天京是太平天国的首都。太平军在这里防御力量，远不是其他城镇可以比拟的。攻克安庆时，曾国荃直辖的军队也就一万多人，但到了天京城下，这支军队迅速扩充至五万余人。大规模的扩军给湘军造成了相当严重的问题，军纪涣散、暮气沉沉，已经成了湘军的常态。当初罗泽南创建湘乡勇时带给士兵的那种奋发向上、积极进取的精神面貌，已经完全不复存在了。
对于曾国藩来说，最严重的问题是无法筹集足够多的饷银。按照常规，湘军每月需要的银两数是士兵数的六倍。也就是说，当初攻打安庆时，曾国藩只需为曾国荃直辖的军队每月提供将近十万两的白银即可。但现在，这一数目上升到了三十多万两。饷银的匮乏成了制约湘军取得最后胜利的关键因素。曾国藩为此绞尽脑汁，焦头烂额。
当时为曾国藩直辖军队提供军饷的省份主要是：曾国藩直接管辖的两江三省，即江西、安徽、江苏三省；湘军的大本营湖广两省，即湖南、湖北两省；东南诸省当中受太平军袭扰最少的广东省。下面我就分别叙述各省为曾国藩直辖军队提供军饷的情况。
首先说说曾国藩的家乡湖南省。湖南一直是湘军最可靠的后方基地，在人力物力财力的供应方面，起到了非常重要的作用。自1854年城陵矶之战后，直至1859年石达开入湘，四年多时间里面，湖南没有遭受太平军的大规模袭扰，在乱世之中获得了难能可贵的发展机会。主持湖南政局的骆秉章、左宗棠又是少有的能人，大刀阔斧地进行了一系列改革，促进了经济的发展。因此，1859年石达开入湘之前，湖南的财政情况是相当好的。
然而，1859年以及1861年，太平军石达开部两次杀入湖南，湖南经济因此遭受重创。1860年至1862年三年之间，湖南又多次遭受水灾，民生凋敝，地丁漕折很难收上来，军饷来源受到限制，而士绅也没有余钱捐给湘军充当军饷。同时，江浙一带被太平军占领，江浙的货物不能运往湖南销售，厘金收入因此大为减少。这一时期的湖南财政相当困难，军饷供给也难以持续。
在这样的一种情况之下，曾国藩不但没有减少对湖南百姓的搜刮，反而变本加厉。1860年夏，曾国藩当上两江总督，主导湘军东征之后，在湖南设立东征局，专门抽厘供给他的直辖军队。其办法就是在湖南征收厘金的基础上再加半厘。这样，过往湖南的商人就要多交一半的商业税，利润空间大为减少，苦不堪言。商人又将损失转嫁到老百姓身上，导致湖南物价飞涨。老百姓买不起东西，日子过得很苦。
曾国藩的这一做法遭到了湖南人民的强烈抵制。有人假借岳麓书院山长之名，写了一篇洋洋洒洒的文章，将东征局说得十分不堪。湖南士大夫纷纷传诵这篇文章，弄得曾国藩名气很臭。东征局也差点因此停办。
东征局里面那些管事的人，都是曾国藩的亲信党羽。他们不甘心失去湖南厘金这块最大的“蛋糕”，于是组织起一帮笔杆子，也写了一篇长文章，逐条批驳那位所谓的岳麓书院山长对东征局的“诽谤”。
最后，在行政力量的高压之下，明目张胆地抵制东征局的行动才被镇压下去。但商人、士大夫暗地里对东征局的抵制，伴随了东征局从设立到撤销的整个过程，从来没有停止过。
从1860年设立东征局至1864年湘军攻克江宁这四年间，湖南依旧为曾国藩嫡系部队供应了大量军饷，平均每个月有七八万两之多。但由于湖南本身财政情况的恶化，湖南不可能承担更多的供饷任务。对于兵员日益增加的湘军来说，依旧把湖南视为军饷的主要来源，已经行不通了，必须从其他省设法筹集到更多的军饷才能够用。
说完湖南，再来说说湖北。自1857年初湘军将太平军赶出湖北后，一直到1861年陈玉成突破鄂东北防线杀入湖北，这四年时间里，湖北并没有遭遇大的战祸。擅长行政的湖北巡抚胡林翼开展湖北新政，湖北的财政情况得到了根本的改善。湖北也因此得以与湖南并列，成为湘军的最重要的根据地之一。
然而好景不长。1861年，陈玉成、李秀成两支大军先后袭扰湖北，湖北经济快速发展的势头被终结。这时候，湖北省自顾不暇，自然不能供给曾国藩嫡系部队更多的军饷。
最重要的变化发生在1861年的9月。这个月底，胡林翼在武昌病逝。湖广总督官文迫不及待地总揽了湖北的军政大权。
