上各藩属的国王或是首领均应受大明皇帝册封方才合法，可事实上大明的国力并没有强大到可以仅凭一句话便更换藩属国国王的程度，各藩属国还是自行其是，无形中损害着大明的权威，远如安南，近如朝鲜，莫不如是。藩属国与藩属部落的区别也模糊不清，更没有明确的边界划分，导致甚至没人能说清大明的疆域到底有多大，边界到底在哪里，为后世留下无穷后患。
第三，宗主国与藩属国之间的权利与义务严重脱节。大明为了维持宗主国的地位，对入贡国采用重金赏赐的手段，对财政而言是个不小的负担，本身却并没有得到什么实际的好处，只是满足了皇帝和大臣的虚荣心。而当藩属国发生战乱时，大明为了显示自己宗主国的权威，在调停无效的情况下，如果出兵，则是无偿为藩属国打仗，安南及朝鲜便是如此，往往损兵折将，大伤国力；而如果不出兵，则会严重损害自身的权威，藩属国便会认为大明可欺，摇身一变成为危害大明安全的敌人。
所以朱由检早就想彻底改革这个封贡宗藩羁縻体系了。此次叶尔羌、苏禄、暹罗入贡，恰好给了他改革的契机。
改革的第一步，就是明确藩属国与藩属部落的区别。像叶尔羌，其地本就是中华疆土，这样的就是藩属部落，其首领绝不可封汗。基本上东北、西北、西南诸部，全都是藩属部落，换句话说，他们的地盘全都是大明国土。
而苏禄、暹罗等国，中国政权从未延伸到过那里，朱由检打算把他们明确为主权国家。既然是主权国家，那和大明之间就不存在君臣、宗藩关系，而是平等的国家关系。如果两国关系好的话，用“兄弟之国”称呼便恰如其分了。至于西方各国，更不用问了，都是主权国家。
但是封贡体系已经存在了上千年，如果骤然推翻，别说文震孟等阁臣思想上转不过弯来，就连苏禄贡使巴都加苏里都感到诚惶诚恐，赶紧向朱由检叩拜道：“我国以臣礼侍奉大明乃是心甘情愿，绝不敢与大明平起平坐…”
朱由检则示意几位阁臣不要说话，坚定地道：“国有大小之分，而无上下之分。贵国世与大明修好，朕正欲与贵国签订盟约，不想贵国已遭兵难。西班牙人亦侵我大明台湾岛，为两国共同之敌，朕出兵相助，理所当然。贵使臣，请你实话实说，贵国还能支撑多久？因为从大明派兵亦需耗费时日。”
巴都加苏里大喜叩拜道：“只要大明出兵，苏禄全国军民誓与红毛鬼血战到底！虽然万分困难，但我王与百姓同甘共苦，百姓亦矢志追随我王。苏禄岛屿众多，丛林茂盛，如红毛鬼不再增兵，再支撑五到十年尚可。”
“那就好，用不了那么长时间。”朱由检颔首道，“大明现有一艘战舰正在南洋，抵达暹罗后，必有飞鸽传书至京师。朕接到传书后，即令该舰先去贵国及吕宋侦察敌情，并将朕之国书转交贵国国王。鉴于两国之友好传统及共御西班牙之时局，朕欲与贵国签订友好盟约，请贵国国王细审条款。签约之后，朕将依约全力援助贵国。大明信义素著，贵使臣且在京师安住，料不日即有传书来矣。”
巴都加苏里此行的目的就是来大明搬救兵的，为了能让大明发兵，苏禄国王巴都巴沙尔甚至连“奉纳版图”这样的万般无奈之策都用上了。没想到大明皇帝不但口头应允发兵，而且不但不接受版图，还提议两国结成“兄弟之国”，无形中提升了苏禄国的地位。如果巴都加苏里有权的话，不管朱由检提出什么样的条约，他都肯定一口答应，因为再苛刻的条约，也比被西班牙灭国或是并入大明版图要好得多。
至于那些贡品，朱由检也表示自己不会接受，仍着顺天府尹顾炎武主持，以“金牌信符”自由交易。当七大商帮得到消息之后，无不欢呼雀跃，对剩下的八块信符，更是志在必得，一定要竞拍到手。
不过当廷臣们知晓了朱由检的决定后，不出意外地尽是反对之声。朱由检承受的压力也很大，一方面他要想方设法说服抱着旧思想的官员，另一方面，他也不能不对西班牙人的强劲实力感到担忧。一旦出兵，能有几分胜算？此时他真恨不得自己身在“安娜公主”号上，亲眼看一看南洋形势！