晋简文帝咸安元年（辛未，公元371年）春季，正月，袁瑾、朱辅向前秦求救，前秦王苻坚任命袁瑾为扬州刺史，朱辅为交州刺史，派武卫将军武都人王鉴、前将军张蚝率领步、骑兵二万人前去救援。大司马桓温派淮南太守桓伊、南顿太守桓石虔等在石桥迎击王鉴、张蚝，把他们打得大败，前秦的军队后退驻扎在慎城。桓伊是桓宣的儿子。丁亥（十七日），桓温攻下了寿春，擒获了袁瑾及朱辅，连同他们的宗族亲属一起送往建康，杀掉了他们。
前秦王苻坚迁徙关东豪杰及杂夷部族十五万户到关中地区，把乌桓人安置在冯翊、北地，把丁零人翟斌的部族安置在新安、渑池。众多因战乱而流离失所，如今想重归故里恢复旧业的人，全部听任他们自己的安排。
二月，前秦任命魏郡太守韦钟为青州刺史，中垒将军梁成为兖州刺史，射声校尉徐成为并州刺史，武卫将军王鉴为豫州刺史，左将军彭越为徐州刺史，太尉司马皇甫覆为荆州刺史，屯骑校尉天水人姜宇为凉州刺史，扶风内史王统为益州刺史，秦州刺史、西县侯苻雅为使持节，都督秦、晋、凉、雍各州诸军事，秦州牧，吏部尚书杨安为使持节，都督益、梁州诸军事，梁州刺史。重新设置雍州，治所为蒲阪，任命长乐公苻丕为使持节、征东大将军、雍州刺史。梁成是梁平老的儿子；王统是王擢的儿子。苻坚认为关东刚刚平定，郡守县令应该有合适的人选，于是就命令王猛根据具体情况选拔征召英俊杰出之士，充实六州的郡守县令，授官以后，上报朝廷正式任命。
三月，壬辰（二十三日），益州刺史建成定公周楚去世。
前秦后将军金城人俱难在桃山攻打兰陵太守张闵的儿子，大司马桓温派兵击退了他。
前秦西县侯苻雅、杨安、王统、徐成以及羽林左监朱肜、扬武将军姚苌率领步、骑兵七万人讨伐仇池公杨纂。
代国将领长孙斤图谋杀掉代王拓跋什翼犍，世子拓跋攻打他，伤了两肋，但终于擒获了长孙斤，把他杀掉了。
夏季，四月，戊午（二十日），东晋实行大赦。
前秦的军队抵达鹫峡，杨纂率领五万兵众抵御他们。梁州刺史弘农人杨亮派督护郭宝、卜靖率领一千多骑兵帮助杨纂，与前秦的军队在峡中交战，杨纂的军队大败，十之三四的人死亡，郭宝等人也战死，杨纂收罗了逃散的兵众逃了回去。西县侯苻雅进军攻打仇池，杨统率领武都的民众投降了前秦。杨纂十分害怕，两手反绑于身后出来投降，苻雅把他送到了长安。任命杨统为南秦州刺史，让杨安担任都督南秦州诸军事，镇守仇池。
王猛在罕攻破张天锡的时候，俘获了他的将领敦煌人阴据及披甲士兵五千人。前秦王苻坚平定了杨纂以后，派阴据率领他的披甲士兵返回凉州，让著作郎梁殊、阎负去送他们，顺便命令王猛写信告诉张天锡说：“过去你的先公向刘曜、石勒称藩的原因，只是考虑了力量的强弱。如今要论凉国的力量，则不如过去；要说大秦的德威，也不是二赵所能匹敌，而将军却反而与秦国绝交，这恐怕不是祖先的福份吧！以秦国的威力，只要一动作就没有谁能够阻挡，可以让弱水掉头东流，让长江、黄河回流西向，关东既已平定，就将移师黄河以西，恐怕不是你六郡的士人百姓所能抵抗的。刘表说汉水以南可以自保，将军说黄河以西可以保全，凶吉祸福全都系于你身上，可以借鉴的往事并不遥远，你应该深思熟虑，自己多谋求一点福份，不要让六代人经营的大业毁于一旦！”张天锡十分害怕，派使者向前秦谢罪称藩。苻坚授予张天锡使持节、都督河右诸军事、骠骑大将军、开府仪同三司、凉州刺史、西平公。
