曾国藩处理天津教案期间，在江宁发生了一件大案，接替曾国藩任两江总督的马新贻在光天化日之下被刺客刺杀。清朝开国以来，封疆大吏在大庭广众之下被刺杀，这还是第一例。
清廷得知这一噩耗后，立即任命曾国藩为新任两江总督，空出来的直隶总督位子，由李鸿章接任。这意味着，年老体弱的曾国藩，又得长途跋涉，去往南方做官了。
曾国藩临行前，慈禧太后多次接见了他。对这位即将远行的老臣，慈禧太后似乎有太多的话想要说。
慈禧太后问及天津教案的后续处理情况。曾国藩回答道：“人犯尚未处决。李鸿章给微臣来信说，将在二十五日行刑。”
慈禧太后又问及直隶练兵的情况。曾国藩答道：“微臣招募了新兵三千，加上前任直隶总督官文训练的四千兵，一共是七千。微臣还想再招三千，合成一万。这件事情微臣已经和李鸿章商量妥当了，一切都按照之前奏定的章程办理。”
慈禧太后又问曾国藩回到两江后，将如何练兵，预防洋人的进攻。曾国藩回答说：“这确实是一件值得忧虑的事情。以目前中国海军的实力，还不足以在海上与洋人决战。做好防守才是最关键的。微臣准备在长江两岸及江中要害之处，继续加修炮台，以抵御洋人的战舰。至于陆师方面，前任两江总督马新贻训练的两千兵，微臣到任之后，继续加以训练，就足够应付局面了。”
带着慈禧太后的殷切希望，曾国藩再一次就任两江总督。他所遇到的第一件麻烦事，就是查出马新贻被刺一案的幕后真凶。
马新贻是李鸿章、郭嵩焘、沈葆桢等人的同年。在他们这一榜的进士中，马新贻算是考得比较差的一个，最后被分发到安徽做知县。凭着出众的行政能力，马新贻一步一步往上爬，终于做到了两江总督。
这一天，他带着少数几个随从从外边回来，刚到达官署后院门口时，被一个叫张文祥的河南人刺中。
堂堂的两江总督，在官署后院门口被刺杀，实在是一件怪事。但这还不是更奇怪的。最奇怪的是那位刺客。他在刺中马新贻后并不逃跑，反而高声叫喊：“我叫张文祥，总督是我杀的，快来抓我！”结果束手就擒。张文祥的反常行为使得这件奇案更加增添了几许神秘色彩。人们纷纷猜测这个叫张文祥的河南人到底有着怎样的背景，他为什么要刺杀两江总督马新贻。
随即，相关官员展开了对张文祥的审讯，但审讯结果令大家都感到非常惊奇。张文祥可能是一个不错的小说家，编造了好几套故事，东说一句西说一句，令那些审讯他的官员根本找不着北。连在北京的慈禧太后听到审案的情况后，都觉得非常奇怪，她对曾国藩说：“马新贻这事，岂不甚奇？”
关于马新贻被刺一案，社会上议论纷纷，各种猜测到处流传。其中有的人猜测指使张文祥刺杀马新贻的，是长江水师提督黄翼升。更有人大胆地指出，站在黄翼升背后遥控这件事的，就是曾国藩。
长江水师的前身就是湘军水师。攻克江宁之后，曾国藩主动裁撤湘军，但他把湘军水师留了下来，准备以它为基础，建设中国近代海军。在曾国藩、彭玉麟的规划下，湘军水师正式改编为长江水师，成了朝廷的经制军队。
本来，最适合做长江水师首任提督的，是湘军水师元老彭玉麟。杨岳斌离开湘军水师统带陆师后，彭玉麟成了湘军水师唯一的统帅。由他来出任长江水师首任提督，本来是理所应当的。但彭玉麟这个人，不喜欢做官，他早就和曾国藩商量好，一旦长江水师走上正轨，他就回家养老去。在这种情况下，曾国藩不得不启用二等将才黄翼升。就这样，黄翼升成了湘军水师的第一任提督。
黄翼升这个人，作战能力还是不错的，但他有个致命的缺陷，过于放纵手下的将士。长江水师在他的带领下，迅速腐化。不少长江水师士兵公然干起了违法勾当，杀人劫财、奸淫掳掠，无所不为。老百姓怨声载道。
曾国藩对黄翼升的所作所为是有所了解的，但他选择袒护黄翼升。黄翼升和曾国藩的私交是非常好的，曾国藩晚年一直想找一个小妾服侍生活，替曾国藩经手这件事的就是黄翼升。
