晋成帝咸和三年（戊子，公元328年）春季，正月，温峤来救援建康，屯军寻阳。
韩晃偷袭在慈湖的司马流，司马流素来怯懦，临战时吓得吃烤肉不知道往嘴里放，结果兵败身死。
丁未（二十八日），苏峻带领祖涣、许柳等士众二万人，渡过横江，登上牛渚，屯军于陵口。朝廷军队抵抗屡败。二月，庚戌（初一），苏峻到达蒋陵的覆丹山。陶回对庾亮说：“苏峻知道石头有重兵戍守，不敢直接前来，必定从小丹杨南道徒步前来，应当埋伏兵众截击，可以一战擒获。”庾亮不听。苏峻果然从小丹杨前来，因迷路，夜间赶行，军队各部混乱。庾亮听说后才感后悔。
朝廷士人因京城危急紧迫，大多遣走家人向东避难，只有左卫将军刘超却把妻子儿女迁居宫内。
朝廷下诏让卞壶都督大桁以东军事事务，与侍中钟雅率领郭默、赵胤等人的军队与苏峻在西陵交战。卞壶等人大败，死伤数以千计。丙辰（初七），苏峻进攻青溪栅，卞壶率领各路部队拒敌，无法阻止其攻势。苏峻乘风势纵火，烧毁朝廷的台省及诸营寺官署，一时间荡然无存。卞壶背部的痈肿刚好，伤口尚未愈合，支撑着身体率领左右侍卫苦战至死，两个儿子卞和卞盱跟随在父亲身后，也赴敌战死。他们的母亲抚摸着尸体痛哭说：“父亲是忠臣，儿子是孝子，还有什么遗憾呢！”
丹杨尹羊曼领兵戍守云龙门，和黄门侍郎周导、庐江太守陶瞻都战死。庾亮帅士众准备在宣阳门内结阵，还没来得及排成队列，士众都弃甲逃跑，庾亮和兄弟庾怿、庾条、庾翼及敦默、赵胤都逃奔寻阳。临走时回头对钟雅说：“以后的事情深深拜托了。”钟雅说：“户梁折断，屋椽崩毁，这是谁的过失呢！”庾亮说：“今天此事，不容再说。”庾亮乘坐小船，乱兵竞相掠夺抢劫，庾亮的左右侍从用箭射敌，结果误中船上舵手，应声倒仆。船上人都大惊失色，准备逃散。庾亮安坐不动，缓缓地说：“这种手法怎么能让他射中寇贼呢！”大家这才安定。
苏峻的军队进入台城，司徒王导对侍中褚说：“皇上应当在正殿，你可发令让他急速出来。”褚立即进入内室，亲自抱着成帝登上太极前殿。王导及光禄大夫陆晔、荀崧、尚书张一同登上御床，护卫成帝。任刘超为右卫将军，让他和钟雅、褚侍立在左右，太常孔愉则穿着朝服守护宗庙。当时百官逃奔离散，宫殿、朝省悄然无声。苏峻的兵众进来后，叱令褚让他退开。褚正立不动，呵斥他们说：“苏峻来觐见皇上，军人岂能侵犯*近！”因此苏峻的士兵不敢上殿，冲进后宫，宫女及太后的左右侍人都被掠夺。苏峻的士兵驱赶百官服劳役，光禄勋王彬等都被棍捶鞭挞，命令他们担着担子登蒋山。又剥光成年男女的衣物，这些人都用破席或苫草自相遮掩，没有草席的人就坐在地上用土把自己身体盖住，哀哭号叫的声音，震荡于京城内外。
当初，姑孰被攻陷之后，尚书左丞孔坦对人说：“看苏峻的势头，必定会攻破台城，我从来不是士兵，不需要军服。”等到台城被攻陷，穿军服的人大多死亡，不着军服者倒没什么。
当时官府拥有布匹二十万匹，金银五千斤，钱亿万，绢数万匹，其他物品价值与此相当，苏峻尽数耗费光，掌管皇帝饮食的太官只有用大火烧剩下的数石粮米，以供成帝御膳。
