小智他们终于回到了香川地方的小镇福泽镇。当他们路过小镇上那个道馆的时候，那个百层宝塔好像在这儿等着他们回来呢。又见到了那个道馆的馆主。他还为上次把他们困在这里的事情感到抱歉呢。
这一次。小智优树千奈美和所有的救援队员每人都带着一只金龟鱼回来了。道馆的馆对这种从未见过的神奇宝贝很感兴趣，邀请他们来道馆和他的神奇宝贝对战。小智他们三个好朋友和水上救援队员们也都想去道馆挑战馆主的神奇宝贝。他们想知道他们的金龟鱼战力如何 。于是他们和道馆的馆主约定好。休息两日后，第三天就去道馆挑战。
一回到香川地方，小智就把自己的皮卡丘送到了神奇宝贝中心。已经过了这么久，不知道皮卡丘会怎么样，他很担心。
乔伊小姐把皮卡丘仔细检查了一遍，然后告诉小智，皮卡丘在这需要休养一个星期的时间才能完全康复，这次他被伤的太厉害，而且拖的时间太长。
虽然伤情有些严重，可是既然皮卡丘有救，小智也就放下心来。
等皮卡丘从神奇宝贝中心出来了以后，一定要好好的保护皮卡丘，如果遇到危险一定先把它装进神奇宝贝球里，不再让它受一点点伤害了。
小智也给掘掘兔做了检查，他的身体倒是很好。还有他的帕奇利兹都没什么大碍了。只是苦了皮卡丘，要在这儿待一个星期了。
优树也给金冠龙王做了检测，它的各项体征都很正常，而且还超标。一时间，金冠龙王也成为了神奇宝贝中心的一个重点保护对象和研究对象。很多研究神奇宝贝的博士都来到这里研究金冠龙王。
金冠龙王很快就在小镇上家喻户晓了。大家听了小智他们的传奇经历，知道金冠龙王功不可没。他俨然成了这个小镇和神奇宝贝中心的大明星了。
还有这些金龟鱼，这些金龟鱼平常不在海里是很难发现的，即使在海里数量也非常稀少，它们能由金龟虫能进化成金龟鱼也是很不容易的。在香川地方也是很少见的，而且现在居然有批量的金龟鱼，一共十几只呢。
所以这一次小智他们的归来不仅仅是让大家悬着的心放了下来，而且让这些神奇宝贝博士们双眼放光，他们都有的不远千里赶了过来，就为了研究这些数量已经非常稀少的金龟鱼，还有这个千年以前的金冠龙王。
小智的妈妈已经在神奇宝贝中心等着他了，见到妈妈也过来了，小智非常兴奋，妈妈这么多长时间没有见到他，都已经急坏了。这一次优树的妈妈，千奈美的妈妈，还有小智的妈妈，他们三个都已经联合起来，打算一起出去寻找小智他们三个了。他们打算明天就出发了。正好他们回来的及时，三个妈妈才放下了出门的打算。
千奈美也跟着妈妈回家了。优树也回到了自己在福泽镇的家里。小智和妈妈在神奇宝贝中心住了一晚。久别重逢，母子俩都很开心，这一次小智的妈妈觉得小智长大了，比原来懂事多了，而且更坚强更勇敢了。好像也比原来更聪明了呢。
小智的妈妈很心疼他，知道小智在外面经历了那么多苦难，差一点连命都丢了，他妈妈吓得不敢让他再出去旅行了，非要陪着他，可是小智说什么也不同意，他都已经长大了，哪有妈妈陪着出去旅行的呀。而且妈妈还有工作，所以他把妈妈打发回家了。
小智妈妈很不情愿的回真心镇的家。小智又休息了一天，然后和千奈美，优树，还有那些救援队的队员们一起按照约定来到了道馆。他们一起要挑战道馆的神奇宝贝。
这一次道馆准备了很多只神奇宝贝，不过。不知道是不是那些金龟鱼的对手，这一次小智他们和水上救援队员们主要是来测试金龟鱼的战绩，顺便也拿几枚香川地方的道馆勋章。
小智来到道馆的时候，大家都已经来的差不多了，小智早上睡过头了，跑得满头大汗。
这个道馆还是老规矩，他们要爬到一一百层的塔顶才能进行对战，可是这一百层要爬多少天呢？好在他们这两天休息好了，吃的也很好，睡的也很好，这才有精力往上爬。
救援队员们第一次爬这么高的楼梯，他们真是觉得奇了怪了，这个道馆为什么不安个电梯呀，为什么要让人总往上爬呀？
