晋哀帝兴宁三年（乙丑，公元365年）春季，正月，庚申（十六日），东晋皇后王氏去世。
刘卫辰又背叛了代国，代王拓跋什翼犍东渡黄河，赶跑了刘卫辰。
拓跋什冀犍性格宽容厚道，郎中令许谦盗窃了两匹绢丝，拓跋什冀犍知道后就加以隐瞒，还对左长史燕凤说：“我不忍心看到许谦，如果见面后许谦因惭愧而自杀，这就是我因财货而杀手下的官吏了。”过去讨伐西部反叛者的时候，拓跋什冀犍曾被流箭击中眼睛，后来擒获了射箭的人，群臣都要将他千刀万剐，拓跋什冀犍说：“他们都是各为其主战斗罢了，有什么罪呢！”于是就释放了他。
大司马桓温转移到姑孰镇守。二月，乙未（二十一日），任命他的弟弟右将军桓豁监荆州、扬州的义城、雍州的京兆诸军事，兼领荆州刺史。让江州刺史桓冲担任监江州及荆、豫八郡诸军事，全都持有符节。
司徒司马昱听说陈放弃了洛阳，便和大司马桓温在洌洲会面，共同商议征讨事宜。丙申（二十二日），东晋哀帝在西堂驾崩，征讨事宜也就搁置起来。
哀帝没有后嗣，丁酉（二十三日），皇太后下达诏令，让琅邪王司马奕继承帝位。朝廷百官到琅邪王的宅第去迎接他。当天，司马奕即皇帝位，实行大赦。
前秦实行大赦，改年号为建元。
前燕太宰慕容恪、吴王慕容垂共同攻打洛阳。慕容恪对众将领说：“你们经常担心我不进攻，如今洛阳城墙虽高而守兵微弱，容易攻克，不要再畏惧怯懦而懒惰！”于是就开始进攻洛阳。三月，洛阳被攻克，抓获了扬武将军沈劲。沈劲神态自若，慕容恪准备要宽赦他。中军将军慕舆虔说：“沈劲虽然是杰出的人，但观察他的志向气度，最终也不会被人所用，如今赦免了他，肯定会留下后患。”于是就把沈劲杀掉了。
慕容恪攻占夺取了崤谷、渑池，关中一带十分惊恐，前秦王苻坚亲自率兵驻扎在陕城，以防备慕容恪。
前燕任命左中郎将慕容筑为洛州刺史，镇守金墉。任命吴王慕容垂为都督荆、扬、洛、徐、兖、豫、雍、益、凉、秦十州诸军事，征南大将军，荆州牧，配备兵力一万，镇守鲁阳。
太宰慕容恪回到邺城，对僚属们说：“我以前平定了广固，却没能救助辟闾蔚；如今平定了洛阳，又使沈劲被杀。这些虽然都不是我的本意，然而身为军中主将，实在有愧于天下。”东晋朝廷嘉奖沈劲的忠诚，追赠他为东阳太守。
太宰慕容恪作为将领，从不显示威严，专门使用恩信。安抚士兵十分注重重要的方面，不乱发苛刻的命令。从而使得人人都相宜安好。平时军营中宽容随便，看上去好像可以冒犯，然而实际上却戒备严密，敌人来到后没有能接近的，所以一直未曾失败过。
壬申（二十九日），在安平陵安葬了东晋哀帝及静皇后王氏。
夏季，四月，壬午（初九），前燕太尉武平匡公封奕去世。任命司空阳鹜为太尉，侍中、光禄大夫皇甫真为司空，兼中书监。阳鹜先后奉事前燕四代，年高望重，从太宰慕容恪以下的人全都叩拜他。但阳鹜谦恭仁厚，胜过年轻的时候，对子孙们严加管教，所以他们虽然朱衣紫绶，身为高官，却没人敢违犯他的戒律。
六月，戊子（十六日），东晋益州刺史建城襄公周抚去世。周抚在益州三十多年，很有威望名声。朝廷下达诏令，任命他的儿子犍为太守周楚代替他的职务。
秋季，七月，己酉（初七），东晋朝廷调会稽王司马昱再次为琅邪王。
壬子（初十），东晋将妃庾氏立为皇后。庾皇后是庾冰的女儿。