吐谷浑王辟奚听说杨纂失败，五月，派使者向前秦进献一千匹马、五百斤金银。前秦任命辟奚为安远将军、川侯。辟奚是叶延的儿子，好学，待人仁慈宽厚，但缺乏威严决断，他的三个弟弟专权放纵，国人对他们都很厌恨。长史钟恶地，是西羌族中有势力的人，他对司马乞宿云说：“辟奚的三个弟弟横行无忌，权势高出了君王，快要亡国了。我们二人位居辅臣之首，岂能坐而视之！明天早晨日月相望，文官武将都要会集，我将要在那里讨伐他。国王周围全都是我们羌族子弟，只要我一使眼色，马上就可以擒获他。”乞宿云请求先告诉国王，钟恶地说：“国王仁慈而优柔寡断，告诉他一定不会同意，万一事情败露，我们就要被斩尽杀绝。事情已经说出来了，怎么能中途改变！”于是钟恶地按计划在座位上拘捕了辟奚的三个弟弟，把他们杀掉了。辟奚惊慌恐怖，躲到了床下，钟恶地、乞宿云上前扶起他说：“臣昨晚梦见先王敕令臣说：‘你的三个弟弟将要干叛逆之事，不能不讨伐他们。’所以才把他们杀掉了。”辟奚因此得了病，神志不清，他告诉世子视连说：“我祸及亲生弟弟，怎么能在地下与他们相见？国家的大小事情，听凭你去治理，我的余年残命，依附于你而已。”于是辟奚因忧郁而死亡。
视连继立，七年拒绝饮酒游猎，军队国家的事务，全都委托给将领、辅臣们处理。钟恶地劝他，认为人主应当自己欢娱行乐，建立威势，传布道德。视连哭泣着说：“我家从祖上以来，以仁孝忠恕相承续。先王念及友善仁爱没有贯彻到底，悲愤而死。我虽然继承王位，不过是空占着位置而已，岂敢安于声色娱乐！威势和道德的建立，只好交给后人吧！”
代国的世子拓跋因伤势恶化而死亡。
秋季，七月，前秦王苻坚到洛阳。
代国世子拓跋娶东部大人贺野干的女儿为妻，他死时妻子怀有身孕，甲戌（初七），生下一个儿子，代王拓跋什翼犍为此在境内实行大赦，给他起名叫涉圭。
大司马桓温考虑到梁州、益州多有寇贼，周氏则世代都有显赫的名声，八月，任命宁州刺史周仲孙监益、梁二州诸军事，兼任益州刺史。周仲孙是周光的儿子。
前秦任命光禄勋李俨为河州刺史，镇守武始。
王猛依据洛川的战功，请求任命邓羌为司隶校尉。前秦王苻坚下达诏令说：“司隶校尉负责督察京城周围的地区，职责重大，不能用来优待名将。汉光武帝不以政务官职赏赐功臣，实际上是更看重他们。邓羌有廉颇、李牧那样的才能，朕准备将征伐的事情交给他，在北方平定匈奴，在南方扫除扬、越，这才是邓羌的重任，司隶校尉怎么值得交给他呢！进升他的封号为镇军将军，赐位特进。”
九月，前秦王苻坚返回长安。归安元侯李俨在上去世，苻坚又任命李俨的儿子李辩为河州刺史。
冬季，十月，前秦王苻坚到邺城，在西山打猎，竟然十多天还留连忘返。乐官王洛勒住马劝谏说：“陛下为百姓所依托，如今久猎不归，一旦出现不测之患，让太后、天下人怎么办呢！”苻坚因此停止打猎回到了王宫。王猛接着进言说：“打猎确实不是当务之急，王洛的话，不可忘记。”苻坚赏赐王洛一百匹帛，授官箴左右，从此就不再打猎了。
