时间变得无比飞快起来，在带土伤势恢复之后水门就将消息传回了木叶之中，斑在弥彦的注视下停止了呼吸没有继续参与雾隐村的三尾阴谋。而接到消息的木叶下令让前线的大蛇丸等人全部赶回。
在短时间之内就将整个火之国境内所有潜入的雾隐村忍者和暗部给全部铲除，雾隐村想要用三尾摧毁木叶的计划也因此被强行停止了下来。几个月过后，岩隐村和云隐村的大战也以岩隐村的溃败而停止。
由于之前弥彦和长门的大战，五大国的忍村都意识到忍界之中暗潮涌动，无论是之前的笑脸组织，还是弥彦等超过普通影级的存在都是巨大的威胁。于是第三次忍界大战就这样草草落幕，各大国开始查探起自己国内和村子里的一些隐藏势力起来。
只剩下雷之国和土之国之间仍有一些小型摩擦，他们都认为自己国境内的一些潜伏起来的组织都是对方的杰作。
第三次忍界大战的结束，也让带土等人纷纷因为在战场上的表现破格晋级为上忍开始单独执行起任务起来。
小丑屋内，亚瑟正坐在座椅上看着眼前这个认识了多年的‘好友’，笑着说道：“大蛇丸君，是什么风把你吹来了，你现在不急着逃出木叶吗？我听说猿飞日斩这一次可是非常生气呢。”
坐在一旁的大蛇丸脸上露出一丝怀念的笑容说道：“亚瑟君这里一直是木叶村里或者说忍界之中最安全的地方不是吗？我相信你不会将我的事情告诉老师的不是吗，亚瑟君。”
“所以你是来道别的吗，大蛇丸君？这样的话木叶的三忍可是一个都不剩了啊。”亚瑟饶有兴趣地看着大蛇丸。
“其实亚瑟君你一直知道的不是吗，果然村子真的是很无聊的东西啊，这些年来我一直为了火影的职位反而荒废了我自身的修行和真正感兴趣的东西。这一次战争中，长门和弥彦的表现真的给了重重的一击，在那样的力量下，村子又能干什么呢。
始终来说，木叶已经不再是最初建立时候的那样了，现在已经变成了弱者抱团取暖和权力斗争的场所。这些年来我跟着老师真是见识了村子之中的所有黑暗面，真的很是可笑不是吗？
如果长门和弥彦来袭击木叶村的话，难道权力和火影的职位能抵挡住他们吗？老师的想法已经被限制和禁锢了。”
大蛇丸皱着眉头向着亚瑟问道。亚瑟听到大蛇丸所说的话语之后点了点头说道：“所以你接下来有什么打算呢，大蛇丸君？”
大蛇丸微眯起自己的眼睛盯着亚瑟说道：“亚瑟君，你知道我需要什么，我想要足够的时间去完成我的研究去探索这个世界。”
亚瑟的脸上嘴角继续上扬，笑容变得更加浓郁起来抬手在一挥舞，一个橙色传送门出现在大蛇丸的旁边，大蛇丸的瞳孔里闪烁出精光，没等亚瑟开口，他便自己走了进去。
亚瑟微眯着眼睛笑道：“那么我接受你的委托，大蛇丸君，欢迎你的到来。”
和原来的世界中不同的是，本来应该持续两年的第三次忍界大战因为长门，弥彦的出现而提前结束，同时受了他们影响的还有大蛇丸。木叶四八年底，回到木叶的大蛇丸重启了他的实验，结果出现了意外，被三代火影猿飞日斩发现。
他拿一些孤儿来做关于写轮眼和柱间细胞的移植实验，在这一次大战中，大概三成宇智波族人死于大蛇丸的暗杀，这件事情震动了整个木叶和村子里的居民。本来已经是板上钉钉的四代火影的大蛇丸也因为这件事情被直接撤销了身份。
并且三代火影要将他抓回进行惩处，然而在他们想抓大蛇丸的时候，大蛇丸已经在小丑屋之中和亚瑟进行交谈。这个木叶里会隔绝所有感知，并且没有人会随便探知亚瑟秘密的地方。
之后大蛇丸彻底消失在了忍界之中，三代火影将大蛇丸定为了木叶多年以来最大的叛忍之一，而远在他国的纲手和自来也接收到这个消息的时候，选择一笑了之。似乎对于出现这样的事情，自来也和纲手已经毫不意外了，而自来也也没有选择回村寻找大蛇丸即使收到了三代火影的传讯，而是选择继续陪伴着纲手完成两人的旅途。
而在木叶村中，此时的三代火影猿飞日斩已经在位十几年快二十年的时间，他也已经年近四十岁了，由于木叶的传送中的三忍，纲手的离村，大蛇丸的叛逃还有基本上已经不回来的自来也，不知从何时开始出现了对于三代火影在任的质疑声。
在时间的熏陶，和亚瑟的刻意安排下，这样子的质疑声在整个村子里开始发酵起来。
整个木叶村都在这样的质疑声下变得有些动荡起来，尤其是之前的第三次忍界大战的余韵还没有完全消失，整个木叶高层开始进行商讨，而在团藏和其余长老的支持下，新的火影选举提案被一致通过。
虽然现在的村子里没有任何自己派系的相关人员，但是迫于压力，三代火影猿飞日斩不得不开始了新的选举，名为第四代火影的选举。
这一提议瞬间就将之前的质疑声和大蛇丸叛逃的消息给整个冲刷掉了一般，迅速在整个村子之中引起了热议。谁会成为下一代火影成了现在整个村子里最为令人兴奋的话题，每个人都有自己的猜测和想法，毕竟现在适合成为火影的人并不是很多。
经过几轮的提议和淘汰还有全村的投票选举之后，由于年龄过大，需要有朝气蓬勃的年轻人来担当火影的理由给淘汰掉的团藏大骂可恶。最终新的四代火影被全村票选了出来。
亚瑟的小丑屋中，玖辛奈正在一旁好奇地寻找新的有意思的东西，此时的她仿佛恢复到了十八岁的年龄一样，本和水门同龄的她现在却宛若水门的妹妹。
“恭喜你啊，水门，不，是不是该称呼你为第四代火影呢。”亚瑟嘴里带着调侃向着眼前的水门说道。