甲申（疑误），东晋立琅邪王司马昱的儿子司马昌明为会稽王。司马昱固执地表示不同意，仍自称会稽王。
匈奴右贤王曹毂、左贤王刘卫辰都背叛前秦。曹毂率领二万兵众进犯杏城，前秦王苻坚亲自率兵讨伐他，派卫大将军李威、左仆射王猛辅佐太子苻宏留守长安。八月，苻坚攻击曹毂，攻破了他，斩杀了曹毂的弟弟曹活，曹毂请求投降。苻坚将他的富豪显贵六千多户迁徙到长安。建节将军邓羌讨伐刘卫辰，在木根山擒获了他。
九月，苻坚到了朔方，巡视安抚各胡族部落。冬季，十月，征北将军、淮南公苻幼率领杏城的兵众乘虚袭击长安，李威迎击并斩杀了他。
鲜卑人秃发椎斤去世，享年一百一十岁，儿子秃发思复代替他统率部众。秃发椎斤是秃发树机能的堂弟秃发务丸的孙子。
梁州刺史司马勋，为政残酷暴虐，治中、别驾以及州内的豪强大族，只要说话不合他的心意，就在座位上命令将他们斩首示众，有时则亲自把他们射死。他一直有占据蜀地的心思，只是因为惧怕周抚，才没敢发兵。等到周抚死后，司马勋就起兵反叛。别驾雍端、西戎司马隗粹恳切地劝谏，司马勋把他们都杀了，自称梁、益二州牧、成都王。十一月，司马勋带兵进入剑阁，攻打涪城，西夷校尉毋丘弃城逃跑。乙卯（十五日），司马勋在成都包围了益州刺史周楚。大司马桓温上表请求让鹰扬将军、江夏相、义阳人朱序为征讨都护，前去救援周楚。
前秦王苻坚回到长安，任命李威暂任太尉，并担任侍中。任命曹毂为雁门公，刘卫辰为夏阳公，让他们各自统领自己的部落。
十二月，戊戌（二十九日），东晋任命尚书王彪之为仆射。
晋海西公太和元年（丙寅，公元366年）春季，三月，荆州刺史桓豁派督护桓罴攻打南郑，讨伐司马勋。
前燕太宰、大司马慕容恪，太傅、司徒慕容评，叩头请求归还辅佐朝政的权力，进上了印玺和绶带，请求返回自己的宅第，前燕国主慕容没有同意。
夏季，五月，戊寅（十二日），东晋皇后庾氏去世。
朱序、周楚攻打司马勋，攻破了他，擒获了司马勋以及他的同党，解送给大司马桓温。桓温把他们全都杀了，把首级传送到建康。
代王拓跋什翼犍派左长史燕凤向前秦进献贡奉。
秋季，七月，癸酉（初八），东晋在敬平陵安葬了庾皇后。
前秦辅国将军王猛、前将军杨安、扬武将军姚苌等人率领二万兵众进犯荆州，攻打南乡郡。荆州刺史桓豁前去救援，八月，驻扎在新野。前秦士兵掳掠了安阳的民众一万多户返回。
九月，甲午（二十九日），司马勋因平定了梁、益二州，在境内实行赦免。
冬季，十月，东晋任命司徒司马昱担任丞相、录尚书事，并给予他入朝晋见皇帝不必小步趋行、唱拜不直呼姓名、可以佩剑穿鞋上殿的礼遇。
张天锡派使者到前秦边境，告知与前秦绝交。
前燕抚军将军下邳王慕容厉进犯东晋兖州，攻下了鲁、高平数郡，设置了地方官后返回。
当初，陇西人李俨率他所统辖之郡投降了前秦，接着又和张天锡交往。十二月，羌族人敛岐带领略阳的四千家民众背叛了前秦，向李俨称臣。李俨于是便在当地设置州郡长官，与前秦、前凉绝交。
南阳督护赵亿占据宛城，投降了前燕，东晋宛城太守桓澹逃到新野以自保。前燕人派南中郎将赵盘从鲁阳出发去戍守宛城。
徐、兖二州刺史庾希，因为是皇后家放族的缘故，兄弟们显贵一时，大司马桓温对比非常忌恨。