有人对钟雅说：“你禀性诚信坦直，必定不被寇仇所容，何不早作打算。”钟雅说：“国家的祸乱不能匡正，君王的危殆不能挽救，各自遁逃以求免祸，这还怎么当人臣呢！”
丁巳（初八），苏峻矫称诏令大赦天下，惟有庾亮兄弟不在赦免之列。认为王导素有德行和名望，还让他保持原职，位居自己之上。祖约任侍中、太尉、尚书令，苏峻自任骠骑将军、录尚书事，许柳任丹杨尹，马雄任左卫将军，祖涣任骁骑将军。弋阳王司马拜见苏峻，称述苏峻的功德，苏峻又让司马当西阳王、太宰、录尚书事。
苏峻派兵进攻吴国内史庾冰，庾冰抵挡不住，放弃郡国逃奔会稽。到浙江时，苏峻重赏搜捕他，十分急迫。吴国的侍从、门卒带领庾冰进船，把他用芦席覆盖起来，呤啸着摇动船浆，逆流而上。每逢遇到巡查哨所，就用杖叩击船身说：“何处寻觅庾冰？庾冰就在这里。”众人认为他喝醉了，毫不怀疑，庾冰因此幸免。苏峻让侍中蔡谟出任吴国内史。
温峤听说建康失守，号啕痛哭。有人前往探问，也是相对悲泣。庾亮到寻阳后宣谕太后诏令，任温峤为骠骑将军、开府仪同三司，又授予徐州刺史郗鉴为司空。温峤说：“今天应当首先翦灭叛贼，尚未建功却先授官，还怎么示范天下！”于是推辞不接受，温峤素来看重庾亮，庾亮虽然战败奔逃，温峤却更加推重奉承他，分出部分兵力交给庾亮。
后赵实行大赦，改年号为太和。
三月，丙子（疑误），庾太后因忧愁驾崩。
苏峻向南屯兵于湖。
夏季，四月，后赵将领石堪攻宛，南阳太守王国投降；石堪随即进攻驻于淮水岸边的祖约。祖约部将陈光发兵攻击祖约，祖约的侍从闫秃，相貌与祖约相像，陈光以为是祖约，把他擒获，祖约越墙逃脱。陈光逃奔后赵。
壬申（二十四日），明穆皇后入葬武平陵。
庾亮、温峤准备起兵讨伐苏峻，但道路阻断，不知道建康的消息。适逢南阳人范汪到寻阳，说：“苏峻政令混乱不一，贪婪强暴，肆无忌惮，已显现出灭亡的征兆，虽然暂时强大，但很容易转化为弱小，朝廷到了千钧一发的危急时刻，应当及时进攻讨伐。”温峤深以为然。庾亮征召范汪为参护军事。
庾亮、温峤相互推举对方为盟主，温峤的堂弟温充说：“陶侃职位重要，兵力强盛，应当共同推举他为盟主。”温峤便派遣督护王愆期到荆州，邀请陶侃和自己同赴国难。陶侃仍然因为未能参与接受遗诏怀恨在心，回答说：“我是守戍边疆的将领，不敢逾越职分。”温峤多次劝说，不能使他回心转意。温峤于是顺应陶侃的心意，派使者对他说：“仁公暂且按兵不动，我当先行进讨。”使者出发已有两天，平南参军荥阳人毛宝出使别处归来，听说此事，劝说温峤说：“凡是干大事，应当和天下人共同参与。军队取胜在于和同，不应当有所别异。即使有可疑之处，尚且应当对外表现出无所察觉，何况是自己显露离心呢！应当急速追回信使改写书信，说明一定要相互应从，共同进发。如果赶不上先前的信使，应当重新派遣使者。”温峤心中醒悟，当即追回使者改写书信，陶侃果然应许，派督护龚登率军见温峤。温峤有士众七千人，于是列名上呈尚书，陈述祖约、苏峻的罪状，传告各地方长官，洒泪登上战船。
