拓跋焘推行的政治政策一定程度上有利于社会安定，推进了鲜卑）封建化的进程，但拓跋焘毕竟是封建帝王。
没有摆脱民族的界限，更没有停止过对各族人民的压迫和剥削，因此，在拓跋焘统治时期，民族矛盾和阶级矛盾仍然十分尖锐。
卢水胡是匈奴别部，因居于卢水而得名，自东汉以来聚居于湟中（今青海湟水两岸），其后渐分布于秦、陇，杏城镇（今陕西黄陵西南）等地。
后魏平定关中后，在这里设置军镇，加强对卢水胡的控制。大魏政府迁徙泸水胡人，加重其赋税。太平真君六年（445年），关中地区爆发了卢水胡盖吴领导的武装起义。
起义爆发后，魏长安镇副将元纥率军前往镇压，被击败。于是，关中各族人民尽皆响应，起义军扩大到十万余人。
分兵三路，一路由白广平率领向西南攻取新平（今陕西彬县）、安定（今甘肃临泾）；一路向东南攻取临晋（今陕西大荔南），从东面威逼长安；盖吴自领一军攻取李润堡（今陕西大荔北），直插渭北，准备进攻长安。
拓跋焘急忙调发高平镇（今宁夏固原）敕勒骑兵赶赴长安，又令将军长孙拔调集并、秦、雍三州之兵屯守渭北。
与此同时，聚居于河、汾间的河东蜀在薛永宗领导下于太平真君六年（445年）十一月袭击魏在河东的牧场，夺取马匹，组织了一支三千余人的骑兵，在汾曲（今山西新绛附近）发动起义。
盖吴派人和薛永宗取得联系，薛永宗接受盖吴的任命为秦州刺史，先后攻取闻喜（今山西闻喜）、弘农（今河南灵宝），逼近潼关，队伍亦发展到五万余人。
两支起义军连衡相应，结成犄角之势，声威大震，北起杏城，南至渭北，西抵金城（今甘肃兰州），东及河东，以陕西中部为中心，包括甘肃东部、宁夏东南部、山西西南部、河南西北部的广大地区都处于起义军的控制和影响之下。
盖吴派使臣赵绾上书宋文帝，希望刘宋政权能出师河、陕，形成对北魏南北夹攻的态势。
在关中统治摇摇欲坠的情况下，拓跋焘亲自领军征讨，他采取分兵牵制、各个击破的策略，由殿中尚书乙拔将三万骑讨盖吴，西平公寇提将万骑讨白广平，自领主力进攻薛永宗。
太平真君七年（446）正月，大军兵临汾曲，利用当地豪强建立壁垒，隔断薛永宗和盖吴的联系，随后乘起义军没有戒备的情况下发起突然袭击，镇压了这支起义军。
二月，拓跋焘率军渡过黄河，至洛水桥（今陕西大荔境内）。盖吴闻讯后北撤，在杏城遭到魏军包围，损失严重，再次上书宋文帝，希望刘宋政权能出师援救，但未能如愿，八月，盖吴被叛徒所杀，起义军被镇压。
在镇压盖吴起义的过程中，拓跋焘对沿途响应起义的各族人民进行了残酷杀戮，力图以民族高压政策来扼杀反抗斗争，暴露了其统治者的本性。
柔然在魏朝建立之初就是其大敌。拓跋焘十二岁便远赴河套抗击柔然的入侵，把边塞军务整顿的有声有色。
始光元年（424年），拓跋焘即位后不久，柔然可汗牟汗纥升盖大檀率六万骑兵进犯云中（今内蒙古和林格尔），拓跋焘率轻骑赴击，被柔然军包围达五十重，拓跋焘声色刚毅威严，不为所动，这才稳定了军心。
后北魏军射杀柔然大将於陟斤，柔然乃退。始光二年（425年），拓跋焘整顿兵马，突袭柔然，大破柔然军队主力。从此，拉开了魏朝对柔然的战略大反攻的序幕。
神麚二年（429年），拓跋焘分兵两路，取道黑山（今内蒙古和林格尔西北）和大娥山，大举攻打柔然。拓跋焘亲自率领轻骑军长途奔袭，出奇制胜，很快就抵达栗水（今蒙古西北翁金河），俘虏敌军甚众。
这次的战果十分辉煌，被称为北魏破柔然之战。
从光始元年（424年）至太平真君十年（449年）的25年间，拓跋焘13次率军进攻柔然，击溃高句丽等柔然附属部落，扩地千余里，后设六镇抵御柔然入侵。
终于使柔然“怖成北窜，不敢复南”，“边疆息警矣”。从此之后，柔然一蹶不振。这是既汉武帝重创匈奴之后，中原王朝对北方游牧民族的又一次重大胜利。
崔浩历仕魏道武帝拓跋珪、明元帝拓跋嗣、太武帝拓跋焘三朝，无论是平定北方、西域诸国还是对南朝作战，崔浩的谋策都对大魏军队的胜利起到了决定性的作用。
后崔浩官至司徒。
但是就是这样一个善于谋略的大家，却不善自谋。他自己笃信道教，就讽喻魏太武帝灭佛。拓跋焘言听计从，寻个机会在全国大杀和尚，毁灭佛寺。
而当时后魏上至太子、公卿，下至庶民百姓，信佛的人不计其数，崔浩此举得罪了一大批鲜卑贵族。加之崔浩主修国史时，又直书其原，不避忌讳，内容涉及大魏王朝先辈许多同族杀戮、荒**乱的史实。
文人喜功，崔浩又把国史铭刻于石碑上，费银三百万，方一百三十步，想使内容万代流传。
鲜卑贵族、诸王以及嫉恨崔浩的群臣纷纷上言，惹得拓跋焘怒不可遏，这位还未完全开化的胡人武夫，他不仅尽诛崔浩全族，又族诛与崔浩有姻亲关系的范阳卢氏，河东柳氏以及太原郭氏。
由于燕赵汉人的几个大族遭受沉重打击，魏朝一直欣欣向荣的制度性汉化蒙上了一层阴影。《魏书》评价：崔浩才艺通博，究览天人，政事筹策，时莫之二，此其所以自比于子房也。属太宗为政之秋，值世祖经营之日，言听计从，宁廓区夏。
遇既隆也，勤亦茂哉。谋虽盖世，威未震主。末途邂逅，遂不自全。岂鸟尽弓藏，民恶其上？将器盈必概，阴害贻祸？何斯人而遭斯酷，悲夫！
后世研究魏史的专家，无不对崔浩被诛一事深加推究，以为此事件是魏朝上层统治阶级内部“胡汉矛盾和斗争的结果”。
确实，崔浩掌权后，“齐整人伦，分明姓族”，提高了汉人高门的地位，从某种程度上抑制了鲜卑勋贵的跋扈。