军户制的改革包括“军”和“户”两个方面，缑明显和李守义按照朱由检的吩咐，先从比较容易的“军”入手。现在洛阳城中有八千俘虏，这些俘虏绝大多数都是河南各卫所的官军。二人首先把原属于把汝州卫的挑出来，计有五千多人，比照五军都督府的存档，核实军户的身份和军田情况。当然缑明显正在养伤，这些琐碎的工作只好全由李守义这个指挥使去做。
不出所料的是，汝州卫的军田兼并、军户缺额、吃空饷等情形同样非常严重，多年以来，至少有一半土地被各级军官巧取豪夺。军田的兼并与民田又有不同，民田是直接交割地契，军田则是有一块归军队整体支配的“公田”，军官们常常巧立名目，把公田的收获据为己有，同时还一文钱不花地役使士卒为自己耕种。进行土地兼并时，往往以“公田”兼并“私田”，看起来较为隐蔽，实际兼并程度比民田尤甚。
与此同时，朱由检借调给第一师一百名锦衣卫，对这五千多名士卒进行分别审讯。审讯时言明：皇恩浩荡，不会因为他们曾经为朱常洵效力，就全部定成死罪。只要没有其他恶行，还可继续做官军，朝廷既往不咎。但是，他们必须自首或互相揭发恶行，比如杀人、奸银、强抢民财等重罪。并且告诉他们，坦白从宽，罪减一等；揭发有功，核实有赏。
这五千多人本来以为必死无疑，现在又看到了生的希望，犹如溺水的人搂到了一根稻草，当然不肯放过。现在他们也顾不上袒护别人了，为了保住自己的性命，纷纷揭发其他人的罪行。当然，这些罪行主要集中在百户、千户、守备、游击等军官身上，至于普通士卒，欺压百姓的事确实没少干，但身犯重罪的，在五千多人中毕竟还是少数。
锦衣卫的审讯也很严密，如果只有一人揭发了别人的某项罪行，一般并不采信，只有三人同时揭发同一项罪行的才重点关注。整理完笔录后，有条件的还会去找受害人核实，没条件核实的只好“疑罪从有”。
接下来锦衣卫把所有身犯重罪的军官和士卒，人数约有二百多，暂时拘押在洛阳府衙牢房。这些人都是军人，按照《大明律》，地方官员是无权审理军人的，在这里不过是暂时收监。待叛乱彻底平定以后，再移交五军都督府，由五军都督府奏请皇帝，皇帝委派官员专审。
对这二百多人，朱由检下旨直接剥夺了他们的军人身份，家属也不再是军户，而是强行转为民户。除了留给每户十亩耕地以外，多余的耕地一律充公。军户代代沿袭，这些人的家族在洛阳一带经营百年，世代做武官，就属他们捞得最凶。像两名正四品游击，实际控制的田产均不下万亩，如今几乎全部转为公田。
尽管如此，这些有罪军官的家属还是感到庆幸，因为如果皇帝以“谋逆”给这些人定罪的话，那可是要全家陪葬的，男子全得掉脑袋，女眷则会被打入贱籍，成为生不如死的官奴。现在皇帝还给每户留了十亩地，说明并不是要赶尽杀绝。而且只要不是以谋逆论处，人就还有一线生机，所以家家户户心怀感激。至于田产被罚没，那都是身外之物，没了也就没了吧。
除了这些低级军官以外，锦衣卫还对仍然在逃的原汝州卫高级将领，包括一名副总兵和三名参将进行了“缺席审判”，处罚方式与其他有罪军官一样，只是罚没家产，并不株连家人。因此在得到了实惠的同时，朱由检在河南民间的声誉一时鹊起，人人都争相传颂他是一位有道仁君。
处理完这些有罪军官，接下来就要正式组建部队了。李守义按照计划向那五千多名降卒宣布：朝廷给他们两个选择，一是继续做军户，留在军中效力；二是解甲归田，转为民户。如果转为民户的话，朝廷将酌情从公田里划出一部分，分配给那些因兼并而土地过少的家庭，确保他们可以自己养活自己。当然，从此以后就要承担各种赋役。
如果选择继续做军户，那也与过去的军户不同。李守义明确地告诉众士卒，这支新组建的第一师以后肯定不会在洛阳驻防。即使没有战争，也别想守家在地，像过去那样点个卯就回家是绝对不可能了。
但这还不是最主要的，新军户制的最大特点，就是军户不再世袭。具体规定为：一名士卒只要服役，那么不管他是现役还是退役，家庭都享受军户待遇，免缴赋役，直至终老。如果该名士卒为国捐躯，除了正常抚恤外，军户待遇可保持到遗孀终老。
但是，这名士卒的儿子并不会自动成为军人，而是要经过选拔和考核。这个选拔也不仅限于过去的军户，民户亦可参加选拔。只有通过考核的，才会成为军户，否则便是民户。
这项大胆的改革措施一公布，立时在五千多士卒中激起强烈反响。他们的态度可以大致分为三类，第一类是打算改为民户。这类人当兵本来就是为了混饭吃，而且军户祖辈相传，想改也改不了。听说以后要调到其他地方去，说不定还要上辽东战场，这帮人胆小如鼠，哪敢去送死，坚决要求转为民户，虽然要承担赋役，最起码还能吃口安生饭。
第二类是打算继续做军户。这类人都是胆子比较大的，而且也不怎么会做农活，宁愿豁出命去挣粮饷，也不愿在家抄着手喝西北风。除了免缴赋役外，新军的待遇对他们也很有吸引力，李守义明确告知，普通士卒的饷银是每月三两，及时足额发放，以后还会涨薪。这个待遇虽然比京营差得远，但可比过去的每月半两，还动不动就克扣拖欠强多了。
第三类则是中间派，既怕当兵流血牺牲，又怕种地做不来饿死，因此犹豫不决。三类人大概各占三分之一，缑明显和李守义都没想到居然有这么多人贪生怕死，不禁气得连连摇头。如果照这样下去，连一半编制都凑不够。
朱由检听完二人的禀报，却笑着勉励道：“不要着急。兵在精而不在多，参军的标准一定要卡得严一些，那些意志不坚定的上了战场也没用。你们只管去做，我大明泱泱大国，人口上亿，何患兵源不足！”