官文是满人，从情感上他更贴近八旗、绿营，对于日益强大的湘军，他一直存在着敌意。虽然他也为湘军的壮大发展做过一些事情，但也经常搞点小动作，让湘军遭受重大损失。当年，正是因为他不及时派兵救援，才导致湘军李续宾部在三河镇几乎全军覆没。他总揽湖北军政大权后，一改胡林翼在世时的政策，不再积极为曾国藩嫡系部队提供军饷。
除此之外，官文还有浓厚的地方保护主义色彩。凡是那些在湖北境内作战的湘军部队，他都积极提供粮饷。然而，对于那些在湖北以外区域作战的湘军部队，他则漠不关心，在提供粮饷的时候，总是要打折扣。
比如，李续宜的部队在湖北作战的时候，官文提供粮饷的积极性是很高的。后来，李续宜被任命为安徽巡抚，受两江总督曾国藩节制。李续宜的部队也跟随他去了安徽。这时候，官文明确表示，只愿意供给李续宜部六成军饷，不足的部分由曾国藩设法补足。至于那些与湖北毫无瓜葛的曾国藩嫡系部队，比如曾国荃的吉字营，官文更加不愿意提供粮饷。
官文的这种态度，使得曾国藩几乎完全失去了一个重要的军饷来源地，也就是湖北省。这在很大程度上加剧了湘军军饷的紧张。从哪里去把湖北失去的这一块收入补回来呢？曾国藩没有办法，只好打其他省的主意。
说完湖北省，我们再来说说安徽。安徽是太平军与湘军反复争夺的地方，战争几乎没有停过。1861年，湘军攻克安庆后，安徽的局势开始趋于稳定。1862年，陈玉成被杀，湘军攻克庐州，安徽正式稳定下来。以后，安徽基本上没有遭遇大股太平军的袭扰，经济开始得到恢复。
从1860年曾国藩就任两江总督起，至1864年湘军攻克江宁止，在这大约四年时间里，曾国藩虽然设法恢复安徽的生产，但由于之前的破坏太过严重，一时半会还收不到太好的效果。所以，曾国藩想从安徽筹集大量的粮饷用于东征作战，是完全不可能的。
曾国藩在安徽也进行了减漕改革。安徽漕折原本征收的额度并不高，各种耗羡、浮征也不多，和湖南、湖北的情况完全不一样。然而，曾国藩在安徽进行减漕改革的时候，照搬了胡林翼在湖北的办法，结果规定的征收额度过高，不但没有减少漕折的征收，相反倒是增加了不少。曾国藩可能知道这一弊端，或许是军饷筹集的困难迫使他不得不这样做，牺牲老百姓的利益，来完成他的所谓“中兴”大业。
在盐厘方面，由于淮盐水路运输的通道被九洑洲的太平军阻断，而陆路运输的通道又被苗沛霖阻断，淮盐很难运往引地。另外，由于淮盐外运的通道长期被阻断，原本是淮盐引地的湖北、湖南、江西等地的老百姓已经习惯了吃川盐、粤盐等，此时即便有中国商人冒着生命危险将少量淮盐运到上述地方，也很难销售出去。
湖北、湖南、江西等地的督抚也抵制淮盐输入，因为他们都从川盐入楚、粤盐入楚中尝到了甜头，向私盐贩子抽取的盐厘已经成了各省财政的支柱。一旦恢复淮盐引地，则便宜了两江，而损害了自己。长此以往，商人也就不再运输，盐厘收入也就没了。
英国人倒是可以把大量淮盐运到长江中上游来销售，因为九洑洲的太平军不敢惹他们，然而这些黄头发、绿眼睛带着坚船利炮的私盐贩子不可能向清政府交税，这方面的盐厘收入几乎没有。因为不要交税，这些英国人可以将盐以极低的价格抛售，倒也不愁没人买。那些冒着生命危险走正规程序的中国商人可享受不到这么好的待遇。他们要交税，价格就压不下来，而盐的品质又低于川盐、粤盐，买的人很少。总而言之，安徽省在这一段时期内，盐厘收入是很少的。
由上可见，曾国藩想从安徽入手解决粮饷问题，也是不现实的。那么，士兵数不断增加的湘军到底从哪里去争取更多的军饷呢？曾国藩的得意门生李鸿章主政的江苏省，倒是一个增加军饷的好去处。上海是当时中国对外开放的门户，每年关税厘金收入在五百万两白银以上，相当于中国岁入的十分之一。曾国藩之所以派李鸿章组建淮军东下，最主要的目的就是想通过李鸿章控制上海的财政大权，用以解决湘军日益严重的军饷匮乏问题。然而，一向自视甚高的李鸿章会按照曾国藩设想的那样去做吗？
李鸿章在上海站稳脚跟后，很快掌握了上海的财政大权。作为曾国藩的学生，他理应将收入的至少三分之一交给曾国藩，以解决曾国藩嫡系部队日益严重的粮饷问题。然而，这时候的李鸿章已经产生了自立门户的想法。
李鸿章深知，在这个变幻莫测的乱世当中，掌握军队就意味着掌握了一切。他不断扩充作为自己政治本钱的淮军。淮军最初只有几千人，经过李鸿章的不断扩充，达到七万多人。
