晋穆帝升平五年（辛酉，公元361年）刘卫辰掳掠了前秦的边境居民五十多人作为奴婢，进献给了前秦，前秦王苻坚责备他，让他把掳掠的百姓放回去。刘卫辰因此而背叛了前秦，一心依附于代国。
东安简伯郗昙去世。二月，东晋任命东阳太守范汪都督徐、兖、冀、青、幽五州诸军事，兼任徐、兖二州刺史。
平阳全郡的人都投降了前燕。前燕任命建威将军段刚为太守，派督护韩苞统率军队共同守卫平阳。
方术之士丁进在前燕国主慕容面前很得宠，他想向太宰慕容恪献媚，劝说慕容恪杀掉太傅慕容评。慕容恪勃然大怒，奏请拘捕并斩杀他。
高昌去世，前燕河内太守吕护吞并了他的兵众，派使者前来东晋投降。吕护被授予冀州刺史。吕护想带领东晋的军队去袭击邺城。三月，前燕太宰慕容恪统率五万士兵，冠军将军皇甫真统率一万士兵，共同讨伐吕护。前燕的军队抵达野王，吕护环城自守。护军将军傅颜请求展开急攻，以减少过多的耗费。慕容恪说：“这个老贼经历的变故很多，看他防守戒备的样子，不容易展开急攻，以免士兵伤亡过重。前不久攻打黎阳时，精锐士兵伤亡严重，但最终也没能攻克，那是自取危困受辱。吕护城内无积蓄，城外无救援，我们只要把战壕挖深，把营垒筑高，坐而坚守，休养士兵，同时离间他的同党，对我们来说毫不费力，而敌人的形势却日益危急，用不了一百天，一定能够攻取他，何必要以大量士卒的伤亡去换取旦夕之功呢！”于是他们就修筑了长围来坚守。
夏季，四月，桓温任命他的弟弟黄门郎桓豁为都督沔中七郡诸军事，兼任新野、义城二郡太守，统率军队攻取了许昌，打败了前燕将领慕容尘。
前凉骠骑大将军宋混病重，张玄靓及其祖母马氏前去看望，说：“将军万一有不幸，我们孤儿寡妇将依靠谁呢？想以宋林宗继承将军，可以吗？”宋混说：“臣下的儿子宋林宗年幼无力，难以承担重任。殿下倘若还未抛弃臣下一家，我的弟弟宋澄施政办事的能力胜于我，只是恐怕他迂缓迟钝，难以适应随机应变的事务。殿下如果能对他鞭策鼓励而加以使用，就可以。”宋混告诫宋澄以及儿子们说：“我们家承受了国家的大恩大泽，应当以死相报，不要倚仗权势地位而对人傲慢。”他又会见了朝廷的大臣，全都告诫他们要忠贞不二。等到宋混死后，路人都为他流泪。张玄靓任命宋澄为领军将军，辅佐朝政。
五月，丁巳（二十二日），东晋穆帝驾崩，没有继承人。皇太后下令说：“琅邪王司马丕，是朝廷中兴以来的正传统嫡传，不论是道德名声，还是族亲地位，没有人能和他相比，让琅邪王奉接帝位！”于是朝廷百官备好皇帝的车驾去琅邪王的宅第迎接他。庚申（二十五日），司马丕即皇帝位，实行大赦。壬戌（二十七日），改封东海王司马奕为琅邪王。秋季，七月，戊午（二十三日），东晋穆帝被安葬在永平陵，定庙号为孝宗。
前燕人包围了野王几个月，吕护派他的将领张兴出城迎战，傅颜攻击并斩杀了张兴，城中日益危急。皇甫真告诫手下的部将们说：“吕护大势丧失外逃时，一定会选择空虚间隙之处突围，我们军中的士兵大多瘦弱，武器也不够精良，应该多加防备。”于是他就多次督促试验战车盾牌，亲自检查夜间巡逻的人。吕护粮食断绝，果然趁夜带领他的全部粗锐士兵向皇甫真部队坚守的地方进发，实施突围，但没能突破。太宰慕容恪率兵攻打他，吕护的兵众死伤殆尽，吕护本人丢下妻儿逃奔到荥阳。慕容恪安抚投降的百姓，把积蓄的粮食供应给他们。将官吏和将帅迁徙到邺城，其余的人则随他们到自己愿意去的地方去。任命吕护的参军广平人梁琛为中书著作郎。