这种情形给普通民众造成一种这样的感觉，黄翼升以及长江水师之所以为所欲为而没有遭到惩罚，全是因为位高权重的曾国藩在袒护他们。所以，当刺马案发生后，很多人都怀疑幕后的真正主使，就是远在天津的曾国藩。他们认为，清廷将曾国藩调往直隶任总督，同时任命马新贻为总督，这是牵制湘军集团、削弱曾国藩的行为，所以曾国藩才痛下杀手，命黄翼升找人把马新贻给刺杀了。
曾国藩在审讯张文祥的过程中所表现出来的那种模模糊糊的态度，更加加重了人们对他的怀疑。不少人坚信，幕后的真正主使人就是曾国藩。
民众的质疑虽然是荒诞不经的，朝廷也不可能相信这种质疑，但这种普遍的来自社会底层的声音，还是令曾国藩感到背脊发凉。之前，他就因处理天津教案过于软弱，成为老百姓一致指责的对象，现在，他又因为不能证实自己与张文祥刺马一案毫无瓜葛而被广大群众质疑。这对曾国藩的打击是非常大的。他的肝病越发严重了，视力也越来越弱了。
谁都知道留给这位老人的时间不多了，但谁也不敢想象，大清帝国失去了这位中流砥柱，会变成什么样子。他的得意弟子李鸿章，能够挑起中兴大清的重任吗？
从审理完张文祥刺马案到1872年初曾国藩逝世，中间有一年多时间。除了继续整顿两淮盐政，继续推进洋务大业之外，曾国藩做的最重要的一件事，就是连同李鸿章等人，基本上完成了对美国派出首批留学幼童的所有准备工作。当这些幼童漂洋过海，带着亿万中国人的殷殷期盼，学习美国先进的科学技术的时候，为他们留洋做出了重要贡献的曾国藩，已经静静地躺在了长沙周边的一处墓穴里。这里，离他青年时就读的岳麓书院很近，很近。
“是非成败转头空。青山依旧在，几度夕阳红。”当滚滚向前的历史浪潮将曾国藩这些重要人物远远地抛在身后的时候，我们不能忘记他们为国家，为民族作出的重要历史贡献。
1872年3月12日午后，曾国藩依旧像往常一样出外散步。饭后千步走，活到九十九，这是曾国藩笃信不疑的养生法则。但这一天，他刚走出去没多久，就觉得脚有些麻，连忙对着一旁的曾纪泽喊道：“脚麻，脚麻！”
曾纪泽小心翼翼地将父亲扶到椅子上。曾国藩端坐在椅子上，貌似闭目养神，其实已经在不知不觉中平静地离开了人世。虽然大家都害怕这一天的到来，包括慈禧太后、恭亲王奕等人都是这样，但这一天最终还是到来了，大清帝国的重要砥柱崩塌了。大清帝国还能不能中兴，就看曾国藩的那些弟子们，李鸿章、沈葆桢、丁日昌、彭玉麟、李瀚章这些人的作为了。其中，李鸿章无疑是最重要的。
曾国藩虽然逝世了，但曾家的传奇并不没有结束。他的长子曾纪泽承袭了一等毅勇侯，后来成为著名的外交家，为中国收复伊犁做出了重要贡献。他的次子曾纪鸿，在数学方面也做出了不小的成绩。曾国藩的其他后人，也在各行各业做出了各自的成绩。他们都在延续着曾国藩的生命，都在帮助曾国藩完成他那没能实现的振兴中华的梦想，这是他们共同的中国梦，也是所有中国人共同的中国梦。
曾国藩虽然逝世了，但他给中国历史带来的长远影响并没有结束。他开启了中国近代化的大门，在他逝世后的两百多年间，无数的先进中国人沿着他开辟的道路，致力于中国的近代化、现代化事业。今天，中国已经成为了一个经济发达、社会文明的强大国家。曾国藩以及他们那一代人（包括左宗棠、李鸿章等人）的中国梦，基本上可以说是实现了。
曾国藩既是大清王朝的维护者，没有他清朝或许会提前几十年倒台，但同时，曾国藩又是清朝真正的掘墓人。
随着湘淮军的崛起，督抚的权力越来越大。随之，中央政府在地方的权威越来越小。“外重内轻”的权力格局最终导致了清朝的灭亡。
在太平天国起义之前，清朝督抚的权力，相对来说是不大的。一般来说，督抚不能很好地掌握一省或数省的民政、财政、按劾、司法、军事、人事任免等等重要权力。
