且说孙策破了皖城，刘勋闻讯大惊，星夜回军彭泽，孙贲、孙辅出兵截杀，刘勋大败，逃往流沂（今湖北鄂城），向黄祖求救。
黄祖派他的儿子黄射率水军五千人来援，徐盛以不到二百人的兵力抵抗，杀伤黄射的部队千余人。
其后主动出战，大败黄射，黄射被击退后再也不敢前来侵犯。
孙策挥师进攻，刘勋败逃，与刘晔一起投奔曹操，黄射也逃跑了。孙策又得到刘勋两千多兵士和一百多艘战船，于是，乘胜进攻黄祖。
公元199年（建安四年）十二月八日，孙策进至西陵（今湖北宜昌），欲攻江夏郡治沙羡（今湖北武昌西金口）。
刘表派侄儿刘虎和重将南阳人韩唏带领长矛队五千人赶来支援黄祖。
十一日，孙策率周瑜、吕蒙、程普、孙权、韩当、黄盖等将领同时并进，自西陵峡而下，与敌大战。黄祖几乎全军覆没，韩唏、刘虎战死，黄祖只身逃走，黄祖的家眷及战船六百艘被孙策俘获，黄祖部下士兵被杀死及淹死的有数万人。
孙策在给朝廷的奏折中说：“臣身跨马阵，手击急鼓，以齐战势。吏士奋激，踊跃百倍。心精意果，各竞用命。越渡重堑，迅疾若飞。火飞上风，兵激烟下，弓弩齐发，流矢雨集。可谓惊心动魄”。可见战况之激烈。
孙策一鼓作气，东进豫章，驻军椒丘（江西新建县北），他对功曹虞翻说：“华歆虽有名望，但不是我的对手。如果他不开门让城，一旦发动进攻，不会没有死伤。请你就在他的面前，讲明我的意思。”
虞翻就先去拜见华歆，说：“听说您与我郡的前任太守王朗在中原地区都享有盛名，受到海内的一致尊崇，虽然我居住在偏远的东方，心中常常景仰。”
华歆说：“我不如王朗。”
虞翻又说：“不知豫章郡的粮草储存，武器装备以及民众的勇敢斗志，比我们会稽郡如何？”
华歆说：“远远比不上。”
虞翻说：“您说名望不如王朗，是谦虚之词；但兵力精强比不上会稽，则正如您的判断。孙将军智谋出众，用兵如神。以前，他攻破扬州刺史刘繇，是您亲眼所见；再向南平定我们会稽郡，您也一定有耳闻。
如今，你要固守孤城，自己已知粮草不足，不早作打算，后悔就来不及了。现在孙将军大军已到椒丘，我这就回去，如果明天中午迎接孙将军的檄文还没送到，我就不能与您再见了。”
华歆说：“我久在江南，常想北归家乡，孙将军一到，我就离开。”
于是，华歆连夜赶写迎接孙策的檄文，第二天一早，就派人送到孙策军前。
孙策随即领军前进，华歆头戴葛巾，身着便装迎接孙策。孙策对华歆说：“您年高德劭，名满天下，深为远近人心所归；我年幼识浅，应当用子弟拜见长辈的礼节见您。”
于是，孙策按照子弟的礼节拜见华歆，将华歆尊为上宾。
孙策攻克皖城时，安抚照顾袁术的妻子家小；等到他进入豫章，又运送刘繇的棺柩，厚待刘繇的家属，士大夫因此而称赞孙策。孙策从豫章郡中分出一部分，设立了庐陵郡，任孙贲为豫章太守，孙辅为庐陵太守，而留周瑜镇守巴丘。
孙策还先后击破乌程当地的邹佗、钱铜及嘉兴王晟等小范围割据势力，自195年至199年，历经横江之战、当利之战、牛渚之战、秣陵之战、梅陵之战、江乘之战、曲阿之战、固陵之战、东冶之战、海西之战、陵阳之战、勇里之战、皖之战、彭泽之战、流沂之战、沙羡之战、群贼击破战等大小战役十数，竟无一败绩。
用时4年，仅以千余之兵，得中国三分之地，江东统一战至此全部结束。
曹操闻孙策平定江东，叹息说：“狮儿难与争锋也！”于是，曹操就上表推荐孙策担任讨逆将军，封吴侯。
台骀对此并无意见，只是感叹曹操会为人处世，此借花献佛之举既博得孙策好感，对他亦无坏处，若朝廷不允，江东肯定会怀疑是台骀背后捣鬼。
曹操又把从弟曹仁的女儿许配给孙策的弟弟孙匡，又让自己的三子曹彰娶了孙贲的女儿。并以礼征召孙策的弟弟孙权、孙翊，命扬州刺史严象推举孙权为茂才。曹操久慕王朗之名，向孙策请求归还被俘虏的会稽郡太守王朗，孙策还其人情，便送王朗返回京师。曹操十分重视王朗，任命王朗为豫州治中。
中原两大势力的战斗马上就要见分晓了，这是关系到生死存亡的终极对决！南方的战斗也接近了尾声，然而刚刚平静下来的江东依然隐藏着许多不安定的因素。
刘表派遣从子刘磐与南阳人黄忠（字汉升）共守长沙攸县（湖南省株洲市辖县）。