大司马桓温，倚仗他的才能与地位、声望，暗中怀有背叛皇帝的心志，曾经抚枕慨叹道：“男子汉不能流芳百世，也应当遗臭万年！”方术之士杜炅，能预测人的贵贱，桓温问他自己的官位能到什地步。杜炅说：“明公的功勋举世无双，官位能到大臣的顶峰。”桓温听后不高兴。桓温想先在河朔建立战功，以此为自己赢得更大的声望，回来后接受加九锡的礼遇。等到在枋头失败，他的威赫名声陷于困顿，受到挫折。攻克寿春以后，桓温对参军郗超说：“这足以雪枋头的耻辱了吧？”郗超说：“没有。”过了许久，郗超到桓温的住所留宿，半夜时分对桓温说：“明公在这里没有考虑什么吗？”桓温说：“你想有话对我说吗？”郗超说：“明公承担着天下的重任，如今以六十高龄，却在一次大规模的行动中失败，如果不建立非常的功勋，就不足以镇服、满足百姓的愿望！”桓温说：“那么该怎么办呢？”郗超说：“明公不干伊尹放逐太甲、霍光废黜昌邑王那样的事情，就无法建立大的威势与权力，镇压四海。”桓温历来怀有此心，对郗超所说的深以为然，于是就和他商定计议。考虑到海西公平素谨慎小心，没有什么过错，而利用床第之事则容易对他进行诬陷，于是就说：“皇上早就患有阳痿，宠臣相龙、计好、朱灵宝等，参与服侍起居床第之事，与田氏、孟氏两位美人生下了三个儿子，将要设立太子赐封王位，转移皇上的基业。”并将这话密秘地传播到民间，当时的人们都无法辨别真假。
十一月，癸卯（初九），桓温准备从广陵返回姑孰，驻扎在白石。丁未（十三日），抵达建康，含蓄地劝说褚太后，请求废黜废帝司马奕，立丞相会稽王司马昱，同时还草拟了诏令进呈给褚太后。太后正在佛室烧香，内侍报告说：“外边有紧急奏章。”褚太后出来，倚着门看奏章，刚看了几行字就说：“我自己本来就怀疑是这样！”看了一半，就停下来了，向内侍要来笔加上了这样的话：“我不幸遭受了这样的种种忧患，想到死去的和活着的，心如刀绞！”
己酉（十五日），桓温把百官召集到朝堂。废立皇帝既然是历代所没有过的事情，所以没有人知道过去的典则，百官们都震惊恐惧。桓温也神色紧张，不知该怎么办。尚书左仆射王彪之知道事情不能半途而废，就对桓温说：“您废立皇帝，应当效法前代的成规。”于是就命令取来《汉书·霍光传》，礼节仪制很快就决定了。王彪之身穿朝服面对朝廷，神情沉着，毫无惧色，文武仪规典则，全都由他决定，朝廷百官因此而服了他。于是就宣布太后的诏令，废黜废帝司马奕为东海王，以丞相、录尚书事、会稽王司马昱继承皇位。百官进入太极前殿，桓温让督护竺瑶、散骑侍郎刘亨收取了废帝的印玺绶带。司马奕戴着白色便帽，身穿大臣的仅次于朝服的盛装，走下西堂，乘着牛车出了神虎门，群臣叩拜辞别，没有谁不哽咽。侍御史、殿中监带领一百多名卫兵把他护送到东海王的宅第。桓温率领百官准备好皇帝的车乘，到会稽王的官邸去迎接会稽王司马昱。会稽王在朝堂更换了服装，戴着平顶的头巾，穿着单衣，面朝东方流涕，叩拜接受了印玺绶带。这天，会稽王司马昱即皇帝位，改年号为咸安。桓温临时住在中堂，分派兵力屯驻守卫。桓温的脚有毛病，简文帝诏令可以让他乘车进入殿堂。桓温事先准备好辞章，想陈述他黜废司马奕的本意，简文帝引见，一见他便流下了眼泪，但桓温战战兢兢，始终没能说出一句话。
