胡林翼当这个湖北巡抚真是窝窝囊囊，没有享受到荣华富贵，尽是担惊受怕，怄气劳累，而他对朝廷依然尽心尽职，并不像蒋益澧那样有辞职打算。不过就这种状况顶多只能与太平军打个平手，又何日能拿下武汉呢？也真是难为他了。大小战斗几百次，有些州县几易其手，反反复复，说起来也没什么意思了。
再说一说南昌攻守战。一八五三年九月，赖汉英奉杨秀清指令，直接带兵围攻南昌，韦志俊同时占领汉口、汉阳准备夺取武昌。南昌城这是第一次受到太平军进攻，当时的江西巡抚张芾在江忠源的协助下带兵守住了城池。赖汉英久攻南昌不下，被杨秀清撤去军职调回天京在删书衙办文事。不久石达开主持西征坐镇安庆，准备集中优势兵力拿下安徽大部，将围攻武昌、南昌的部队全部撤到安徽。武汉、南昌的清军不战而胜，得到喘气机会。到了一八五四年四月，石达开在安徽战场大获全胜，太平军又大举西征，第二次占领武汉三镇，南昌再受威胁。
这时候江西巡抚为陈启迈，他的运气还可以，太平军虽然想拿下南昌城，但由于自身战线拉得太长，西到宜昌、南至湘潭、北到天津城外、东至南京外围到处都是太平军的战场，打南昌的兵力显然不足。南昌城才勉强保了下来。此后曾国藩湘军借湘潭大捷之威，收复湖南、湖北全境，直打到江西境内，活跃于九江、湖口鄱阳湖一带，南昌更是安宁了几个月。
这时候石达开因重用地主豪绅政治问题被调回天京。眼看秦日纲主持西征不行，杨秀清再度命令石达开主持西征，石达开采用惊心战、麻雀战搞得曾国藩第二次跳水自杀、磨得湖南提督塔齐布病死在九江城外，把湘军主力困死在南昌、九江一线。
一八五五年四月太平军第三次占领武汉，石达开又着手准备攻打南昌，以减缓湘军攻打九江的压力。曾国藩此时注重于守南昌和攻九江，大部分时间都呆在南昌城内。与江西巡抚相处久了，产生矛盾，一山不容二虎，曾国藩直接上奏皇上，说陈启迈为人滑头难以共事。皇上即刻将陈启迈免职，改任湖北布政使文俊为江西巡抚。文俊吸取陈启迈的教训，在曾国藩面前唯唯诺诺，言听计从倒落得个省心。这一时期南昌城内的军政事务，实际就是曾国藩在决断。
曾国藩将彭玉麟从湖北调到江西以后，让他负责带领鄱阳湖水师。可是入夏以后，天气很热，彭玉麟吃不好、睡不好，一会热一会冷，还拉稀跑肚。曾国藩又开始体恤部下，亲自到彭玉麟病榻前问候：“雪琴啊！你这一病可对我湘军水师极为不利，我是真心希望你早日康复啊！但是有什么办法呢，人吃五谷杂粮总有生病之时。这里是战争前线，兵荒马乱的，没有好的养病环境、没有家人的细心照料，很不利于你恢复健康。正好有几个人回湖南招兵，刚好把你带回家乡去养病。你就回家去修养一段时期吧！”