刘磐为人骁勇，数次为寇于艾（今江西修水西）、西安（今江西武宁西）诸县。孙策于是分海昏、建昌为左右六县，以徐盛为建昌都尉，治海昏，又升任潘璋为豫章郡西安县长。
自从潘璋任西安县长以来，贼寇便不敢入境侵犯，邻县建昌又有盗贼作乱，潘璋转任建昌县令，加授武猛校尉，讨伐盗贼，一个月内就把盗贼全部平定，又召集本地的散兵游勇，得到八百多人。徐盛并督诸将共拒刘磐，于是刘磐绝迹不复为寇。
会稽郡功曹魏腾（字周林）因刚毅不折而曾经得罪孙策，孙策要杀死他，众官员忧虑恐惧，却又无计可施。
虞翻赶紧告知孙策的母亲吴夫人，于是吴夫人倚着大井的栏杆，对孙策说：“你刚刚开创江南的局面，诸事都还没有安顿，正应该礼贤下士，不念过失，只记功劳。魏功曹在公事上尽职尽责，你今天杀了他，那么明天别人都会背叛你。我不忍心看到你大祸临头，还是先投井自杀了省心。”
孙策听了母亲的诉说，心中大为震惊，马上省悟了过来，领会了母亲的良苦用心，于是立刻释放了魏腾并对其礼遇有加。
魏腾的家族也是会稽郡的望族之一，他们在会稽郡乃至江东地区都有较大的影响力与号召力。
孙策刚刚据有江东，处于开基创业之时，根基还没有稳固，势力还没有壮大，会稽郡以及江东的一些大族，有的还处于敌对顽抗的状态，没有完全归顺；有的还处在徘徊观望之中。
孙氏要想立足江东，处理好与他们的关系，才是永久之计。
对于魏腾的处置，孙策就算一怒之下杀了他，在那个动乱的时代，也不是什么大不了的事，但其影响则会是很大的，它会影响到一些大族的归顺去留，甚至激起更坚决的抵抗。
吴夫人能清醒地认识到事态的严重性，以及它所产生的负面影响，并能及时地现身说教，义释魏腾，这对稳定江东士族的心有很重大的影响。
建安四年，孙策攻下皖城后主动向徐州陈登部发难，派孙权跨江进攻陈登所守匡琦城（射阳县附近）。敌军十倍于陈登守军，陈登镇静自若，命将士们严阵以待。为迷惑敌人，陈登下令紧闭城门，偃旗息鼓，示弱于敌。
陈登登上城楼，仔细观察敌军，认为可以出击，突然打开城门，将士们如下山猛虎，奋勇杀出，向敌阵冲去。
孙权所部猝不及防，被陈登军冲乱，溃不成军，失去指挥。陈登亲自擂鼓，将士奋勇冲杀，孙权军很多士兵登船不及，被杀死淹死者不计其数，大败而回，陈登取得全面胜利。
不久，孙权率大军卷土重来，再次进攻广陵郡。
陈登一面向曹操告急，一面做好应敌准备。他暗中命人在救兵来援的必经之地聚积柴草，隔十步一堆，纵横成行，布列整齐，然后乘夜点燃，光照远近。
孙权军发现后，误以为救军已到，十分惊恐。陈登见时机已到，亲率大军出击，一举击溃孙权军，再次取得了保卫广陵的胜利。
因为广陵地接长江，向来为江东孙策所觎觊。
广陵太守陈登并不像华歆、王朗等束手就毙，而是加紧谋划，以图孙策。
说到底陈登还是想维持自己家族在徐州的势力，不愿意孙策这个小霸王横插一脚来打压自己的家族。
陈登的父亲建议陈登选派机警善辩的亲信诈降孙策，伺机谋杀，而陈登以为不然，陈登认为孙策军中有现成的忌恨孙策之人，于是陈登一面上表曹操以求支援，一面广派间谍，联络孙策宿敌旧部。
因为孙策以雷霆之势占据江东，杀害首脑，兼并部众，得罪的势力甚多，内部统治很不安定，就比如此前先杀害吴郡陆康，后又结好陆氏子孙，其他未处理之隐患更是数不胜数。
陈登联系到此前许贡等人的旧部在孙策帐下任职的裴午阳，令其想办法谋取要职，伺机陷害、离间大臣，挑起孙策与当地世族的争端，并培养亲信，设法传递要情。
这时有吴郡名士高岱，字孔文，隐居在余姚地方。
孙策让陆昭去请他，自己虚心等待。
听说高岱精通《左传》，孙策也预先玩读，想跟高岱讲论一番。
裴午阳利用孙策自尊心强而又专制，于是乘机离间二人，先对孙策说：“高岱认为您英武有余，文采不足，您跟他讲《左传》，他如果回答说不懂，便是他瞧不起您了！”
孙策暗记在心。
裴午阳又对高岱说：“孙策为人，最不喜别人超过自己。他如果问你《左传》的事，你就说不知道，这才合他的意。如果跟他讲论辩难，可就危险了！”
高岱信以为真。