陶侃又召龚登回来。温峤给陶侃写信说：“军队能进不能退，能增多而不能减少。近来已经将檄文传播于远近，呈告您的盟府，约定下一次半月时分大举兴兵，各郡军队都已上路，只等您的军队到达，便一同进发了。您现在把军队召回，使远近之人感到疑惑，成败的根由便将决定于此。我才能浅薄却责任重大，实在需要凭仗您的厚爱，遥遵您的成规。至于说到率先启行充当先锋，我不敢有二话，我与您如同首尾相卫、唇齿相依。惟恐有人不理解您高深的意旨，将会认为您不急于讨伐叛贼，这种舆论一旦形成则难以弥补。我和您都担负着地方统帅的职责，安危休戚，按理应当共同承受。况且自从最近交往以来，来往频繁，情深义重，一旦有急难，也希望您率兵相救，何况是国家的危难呢！今天的忧患，岂只是我这一州，文武百官谁不对您企足翘首期待？假使此州保不住，祖约、苏峻在此设置官长，荆楚西部临近强大的胡寇，东部与叛贼相临，再加上连年饥馑，将来的危殆，就会远远超过此州的今天。您进，当会成为大晋的忠臣，与齐桓公、晋文公的功绩相匹；退，则应当以慈父的情爱，去雪爱子被杀的痛楚。如今祖约、苏峻凶逆无道，造成的罪孽震动天地，人心一致，都切齿痛恨。现在的进攻讨伐，犹如以石投卵罢了。倘若再召回军队，这是在几乎成功之时自己制造失败。期望能深切体察我所说的这一切。”王愆期对陶侃说：“苏峻是豺狼，如果让他得志，天下虽大，您难道能有立足之地吗！”陶侃深深感悟，当即穿上作战服装登船。儿子陶瞻的丧礼也不参加，日夜兼行赶来。
郗鉴在广陵，孤城缺粮，挨近胡寇，人心不稳。得到诏书后，当即流着眼泪誓师，来赴国难，将士们人人奋勇争先。郗鉴派将军夏侯长等微行前来对温峤说：“有人听说叛贼准备挟迫天子向东到会稽，应当事先设立营帐壁垒，占据要害之地，即可防止他逃逸，又能切断叛贼的粮食运输，然后再坚壁清野，坐待叛贼。叛贼攻城不能取胜，旷野又无所劫掠，东边的道路既然阻断，粮米输运自然断绝，必定不战自溃。”温峤认为很对。
五月，陶侃率领士众到达寻阳。论者都说陶侃准备诛杀庾亮向天下人谢罪，庾亮甚为恐惧，便采用温峤的计谋，去见陶侃叩拜谢罪。陶侃大吃一惊，制止他说：“庾元规竟然来叩拜我吗！”庾亮援引过错，自我责备，风度举止很不错，陶侃不知不觉放心开怀，说：“您当年缮修石头城来对付老夫，今天倒反来见我有所求吗！”随即和他谈笑宴饮一整天，便与庾亮、温峤一同赶赴建康。共有士卒四万人，旌旗延绵七百多里，钲鼓之声震动遐迩。
苏峻听说西方起兵，采纳参军贾宁的计谋，从姑孰返回占据石头，分兵抗拒陶侃等人。