上一次小智他们被困在里面还是心有余悸，这一次提前要到了道馆的钥匙，如果是道馆的门从外面锁上了，那么他们可以从后面有一个小门出去，他们要到了小门的钥匙。
至于道馆为什么不安装电梯这个问题，道馆的馆主自有说法。他说如果安了电梯，那大家顺着电梯上去就不会觉得对战有多辛苦了，就会觉得是一件很容易完成的事情，而走上去才能体会到对战的辛苦，才能感受到对战的乐趣，所以这个设计是道主主精心安排的，也是对参与对战的神奇宝贝训练师的一个考验。他一定要让这些对战队员们体会到比赛的艰辛，然后才能全力以赴，这个设计是有点奇葩，不过既然这个小镇上没有别的道馆，也只能入乡随俗了。何况这样的设计还有如此深意呢。
不过这次道馆的馆主有了上一次的教训，他倒是变聪明了，每隔十层他就增加了一个小店，每个小店都有一个售货员在那卖东西，还有卖床铺的，如果走不动的可以在上面睡觉，这倒是方便多了。
小智他们他们不用担心出不去了，也不用担心会饿死在里面了，而且晚上关门的时候道馆会留下一个人在这儿值班，以防止再出现小智他们上次被困在里面的情况。
而且还有每一层都有救援电话，这样如果在某一层中出现了问题，就会能得到及时的解决。
这些进步，对于小智他们来说真是天大的进步啊，比上一次他们被困在这里要好多了，这一次他们不用担心了。没想到他经过了上一次三人被困事件，道馆的馆主能做了这么多的改善。
虽然这个小镇上来道馆进行对战的人并不多，道馆也可能会做赔本的买卖，卖不出去多少东西，可是毕竟为大家提供了方便，而且还有神奇宝贝中心补助一部分，这样也为这个道馆增加了不少的对战者。
小智他们来的时候这里门庭若市，有很多人都在往楼梯上爬，他们一边爬着一边相互鼓劲儿。现在小智和他们的金龟鱼，金冠龙王成了明星，还有一些不是来对战的，只是为了目睹金龟鱼和金冠龙王这些他们从来没有见过的神奇宝贝的。
这一次小智也学乖了，他并没有想靠自己的脚力爬上去，他带了一个能爬楼梯的车子，那个车子是个机器人，他能根据需要变形。有时候是车有时候是人。今天小智把他们变成了一个车的形态。小智坐在机器人车里它就能自动往楼梯上爬。只要坐在里面享受着便捷的服务就行了。安全而且高效。爬上一百层的楼梯只用了十多分钟的时间。
小智一边坐在这个高效智能安全环保的机器人车上，一边想着他们上次爬楼梯的情景，那可真是千辛万苦啊。
这次千奈美和优树他们都没有准备什么先进的武器和设备，他们看着小智能坐着机器人上去，他们简直羡慕的快要抓狂了。可是他们没有什么机器人，小智的机器人只能承载一个人。无奈，优树和千奈美只能往上爬了。
对战队员中也有两个人也带了机器人，他们这次捡了那么多黄金还正愁没地方花呢，一听说这个道馆有一百层的高塔他们可不想爬上去。
救援队员们有的带了机器人，还有两个包了一架直升飞机，直接降落到了第一百层，这一次真是八仙过海各显神通了，看来这一百层的楼梯不是那么好爬的，但是有了现代化的科技，有了钱有了飞机，有了机器人等等先进高科技便后续的设备，一百层的楼梯根本不是问题了。
第一批上到顶楼来的就有小智，还有一批做直升机过来的救援队员们，他们开始了第一轮的对战，第一轮是由小智先开始，小智先拿出了他的金龟鱼对战道馆馆主的叭叭鸡。
道馆馆主的叭叭鸡一出场就叭叭叭叭的叫个不停，有一只老母鸡那么大。小智一看乐坏了，他的金龟鱼是个庞然大物啊，至少有一架飞机那么大，可是道馆馆主的叭叭鸡就是一个小公鸡，小母鸡那么大。哈哈，一看他就要输了。
小智简直觉得这个对战有点不公平啊，所以他一上场就说：
“馆主，你先出招吧，我看你的叭叭鸡比较弱，我的金龟鱼比较强，这体型上就不对等，我先给你让你三招。”
道馆的馆主闻言大笑起来。
“哈哈，行啊小智，你不要说大话，我这叭叭鸡 看着他弱小，可是他的力量可不弱。”
