在南疆收复和清英联合的时候，大清还发生了一件撼动朝野的大事。那就是有清流党人审理的杨乃武和小白菜一案。
“杨乃武与小白菜”一案是清末四大奇案之一，在历史上就闹得朝野耸动、家喻户晓，但是与现在龙飞扬办起来相比真是显得小巫见大巫了。此次查办官员之多，牵涉人员之广，世所未见，被后世称为全球第一反腐案。
而此案起因大概是这样的。
杨乃武，余杭人氏，为人耿直，好管不平之事，与余杭知县刘锡彤积怨颇深。而当时，镇上有一漂亮姑娘名叫毕秀姑，外号“小白菜”。她18岁那年与葛品连成亲，租住杨乃武家的后屋一间，两家相处和谐，毕秀姑常到杨家聊天吃饭，杨乃武教毕秀姑识字经。街坊中好事之徒便传言“羊（杨）吃小白菜”。葛品连心中怀疑，遂搬出杨家，移住太平弄口。
1873年十月初七日，葛品连身发寒热，膝上红肿，毕秀姑劝他在家休息，葛品连不听，又去豆腐店帮工。初九日早晨回家时，畏寒发抖，喉中痰响，口吐白沫，至晚身死。至初十日夜间，尸身发变，口鼻有淡血水流出。其义母冯许氏怀疑他中毒。其母葛喻氏遂以其子死因不明，告之县衙，恳求相验。
知县刘锡彤素与杨乃武有隙，闻告后，怀疑杨乃武与毕秀姑谋毒，亲率衙役，仵作前往验尸。时正午刻，死者皮色淡青，肚腹有浮皮疹疱。仵作沈祥见口鼻内存血水流入眼耳，认作“七窍流血”，用银针探入咽喉有青黑物，认为服毒致死。刘锡彤将毕秀姑带回县署审问，供不知情。次日动刑*供，一连三拶（挟手指的刑具），毕秀姑受刑不过，诬称与杨乃武私通，初五日授与砒毒，谋杀亲夫。
刘锡彤即传杨乃武对质。杨乃武不认，怒斥知县诬陷。因杨乃武是新科举人，不便动刑。刘锡彤遂申请上司将其举人斥革，然后对杨乃武动刑，杨被迫诬服。刘锡彤认为案情已明，就将验尸结果和审讯情况详报杭州府。
杭州知府陈鲁听信知县之言，对杨乃武滥施酷刑。杨被迫胡乱找供。说是初三日以毒鼠为名，在仓前钱宝生药铺买红砒四十文，交葛毕氏。为补齐钱宝生卖砒的旁证材料，刘锡彤回余杭传讯钱宝生核查，钱宝生供称自己名唤钱坦，没有用过钱宝生的名字，爱仁堂是小药铺，没有卖过砒霜。县衙师爷陈湖对钱宝生威胁利诱，又请任县衙训导的仓前人章浚致函钱宝生，嘱其大胆承认，决不拖累，如不承认，有杨乃武供词为凭，要加重治罪。钱宝生才作了伪证，出具卖砒文书。
杭州知府陈鲁见三证已齐，上报浙江巡抚杨昌睿。杨昌睿认为案情确实，依原拟“谋夫夺妇”罪断结，上报刑部批复执行。
杨乃武在狱中写下诉状，由胞姐杨淑英带出，会同其妻詹彩凤，上京向都察院控告，结果被都察院押送回浙。第一次京控失败，杨淑英去找杨乃武在杭州的同学吴以同。当时吴以同在胡雪岩家任西席，正巧兵部右侍郎夏同善丁忧期满回京，途经杭州，胡雪岩为他饯行。席间，吴以同说及杨乃武之冤案，夏同善答应回京相机进言。
1874年九月，杨淑英与詹彩凤二上京师，夏同善介绍他们遍叩浙籍在京官员30余人，并向刑部投递冤状。夏同善又联络军机大臣翁同龢，把本案内情面陈两太后。清廷下谕，派礼部侍郎胡瑞澜（时兼任浙江学政）为钦差，在杭州复审。浙江巡抚扬昌睿调宁波知府边葆诚、嘉兴知县罗子森、候补知县顾德恒、龚心潼随同审理。审讯时，杨乃武与毕秀姑翻供，即用大刑，把杨乃武两腿夹折、毕秀姑十指拶脱。杨、毕两人在重刑之下，再度诬服。
