杨光先以一六六四年，上书攻击基督教士，一时得了胜利。***汤若望等都因之得罪。当时即以监正授光先。光先自陈“通历理而不知历法”，再四固辞。政府中人不听。不得已任职。至一六六七年，因推闰失实，得罪遣戍。
再用南怀仁为监正。自此终圣祖之朝，教士很见任用。传教事业，也颇称顺利。直至一七〇七年，而风波才再起。
原来利玛窦等的容许信徒拜天、拜祖宗、拜孔子，当时别派教士，本有持异议的。后来讦诸教皇。至一七。四年，教皇乃立《禁约》七条，派多罗到中国来禁止。多罗知道此事不可造次。直迟到这一年，才以己意布其大要。圣祖和他辩论，彼此说不明白。大怒。命把多罗押还澳门，交葡萄牙人监禁。在中国的传教事业，是印度的一部分，本归葡萄牙人保护的。后来法国人妒忌他，才自派教士到中国。葡萄牙人正可恶不由他保护的教士，把多罗监禁得异常严密。多罗就忧愤而死。然而教皇仍以一七一五年，申明前次的禁约。到一七一八年，并命处不从者以“破门”之罚。于是在华教士，不复能顺从华人的习惯，彼此之间，就更生隔碍。一七一七年，碣石镇总兵陈昂，说天主教在各省，开堂聚众，广州城内外尤多，恐滋事端。请依旧例严禁，许之。一七二三年，闽浙总督满保，请除送京效力人负外，概行安置澳门。各省天主堂，一律改为公廨。朝廷也答应了。自此至五口通商以前，教禁就迄未尝解。
基督教士东来以后，欧洲的各种科学，差不多都有输入。历法的改革，枪炮的制造，不必论了。此外很有关系的，则为清圣祖时，派教士到各省实测，绘成的《皇舆全览图》。中国地图中，记有经纬线的，实在从此图为始。当明末，陕西王征，曾译西书，成《远西奇器图说》，李之藻译《泰西水法》，备取水、畜水之法及其器械。徐光启著《农政全书》，也有采用西法的。关于人体生理，则有邓玉函所著的《人身说概》。关于音乐，则有徐日升所修的《律吕正义续编》。而数学中，利玛窦和徐光启所译的《几何原本》，尤为学者所推重。代数之学，清朝康熙年间，亦经传入，谓之借根方。清朝治天文、历、算之士，兼通西法的很多。形而上之学，虽然所输入的，大抵不离乎神学。然而亚里斯多德的论理学，亦早经李之藻之手，而译成《名理探》了。就是绘画、建筑等美术，也有经基督教士之手而传入的。所以在当时，传入的科学，并不为少。但是（一）因中国人向来不大措意于形而下之学；（二）则科学虽为中国人所欢迎，而宗教上则不免有所障碍；所以一时未能生很大的影响。
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