自九洑洲被太平军占领后，淮盐经长江运往长江中游的通道被阻断。后来，苗沛霖称雄淮北，淮盐经由陆路运往湖北的通道也被阻断。淮盐几乎无法运往它原本的引地湖北、湖南、江西等省，这些省的食盐市场逐渐被川盐、粤盐等占据。
淮盐很难运出去，即便冒险运出去也很难销售。一方面，食盐市场已经被物美价廉的川盐、粤盐等占据，淮盐的需求量已经不大。另一方面，湘军到处设立厘卡，在缴纳重税之后淮盐的价格肯定不低，在物美价廉的川盐、粤盐等面前，毫无竞争力可言。淮盐常年滞销，两江的财税收入受到了很大的影响。
中国人不敢运，洋人可不怕。他们的船只可以自由通过太平军重兵驻守的九洑洲，太平军不敢惹他们。他们从不向沿途的湘军厘卡缴纳厘金。这样一来，他们销售的盐价格很低，销路比较旺盛。他们的这一做法，明显违背了他们国家与清政府签订的相关条约中的相关规定。
中国的盐商看到洋人运盐发了大财，便和洋人商量，借用他们的船只运盐。洋人贪图重利，自然愿意充当这些商人的保护伞。于是，这些中国盐商从盐场引进淮盐，装上洋船，堂而皇之地通过九洑洲，运往上游。他们仗着洋人的权势，从不向湘军设立的厘卡缴纳厘金，因此盐的销售价格也很低，销路也比较旺盛。
1860年曾国藩就任两江总督后，便着手整顿盐务，但当时长江江面仍有很长一段被太平军控制，很多的工作无法开展。1861年湘军攻克安庆，第二年又攻克金柱关，逐渐控制了除九洑洲以外的长江航道。曾国藩开始查禁洋人运盐以及中国盐商借用洋人船只运盐。
曾国藩的这一行为，自然遭到了洋商的拼命抵制。双方矛盾冲突加剧，甚至差点引起外交纠纷。
1861年湘军攻克安庆后不久，有一艘洋商船只因为没有缴纳厘金，被湘军扣押。船上的两名洋人百般狡辩，还要求面见曾国藩。曾国藩接见了他们，对他们说：“我已经行文总理衙门，相信总理衙门会召集各国公使商讨，拿出一个切实可行的办法来的。如果总理衙门说你们无须缴纳厘金，那么即便你们现在缴纳了厘金，将来我们也是要退还的。如果总理衙门说你们必须缴纳厘金，那么即便我现在将你们放了，你们以后也得如数缴纳厘金。”
湘军扣船事件引起了轩然大波。英国水师提督派代理提督葛肋西以及李泰国的弟弟李华达驾驶兵轮从下游开往安庆，将他的一封亲笔信交给曾国藩。
曾国藩得知英国人驾驶兵轮前来，非常担心他们会有更大的挑衅行为，甚至借此事为名，武装侵略中国。
英国水师提督在信中要求曾国藩迅速将扣押的船只及船上的人员释放。面对侵略者的武装恐吓，曾国藩不得不做出让步。他写信告知英国水师提督，如果查明被扣留的船只确实是英国商船，而不是打着洋人旗号的中国商船，那就一定无条件释放。
第二天，前来的送信的葛肋西、李华达两人要求面见曾国藩，当面商讨后续事宜，曾国藩答应了他们的请求。
这可能是曾国藩与洋人最早的一次接触。葛肋西按照西洋的礼节，脱下帽子表示尊敬，又伸出右手准备与曾国藩握手。曾国藩很讨厌这些横行霸道的洋人，不愿按照他们的礼节行事，于是站起身来，按照中国的礼节，对着两人做出拱手礼，然后重新端坐在座位上，弄得葛肋西好不尴尬。
葛肋西、李华达的气焰非常嚣张，武装恐吓的意味非常明显，这激起了曾国藩的民族自尊心。事后，他对同他一起接待葛肋西、李华达的李鸿章、曾国荃两人说：“洋鬼子在中国横行霸道，中国却没有任何办法抵御，想起来真是令人痛心疾首！”
1863年，湘军攻克九洑洲。不久之后，苗沛霖集团也灰飞烟灭。淮盐运往湖北、湖南、江西等省的通道重新畅通。曾国藩开始着力整顿盐政，以增加两江的财税收入。曾国藩的整顿盐政，主要从两方面着手：一个是恢复淮盐的传统引地，比如湖北、湖南、江西等省；另一个是推行所谓的“保价整轮”政策，加强对淮盐产销的行政干预。