布政使掌管一省的民政、财政，直接隶属于礼部和户部，不受督抚节制。各省地丁漕折全都由布政使负责征收、解运，督抚不得干涉。清代国家财政高度集中于中央，只留下极少数地丁银、漕折银作为地方财政支出。督抚没有银子，就不可能有大的兴革，只得完全听命于中央。
按察使掌管一省的按劾、司法，直接隶属于刑部，也不受督抚节制。督抚干涉一省的按劾、司法，会遭到按察使的抵制。
督抚又不能掌握兵权。督抚一般是文人，不善用兵，一省的军权一般来说都掌握在提督手中。一旦爆发大规模的战争，朝廷会指派经略大臣前往处理，督抚往往只需从旁协助即可。兵从各省绿营中抽调，粮饷由户部调拨，完全不需督抚操心。
督抚也不能很好地掌握人事任免权。根据清代的制度，三品以上官员的任免，先由军机处在记名人员中选择几名，差额呈进，最后由皇帝朱笔圈定简放。督抚不能任免三品以上官员。布政使是从二品，按察使是正三品，督抚是不能任免的。
三品以下的文官分别由皇帝、吏部、督抚任命，三品以下的武官分别由皇帝、兵部、总督、提督任命。督抚可以任命其中的一小部分，但名额是固定的，不能随意增加。
太平天国起义后，这种局面发生了重大变化。起义爆发的最初两年里，清廷国库中的存银便完全用光，无法向经略大臣提供粮饷。于是，经略大臣只得请求督抚提供粮饷，在督抚的卵翼之下苟且求活。督抚为了供给粮饷，就必须截留原本需要运往京城供户部调配的地丁漕折。这样一来，督抚就掌握了一省或数省的财政大权，原本用来钳制督抚的布政使逐渐被架空。掌握了财政大权后，督抚便可以按照自己的意愿做许多事，按察使、提督等都被架空。督抚纷纷组建自己的军队，掌握军权。
与之俱来的另一重大变化，就是原属中央的人事任免权力，有很大一部分落入到了地方督抚手中。布政使、按察使等重要省级官员的任命，大多遵照督抚的意愿行事。
更有甚者，邻省督抚的任命，朝廷有时也征询地方督抚的意见。咸丰、同治以来，这种例子很多。比如，清廷就曾向曾国藩咨询江苏、浙江两省巡抚是否胜任，并请曾国藩推荐合适人员。曾国藩认为江苏巡抚薛焕、浙江巡抚王有龄都没有特别的才能，很难在混乱局面中立足，并向朝廷推荐李鸿章取代薛焕、左宗棠取代王有龄。
从曾国藩身上我们就能看出，获得督抚实权对于一个统兵大将来说是多么的重要。1860年以前，曾国藩掌握兵符但却没有督抚实权，所以他不能干涉吏治、民政、财政，也就不可能有所作为。1860年江南大营溃败后，清廷不得不授予曾国藩督抚实权，从此以后他便可以名正言顺地干涉好几个省的吏治、民政、财政。事实证明，这是他最终取得成功的关键因素。
经过中日甲午战争以及八国联军侵华战争后，中央政府的威信遭受重创，各省的独立倾向进一步发展，督抚俨然成了各省真正的皇帝。比如，八国联军侵华时，两江总督刘坤一、湖广总督张之洞、两广总督李鸿章、山东巡抚袁世凯等人，就曾实施“东南互保”，差不多就是宣布独立。清朝最终被手握重兵的实力派袁世凯推翻，也正是督抚专权局面发展到最后的必然结果。
曾国藩曾经和他的重要幕僚赵烈文谈及过这一话题，当时赵烈文就曾预言清朝会在五十年以后土崩瓦解。后来的事实证明，赵烈文的预言是非常准确的。
1867年夏季的某一天，曾国藩和赵烈文在书房中闲谈。曾国藩对赵烈文说：“我听说京城现在的风气很不好。光天化日之下也有人抢劫，乞丐众多，布满市集，某些妇女甚至连买裤子的钱都没有，只得光着身子到处跑。老百姓太穷困了，恐怕会造反，怎么办啊？”