太宰武陵王司马，喜好习武练兵，被桓温所忌恨，想废黜他，就把此事告诉了王彪之。王彪之说：“武陵王是皇室的亲族尊者，没有明显的罪过，不能因为猜忌随便废黜他。您要建立贤明的君主，应当尊崇辅佐王室，与伊尹、周公具有同样的美德。这件大事，应该再仔细考虑！”桓温说：“这已经是我决定了的事情，你不要再说了！”乙卯（二十一日），桓温进上表章：“司马收罗招纳轻浮之士，儿子司马综自负残忍。袁真叛逆，事情与他有牵连。近来他猜疑恐惧，将会成为祸乱的缘由。请求免除司马的官职，让他以王的身份返回藩地。”简文帝同意了。同时还免除了司马的世子司马综、梁王司马等人的官职。桓温让魏郡太守毛安之率领所统领的军队宿卫皇宫。毛安之是毛虎生的弟弟。
庚戌（十六日），尊奉褚太后为崇德太后。
当初，殷浩去世的时候，大司马桓温派人送信吊唁他。殷浩的儿子殷涓没有答复，也没有到桓温那里去，而是与武陵王司马游玩。广州刺史庚庾蕴，是庾希的弟弟，一直和桓温有隔阂。桓温厌恨殷涓、庾蕴宗族的强大，想要灭掉他们。辛亥（十七日），桓温派他的弟弟桓秘*迫新蔡王司马晃到西堂去叩头自述，称与司马及他的儿子司马综、著作郎殷涓、太宰长史庾倩、掾曹秀、舍人刘强、散骑常侍庾柔等阴谋反叛。简文帝面对他流下了眼泪，桓温把他们全都抓起来送交廷尉。庾倩、庾柔，都是庾蕴的弟弟。癸丑（十九日），桓温杀掉了东海王司马奕的三个儿子和他们的母亲。甲寅（二十日），御史中丞谯王司马恬禀承桓温的旨意，请求依据法律。简文帝下达诏令说：“悲痛惋惜，惊恐不安，不忍心耳闻，何况是诉说呢！再仔细商议吧！”司马恬是司马的孙子。乙卯（二十一日），桓温再次进上表章，坚持请求杀掉司马，言词非常激烈恳切。简文帝于是就亲手写下诏令赐予桓温说：“如果晋王朝的神灵悠长，你就不必请示，尊奉执行以前的诏令；如果晋王朝的大运已去，我就请求避让贤人晋升之路。”桓温看了以后，惊慌失色，汗流满面，于是就奏请黜废司马及他的三个儿子，将其家人全都迁徙到新安郡。丙辰（二十二日），黜免新蔡王司马晃为庶人，将他迁徙到衡阳，殷涓、庾倩、曹秀、刘强、庾柔全都被满门诛杀，庾蕴服毒而死。庾蕴的哥哥东阳太守庾友的儿媳，是桓豁的女儿，所以桓温特别地赦免了她。庾希听说了这桩灾难，与弟弟会稽参军庾邈及儿子庾攸之逃到了海陵的湖泽中。
桓温诛杀了殷、庾等人以后，威势显赫至极，侍中谢安看见桓温，在很远的地方就开始叩拜。桓温吃惊地说：“谢安，你为什么要这样呢？”谢安说：“没有君主叩拜于前，臣下拱手还礼于后的。”
戊午（二十四日），东晋实行大赦，为文武官员增加品位二等。
己未（二十五日），桓温到白石，上书请求返归姑孰。庚申（二十六日），简文帝下达诏令，进升桓温为丞相，大司马职位则仍旧，留在京师辅佐朝政。桓温固执地辞让，还请求回到镇所。辛酉（二十七日），桓温从白石返回姑孰。
前秦王苻坚听说了桓温废立皇帝的事情，对群臣们说：“桓温先在灞上失败，后又在枋头失败，不能反思过错自我贬责以向百姓谢罪，反而还废黜君主以自我解说，六十岁的老叟，举动如此，将怎样自容于天下呢！民谚曰：‘对妻子愤怒就向父亲耍脸色’，大概说得就是桓温吧。”