1863年底，曾国藩就制定了一个《淮盐运楚章程》，试图将川盐从湖北、湖南等地驱逐出去。该章程规定，对于运往湖北、湖南等地销售的川盐，每斤加收八文钱税钱，五文归两淮盐政，三文归鄂湘督抚，以争取两湖方面的支持。
然而，这一政策并没有取得很好的效果。由于税收加重，很多四川盐商选择躲避厘卡贩运，而政府又没有那么多的精力去仔细查禁，最终导致两湖的盐税收入大为减少。鄂湘两省的督抚当然不希望出现这种局面，于是他们出面抵制曾国藩的新政策。曾国藩第一次试图收复淮盐引地的努力也就付诸东流。
到了1868年底，第二次出任两江总督的曾国藩再次试图收复淮盐引地。他在给朝廷的上奏中说，湖北、湖南两省是淮盐的重要引地，川盐行楚之前，淮盐盐课十分之六都是湖北、湖南两省创造。能否收复湖北、湖南两省的引地，关系到两淮盐政改革的成败。
曾国藩又说，自川盐行楚以来，四川盐商经常躲避厘卡贩运，真正缴纳厘金的不足一半，国家的财政收入遭受巨大的损失。两湖的督抚们，不是不知道这些弊端，但他们都不愿意舍弃川盐行楚给两省财政带来的巨大利益，因此暗地里抵制淮盐入境。
曾国藩接着说，川盐在运道、盐色、筹运以及销路等方面，都比淮盐有优势。如果朝廷不采取断然措施，禁止川盐行楚，那么淮盐就不可能销售出去，两淮盐政改革也就不可能成功，以往作为国家财政重要组成部分的两淮盐课也将不复存在。
清廷收到曾国藩的奏章后，命湖广总督李鸿章、四川总督吴棠等相关人员上奏会议这件大事。
之前就与曾国藩矛盾重重的李鸿章在这件事情上，依旧站在曾国藩的对立面。李鸿章上奏称，川盐行楚不能立即禁止。
李鸿章说，他在同治四、五年担任代理两江总督期间，也曾主张恢复淮盐的传统引地湖北、湖南等。然而，当他来到湖北就任湖广总督后，才发现事情非常的复杂。如果立即禁止川盐行楚，将会对湖北的食盐贩销造成致命的打击。
李鸿章接着说，如果禁止川盐行楚，与之相关的数万工人都将失业，将会对社会安定造成极大的威胁。湖北每年从川盐行楚中抽取的厘金收入，超过一百万两。川盐由于失去了传统引地云南、贵州，只能销往湖北，否则就会大量积压。四川省财政每年从川盐行楚中获得的收入，也在七十万两以上。一旦禁止川盐行楚，两省的财税收入都将大为减少，各种协饷、京饷、军饷都会没有着落，局面势必会大乱。
最后，李鸿章拿出了一个解决的办法，那就是在湖北设立一个配销局，负责对销往湖北的食盐进行分配，其中川盐占八成，淮盐占两成。以后可以逐渐加大淮盐的销售比重，直到恢复战争前的状态。
李鸿章的这个“八二配销”的办法得到了清廷的同意。与此同时，四川总督吴棠也表示，既然湖北方面拿出了这个“八二配销”的办法，那就不妨试一试。面对这种形势，曾国藩不得不放弃原来的主张，同意按照李鸿章的办法行事。
这样一来，“八二配销”的方案暂时得到了各方面的认可，很快便在湖北实行了。然而，这一方案仅仅实行了一年多，曾国藩就发现有点不对劲了。
1870年，曾国藩再次出任两江总督，整顿两淮盐政依旧是他的重点工作。他发现，虽然湖北方面在荆州设立了配销局，但淮盐销售的引数不到川盐的三分之一，并且川盐每引的斤数要大大超出淮盐，所以淮盐名义上是占两成，其实一成都没占到。
于是，曾国藩又向朝廷上奏，试图改变配销的比例。曾国藩说，即使不能立马禁止川盐行楚，也应该使淮盐在湖北的销售比重大于川盐，或者淮盐占八成，川盐占两成，或者淮盐占七成，川盐占三成，都是可以的。但川盐的销售比重绝对不能超过四成。不这么做，两淮盐政改革就不可能成功。
曾国藩又说，事情的关键取决于湖广总督的态度。如果湖广总督向着川盐，川盐的销售就会旺盛；如果湖广总督向着淮盐，淮盐的销售就会旺盛。湖广总督应该以大局为重，舍弃川盐行楚可能给湖北带来的那点小利益，为淮盐的重新振兴做出努力。只要湖广总督切实地占到淮盐这边来，两淮盐政愿意补偿湖北财政因此而减少的收入。