九月，戊申（十四日），东晋立妃王氏为皇后。王皇后是王的女儿。穆帝何皇后称为穆皇后，居住在永安宫。
前凉右司马张邕憎恨宋澄独专朝政，起兵攻打宋澄，把他杀了，他的家族也一并灭掉。张玄靓任命张邕为中护军，任命叔父张天锡为中领军，一同辅佐朝政。
张平袭击前燕的平阳，杀掉了段刚、韩苞。又攻打雁门，杀掉了太守单男。接着张平又遭到前秦的攻打，他无奈又向前燕谢罪以求救助。前燕人因为张平反复无常，没有救他，于是张平被前秦消灭。
徐、兖二州刺史范汪，历来被桓温所憎恶。桓温准备北伐，命令范汪率领兵众向梁国出发。冬季，十月，范汪犯了延误期限的罪过，被免为庶人，于是就被废黜，死在家中。
范汪的儿子范宁，喜好儒学，性格质朴直爽。他常说王弼、何晏的罪恶比夏桀、商纣还重。有的人认为这是过分贬低，范宁说：“王、何蔑视抛弃经典文献，使仁义沉沦，荒诞空虚的言辞论说，遗害后代，导致士大夫翻然改变正确的道路，以至于礼崩乐坏，中原覆没。其遗风余俗，直到今天还在为害世人。夏桀、商纣一时的肆意暴虐，也足以使他们身败名裂，使国家倾覆灭亡，成为后世的戒鉴，岂能躲过百姓的视听呢！所以我认为为害一个时代的灾祸轻，为害历代的灾祸重；自己身败名裂的罪恶小，迷惑世人的罪恶大！”
吕护又背叛了东晋，逃奔到前燕，前燕人宽赦了他，任命他为广州刺史。
前凉张邕傲慢自负，纵行*虐，网罗朋党，专擅朝政，滥施刑罚、杀戮，国人都很怨恨他。张天锡的亲信敦煌人刘肃对张天锡说：“国家的事情尚未平静！”张天锡说：“这话是什么意思？”刘肃说：“如今护军张邕出入朝廷，就像当年的长宁侯张祚。”张天锡吃惊地说：“我本来就怀疑他，只是没敢说出口。办法将出自哪里呢？”刘肃说：“应当迅速除掉他！”张天锡说：“怎么能得到除掉他的人呢？”刘肃说：“刘肃我就是这个人！”刘肃当时年令不满二十。张天锡说：“你还年轻，另外再找一个助手。”刘肃说：“有赵白驹和我两人就足够了。”十一月，张天锡和张邕一起入朝，刘萧和赵白驹跟随着张天锡，张邕正在宫门前，刘肃砍击张邕，没有砍中，赵白驹接着再砍，又没砍中，他们二人和张天锡一起进到宫中，张邕得以逃跑，率领披甲士兵三百多人攻打宫门。张天锡登上屋顶大声喊道：“张邕凶恶叛逆，毫无道义，已经杀掉了宋澄，又想颠覆我们一家。你们众将士世代都是凉朝的臣属。怎么忍心把武器对准我呢！如今我要擒获的，只有张邕而已，其他人一概不追究！”于是张邕的士兵全都奔散逃走，张邕自刎而死，张天锡把张邕的家族、同党全部消灭。张玄靓任命张天锡为使持节、冠军大将军、都督中外诸军事，辅佐朝政。十二月，开始改变了建兴四十九年的纪年，尊奉使用东晋的年号升平。东晋朝廷下诏，任命张玄靓为大都督、督陇右诸军事、凉州刺史、护羌校尉、西平公。
前秦王苻坚命令州郡地方官吏分别荐举孝悌、廉直、文学、政事等科目的人才，并且对他们荐举上来的人加以考察，荐举得当者给以奖赏，荐举失当者给以责罚。因此人们都不敢妄加推荐，也没有请求拜托的现象，读书人全都自我勉励。即使是宗室外戚，没有才能的也都弃而不用。这时，朝廷内外的官吏，人人称职。农田得以修整，荒地得以开垦，仓库丰盈充实，盗贼息声敛行。
这一年，归义侯李势去世。