前秦车骑大将军王猛，考虑到都督六州的责任重大，向前秦王苻坚进言，请求将此重任改授给亲近而又贤明的人。还有受命相机选拔六州郡县官吏的工作，也已经停止了，王猛请求自己去镇守一州以效力。苻坚回复王猛说：“朕和你的关系，从道义上讲是君臣，从亲情上讲则胜过骨肉，虽然这又像齐桓公、燕昭王拥有管仲、乐毅，刘备拥有孔明，但我认为要超过他们。人主寻求有才能的人时辛劳费力，得到人才就省力放心了。既然把六州委托给你，那么朕就解除了东顾之忧，不是以此来对你表示优待尊崇，而是朕自己寻求消闲安逸。打江山不易，坐江山也难，假如任非其人，祸患出现于我们预料之外，岂止仅是朕的忧患，也是你的责任，所以宁肯让三公的职位空虚也要首先分职陕东。你不了解朕的心愿，有违朕本来的期望。刚刚建立的政权急需人才，应该尽快选拔充实官吏，等到东方教化融洽以后，理当让你身着上公礼服西返。”苻坚于是派侍中梁谠到邺城去传达诏令，王猛也就像从前一样地处理政事。
十二月，大司马桓温上奏章说：“废黜放逐之人，应该把他屏弃到遥远的地方，不能让他接近黎民百姓。对东海王司马奕，应该按照过去废黜昌邑王的办法，让他到吴郡居住。”太后下达诏令说：“让东海王成为庶人，于心不忍，可以特别地封他为王。”桓温又上奏章说：“可以封他为海西县侯。”庚寅（二十六日），封司马奕为海西县公。
桓温威振朝廷内外，简文帝虽然身处至尊地位，实际上也仅仅是拱手沉默而已，常常害怕被废黜。此前，火星居于太微、南蕃之间，过了一个月，司马奕就被废黜。辛卯（二十七日），火星逆行进入太微星坦，简文帝对此很讨厌。中书侍郎郗超在宫中当班，简文帝对郗超说：“命运长短，本来就并不计较，所以应该不再出现前不久废黜皇帝那样的事情了吧？”郗超说：“大司马臣桓温，正在对内稳定国家，对外开拓江山，我愿用百余家口来保他，不会发生那种不正常的事变。”等到郗超急于要请假回去看望他父亲时，简文帝说：“告诉尊父，宗族国家之事，最终到了这种地步，是因为我不能用道德去匡正守卫的缘故，惭愧慨叹之深，怎么能用语言来表达！”接着便吟诵了庾阐的诗，道：“志士为朝廷危险而痛心，忠臣为君主受辱而悲哀。”吟诵得潸然泪下，打湿了衣襟。简文帝风度仪表堂堂，言谈举止得体，用心于典籍，翻阅典籍常常弄得满席尘土，一派湛然自得的样子。他虽然神情恬淡，见识通达，但没有济世大略，谢安认为他是晋惠帝一类的人物，只是清淡方面比晋惠帝略胜一筹。
郗超因为桓温的缘故，朝廷里的人都害怕事奉他。谢安曾经与左卫将军王坦之一起到郗超那里，太阳快落山了还没被召见，王坦之想离去，谢安说：“你唯独不能为保全性命忍耐一会儿吗？”
这一年，前秦益州刺史王统在度坚山攻打陇西的鲜卑人乞伏司繁，乞伏司繁率领三万骑兵在苑川抵抗王统。王统偷袭了度坚山，乞伏司繁部落的五万多部众全都投降了王统，他的兵众们听说妻子儿女已经投降了前秦，不战而溃。乞伏司繁无处可走，也到王统那里投降了。前秦王苻坚任命乞伏司繁为南单于，把他留在长安。任命乞伏司繁的堂叔乞伏吐雷为勇士护军，去安抚其部众。