《窦后传》分两个大的部分，上半部主要描写男女主的感情，下半部分则重点反映女主辅佐儿子治国、平判、开疆扩土的故事。
故事一开始是男主皇帝在与垂帘听政的孝恒太后的争斗中取胜，孝恒太后自溢而亡，其死党皆被赐死。
在此一役中，皇后替皇帝挡了一箭，两人情愫渐生，皇帝便看在女主的份上，免其父母死罪发配边疆。
皇帝迎回打入冷宫多年的生身母妃，封为孝仁太后，至此，母子天伦，夫妻相知相爱，国泰民安。
试镜的这一段则是重大转折点。
初一这天，女主给太后请完安，又陪着说了一会话便回宫，路经梅园的时候被雪中绽放的红梅吸引，独自进去观赏，不巧遇到回京叙职的大将军，将她认作孪生妹妹，言语间流露出相思之情。
女主本是替嫁入宫，这下又急又怒，却又不能明说，正要离开，大将军拿出一封书信，说是其父母托他捎过来的。
女主接过信，一时间百感交集，匆匆谢过便离去。
不想这一幕被安贵妃的贴身宫女看见，并在现场捡到一个荷包，显示是女主所绣，送给心上人，也就是大将军的。
安贵妃得到后大喜过望，当即赶往慈宁宫向太后告状。
太后一见，无比震惊，当即带着人证和物证前来兴师问罪。
女主百口莫辨，只能以情窦初开时的玩闹自辨。
皇帝得知后，盛怒之下将她发配白沙洲，并向外宣布，皇后失德，已被禁足。
大将军得知消息后，领着大军直逼京城，却在城外被埋伏在此的大军生擒，被以谋反罪判了秋后问斩。
皇帝来到白沙洲看望皇后，两人一夜缠绵，早上醒来，试镜的这一段就从这里开始。
夏蕊蕊冲向俊熙做了一个请姿，男人欣然起身，两人一起走向大厅中央。
女主醒来的时候，因阔深而时常显得昏暗的内殿，比平常亮了许多，她欠起身问，“外面下雪了吗？”
“是，娘娘。”外面传过来贴身宫女脆生生的回答，一听声音，便知她心情不错。
女主知道这位贴身宫女开心的原因，皇帝来看望自家主子，还在此留宿，看来是原谅她了。
侧过头，想看看他醒了没有，不想差点与他的脸撞上，女主脸一红，轻呼出声，“皇上吓着烟儿了。”此时的声音还带着将醒未醒的蒙昧不清。
“烟儿的胆子什么时候变得这么小了。”皇帝半是调侃半是认真。
女主娇柔地轻睨一眼，“皇上这是在批评烟儿吗？烟儿以后不敢了。”
皇帝起身，下了床，极其淡漠地告诉她，“战犯带兵直逼京城，按律以谋反罪判了斩立决。”
“为什么会这样？”女人吃了一惊，翻身而起，脱口而问。
而她如此大的反应深深地刺激到他了，声线却是淡然依旧地冲着外面道，“李莲成，朕口渴了。”
女主急忙下了床，披上一件外衣，太监和宫女同时进来了，她抢上一步从托盘里端了漱口水，亲手递与他，侍候他洗漱完，又亲自帮他穿上龙衣。
“方才你问为什么会这样，其实朕也很想知道，朕的皇后不想给个解释吗？”穿戴整齐，皇帝抬起修长的腿往外走，走到中殿却停下来，缓缓问道。
女主眼神复杂，这个时候的她还不知道到底发生了什么，但预感到跟自己有关。
便强笑一声：“臣妾不明白，还请皇上明示。”
“那么皇后可听过冲冠一怒为红颜的故事呢。”薄唇弯出一道冷酷的弧度，身为高高在上的皇帝，他的话里居然透着几分自嘲的意味。
女主扑通跪倒在地，“臣妾冤枉。”
男人蓦然撅住她的下巴，“朕冤枉你了吗？”一声极轻，仿佛自言自语，然后，他的声音显得极其疲惫，“好吧，朕宁愿相信冤枉你了。”
这话，预示着他决定不追究她了。
下巴上的力道蓦然撤去，她的身体一直由那股力量托着才不至倒下去，这下一下子瘫倒在地，下一刻，她赶紧端端正正地跪好。
“皇上还是要杀了战将军吗？”犹豫一下，她决然问道。
前面的修长身影正缓缓往外移动，闻言，蓦然回身，“怎么，皇后有异义？”
贴身宫女在一边拼命使眼色。
女主情知方才恃着他的不忍，堪堪躲过了一劫，可是她不杀伯仁伯仁却因她而死，于心何安？
“恳请皇上看在战家数代忠良，战大将军曾救过皇上的份上，饶了战将军吧！”银牙一咬，她明知不可说，却还是说了出来。
屋子里陷入死一般的沉寂，太监和宫女大气不敢出。
而他呢，从来泰山压顶也面不改色的人，一张脸铁青着，眼底熊熊燃烧的怒火似乎要将她活活吞噬方才解恨。
“果然是情深意重。”这一句尚维持着素日的冷静，然，下一句却是狂吼而出，“窦寒烟，你好大的胆子！不怕朕杀了你吗？”
娇躯一震，她哪里是不怕死，而是不忍心一代功臣，就这样含冤而死。
她缓缓抬起头，深深地吸了一口气，尽力将心中的恐惧压了下去，“臣妾对皇上的心，天地可鉴；但臣妾还是要替战将军求情，不说平日戌守边关，保家卫国，单说西凉一战，皇帝弹尽粮绝而后援迟迟不到时，是他冒死赶来，解了皇上之危，又率军出击，方开了西凉俯首称臣之先河，这样的英雄，皇上若是杀了，岂不可惜？”
她其实已经悟出了，皇上将她禁锢在此的用意，实是在试探战将军的反应。
糟糕的是，战将军当真情令智昏，竟然率兵前来营救。
“朕今天才明白，因何皇后爱慕于他了，果然是自古美女爱英雄。”他盯着她，缓缓开口，第一个字都透着逼人的寒意。
女主急辨：“没有，臣妾没有爱慕过他……”
“还在狡辩，李莲成，信！”他狂吼一声打断她。
他的贴身太监哪敢怠慢半分，赶紧从袖子里取出信，跪行过去交与他，皇帝一把抓过去，再用力掷在她的脸上，“你的痴情都写在这里面了，自己去看吧。”丢下一句后，挟着怒火拨转身子，拂袖而去。
信，什么信？
女主慌忙拾起一封，信是写给战将军的，信封上的字倒有几分眼熟，急忙抽出来一看，脸刷地一下白了。
这些信都是情窦初开的妹妹写给情郎的。
而她顶替妹妹嫁入宫中，是以这些信便成了她的手笔，自然也成了她的罪证。