小智心想着这叭叭鸡就这么大一点儿能有多大的力量啊。根本没把他放在眼里。
“好啊，那咱们就开始对战，我让你三招。”
“好勒。”
道馆的馆主一听说小智让他三招，这回可来了精神。
“叭叭鸡给他来个叭叭叭叭叭。”
小智一听道馆馆主的话，真是一头雾水。叭叭叭叭叭是个什么鬼。
还没等小智想明白，叭叭鸡一上场就啪啪啪啪啪射出一串火花，直接烧的小智的金龟鱼啪啦啪啦响。在地上跳了好几个圈也没能逃脱叭叭鸡连身火花。然后就被烤焦了。
原来这家伙是喷火的，金龟鱼虽是在水里比较强大，可他并不怕火。这一下竟然 被烧成了这样。真是好奇葩呀。这火一下子就把金龟鱼给烤着了，不一会就变成烤鱼了，烤的全身漆黑。
小智心中大惊，这一招还没过呢，他的金龟鱼就变成了龟鱼了，黑的就像是碳火烤鱼了，下一步还不知道要怎么折腾呢。可是大话已经说出去了，没有办法再收回来了，只能硬着头皮跟叭叭鸡对战了。
“快闪开。”
刚才小智没有想到这叭叭鸡这么厉害，现在他才拿出了神奇宝贝图鉴，往叭叭鸡 身上一照，神奇宝贝图鉴就显示了叭叭的过人之处。
叭叭鸡属于火系会喷火，他的火是三昧真火。能烧到一切东西。
呵，这可够厉害的。
除了喷火，叭叭鸡 他还有一个能力叫金鸡报晓。说白了就是打鸣儿，但是声音悦耳动听。叭叭鸡叫一声就能把对手给震晕了。小智刚看到这儿就听到叭叭鸡大喊一声：
“叭叭叭~！”。
呵，这家伙说来就来。
“金龟鱼，快捂住耳朵！”
小智的呐喊让金龟鱼一愣。
咦，这是个什么招数啊。快~捂~住~耳~朵，这招怎么用啊？
金龟鱼还没想明白小智的意思，就什么都听不见了，而且头晕脑胀，天旋地转，这一下巴巴鸡见鱼龟鱼无心应战，直接向他扑了过来。叭叭鸡张开翅膀啪啪啪就朝金龟鱼头上揍了两下。
“叭叭鸡，来个金鸡展翅！”
道主一看他的叭叭鸡连胜，心情大好。
叭叭鸡的翅膀就像个大巴掌一样，拍的金龟鱼又是一身头晕眼花。金龟鱼完全没反应过来。
小智也才反应过来金鸡展翅原来是扇巴掌啊。
三招已经过了，他不能再让了金龟鱼吃亏了。
“金龟鱼，来个瀑布挂前川！”
金龟玉知道这就是放个大瀑布。心领神会。突然金龟鱼跃到半空，扑的一声喷出一股巨大的水柱，把叭叭鸡一下子拍倒在地上，成了落汤鸡。
所有人都大笑起来，这简直太滑稽可笑了。那叭叭鸡一身鲜艳漂亮的羽毛，一下子都打落下来。叭叭叭的叫个不停。还浑身打着哆嗦，看来金龟鱼这个瀑布不仅是水量够大，温度也够低。
小智见一招得逞，再来一招。
“金龟鱼，来一个冰川拍案！”
小智话音未落，金龟鱼又跳到半空。噗的一下，又喷出一柱大瀑布，这一柱瀑布与刚才的不同，一落到地上直接冻住，把叭叭鸡冻在里面出不来了
“比赛到此结束。我宣布。小智的金龟鱼获胜。获得一枚香川地方的道馆勋章。”
小智终于获得了香川地方的第一枚道馆勋章，他高兴得手舞足蹈，完全忘了叭叭鸡还被冻住。
道馆馆主不知道怎么才能把叭叭鸡 救出来，他命人拿了一些镐子凿子去挖冰。
小智着=一看这场景才想起来。这叭叭鸡 不是火系的吗？怎么自己不会放火了？想想他被冻住了，应该是有火也放不出来了。
观战的人们都高声呼喝起来为小智喝彩。这一次小智的金龟鱼可是让他们大开了眼界。
看到小智都能取胜，救援队员们也来了精神。也纷纷放出自己的金龟鱼和道馆馆主的神奇宝贝对战。馆主的叭叭鸡还没抢救出来，只能换一只神奇宝贝上场了。好在道馆早有准备。
这个时候千奈美和优树还在爬楼梯呢。他们没想到小智会出这么大的大招弄了个机器人来，而小智的机器人也是他妈妈送给他的，本来是想让他陪着他去旅行的，没想到竟然在这次道馆对战就用上派上了用场。
接下来对战的是救援队的队长，他也是用金龟鱼对战。今天好像就是金龟鱼的专场了。除了馆主的神奇宝贝不是金龟鱼。小智他们一行十三人，全是金龟鱼参加挑战。