当佐助干掉大蛇丸成立蛇小队之后，就正式闯入了风声鹤唳的忍界之中。佐助的目标只有一个，那就是宇智波鼬的位置。一心复仇的佐助是可怕的，当这样的佐助有了更加强大的力量之后就会更加势不可挡。好像一只凶兽窜进本来就紧张万分对峙敌视的森林之中一样，佐助为了寻找鼬的下落，任何蛛丝马迹都不放过。只要听说哪里有鼬的线索，佐助就会快速赶去，然后用尽一切手段获得情报，而不管对方的身份和来历。这样作风凶悍的行动之下，佐助不免得罪了很多国家和忍村，但是对于佐助来说，这些都无所谓，只要能够找到鼬报了灭族之仇一切都是值得的。于是，一些忍村开始将佐助列上了通缉榜，很多势力也把吗，目光投到了这个宇智波家族最后的天才身上。而得之此事的鸣人自然更加着急，虽然不知道为什么现在的佐助变得这样冷漠自私和强大，而且现在得到的情报很多也都说明了佐助心狠手辣甚至杀害无辜的邪恶本质，但是鸣人的印象之中，那个佐助却是虽然嘴硬却始终重视伙伴的佐助，而不是现在这个根本就是一副邪道做派的佐助。固执天真加上一根筋的鸣人却始终坚信，如果当初在终结之谷自己把佐助拉回来的话，现在的他就一定不会是这样的。而佐助变成现在这样也一定有自己的理由，就这样怀着某种神圣救世感的鸣人不仅没有因为看到佐助的变化而放弃了行动，反而更加用心的寻找佐助的下落。就在这时，某个黄昏傍晚，鸣人竟然碰到了宇智波鼬。然后宇智波鼬说一些奇怪的话就消失了。这件事鸣人没有告诉任何人，只是藏在了自己的心中。
而另一边，经过无数的波折和杀戮，佐助也终于找到了自己的目标。在一个昏暗的山洞之中，佐助终于见到阔别三年之久的仇人和亲人。但是怀着异常复杂情绪的佐助却被鼬的一句平常叙旧话语点爆了，然后两人小小交手一番，鼬便退去。临走之极，鼬和佐助约定了决一生死的的地点。
与此同时，在终年阴雨连绵的雨隐村，正准备出发将九尾抓回来的佩恩却暂时停下了自己的准备工作，因为小南察觉到了雨隐村被外敌侵入的痕迹。攘外必先安内，佩恩和小南很快就决定了先把这个老鼠揪出来灭掉再说。于是两人各自手段全开，很快就搜到了胆敢孤身闯敌营的人物。
看到面前漫天纸花飞舞的时候，自来也暗自警惕的同时也不免埋怨一声晦气，怎么这么快就被发现了？！自来也颇有些沮丧感。在以往的忍者生涯之中，类似这次这种潜入地方老巢打探情报的事情自来也已经做过好多次了，虽然也有好几次都被发现了，但是却没有一次被发现的这么快。要知道自来也签订了通灵兽蛤蟆一族，在潜入和打探消息方面十分方便，自来也本人更是实力非凡，所以很少有这种几乎刚刚潜入就被发现揪出来的经历。离开木叶之后，自来也一路上晓行夜宿谨慎潜行，最后藏身与蛤蟆腹中进入了雨隐村，可是本来以为接下来只要抓住一两个村民就能够获得情报的自来也却遇到了很大的挫折。这里的村民不仅对首领佩恩十分崇拜，而且脑海之中也被下了禁制，让自来也只拷问出了佩恩和天使这两个雨隐村现在首领的名字，其余的却是一无所知。看到实在也不能从两个村民手中获取情报之后，自来也把两个村民收进了蛤蟆腹中软禁起来之后，就准备再找别的村民打探情报。但是漫漫阴雨之中，无数白色纸片忽然向着自来也急速涌来，自来也能够敏锐的察觉到纸片中蕴含着查克拉，那么这明显就是敌人已经发动攻击的现象了。躲过了纸片们的斩击之后，自来也面前的纸片却忽然聚在一起，先是形成一朵朵兰花，然后这些兰花就组合在一起成了一个美丽女子。看着这个突然出现的戴着纸花的女子，自来也却忽然神情一震：“小南……”不可置信的话语之中带着一丝丝的怀念，自来也显然认识小南。不过当看到小南身上晓的制服的时候，自来也心中顿时一痛。好像最美丽的兰花被折下来一般，自来也猜中了开头，这里的确是晓的老巢。但是当佩恩忽然出现的时候，自来也心中迷茫和痛苦顿时加倍，这究竟是怎么回事？！自来也很明显没有猜中结尾。
二十多年前，自来也曾经在雨隐村教导过三个学生，他们分别是小南、弥彦和长门，后来看到学生们有了自立的能力之后，自来也就离开了他们。再后来自来也听说战争之中自己的学生们不幸身亡，当时自来也还伤心了好久。但是自来也却没有想到，几十年之后的相逢竟然是这种局面，和昔日的学生刀刃相向。看着昔日弥彦和小南纷纷出现在自己眼前，自来也迷茫之下开口询问道：“小南、弥彦，你们怎么会加入晓的？！还有，长门呢？”自来也大声质问着自己的两个学生，但是却根本没有丝毫效果，小南和佩恩完全无视了自来也。
“小南，你让开，我来会会自来也老师吧。”佩恩开口道。听到佩恩说话，小南乖乖的离开了战场。
“弥彦，这时怎么回事？我和你们分别之后究竟发生了什么？长门在哪里？为什么你们会加入晓？还有，你为什么又是佩恩呢？”自来也心中迷茫无限，执着的向自己曾经的弟子今日的生死大敌发出了连珠炮一般的问题。但是佩恩眼神冷漠高傲，没有一丝想要回答的样子。
“自来也老师，多年未见，就让我来送你最后一程吧。还有，现在已经不是弥彦，而是佩恩，是神！”佩恩双手朝天发出了宣战宣言和极其狂妄自大的话语。然后，自封为神的佩恩身边一闪，竟然出现了六个同样有着轮回眼的人。下一瞬间，佩恩和自来也狠狠斩击在一起。