曾国藩的言下之意，是在埋怨前任湖广总督李鸿章。这时候的李鸿章，已经调任直隶总督。接替他担任湖广总督的，是他的哥哥李瀚章。
李瀚章和李鸿章一样，在抵制川盐行楚一事上阳奉阴违，所以，曾国藩的改革政策不可能得到真正的贯彻。随着时间的推移，曾国藩越来越感觉到，这种配销的方式是不行的，必须划分区域销售，夺回部分淮盐引地。
在曾国藩的运作下，湖广总督李瀚章、四川总督吴棠、湖南巡抚王文韶终于同意支持他的想法，在湖北实施划区域销售。1872年初，他们联名上奏，请求清廷同意他们的新办法。
曾国藩在奏折中说，由于川盐行楚，淮盐的销售非常困难。川盐色白味咸，质量较淮盐好。另外，川盐运往湖北是顺流而下，不仅路程短而且运输很容易，所以价格很便宜，而淮盐运往湖北是逆流而上，路程远，运输也困难，所以价格很高。这样一来，老百姓自然会购买味美价廉的川盐，而不会选择淮盐。所以，川盐行楚虽然是违反常规的事情，但一时半会想要彻底禁止，是很难做到的。为今之计，只能采取划区域销售的办法，将来时机成熟了再彻底禁止川盐行楚。
曾国藩说，经过他和湖北、湖北两省的督抚反复商量，最终决定将武昌、汉阳、黄州、德安四府划为淮盐销售区域，川盐不能在这些地方销售，将安陆、襄阳、郧阳、荆州、宜昌、荆门五府一州划为川盐销售区域，淮盐可以这些地方设点零售。
曾国藩又提议撤销一些行政机构。之前所设立的配销局，作用不大，予以撤销。湖北省因川盐行楚，而在武昌、汉阳、黄州、德安四府，也就是湖北淮盐销售区域内设立的抽取川盐盐课的厘卡，也一并予以撤销。
清廷在这年的夏天同意了曾国藩的这一规划。这一规划也成为了解决晚清川盐行楚问题的最终方案。不过这时候，曾国藩已经作古，他没能看到夺回淮盐引地所取得的这一阶段性成果。
这一时期，曾国藩除了试图恢复淮盐引地之外，在盐政方面采取的最重要措施就是在淮南实施“保价整轮”。
“保价整轮”实际上是政府权力对于市场自由调节经济发展的一种强制干预。商人将盐运往引地，不能随意销售，必须先到政府部门挂号，然后按照政府部门的安排，依次销售。一次销售多少，价格是多少，这些商人都不能做主，都必须听从政府部门的调节。在这种制度中的盐商和纲盐制下的盐商一样，只是政府用来运输食盐的工具，丝毫不能发挥积极性和能动性。
另外，曾国藩还在淮南恢复票盐制。但曾国藩所说的票盐，与陶澍所说的票盐有很大区别。陶澍的票盐制改革，打破了大盐商对运销食盐的垄断，极大地调动了小盐商的积极性，充分地发挥了市场自由调节经济发展的作用。这是具有历史进步性的。曾国藩的票盐制改革，则是在开历史的倒车，使淮盐的运销重新回到大盐商垄断的历史老路上。
曾国藩规定：凡是想运盐到湖北、湖南、江西三省引岸销售的盐商，最少必须承运一张“大票”，也就是五百引；凡是想运盐到安徽引岸销售的盐商，最少必须承运一张“小票”，也就是一百二十引。折合成现银，运一张“大票”需要准备本钱五、六千两，运一张“小票”，需要准备本钱一、二千两。这显然不是小盐商所能拿出的。所以，最终能够运盐的都是大盐商，其中的许多人都和曾国藩有特殊关系。这显然已经背离了票盐制的基本精神，名义上是恢复票盐制，实际上是在向纲盐制倒退。
曾国藩之所以要采取上述措施，主要是想获得较为稳定的财税收入。为了稳定，他不能允许淮盐运销出现混乱局面，他必须掌控一切，将政府的权力伸向淮盐的运销的任何一个环节。
