天启二年，明熹宗朱由检并没有时间，将更多的精力花费在一个小小的岛屿之上。直到两年之后，两江巡抚南居易派出总兵，整整半年的作战时间，终于将澎湖列岛收回。同时，明军生擒荷兰人的将领高文律。就算是将领被擒获，荷兰人依旧没有死心。
于是南下台湾，台湾比小小的澎湖列岛不知道要广阔多少，于是荷兰人便将当地的高山族土著人，像对待美洲的印第安人那样，以枪炮相威胁。高山族人从来没有见过，如此比箭更加能够厉害，更加能够要人命的物品，在反抗无果后，高山族人妥协了。
近二十年的时间里，荷兰人一点点的壮大，一点点的蚕食台湾当地的有生力量。将台湾土著人变成自己的后备军，于是在崇祯十五年，荷兰人最终击败了占领台湾北部二十多年的西班牙人。
荷兰人在台湾的统治，日渐有了成效。台湾俨然就是荷兰人的在东亚的一个领土。
郑芝龙少年漂泊，在十八岁的时候与其他兄弟一起前往澳门投奔自己的舅舅。在澳门，郑芝龙从跑腿的伙计做起，用了半年的时间都到了自己舅舅的认可，于是便被自己的舅舅带在身边有了学习经商的机会。澳门狭小，所谓的经商也不过就是贩卖物品。
当年明成祖皇帝身边的三保太监郑和下西洋，将中国的丝绸、瓷器等不少物品传到了东南亚的地方。所有，澳门的商业买卖也就是贩卖中国的瓷器到南洋。郑芝龙有眼光也很有手腕魄力，几次三番的得到了李旦的信任后，郑芝龙便投奔了李旦。
荷兰人占领了台湾，因为明熹宗的不作为，所有荷兰人便乘机在台湾更加猖獗。因此荷兰人与大明朝的海盗，商人相互勾结买卖商品，天启三年经过李旦的推荐，郑芝龙被荷兰人接受当作自己的翻译和联络官。但是郑芝龙的作用，也仅仅是荷兰人用来传递消息的传声筒。
所以在台湾给荷兰人做事的同时，郑芝龙并不满足自己的低下的地位。李旦是一个有名的海盗头子，心狠手辣做事从来都是斩草除根不留后患。因此，李旦很快便在福建等沿海之地，闯出了一片天。在福建，一旦说到李旦，那都是众人听见了闻风丧胆的。就连福建的江宁的知州，对于李旦也是缄默不言。
郑芝龙能够得到李旦的赏识，并且还被李旦给推荐到了荷兰人身边做事，可见郑芝龙此人的能力是不可低估的。
荷兰人在紧锣密鼓的准备全部占领台湾，而郑芝龙自己也在暗中发展自己的力量。郑芝龙自己早些年的经历，让他自己充满了不少野心与血性，海上多年的漂泊这样一群以抢 劫为生的人，早已经不再惧怕所谓的官府或者是其他人。
当荷兰人与西班牙人为了争夺台湾而自顾不暇的时候，郑芝龙已经找到了自己崛起的方法。
郑芝龙除了被荷兰人当作翻译之外，另外的作用就是在台湾海峡执行拦截西班牙人的任务。西班牙占领的台湾岛整个岛屿的另外一部分，岛上的西班牙人也是需要物资的，台湾土著人的食物西班牙人和荷兰人都是不能适应的。因此往返在台湾海峡之间的船只就成为了运送事物的必需品。
郑芝龙自己在日本岛，澳门和福建沿海多地往来，荷兰人也是看中了郑芝龙的能力以及号召力，所以才会将郑芝龙派往。只是郑芝龙并不是想要追随荷兰人，到了天启四年郑芝龙便投靠到了颜思齐手下。作为最大的倭寇首领，颜思齐在台湾也是不容小觑。跟随了颜思齐一年的时间，到了天启五年颜思齐死。
郑芝龙便纠结其他零散的海盗，之后多个势力的海盗集合一起，号称十八芝。郑芝龙成为了新的海盗首领，拥有了当时福建沿海最大的武力团队。郑芝龙摇身一变成为了荷兰人不得不认真对待的一个合作商，从当年的一个通事到了如今的头领。
如此郑芝龙已经在发达了，一步一步的迈上自己的人生巅峰。天启五年八月，李旦经过厦门，转战长崎再回到台湾。只是不幸的是，结束了贸易之后李旦再返回平户的途中去世。因为郑芝龙在李旦手下做了几年事情。郑芝龙对于李旦生意上的往来，知晓的也是有七七八八的不少。
所以当郑芝龙得知了李旦死去的消息后，李旦在台湾的产业便被郑芝龙所控制了，而在厦门的基地则是被徐新书所接手了。郑芝龙就是有心要吞并了厦门，但是因为路途遥远也是鞭长莫及。郑芝龙接手了三方势力，因此在天启五年到天启八年，明熹宗在位期间台湾海峡在金门与厦门之间，是郑氏一家独大。