十月十八日，胡瑞澜将案情报刑部，刑部详细研究，发现情节多存不合，奏请朝廷。又令胡瑞澜重审，谕明不得用刑。杨乃武拼死翻供。证人钱宝生已病故，无法定之谳。
十二月，浙江士绅吴以同、汪树屏等三十余人联合上告，请求将人犯解京审讯，以释群疑。夏同善等京官多次在慈禧太后前为此案说话。朝廷下旨，责令杨昌睿将此案所有卷宗、人犯、证人、连同葛品连尸棺押运到京。刘锡彤也解任同行。
但是正在慈禧想彻查此事的时候，乙亥之变发生了。两宫太后都被被龙飞扬父子所杀，之后就是进行对慈禧一党的大清洗，刑部官员为剿除慈禧一党不遗余力，忙得不可开交。刘锡彤等趁机收买刑部的官员，于是这事又不了了知，而后来光绪新政的实施，以及收复新疆的开始，在官官相护之下，这件事情又是一拖再拖。
直到北疆收复之后，龙飞扬才得知这件事。他前世连这件案件为原型拍成电视剧都看过，哪里会不知道当中的一些情况。这样一件冤案竟然被拖延了这么长的时间，看来其中的文章可不小。
他对这事十分关心，责令此案马上以夏同善、翁同龢主持刑部大审，都察院、大理寺会审，并嘱咐绝不用刑。于是在审查中杨乃武剖辩案发经过，否认通奸谋毒之事，毕秀姑口呼冤枉，照实直说。然后又审问尸亲及证人，提审门丁沈彩泉、仵作沈祥、爱仁堂药铺伙计等人，都供出真情。接着，开棺验尸，确属病死，并非中毒。蒙冤两年多的案件终于在龙飞扬的一声令下真相大白。
而这件小案，原本就能这样了结了。但是这件案件，牵涉人员众多，处理起来可大可小，龙飞扬最后选择的是极度扩大打击面。不要说刘锡彤这个主犯，连滥用私刑，胡乱断案的巡抚杨昌睿、侍郎胡瑞澜，都被判死刑。
而且龙飞扬还把事情进一步扩大，那些被被收买的各级官员，以及知情不报，助纣为虐的官僚一并处理。这还远远没有停止，查抄的各个官吏家产，大多富得流油，有几个更是富可敌国，龙飞扬立刻将那些官员关押提审，把那些赃款的来龙去脉，给弄得一清二楚。
这样一来，事情就开始严重了，三司的官员几乎全部都调动起来，根据各官员提供证据，大肆搜捕，一批贪官污吏和行贿商人纷纷落网。如是这一批贪官牵连一批贪官，事情越闹越大，人数越来越多。
龙飞扬对这些人，已经一律奉行不株连亲属的原则，但是所牵涉的人是在太多了，龙飞扬而后三司之人，被迫一批一批的处理。而且实施杀大放小的原则，对那些贪污较少的都是罚款了事，但是那些大贪官他就不那么客气了，无论是什么背景，他都是照杀无误，而稍微轻一点的则是进行抄家。
如是这，前前后后牵涉进来的官员就将近三万人，大多都是在职官员，而其中判处死刑的有三百余人，而抄家者更有近千，至于其余的都是罚款了事。这样一件民间小案，就牵涉到如此众多的官员，甚至连会审的三司官员，有一半也成了牵连对象，他们中更有七人更是惨遭处决，又一件小案变成一件连锁大案，这让龙飞扬深思不已。
贪赃枉法，官官相护的事情，即使到了后世也未能幸免，看来反贪之路任重而道远。刚钢才清洗了慈禧一党，如此大规模的牵连，也几乎让朝廷吃不消，其中有的涉案官员，是在乙亥之变后才上任的，可以说连屁股都没有坐稳，就被迫下台了。上千的官吏要重新任命，几乎就是一样大换血。
经此一案，龙飞扬也算是明白为何后世政府不敢对那些贪官斩尽杀绝，一个冤案从引发的人员，胡乱审案的官员，到助纣为虐的同僚，包庇这些恶徒的上司，查案不利的司法人员。他们中贪赃枉法时牵涉的一大批官员，然后一批揭发一批，到时一连十，十连百，百连千，千连万，贪官污吏无穷尽也。最糟糕的是牵连来牵连去，到了最后还极有可能牵连到自己的头上。
