一日，女娲从本源归来祖星，刚好发现穷奇吞食了人类，一问之下，发现仅仅因为被吞食的人类吵到了穷奇的午睡。对于穷奇所为，女娲自然大怒，她召集神兽和人族首领，说道，人类并无滥用法力，你等却滥杀无辜，如此作为，教我何以面对同是我一手所造的人类。穷奇，你犯下食人罪孽，罚你披枷带锁，自囚锁神阵千年，自省过错。
这是人族的首领是当年背弃太一的共工与祝融，女娲对他们道，从即日起，人类可以在祖星之内使用法力用来抵抗天灾、从事生产，但不得用法力伤及其他生灵，也不得以法力奴役同族与异族。共工与祝融自是千百个愿意，此后人族再度崛起。女娲划定了神兽与人族的的领地，自己住在神兽与人族领地之间的神庙中，要亲自监管。
起初的几百年里，人族果然循规蹈矩，即便是学习法力，也事于生产，对抗天灾。女娲看在眼里甚是安慰。
此时共工与祝融以人类体弱为由，体弱即专修术法，反而容易乱了心智，陈请女娲为人族开辟历练之所，使人族自天地自然中修行，使其体魄更为强健有力，一来转移了对于五行之气的需求，二来也算是女娲对人族自力更新的一种肯定。
女娲同意了共工与祝融的建议，以神殿为界，划定了人族特有的修炼之地，又让其他神兽出入其中，与人族对练。为了保障神兽不随意伤及弱小人族的生命，女娲特意命青龙白虎玄武朱雀四神兽坐镇。如此一来人类又经过几百年的生息修炼，成就了极多修炼体术之人。有了体术，便有了更多兵刃的发明与炼制使用，在修炼之地得到磨练和机缘，逐渐人类中崛起了不少强者，以这些强者形成了大大小小的家族、部族。
（师祖，我先前梦中，曾听说过家族子弟一词。那些家族和我们宗门一样，也收弟子么？）
（云儿，老夫虽然不是那个时代之人，但是那个时代的家族、部族，跟我们宗门不太一样。）
后来祖星上的人族，全民皆兵，已很少看到没有战斗力的人类。要么是练体术使兵器，要么是修法术炼法宝，更有佼佼者，体术与道术双修。不管是哪种修炼方式，祖星上没有凡人之说。只有神与人之分。
女娲乃是大神，在祖星上是最上位的母神。祖星之人把神兽也看作神，神兽以下，便是灵兽、妖兽。而共工、祝融依旧被人类称为神，沿用以前的尊号他们，称为水神和火神，共工、祝融以下，便是风伯、雨师、雷公、电母等等，太一虽然死了，但太一妹妹还在，共工和火神为了平息太一妹妹的怒气，许下什么什么诺言不得而知，只是祖星上的人都尊称太一妹妹为西王母。这封神之事，女娲见共工、祝融不过是借自己的法力，造福万民，也便不理会。平日里一干神兽只有看着牙痒痒，却也不敢轻易进犯人族。
而祖星上的大部落又分炎部、黄部、蚩尤部三大部族。部族之中又分出许多不同家族，有大有小，比如宇文族、商汤族、颛臾族、夏禹族为四大家族。
女娲经常暗中视察祖星，大小部落、家族一直相安无事，女娲自然欣慰，她身上伤口未愈，时常疼痛，辗转难眠。
共工与祝融跪在女娲跟前，流泪忏悔当日不该听信太一的谗言，引了娘娘到将爆的星辰之中，害得娘娘神体受伤，病痛缠身。
女娲见他们痛哭流涕，便安慰道，本是天命如此，你等不必自责。
其时共工与祝融便道，我族有一神农氏，乃是祖星人族中的药师，一直以身试药，悬壶济世，不如让他帮娘娘看看，有没有方法能减轻娘娘的苦痛。
女娲感其真诚，不妨让神农氏瞧瞧，能减轻一些痛楚自然是好，若是不能，也不枉费了共工与祝融的关切之心。
于是神农氏到娲皇神庙，为女娲请脉，看完，神农氏思索了几个药方，配了些药草，替女娲敷治伤口，果然略见舒缓，只是过不了多久，药草效果一过，女娲又见疼痛难忍。神农氏道，女娲神体有损，凡间的药草只能治标，不能治本，还需从世界之树取些新鲜枝叶，捣烂成汁，制成药膏，药效才见长久。只是，这枝叶一经摘下，需得立即制炼，否则效用便跟凡草没什么分别。
女娲一听，需要世界之树的叶子入药，当即道，如此伤及树之根本，万万不可为。神农氏却道，只需要二、三十片叶子便可，不会伤及树本。
四神兽在旁听完，也道，这叶子需量不多，世界之树必然愿意为娘娘献奉，但求娘娘同意入药。
女娲于是点头答应下来。四神兽又道，它们带神农氏进入世界本源采摘树叶，但是共工和祝融留在这里与娘娘相处，它们不放心，要么共工或祝融其中一个跟它们一同前往，另一个则留在祖星。娘娘由饕餮它们守护，也不怕有人作怪。
共工和祝融对望一眼，共工便道，我便随你们前往摘叶好了，祝融留在祖星一同照料娘娘便是。
青龙、白虎、玄武、朱雀四神兽便带着神农氏和共工一起往世界本源去了。
世界之树听说自己身上的叶子能为娘娘制作镇痛的膏药，当即抖落了几十片青绿细嫩的叶子，让神农氏好生制作。
神农氏正在捣叶子的时候，共工寻了个借口，转眼就不见人影。直到神农氏将药膏调制好，四神兽正要回归祖星，才发现共工根本一直未曾归来。四神兽心中一慌，还没来的及说话，世界本源深处突然传出一声巨响，世界之树突然全身抖动起来，所有的枝叶全部指向天上，只见天顶之上出现一个极大的裂缝，裂缝之外无数罡风呼啸而下，刮向四神兽。
在四神兽与神农氏几乎被罡风吹飞之时，世界之树拼命伸出数条藤蔓将它们牢牢抓住。四天顶的裂缝越来越大，外界混沌之气从裂缝涌入盘古大世界后，马上凝结成水珠，随着罡风刮落盘古大世界之内。神兽与神农氏被藤蔓卷着，在风雨中飘摇着，一点办法也没有，饶是世界之树扎根在盘古大世界的地底，也被这罡风刮得东倒西歪，吹折了无数枝条，吹飞了无数叶子。
这时伏羲和白矖的身子从世界本源中飞了出来，在罡风中乱飞。世界之树伸出藤蔓将白矖的身子抓住，但伏羲的尸身却早被罡风卷得不见影踪。