乙未（十八日），苏峻*迫成帝迁居石头，司徒王导极力争辩，苏峻不听。成帝哀哭着登上车舆，宫中一片恸哭。当时天下大雨，道路泥泞，刘超、钟雅徒步侍从于左右，苏峻给他们马匹也不肯乘坐，悲哀慷慨。苏峻听说后憎恶于心，但没敢杀害。苏峻让亲信许方等人补任司马督、殿中监等职，对外说是宿卫，对内其实是防备刘超等人。苏峻用库房作为成帝宫室，每天在成帝面前大放厥词。刘超、钟雅和右光禄大夫荀崧、金紫光禄大夫华恒、尚书荀邃、侍中丁潭侍卫随从，不离成帝左右。当时因饥馑米价昂贵，苏峻赠送问慰，刘超纤毫不受。朝夕不离成帝身边，行臣子礼节愈加恭谨。虽然处于困厄之中，刘超仍然为成帝启蒙，讲授《孝经》和《论语》。
苏峻让左光禄大夫陆晔守卫禁城，*迫居民全部聚居在后苑，让匡术据守苑城。
尚书左丞孔坦投奔陶侃，陶侃任他为长史。
当初，苏峻派尚书张暂时督察东部军事，司徒王导密令他用太后诏书谕示三吴的官吏士民，让他们发动义兵救天子。会稽内史王舒让庾冰任行奋武将军职，领兵一万人，向西渡过浙江，于是吴兴太守虞潭、吴国内史蔡谟、原义兴太守顾众等人都发兵响应。虞潭母亲孙氏对虞潭说：“你应当舍生取义，不要因我年老受拖累。”尽数遣送自己的家僮从军，典卖自己的耳环佩玉作为军资。蔡谟认为庾冰应当恢复吴国内史的旧职，便离开吴国，把职位让给庾冰。
苏峻听说东方起兵，派部将管商、张健、弘徽等拒敌。虞潭等人和他们交战，互有胜负，不能前进。
陶侃、温峤屯军于茄子浦。温峤因南方士兵熟悉水战，而苏峻的士卒则以步战见长，便下令：“将士有上岸的处死！”适逢苏峻赠送粮米一万斛给祖约，祖约派司马桓抚等人相迎。毛宝率领一千人当温峤的先锋，告谕士兵说：“兵法说：‘军令有所不从’，怎能眼见可以攻击叛贼，却不上岸攻击呢！”于是擅自前往偷袭桓抚，尽数劫获粮米，斩首万人左右，祖约军队因此饥饿缺粮。温峤上表推荐毛宝任庐江太守。
陶侃表荐王舒监察浙东军事，虞潭监察浙西军事，郗鉴都督扬州八郡诸军事，令王舒、虞潭都听从郗鉴的调度。郗鉴率士兵渡过长江，与陶侃等在茄子浦会合。雍州刺史魏该也领兵相会。
丙辰（疑误），陶侃等人的水军直指石头，到达蔡州。陶侃屯军查浦，温峤屯军沙门浦。苏峻登上烽火楼，望见敌方士众之多，面有惧色，对左右侍从说：“我本来就知道温峤能得众心。”
庾亮派督护王彰突袭苏峻的门党张曜，反而被张曜击败。庾亮送去符节向陶侃谢罪，陶侃回答说：“古人曾三次遭败，您才有二次。不过当今形势急迫，不能次次这样。”庾亮的司马、陈郡人殷融去见陶侃谢罪说：“这是庾将军造成的，不是我们出的主意。”王彰来后则说：这是我自己造成的，庾将军不知道。”陶侃说：“过去殷融是君子，王彰是小人；现在王彰是君子，殷融则是小人了。”
宣城内史桓彝听说京城失守，慷慨流泪，进军屯驻泾县。当时州郡大多派使者向苏峻投降，裨惠又劝桓彝，应当暂且与苏峻通使，以舒缓将会交至而来的灾祸。桓彝说：“我蒙受国家的重恩，按道义应当效死。怎能忍受耻辱和逆臣通使问慰！如果事情不能成功，这就是命了。”桓彝派将军俞纵驻守兰石，苏峻派部将韩晃攻击，俞纵将要战败，左右侍从劝俞纵退军。俞纵说：“我蒙受桓公厚恩，应当以死报答。我不能辜负桓公，犹如桓公不辜负国家。”于是力战而死。韩晃进军攻打桓彝，六月，城被攻破，桓彝被擒获，遇害。
