当时朝廷更打算派侍中劝止桓温，可见桓温在当时的威望极高，足以动摇朝廷。然而，桓温北伐其实得不到举国同心支持，故申胤才有言：“晋室衰弱，温专制其国，晋之朝臣未必皆与之同心。
故温之得志，众所不愿也，必将乘阻以败其事。“第三次北伐大败而回，就已令桓的威望大降，只仍因其权倾朝野，故此促使他放弃外讨增加名望，转而对内行废立。
于是桓温在太和六年（371年）废黜晋废帝，并且诬陷武陵王司马晞等人，遂更令其威势比皇室更盛。
然而，始终因为此败，桓温无法达成其篡位计划，始终受制于王坦之和谢安等士族人士。桓温大败后，北伐之事亦再没进行。
桓温虽在第二次北伐夺回洛阳，但进兵时占据的司、兖、青、豫地区其实在桓温班师后就被前燕所陷，数年后洛阳亦得而复失，可见战果其实不甚持久。
桓温在第三次北伐后耻于大败，将罪责归于未能开通石门水道的袁真。
袁真不甘心被诬，于是向朝廷申诉，然而朝廷怯于桓温而不敢处理，袁真于是以寿春降燕。桓温直至太和六年才平定。
桓温北伐过后，东晋的北伐行动亦暂告一段落，而前燕与前秦亦因第三次北伐合作而派使者互相往来。然而，前燕使者郝晷见燕政不修而前秦大治，竟向王猛透露前燕虚实。
另外，慕容暐后悔当日割虎牢以西土地的承诺，竟然反悔不给，于是触怒前秦天王苻坚，开始进攻前燕。前燕终在前秦的军事行动下亡于前秦。前秦渐渐崛起。
桓温生活简朴，富有军政之才，很熟悉兵法，也善于用兵，但并不是一个出色的军事家。其战绩是负多胜少，而且多数是先胜后败。
桓温一生主要有四次征战，即一次西征和三次北伐。西征之役胜之侥幸；第二次北伐虽胜，但规模不大；第一、三次北伐则都是惨败而归。这有主客观二方面的原因。
从主观上来说，桓温北伐不是真正想收复中原，而是志在立威，企图通过北伐，树立个人威信，伺机取晋室而代之。
因此，他在作战中务求持重，在大好形势下常常观望不进，贻误战机。桓温确实很熟悉兵法，也善于用兵，但还不是一个出类拨萃的军事家。用兵贵在多谋善断，相机而动。
桓温于此却略逊一筹。他多次在大好形势下观望不进，虽与他志在立威，无意真正北伐有关，但也反映出他用兵不善于捕捉战机，缺乏灵活性。
从客观上来说，东晋君臣无意恢复失地，志在割江自保，又桓温权势日增，朝廷对其深怀戒心，因此其北伐得不到真正的支持。
当桓温大军进展顺利之时，申胤就曾预料说：“以温今日声势，似能有为，然在吾观之，必无成功。何则？晋室衰微，温专制其国，晋之朝臣未必皆与之同心。
故温之得志，众所不愿也，必将乖阻以败其事“。这是正确的分析。
房玄龄在监修《晋书》时，将桓温与反臣王敦并列一传，并评价道：
桓温挺雄豪之逸气，韫文武之奇才，见赏通人，夙标令誉。时既豺狼孔炽，疆场多虞，受寄捍城，用恢威略，乃逾越险阻，戡定岷峨，独克之功，有可称矣。
及观兵洛汭，修复五陵，引旆秦郊，威怀三辅，虽未能枭除凶逆，亦足以宣畅王灵。既而总戎马之权，居形胜之地，自谓英猷不世，勋绩冠时。
挟震主之威，蓄无君之志，企景文而慨息，想处仲而思齐，睥睨汉廷，窥觎周鼎。复欲立奇功于赵魏，允归望于天人；然后步骤前王，宪章虞夏。
逮乎石门路阻，襄邑兵摧，怼谋略之乖违，耻师徒之挠败，迁怒于朝廷，委罪于偏裨，废主以立威，杀人以逞欲，曾弗知宝命不可以求得，神器不可以力征。
岂不悖哉！岂不悖哉！斯宝斧铖之所宜加，人神之所同弃。然犹存极光宠，没享哀荣，是知朝政之无章，主威之不立也。
播越江濆，政弱权分。元子悖力，处仲矜勋。迹既陵上，志亦无君。罪浮浞，心窥舜禹。树威外略，称兵内侮。惟身与嗣，竟罹齐斧。
桓温死之后，桓家就落入了桓冲手里。
桓冲，东晋名将，字幼子，小字买德郎，谯国龙亢（今安徽怀远）人，宣城内史桓彝第五子，大司马桓温之弟，桓楚武悼帝桓玄之叔。
历征虏将军、振威将军、江州刺史，丰城公等。桓温死，他历中军将军、都督江扬豫州军事、扬豫二州刺史，徐州刺史，车骑将军，荆州刺史、江州刺史等职。
忠于晋室，虽桓氏与陈郡谢氏有所冲突，但仍以国家为重，牺牲宗族利益，将原本桓温时取得的扬州刺史职位让给谢安，自愿出镇外地。
后与谢氏于东西两边协力防御前秦的进攻，助东晋于淝水之战中获胜，太元九年（384年）逝世，追赠太尉，谥曰宣穆。后桓玄称帝，追赠太傅、宣城王。
桓冲初任鹰扬将军、镇蛮护军、西阳太守。晋穆帝永和十年（354年），桓冲跟随桓温北伐前秦，更在白鹿原击败苻雄。
战后因功迁都督南阳、襄阳、新野、义阳、顺阳、雍州之京兆及扬州之义成七郡军事、宁朔将军、义成新野二郡太守，镇襄阳。
永和十二年（356年），桓冲再随桓温北伐，最终姚襄兵败逃走，据有洛阳的周成投降，收复洛阳。桓冲因功进号征虏将军，于穆帝升平四年（360年）赐爵丰城公。
不久，桓冲迁振威将军、江州刺史、领镇蛮护军、西阳、谯二郡太守。
然而在晋哀帝兴宁元年（363年），原本在桓温北伐时投降的姚襄旧将张骏趁桓冲在江陵而未到江州上任，率众杀害江州督护赵毗，更抢掠焚毁武昌的官库，然后北归。
桓冲则派将领讨平张骏，并到江州上任。兴宁三年（365年），桓温于上一年迁扬州刺史、录尚书事，当年内镇至姑孰，桓冲则进监江州、荆州之江夏和随郡、豫州之汝南西阳新蔡颍川三州六郡诸军事、南中郎将、江州刺史、假节，其余如故。与兄长桓豁分掌江荆二州。