就在二十年之前，小南独自一个人来到了黄泉之国中，并且在那里第一次遇到了生活在这片竹林之中的灵音。
在灵音的指引之下，小南与曾经的战友们站在了对面，蝎、迪达拉、角都、飞段这些曾经晓组织的成员全部站在了小南的对面。
依靠着在梦境之中逐渐掌握的黄泉火焰的力量，小南战胜了一个又一个的对手，但是尽管如此，站在小南对面的敌人也一个没有减少。
为了能够欺骗到隐藏在深暗之中的敌人，小南与宇智波鼬和长门一同演了一出戏。
鼬被小南击败，灵魂在黄泉之国受到了秽土转生的牵引在人间界重新苏醒。不过此时的鼬，已经经过小南的手在灵音那里得到了致胜的关键。
使用伊邪那美击败了药师兜之后，宇智波鼬与佐助道别，不过此时的众人只知道鼬的灵魂已经得到了解脱，却不知道此时的鼬借助在小南处获得的力量来到了雨隐村，帮助小南完成了一件重要的任务。
留守在雨隐村中的铃音得知了小南的讯息之后，心中也充满了对于未来的希望。
就是在这种希望力量的指引之下，铃音使出了黄泉火焰的极致，直接击败了宇智波带土，粉碎了宇智波带土入侵里忍界的计划，让宇智波带土不得不将全部的力量灌注在十尾之上。
在长门完全苏醒之后，里忍界的大门也正在缓缓打开，进入里忍界之中的小南和长门依靠黄泉火焰和轮回眼的力量先后击败了众多强大的敌人，也得到了木叶四位火影的认可，开始前往最终的决战之地。
击败宇智波带土、击败宇智波斑，小南和长门两个人凭借不断提升的力量，战胜了一个又一个强大的的敌人，不过此时九勾玉红色轮回眼已经降临在黄泉之国里忍界，拥有九勾玉红色轮回眼力量的大筒木辉夜只需要片刻时间便可以毁掉整个里忍界。
此时的长门牺牲了自己的生命封印了九勾玉红色轮回眼，身陷地狱之中。不过此时的长门也正是因为如此才与九勾玉红色轮回眼的力量融合在一起，拥有现在的力量。
破解了大筒木辉夜的强大力量之后，小南便在灵音生活的竹林之中使出了“冥术·纸源·竹禁之术”利用万竿翠竹完成了对大筒木辉夜灵魂的封印。
原本以为战争会就此终止，但是这样的战斗也只是整个黄泉之国战争的序章而已。
在竹林之中不过生活了片刻时间，狐妖与蛇妖便进攻了竹林，而另外一座由伊邪那岐力量构筑而成的天守阁也降临在黄泉之国中。
克服内心的障碍之后，小南重新拾起信心，再一次站在了战场的最前沿。
就在天守阁出现的时候，里地狱界也出现在黄泉之国中，小南与重新出现已经拥有九勾玉红色轮回眼的长门进入里地狱界，先后击败了三打妖王——酒吞童子、玉藻前与大天狗，然后又完成了对辉夜姬的第二次封印。
这一次与其说是封印，倒不如说是小南已经与辉夜姬重新成为了朋友。辉夜姬的力量完全封印在里地狱界中，蕴含在忍者世界的查克拉也开始逐渐枯竭，最长一百年的时间之内，忍者世界就将迎来最后的终结。
经过辉夜姬的指引，小南与长门回到了黄泉之国中，而在此时，自来也和弥彦也来到了黄泉之国，此刻的自来也师徒四个人一起站在了伊邪那岐面前，开始了最后的决战。
决战之中，自来也师徒四个人击败了三贵子——天照大御神、月读命与素戋呜尊，并且最终击败了伊邪那岐。
在重新返回妙木村之前，小南也来到了伊邪那美身前，看到了在黄泉火焰之中重生的天照大御神、月读命与素戋呜尊。
原本的三贵子全部生活在高天原中，但是伊邪那岐为了进攻黄泉之国，所以使用神力在黄泉之国中制造出了三贵子的投影。
经由黄泉火焰重生之后，三贵子的；灵魂便被一分为二，一半生活在天界，另外的一半边生活在黄泉之国。
只不过伊邪那岐虽然被击败了，但是伊邪那岐征服整个世界的欲望却完全没有停下里。
化身为怨气的伊邪那岐的力量被大筒木一族感知到，由此开始，大筒木一族便开始了对忍者世界的入侵。
不过这样的入侵只是大筒木一族侵占整个世界的冰山一角而已，在占领了忍者世界之后，大筒木一族便会上下延伸，开始对黄泉之国与天界的攻击。
这样的攻击不仅仅限于忍者的世界，就连不同次元的东方世界也会成为大筒木一族的进攻目标。
所以天照才会指引自来也将炎雪和绝霜带到这个世界之中，让这两个人成为抵挡大筒木一族最强大的力量。
“原来如此……”
用了整整一天的时间，炎雪与绝霜两个人才知道了整个事件的真相，原来在小南被宇智波带土杀死，身体来到黄泉之国与伊邪那美签订契约获得黄泉火焰力量的那一刻开始，这一切的事情便已经开始了。
“其实这里面也发生了找出主人预料的事情。”
在翻阅书籍的时候，日华一直站在炎雪与绝霜身边。
“什么？”
“就是除去你们两个人之外，还有另外三个人已经觉醒了力量，在原本的世界线中，他们也拥有强大的力量，但是那样的力量还不足以与大桐木垂根王正面交锋，但是现在已经不同了。”
日华说着脸上也露出了一丝微笑。
听到这里，虽然炎雪、绝霜并没有听到这三个人的名字，但是两个人却已经清楚了日华所说的人究竟是谁。
宇智波佐良娜。
漩涡博人。
巳月。
新时代里，木叶诞生的拥有最强大力量的忍者。
“休息的地方就在书阁二楼，明天清早早餐之后，我再来接两位去见主人。”
欠身之后，日华已经迈着小碎步离开了书阁。