各路军队刚到石头，就想和苏峻决战。陶侃说：“叛贼气势正盛，难以与之争锋。应当待以时日，用智谋战败他。”此后，多次交战无所建树，监军部将李根请求修筑白石垒，获陶侃同意后，连夜筑垒，至天明即成。传来苏峻军队击鼓整队的声音，众将都惧怕他们前来攻击。孔坦说：“不会。如果苏峻进攻白石垒，必须等待东北风大，使我方水军无法来救。今天天晴无风，贼寇必定不来。他们之所以整队，一定是派军队由江乘出击，攻掠京口以东地区。”结果果真如此。陶侃派庾亮率二千人据守白石，苏峻率步兵、骑兵一万多人四面围攻，未能攻克。
王舒、虞潭等多次与苏峻军队接战失利，孔坦说：“本来不必要召来郗鉴，结果使东门失去防卫。现在应当派遣他回军，虽然晚点，还是胜过不去。”陶侃便令郗鉴和后将军郭默回军占据京口，建立大业、曲阿、亭三座壁垒，使苏峻兵力分散。让敦默据守大业。
壬辰（十五日），魏该去世。
祖约派祖涣、桓抚偷袭湓口，陶侃听说后，准备亲自领军回击。毛宝说：“义军恃仗您领导，您不能出动，我请求去征讨。”陶侃同意了。祖涣、桓抚经过皖，顺势攻击谯国内史桓宣。毛宝前往救援，被祖涣、桓抚打败。敌箭射穿毛宝髀骨，插在马鞍上，毛宝让人用脚踏住马鞍拔箭，血流满靴。毛宝回头攻击祖涣、桓抚，把他们打败逃跑，桓宣这才得以脱困，归依温峤。毛宝攻击在东关的祖约军队，攻取合肥戍。适逢温峤召请他，又回归石头。
祖约手下诸位将领私下与后赵勾结，许诺充当内应。后赵将领石聪、石堪领兵渡过淮水，进攻寿春。秋季，七月，祖约的士众溃逃，投奔历阳。石聪等掳掠寿春民众二万多户返回。
苏峻的心腹路永、匡术、贾宁听说祖约败绩，惟恐事情不能成功，劝苏峻尽数杀死司徒王导等各位大臣，另外安置自己的心腹。但苏峻素来敬重王导，不同意杀害他，路永等人便对苏峻怀有二心。王导让参军袁耽私下引诱路永，让他归顺朝廷。九月，戊申（初三），王导携同两个儿子和路永一同逃奔白石垒。袁耽即袁涣的曾孙。
陶侃、温峤等人与苏峻长久相持不下，苏峻分别派遣多员将领向东、向西攻伐劫掠，多所获胜，一时人心恐惧不宁。朝廷士人逃到西军的都说：“苏峻狡黠而有胆识，士卒骁勇，所向无敌。倘若上天能讨伐有罪之人，那么他终将灭亡。如果只从人事方面来说，则不易翦除。”温峤发怒说：“这是你们自己怯懦，却去称颂叛贼！”等到多次交战不胜，温峤也心有忌惮。
温峤的军队粮尽，向陶侃借粮。陶侃发怒说：“你过去说不愁没有良将和军粮，只是想让我出任盟主罢了。如今数战皆败，良将在哪里！荆州与胡夷、蜀汉二敌接壤，应当对突发之事有所防备，如果再无军粮，我就想西归，重新考虑更好的办法，慢慢再来除灭叛贼，也不算晚。”温峤说：“凡是军队取胜，贵在协同，这是古人的成功经验。汉光武帝横渡昆阳，曹*官渡取胜，以寡敌众，是因为凭仗道义的力量。苏峻、祖约这种小子，凶逆的罪行滔天，何愁不灭！