万历四十一年，在内阁首辅叶向高的举荐下，方从哲复起出任吏部左侍郎，没过多久便升为礼部尚书，授东阁大学士，正式入阁。方从哲的火速升引起朝野间议论纷纷，舆论大致分为了两派：一边认为方从哲傍上了叶向高这棵大树，是被叶首辅当做接班人在培养，以后必然是作为东宫得力干将而接任首辅之位；而另一边则认为方从哲能够复起完全是因为诅咒案叶首辅放了翊坤宫一马，皇帝作为对他的回报才听从了他的推荐。而众所周知，叶首辅作为太子的有力支持者历来在皇帝面前都是不讨喜的，等他致仕回乡后，方从哲的前途也必将渺茫。两边的揣测虽南辕北辙，但有一点却是相通的，那便是——方从哲，是叶向高的人，也是东宫的人。
可随后发生的一些事，却让方从哲的立场变得有些扑朔迷离。
乾清宫内，万历召见了叶向高与方从哲两位阁臣。由于目前内阁除了首辅叶向高以外，便只有同时被授予东阁大学士的方从哲与吴道南，而吴道南还未上京赴任，所以站在皇帝面前的叶、方二人便可以说是朝堂上百官意见的代表。今日之事，万历若能让他们屈服，也就是让百官屈服了。
“说说吧，为何户部将朕增设拨款的旨意给驳回了？叶大人，你跟朕解释一下。”御座之上的万历有些不耐烦，朝臣们这次未免太过得寸进尺了，再不敲打一番，怕不是要骑到头上来了。
叶向高对皇帝的脾性早就摸透了，色内厉荏之辈罢了。在加上自己在这首辅之位上也坐不了多久了，因此并不怵他，有什么话也就直接说了：
“回陛下，早先户部已按例拨款二十万两为福王兴建府邸，如今陛下又要追加二十万两，这花费委实过多，恐怕对福王的名声也不是什么好事吧？”
万历有些气短，本来诅咒案导致福王不得不去洛阳就藩就让他十分不爽，如今不过是想给儿子在那边修座好宅子享受也被这些人推三阻四，实在也太不将皇帝放在眼里了：
“福王的名声还轮不到叶大人来操心，你只管将银子给朕拨出去就行了。”
“恕难从命。闽浙近期有折子递到内阁，皆言消失已久倭国海盗又重现踪迹，请户部拨款整饬军备。如今户部左支右绌，好不容易才把钱凑齐，陛下一道旨意便要拿走二十万，是要置闽浙百姓的安危不顾吗？陛下若是要为修建王府增加拨款，大可以增发内帑，臣拿到钱自然会安排工部将此事办好。”叶向高开始耍无赖了。
万历一听到“内帑”两个字，气不打一处来，敢情又打起自己私房钱的主意了：
“叶向高，亏你也有脸再向朕讨要内帑！辽东军费不足，李成梁天天哭穷，要不是朕掏出三十万两银子内帑支应，你也不怕被饿疯了的边军给砍了！”
“这天下都是陛下的，辽东缺钱陛下自然应当支应。更何况陛下的御弟潞王当初兴建府衙也不过花费二十万两，福王当侄子的比皇叔还要多花一倍的钱，怎么也说不过去吧？大明就没有花四十万两银子给王爷建府的先例！”叶向高知道宫里每年压榨江南富商的矿税都不止这个数，自然对万历的说法不为所动，一番话说得义正言辞。
“你……”万历为之气结。
正在双方吵得不可开交的时候，一直站在殿中没有开口的方从哲突然幽幽地说了句话：
“其实，是有先例的。”
叶向高不可置信地看着这个自己一力推荐的东阁大学士，恍然间以为自己听错了他说的话。而万历则是喜笑颜开地说道：
“还是方先生通晓本朝旧例，叶大人终究差了一筹。方先生快说，哪位王爷有此先例？”
“世宗皇帝第四子，封邑在德安的景恭王。”方从哲平静地说道。
“当初景恭王在世时就因行事奢靡而饱受诟病，你如今还让福王去效法他？真是溜须逢迎之辈，本官当初瞎了眼才会举荐你这等小人！”叶向高有情绪有些激动了。
方从哲不为所动，倒是万历皇帝帮他说话了：
“叶大人怎可随意辱骂同僚？方先生只不过据实已告罢了，何错之有？既然已有先例，便不用再议了，朕会再下一道旨意，便由方先生来安排拨款一事吧。”
叶向高气得狠瞪了方从哲一眼，头也不回地冲出了乾清宫，任由狼狈为奸的君臣二人安排增加拨款的具体事宜。万历看到他气急败坏的样子显得很开心，眼前的方从哲倒是越看越顺眼了。
要是以增加拨款修建福王府一事就认定叶向高看走了眼，推举了一个唯命是从的奴才的话，仿佛又说不过去。因为不久之后发生的另一件事，方从哲又表现出了截然不同的立场。
户部的款项在东阁大学士方大人的安排下很快便拨到了工部河南司，福王府的二期工程即刻便开始动工了。按照之前诅咒案后万历与百官的约定，福王朱常洵是应该即刻动身去洛阳就藩的，可事到临头皇帝却又开始耍赖了，这次找的理由是王府的二期工程还在修建中，等竣工之后再让福王走。
群臣傻眼了，敢情方大人代表大家让步给你拨了二十万两银子，反到成了福王不去洛阳的理由了？天下哪有这样的道理？不过这次，方从哲却表现出了东阁大学士应有的担当，不吵不闹，直接手底下见真章。先是追回了拨出去的银子，让工部河南司的人暂停营建；然后查了未来福王府的衣食住行相关供应，所有逾制的全部裁了；接着上疏抨击王府庄田侵占民田，要求丈量彻查庄田的实际亩数。
干完这一切，方从哲十分光棍地上了道请辞的折子便不管了。这次轮到万历傻眼了，一套釜底抽薪的组合拳有理有据，打得他无话可说。福王就藩是迟早的事，要是为了拖些时日让他以后要吃下这么大的亏，无论如何也说不过去。万历没有办法，只能老老实实地定下福王就藩的具体日期——来年三月二十四日。不过方从哲也很懂事，见目的达到也不再深究，收回了自己的几道命令。
这两件事下来，无论皇帝还是朝臣都明白了一个道理，东阁大学士方从哲，他谁的人也不是。他认为叶向高不合规矩时会支持皇帝，他认为皇帝过火时会奋起反击，这个人，是个完全的中立派。
他的辞呈万历当然没有批。叶向高致仕后必然要选出一位新的首辅，新首辅若是唯命是从的人，在朝臣那儿肯定过不了关。就算万历强行推个自己人上去，下面的人阳奉阴违的话，“内阁首辅”一职会变成个好听的空壳。但若是选个朝臣认可的上去，天天跟宫里抬杠的话，万历自己又觉得膈应。
这样看来，貌似中立的方从哲，仿佛是一个不错的润滑剂……