郑芝龙以台湾为基地，抢 夺广东、福建等沿海数地。每次抢夺之后，郑芝龙便会很快的带着手下转移，让明朝的官兵疲于奔命。朝堂上下对于郑芝龙的举动，感到厌烦。但是这样一个海盗的存在，只会是彰显朝堂的无能。所以明朝对郑芝龙进行了招安。这也是郑芝龙多次作乱的目的。
但是郑芝龙深刻的明白，自己若是不能让朝堂对于自己足够重视，那么招安的结果也就是被囚禁而已。郑芝龙还是明白的，朝堂中的水是非常深的。若是不能完全的让朝廷的人忌惮，那么充其量也是一个让大众愚弄的对象而已。所以郑芝龙在今后的两年之间，并没有接受明朝的招安。
待到明熹宗驾崩，崇祯皇帝登基称帝，郑芝龙知道自己的机会来了。明熹宗天启七年开始，到崇祯皇帝登基的崇祯年间，陕北连年大旱以至于，农民纷纷暴动。明熹宗与崇祯皇帝急着平定农民起义，对于福建的海盗反而是并没有多么的在意了。如今皇帝后院起火，满朝文武大臣已经自顾不暇，怎么还会在意郑芝龙提出的要求？
郑芝龙在明朝忙于应对农民起义的时候，已经自己很快速的建立了一直很强大的船队。从最初的几只船队，到了天启八年郑芝龙自己手中已经有了一只七百支船队的。
“郑爷，徐新书实在是我们的心腹大患啊。”郑芝龙手下有一个“包打听”，是郑芝龙早些年收留的一个书生。此书生郁郁不得志，多年科举尚且没有高中又自诩是满腹经纶。所有人对于这个人都是觉得，乃狂妄之徒。再不然就是信口雌 黄。所以，对于这个人大家都是不在意的。
郑芝龙倒是带着两分识人之心，所以便收留了这个落魄书生。或许是真的死心了，书生也不再整天的满口之乎者也。反倒是对于荷兰人传到台湾的那些新奇玩意儿，特别的感兴趣。
尤其是荷兰话，书生比谁都说得好。所以后来郑芝龙与荷兰人谈判就将书生带在身边，因此荷兰人也是认识了这个带着东方人气息的书生。荷兰人倒是不知道书生底细，也没有轻视书生的意思。所以书生干脆就在荷兰人的地盘上住下来了，也总是会打听一些事情。
当知道徐新书与荷兰的东印度公司联合，对付郑芝龙后书生便当即将这件事告诉了郑芝龙。许新书很显然也不会是只是将鸡蛋放在同一个篮子里。所以当徐新书发现荷兰人并不答应自己后，徐新书也就放心的与福建的总兵联手，准备将郑芝龙一举歼灭。
只是，到底还是郑芝龙技高一筹啊，郑芝龙拥有与荷兰印度公司所交易的新式枪炮。在击败了福建的副总兵后，郑芝龙杀了兵败的徐新书。因此在得知了郑芝龙的成功后，泉州府府尹上书福建巡抚，“郑氏虽然盗窃财务，然而并非大奸大恶之辈。对于泉州百姓，郑氏仁慈和善，多次救济泉州清苦百姓。”
郑芝龙在东南沿海尤其是福建泉州等贫苦百姓所做的事，足以让那些已经对朝廷失望的百姓，对于郑芝龙信赖有佳。在泉州郑芝龙的威望，足以比得上当地的祠堂，官府中人反倒是就算出了赏银悬赏，但是也并没有得到什么人，愿意将消息透露给官府。
明思宗崇祯元年，工科上奏郑芝龙作为海盗，集结上万人在福建等地抢夺，使得不少商贾怨声载道。于是福建府层层上奏到了皇帝跟前，只是着一纸奏折皇帝尚未批阅，郑芝龙率领十八芝抢夺了泉州道，之后又击败了福建舰队的消息就传到了燕京。
大明朝的首任皇帝明太祖朱元璋，建都便是金陵城，只是到了明成祖朱棣登基，南京应天府便不再作为都城。反倒是到了燕山以南的燕京，明成祖朱棣建都燕京，燕京也成为了明王朝的真正都城。之后的两百余年里，大明朝朱氏都在此定居。
所以当郑芝龙带着海盗打败了福建的舰队，这件事让明思宗意识到，海盗已经成为了威胁自己的一股强大力量。若是海盗不能招安，那么就会成为另一种形式的农民起义。这对于如今已经是风雨飘摇之中的大明王朝，将会是雪上加霜。
于是明思宗下令要求福建巡抚进行招安，如果有必要许以高官厚禄也是可以的。于是福建巡抚便联络郑芝龙，商议招安的事宜。只是郑芝龙自己毕竟有顾虑，加上书生的几番劝说，于是郑芝龙便打消了这次被招安的想法。经过书生的一番建议，所以郑芝龙便安排了自己手下的一人，蔡善继接受巡抚的招安。