曾国藩的盐政改革，取得一些成效。由于曾国藩的整顿，淮盐的运销在相当长一段时期内秩序井然，淮盐盐课收入也有了较大的增加。但是曾国藩的改革，用简单粗暴的行政干预代替市场调节经济运行，与自由经济背道而驰，注定是要失败的。食盐运销的各个环节都必须通过政府部门的层层审批，这就很难避免官商勾结。所以，曾国藩的改革没能解决清代盐政的根本问题。
曾国藩的盐政改革是晚清盐政向纲盐制倒退的第一步，真正全面恢复纲盐制的是李鸿章。时任代理两江总督的李鸿章，在淮南实施了一个叫做“捐输票本”的政策。“捐输票本”，简单地说就是，只允许曾经向政府捐输过的大商人参与运盐，并且他们在运这一批盐的时候，必须预交下一批盐的盐厘以及五成的盐价。
“捐输票本”实施后，参与运盐的盐商就像纲盐制中的窝商一样，是固定的了。这和曾国藩之前的政策是不一样的。之前曾国藩任两江总督的时候，你只要有钱，能够买得起一张“大票”或“小票”，就能运盐。到了李鸿章这里，如果之前你没有捐输，你就不能运盐了。参与运盐的盐商都是固定的，其他盐商想运盐，只能找有运盐权力的大盐商，请求入伙。这和纲盐制是完全一样的。
很显然，这些获得了运盐权力的大盐商，都是和李鸿章有特殊关系的。这样一来，官商勾结牟取暴利，也就成了常态。“宰相合肥天下瘦”，富了李家，穷了天下。
曾国藩的“保价整轮”以及李鸿章的“捐输票本”，都只是在淮南实施，淮北并没有受影响。1868年，两江总督马新贻将曾国藩、李鸿章的办法搬到淮北。至此，两淮盐政全面恢复纲盐制。
陶澍的票盐制改革给古老的中华大地吹来了市场经济的春风，但在官本位思想非常浓厚的中国，市场经济要想自由发展，实在是太难了。纵观整个中国近代史，官僚资本主义都是中国资本主义的主要形态。
曾国藩的好朋友郭嵩焘对于官僚资本主义的弊端有着深刻的认识，他多次建议清廷扶植私营企业的发展。郭嵩焘认为，政府应该扶植而不是干扰私营经济的发展，商人是国家富强的基石，官有资产也应该交给商人去经营。然而，当时的绝大多数中国人无法理解郭嵩焘的这一重要思想，也就没有多少人愿意支持郭嵩焘。
作为郭嵩焘的朋友，李鸿章对于官僚资本主义的弊端也有所认识，但他在实际操作中，总是采取官督商办的固定模式，始终没能有所突破。认识到了却不能改变，这正是李鸿章最大的悲剧。
与中国的情况相反，同时期的日本在明治维新中，较早地抛弃了官督商办的旧模式，大力扶植私营企业的发展，最终迅速地实现了经济腾飞。
在明治维新初期，日本政府也采取官督商办的方式推行殖产兴业的新政策。结果显示，这种模式是行不通的，企业的经济效益很差，出现了大面积的亏损。在这种情况下，日本政府被迫改弦更张，扶植私营企业的发展。
三菱的崛起就是一个很好的例子。为了与美国的太平洋邮船公司相抗衡，日本政府开始大力扶植私营性质的三菱公司。1875年9月，日本政府发布“第一号及第二号命令书”，给予三菱财政支持。同时，日本政府又将三菱租用的十三艘官船以及旧邮政轮船公司所拥有的二十四艘船，全部无偿送给三菱。日本政府的全面扶植，是三菱迅速崛起的关键。从那时起一直到现在，三菱都是日本民族工业的骄傲。
1880年，日本政府制定《抛售官有工厂概则》，正式宣布以极低的价格将官督商办的工厂全部抛售给私营企业家。这样一来，明治维新初期保留的官僚资本主义的尾巴，被彻底切断。民间资本主义成了日本资本主义的主要形态。
日本历史学家依田憙家在总结这段历史的时候，就曾睿智地指出，日本较早地脱离了官督商办的经济模式，几乎在废藩置县的同时同步形成了民间资本主义，而中国则长期坚持官办陋习，迟迟难以生成民间资本，这是导致中日两国后来命运截然相反的重要原因。
事实上，在晚清，只有搞活市场经济，盐政弊端才能得到根本解决。曾国藩、李鸿章等人的两淮盐政改革与市场经济背道而驰，都是注定要失败的。从这时起直到清朝灭亡，两淮盐政江河日下的局面没有得到任何改善。