而这件案件对无数的贪官来说，是一场噩梦，但是因此事获利的也不再少数，其中出头的醇亲王（他也罚了不少款），虽然成了全天下贪官污吏的众矢之的，但是却让他获得了全国上下的赞誉，一时之间声势盛隆，随后又任用对自己忠心之人，实力进一步提高，他一人之下，万人之上的地位终于巩固下来，同时也为后面龙飞扬的统治打下坚实的基础。
另外经过这一连环大案后，一大群官员落马，但是同样的有一伙人却水涨船高，并迅速形成了一个小集团——清流派。
事实上清流派在历史上又称为清流党，形成于十九世纪七十年代末，他们并不是一个政治实体，最多只能算是志同道合的清官之间的一种明面上的联合而已。
此次由杨乃武和小白菜一案，引发的大举查办贪官的风暴，很大程度是因为这些清流之士推泼助澜，其中夏同善和翁同龢更是作为主审，不然这件案件可能还会一拖再拖。而另外一些两袖清风，但是平时郁郁不得志的清官，还有许多墨守成规的腐儒，和毫无施展才华的地方学子，都有了一个大肆发展的绝好机会。他们有的三三两两的联合起来，有的则各自为政，通过自己在地方的影响，以各地报纸为武器，不断的揭发那些贪官无力的恶行，以此增加自己在案后的升迁和上任资本。
他们的这种做法是这一案件不断扩大的主要原因之一，不过这次他们也算押宝押对了。因为案后过数千官员先后被撤职，朝廷对官员的需求量大增，他们中大部分人都得到了升迁和提拔。
由于这些清流之事大多都是进入减员最为严重的刑部、都察院、大理寺这三个司法机关，和那些油水最为丰盛的部门（这些部门贪污最为严重）。自这一案后，大清那原本暗无天日的吏治，终于出现一片清明之景。而清流派也因正式走上历史的舞台，后来他们当中很多人都成为了龙飞扬的心腹。并以清流派为核心组成了帝党，在龙飞扬亲政前就和醇亲王、恭亲王两派并立而存。兵在龙飞扬统治期间，发展成帝国的一大支柱，为帝国后来的繁荣富强立下汗马功劳。
而清流派的作为都是后话，这一案给龙飞扬带来的直接利益，就是从那些贪官污吏中得来的两亿多两白银。他把这些都归入国库，主要用于军火制造，交通通讯的建设，以及全国各地各级学校的建立。从而进一步促进大清的经济发展，并成为造福后世无数代人的好事。
此后，朝廷还陆续修改了大清律例，增设了不少的反贪条文，其中以巨额财产来源不明罪，最为惊世骇俗。这是唯一一件会让龙飞扬动灭族之念的罪名。这其中当然有其道理，一个贪官家里凭空有数千万两的钱财，说不出来源，问题的严重性可就大了。这不是说你单单是贪污了这么简单，和你勾结的那些人会由于你不揭发而逍遥法外，那样百姓会遭到那些贪官奸商无休止的祸害，这对人们的伤害，根本不是杀人放火可以相提并论的。
大清律例的修改，为促进了后来大清宪法的创立，提供不少的经验，也算是为宪政的一枚催化剂吧。
而杨乃武和小白菜一案，所造成的扩大牵连，是直到两年后才真正停止的。因为其涉案人员远超历朝历代，而且历时甚广，对后世更是影响巨大，成为帝国一年中继光绪登基、乙亥之变、光绪新政、收复新疆和清英联合后的第六件大事，被载入《光绪帝国史》当中。由于后来龙飞扬严刑执法，防患于未然，全球再也没有超过此案的反腐案了。