周起元（1571-1626），字仲先，号锦贞，福建海澄县人。万历二十八年（1600年），乡试第一，二十九年中进士。随后出任浮梁（今属景德镇市）知县。
浮梁，宋属饶州，北宋政治家，文学家范仲淹知饶州时，曾于浮梁创建双溪书院。
周起元到任时，恰值豪强阴谋吞没书院院户。他不畏豪强势力，执法不阿，坚决予以打击，终于保住书院，得以继续培养人材。此举甚获社会舆论好评，不久即调为南昌知府。
万历三十八年（1610年），周起元选授御史赴京待命。
时值朝廷考核京官，这是关系官员升迁降黜的大事，是党争的焦点。周起元正值京察之际来京，以他的为人和影响，无端被卷入党争的旋涡，也是势在必然。
当时主持京察的是东林党人，七十九岁高龄的吏部尚书孙丕扬，协助孙丕扬的是陕西耀州人吏部侍郎掌翰林院王图。
时御史郑继芳巡按浙江，便有人以他的名义给王绍徽、刘国缙写信。信中说：“欲去福清（指叶向高。叶系福清人），先去富平（指孙丕扬。孙系富平人），欲去富平，先去耀州兄弟（指王国、王图。王氏兄弟系耀州人）。
又说：“秦脉斩断，吾辈可以得志。”（富平、耀州俱属陕西，故称“秦脉”）。这是别有用心的小人企图以此“伪书”陷害郑继芳等人，并激化宣宫两党与孙丕扬的矛盾，但孙却不为挑拨所动，未加深究。这封信暂且没有掀起风波。
孙丕扬主持京察，宣宫两党震动颇大。
时御吏金时明居官失职，深怕京察过不了关。
宣党汤宾尹与王绍徽谋，指使金时明先发制人，指控王图结党营私，收罗御史史记事、徐缙芳为心腹。
在论战中金时明重提“伪书”事，于是掀起轩然大波。
此时来京待命选授御史的有徐缙芳，李邦华，李炳恭，徐良产，周起元等，刘国缙便以为这五人的升迁与伪书有关，甚或这伪书是出自这五人之手，于是便在奏疏中指控这五人，并称之为“五鬼”。
由于这一无端的牵连，周起元不得不上疏自辩，从此便卷入党争的旋涡。
周起元既然卷入党争，以他崇奉程朱理学而又仗义执言的性格，便一发而不可止，在京待命期间又参与了围绕李三才问题的斗争。
右佥都御史李三才于万历二十七年总督漕运，巡抚奉阳诸府。他在任十三年，敢于和横行的税监抗争，甚至请罢天下矿税。他敢于和恶势力抗争的行为和民主思想甚得东林党人的好评，以至打算推举他入阁。
宣、昆诸党也看清了这一点，于是在万历三十七年发起对李三才的围攻。先是工部郎中邵辅忠诬奏李三才“大奸似忠，大诈似直，列其贪、伪、险、横四大罪。”他们还认为“攻淮（指淮抚李三才）则东林必救，可布一网打尽之局”。继邵之后，大仆少卿徐兆魁又领头发起攻击，并痛诋顾宪成朋党为奸。
于是顾宪成于万历三十八年亲自出马抗争，并写信给内阁首辅叶向高，极力赞扬李三才清廉正直，又给主持京察的孙丕扬写信，为李辩护。这两封信都为吴亮附传在邸报中，于是朝中攻讦更是难分难解。
就在此时，诚意伯刘荩臣之从祖刘世学，依仗权势出马诋毁讲学之风，肆意诬陷顾宪成。御史钱春从政治上揭发宣昆诸党的险恶用心，而周起元即从文化的角度，指责刘世学言论荒谬，揭发其阴谋。
他说：“东林之学起于杨时，今议者借道学以攻杨时，借杨时以攻罗汝芳、顾宪成，皆非是。”
顾宪成主持东林书院，使书院成为有影响的舆论中心；攻击者肆意诋毁道学，便是攻击传播道学，指责朝政的东林精神领袖顾宪成，其目的是企图“一网”打尽东林。
这场斗争，令东林、宣昆两败俱伤，李三才终于在万历三十九年被迫辞职，而刘世学也受到众多谴责，当局甚至下令逮捕他。
周起元在此斗争中显示了他的政治眼光和作用，也更为宣昆诸党所不容。
周起元来京待命，正值士大夫交章论战，而神宗又荒怠政事，纠缠经年不下。他无端地卷入党争，也参与了党争，一直到万历四十年才授命为御使，在京待命达二年之久。
周起元受命后，即奉敕分巡湖广道漕运。他到任之后，即沿江巡视、踏勘、组织民工疏浚河道，维修漕运各种设施，使得宫民两便。
万历四十一年，告假家居的原国子祭酒方从哲，不经廷议由中旨起官为吏部左侍郎。依明制高级官员的任命，须经内阁大臣协议而后才由朝廷下旨。方从哲起官有违明制，给事中李成名上疏反对。方从哲与浙党过从甚密，且齐党亓诗教出其门下，于是齐、楚、浙三党联成一气为方力争。
周起元也以为方从哲起官有违“祖训”，且为人“性柔懦，不能任大事”，本着宫官的职责，不顾诸党气焰，上疏反对。在奏疏中又旁及给事中亓诗教、周永春、吏部侍郎李养止，郭士望等，于是又和齐、楚、浙诸党结下仇恨。
同年七月，吏部尚书赵焕按年例调御史孙振基、王时熙，魏云中为外官，但都未经都察院协议。这也有背明制，于是御史汤兆京上疏反对。继汤之后，周起元也和李邦华，贺烺等弹劾赵焕擅权，并要求调回孙振基等人。赵焕上疏力辩，并以辞职相要挟。
结果神宗下旨抚慰赵焕，贬贺烺官，并给周起元等扣除薪俸处分。
神宗虽然抚慰了赵焕，但赵焕还是辞去吏部尚书的职务。
万历四十二年二月，以郑继之代赵焕。
郑长期任外官，无党派之嫌，只是当时齐、楚、浙三党崛起把持言路。继之年逾八十高龄，老而昏愦，同乡楚党王大智常加影响。