赵烈文回答说：“天下大势，合久必分，分久必合。我朝统一天下至今，已经超过两百年，到了该分裂的时候了。当今朝廷，在根子上已经烂掉了，即便诸葛武侯复生，也无法施救。只是当今皇上的威势尚在，所以中央政府才得以勉强维持，天下也就没有土崩瓦解。然而，督抚的权力日渐增大，分裂的局面日渐形成。烈文估计，不出五十年，中央政府必将瓦解，而各省也将纷纷独立，各自为政，我朝也就寿终正寝了。”
赵烈文的话非常大胆、直白，因而深深地刺痛了曾国藩的心。曾国藩沉思片刻后，长叹了一口气，然后说：“会像晋、宋那样南迁重新立国吗？”
赵烈文说：“恐怕会直接灭亡，不能南迁。”
曾国藩沉默许久，然后说：“我朝的皇帝，比前朝的好多了。我朝的结局，应该不会像你所说的那么惨。”
赵烈文说：“我朝的皇帝是不错，但是老天已经给了我朝长达一百多年的康雍乾盛世，回报已经够多的了。我估计，幸运不会再光顾我朝。我朝夺取天下太容易，而诛戮太多，扬州十日，嘉定三屠，伤害了多少汉人的心，终有一天，汉人要起来报复的。所以，即便有好皇帝，也挽救了我朝覆亡的命运。”
曾国藩听后，更加伤心，他对赵烈文说：“我现在就盼着早点死，免得亲眼看到社稷覆亡。”
当时，曾国藩并不信服赵烈文的看法。后来，他去京城见到慈禧太后和恭亲王奕等决定国家命运的关键人物之后，才慢慢地认可了赵烈文的看法。曾国藩觉得，慈禧太后、奕等人都没有特别的才干，很难带领国家走向中兴。
除了造成督抚专权的局面以外，湘军的崛起还给清政府带来了另一个致命的隐患，那就是哥老会势力的迅速发展。
湘军主力被曾国藩裁撤后，湘军士兵纷纷回到湖南老家。这些人刚参军的时候，非常淳朴忠厚，但历经几年甚至十几年的征战后，他们逐渐变得油滑起来。他们在安庆、江宁见到大城市人们的生活后，逐渐抛弃了他们祖祖辈辈信仰的农村生活理念，譬如“勤俭兴家”之类的。
这样一来，当他们重新回到农村，他们的生活方式便与从军前完全不同。他们不愿从事辛苦的农业劳动，只知道坐吃山空，而且他们花钱都很大手大脚，从不考虑未来。他们在军营中辛辛苦苦积攒起来的饷银，很快就被他们花光了。他们又以功臣自居，不服官府的管制，于是和官府的矛盾也日益加剧。
为了获得生存和对付官府，他们选择联合起来，结成一个反清的团体，这就是哥老会。这些人都是经历过生死的，天不怕地不怕，什么事都敢干。这样，他们的存在就对湖南的治安构成了巨大的威胁。
曾国藩的家乡湘乡县，被裁撤归乡的湘军士兵最多，后来哥老会的势力也最大。湘乡团练办理哥老会案件极为操切，曾国藩弟弟曾国潢尤其是这样，想要诛戮殆尽。曾国藩不以为然，写信劝他睁一只眼闭一只眼。曾国藩明白物极必反的道理，他知道要是把哥老会逼急了，他们随便编出一些曾国藩想拥兵造反的谣言来，曾家都将面临灭顶之灾。
曾国藩默许哥老会的存在，使得哥老会在湘乡得到迅速发展。1870年初，哥老会首领赖荣甫组织会众在湘乡起义，起义军一度发展至上千人，声势浩大。湖南巡抚调集上万兵力，经过多次血战，才最终将起义镇压下去。大规模的哥老会起义，敲响了清王朝的丧钟。
曾国藩逝世后，哥老会的势力就迅速地向长江流域发展。到光绪中期，上至荆州、岳州，下至江、皖，两千里长江，全都成了哥老会的势力范围。当时，醇亲王奕譞、淮军将领刘铭传等人奏请裁撤长江水师，彭玉麟坚决反对，他的理由就是长江两岸哥老会势力猖獗，需要长江水师随时予以弹压。
后来，革命党在长江两岸发动的多次起义，大多有哥老会的参与。在辛亥革命中，哥老会积极参与，为推翻清王朝做出了重要贡献。曾国藩一手创建起来的用以维护清王朝统治的湘军最终演变成了埋葬清王朝的主要力量，这真是历史对曾国藩的一个极大讽刺。
历史是不以人的意志为转移的，无论曾国藩怎么努力，想出多少改革的办法，也是无法挽救清王朝的。这是曾国藩的宿命，也是清王朝的宿命。