苏峻因屡次取胜而骄傲，自认为所向无敌，现今向他挑战，便可一鼓作气将他擒获，怎么能放弃马上便可获得的成功，作退却的打算呢！况且天子遭到幽禁、*迫，国家危殆，这正是天下的臣子们肝脑涂地以图报效的时候。我们和您都蒙受国家的恩惠，事情如果能成功，便可君臣同享国家的福运；如不能获胜，则应当粉身碎骨以报答先帝。当今之事，已经义无反顾，犹如骑虎，怎能中途跳下呢！您如果违背众人心愿独自返回，人心必定沮丧，人心沮丧必败，那时义军的大旗将回过头来指向您了。”毛宝对温峤说：“我能让陶公留下”，于是去劝陶侃说：“您本应镇守芜湖，作为南北军队的后援，先前既然已经来此，按情势就不能回头。何况军事规则有进无退，不只是说整肃三军，向士众显示必死的信念，也是说后退无所仰仗，终将至于灭亡。过去杜并非不强盛，您最终将他翦灭，怎么到了苏峻头上，偏偏不能战胜他呢！叛贼也是怕死的，并非个个勇健，您可以试着交给我一些士兵，让我上岸去断绝叛贼的军资口粮，如果我不能建立战功，然后您再离开，众人心中便不会遗憾了。”陶侃答应了他，授予毛宝督护，派他前去。竟陵太守李阳劝说陶侃道：“现在如果大事不成功，您虽有粮米，怎能吃得上呢！”陶侃便发出五万石粮米赠送给温峤军队。毛宝烧毁苏峻在句容、湖孰的军备积蓄，苏峻军队缺粮，陶侃便留下未离开。
张健、韩晃等猛攻大业，壁垒中缺水，众人饮用粪水。郭默恐惧，悄悄突围而出，留下士兵据守。郗鉴在京口，军士们听说后都吃惊失色。参军曹纳说：“大业是京口的屏障，一旦失守，那么贼兵便可直接到此，无法阻挡。请求退回广陵，以待后举。”郗鉴大会僚属佐吏，斥责曹纳说：“我禀受先帝顾命托孤的重任，正思即使捐躯于九泉之下，也不足为报。如今强寇在旁，众心危惧紧张，你是我的心腹佐吏，却滋生异端，我还怎么统帅，引导义士，镇摄号令三军呢！”郗鉴准备将曹纳斩首，许久才释免。
陶侃准备救援大业，长史殷羡说：“我方士兵不熟悉陆战，如果救援大业不能取胜，那么大事便完了。不如猛攻石头，那么大业之围自然会解除。”陶听从了他的建议。殷羡即殷融的兄长。庚午（二十六日），陶侃督领水军开赴石头。庾亮、温峤、赵胤率领步兵万人从白石垒向南，准备挑战。苏峻统帅八千人迎战，派儿子苏硕和部将匡孝分军先行*近赵胤军队，将其打败。苏峻当时正在犒劳将士，乘着醉意远远望见赵胤败逃，说：“匡孝能败敌，我反倒不如他吗！”于是撇下士众，和数名骑兵向北突击敌阵，但无法突破，准备回身奔向白木陂时，坐骑失足颠踬，陶侃的部将彭世、李千等用矛投射，苏峻坠落马下，被斩首，剐割肢体，骨骸被焚烧，三军将士都高呼万岁。苏峻余部大败。苏峻的司马任让等人共同推立苏峻兄弟苏逸为主公，关闭城门自守。温峤便设立行台，宣告晓谕远近，凡是朝廷原任官吏爵禄在二千石以下的，都传令他们赶赴行台报到，于是到达的人有如云集。韩晃听说苏峻已死，领兵奔赴石头。管商、弘徽攻打亭壁垒，被督护李闳、轻车长史滕含击败。滕含即滕的孙子。管商逃奔到庾亮处投降，其余士众都归从张健。