金色光芒与银色孢子的碰撞在海面炸开，沈砚的意识突然被卷入记忆的漩涡。破碎的画面如潮水般涌来：远古时期，一群科学家在百慕大三角发现神秘蓝晶矿脉，这些晶体不仅蕴含着超越时代的能量，还能与人类基因产生共鸣。为了防止这份力量失控，他们创建了"守渊者"组织，将蓝晶封印在"深渊之眼"装置中。
然而，画面突然扭曲，沈砚看到一个戴着乌鸦面具的身影站在实验室中央，手中握着半块晶体。"我们需要更强大的力量，"那个声音冰冷而疯狂，"机械进化才是人类的未来！"原来，零号组织的创始人正是当年守渊者的首领，他暗中篡改了深渊之眼的程序，将其变成了基因改造的恐怖机器。
"这就是真相..."沈砚的声音在记忆空间中回荡。当他回过神时，发现自己正漂浮在量子共振器的核心区域。这里布满了密密麻麻的基因锁链，每条锁链上都刻着不同文明的符号，而中央的猩红晶体，正贪婪地吞噬着所有生物的基因数据。
乌鸦面具人的机械巨像追了过来，它的手掌拍在共振器上，引发剧烈震动："放弃吧！整个地球的基因库都在我的掌控之中，你们根本无法..."他的话被一声轰鸣打断，银发老者收集的孢子样本突然在密封罐中产生异变。那些孢子并没有机械同化的特性，反而开始吞噬晶体的能量。
"原来如此！"沈砚眼中闪过一丝光芒，"这些孢子是守渊者制造的反制武器，专门用来抑制机械病毒！"他迅速将样本倒入共振器的能量循环系统，孢子如星火燎原般扩散，所到之处，机械纹路开始崩解，被同化的士兵们也逐渐恢复意识。
乌鸦面具人发出愤怒的嘶吼，机械巨像的胸口裂开，露出里面跳动的巨型晶体："既然你们找死，那就一起陪葬！"晶体开始急速膨胀，整个共振器即将爆炸。沈砚知道，只有用基因钥匙重启深渊之眼的原始程序，才能彻底扭转局面。
他冲向晶体，却在半路被一道暗紫色屏障挡住。苏晴的意识体再次出现，她的身体已经变得十分微弱："让我来..."蓝光融入屏障，屏障开始出现裂痕。沈砚趁机将基因钥匙插入晶体，无数基因链从钥匙中涌出，与共振器中的锁链交织在一起。
随着一阵耀眼的光芒，所有的机械装置停止运转，猩红晶体化作漫天星光。乌鸦面具人露出了真面目——竟然是沈砚失踪多年的父亲！"为什么？"沈砚的声音带着颤抖。父亲摘下了面具，眼中闪过一丝愧疚："为了寻找让你母亲复活的方法...但我已经无法回头了。"
说罢，父亲的身体开始透明化，他将手中的半块晶体交给沈砚："这是开启百慕大核心的关键...答应我，不要让历史重演。"晶体消失的瞬间，沈砚手中的基因钥匙突然发出共鸣，在虚空中投射出一张全球地图，上面标记着十几个闪烁的红点——那是其他尚未激活的深渊之眼。
"新的挑战开始了。"沈砚握紧晶体，望向远方。苏晴的意识体渐渐消散，化作一道蓝光融入他的身体："我会一直与你并肩作战。"而在地球的某个角落，一个神秘人正注视着这一切，他的手中握着一张照片，照片上是沈砚的父亲和一群穿着白大褂的人，他们身后是巨大的深渊之眼装置......