在饷银发放方面，淮军和湘军有着很大不同。湘军是很少发全饷，每次发饷都要打折扣，并且长期拖欠。没有战事的时候，饷银一直拖欠着。重大战事来临之际，才会赶紧发一两个月的全饷，激励士兵拼命作战。淮军则不同。凭借上海充足的财力，淮军一直都是发全饷的。七万多军队，一个月需要军饷五十多万两，一年就是六百多万两。这样算起来，上海的全部关税厘金收入用来支付淮军的军饷，每年都还少了一百万两左右。
本来上海以外的其他江苏城镇，经济也是较为发达的，但当时大多被太平军占领，少数掌握在清军手中的城镇，也因为战乱经济遭受重创。所以，这些地方的税收收入是不多的。
但是，江苏一省的财政支出，除了淮军军饷以外，却还有很多很多。常胜军、冯子材军、会防军以及官员的养廉银，每月需十余万两，一年就是将近两百万两。每年必可不少的京饷，也需要不少。
这样一来，入不敷出就成了江苏财政的常态。李鸿章也就没有多少银子可以用来支援湘军了。
面对曾国藩的不断催促，李鸿章玩起了他从曾国藩那里学来的“展”字诀。“展”字诀是曾国藩发明的一种官场秘诀，用来对付那些无法解决的事情。“展”字诀，通俗点讲，就是拖时间。事情解决不了，就无限期地拖延。拖过一段时间后，事情就不了了之了。
李鸿章用这种办法对付曾国藩的催促，无论曾国藩怎么催，李鸿章总是含混其词，不给明确的答复。在这段时间里，李鸿章虽然也给了湘军一些银子，但他花在淮军身上的，是这个数目的十几倍。一薄一厚之间，李鸿章自立门户的想法暴露无遗。
李鸿章的忘恩负义，令曾国藩感到恼怒，他在给曾国荃的家书中，多次宣泄对李鸿章的不满。总而言之，对于曾国藩来说，江苏的饷银又指望不上了。军饷到底从哪里来，这个问题还是没有得到解决。
广东省虽然是太平天国的策源地之一，但却没有遭受太平军的大规模袭扰，不能不说是一个奇迹。虽然第二次鸦片战争的战火曾经波及这个富裕的省份，但并没有造成太大的影响。随着粤盐不断向湖南、江西输出，广东的经济在这乱世当中，不但没有倒退，反而更加发达了。
曾国藩一直想从广东筹饷，因为他觉得正是湘军在湖南、江西等地的征战，才使得太平军没有进入广东，广东的安宁才得以保住，广东理应为湘军提供军饷。1862年初，一个叫朱潮的御史上奏提出，由曾国藩主管东南军事，四川、广东等省负责供给粮饷。这真是刚想瞌睡就有人送枕头。曾国藩立马上奏，请求朝廷派人前往广东征收厘金，专门供给湘军。
刚刚掌握中国最高权力的慈禧太后，对曾国藩还是相当支持的。她派了一个叫晏端书的人前往广东。这个晏端书，是曾国藩的同年，关系一直不错。曾国藩得知晏端书南下后，对慈禧太后的决策感激涕零，说：“朝廷知道蜕叟（晏端书，号蜕叟）是我的同年，所以才派他去，真是用心良苦。”
此时，曾国藩对于广东厘金的征收信心十足，他粗略估计了一下，每月可以得到二十万两左右，湘军的军饷问题可以得到彻底解决了。
当时的两广总督劳崇光，也是曾国藩的一位老熟人。当年，正是劳崇光为曾国藩出谋划策，带他去见权倾一时的穆彰阿，才有了曾国藩日后的大红大紫。
既然劳崇光、晏端书两人都是曾国藩的挚友，那么广东厘金的征收按理说应该是不会存在任何问题的。曾国藩的心里也正是这么想的。然而，现实却与曾国藩的理想完全相反。
广东厘金自1858年开始征收，起初奸商勾结洋人抵制征收，后来征收的权限逐渐被一些有政府背景的大商人垄断。大商人倚仗官府的势力横征暴敛，而官员则从中分得红利。所以，晏端书等人在广东主持厘金的征收，必然触犯到这些大商人以及官僚的利益，遭到他们的抵制。
另外，晏端书等人征收厘金是为了供给湘军的，这对广东本省并没有直接的好处。在地方保护主义思想的驱使下，广东上下都不满晏端书等人的行为，都不愿交厘金。
面对这种局面，当年独具慧眼帮助曾国藩出人头地的劳崇光，也不跟曾国藩一条心了。他给曾国藩写了一封信，倾吐他的难处。劳崇光说，广东十多年来，已经支出军饷一千多万两，亏空达到了三百万两，各银库全都空了。广东本省的军队每月需要军饷十三万多两，而厘金收入每月却只有四万多两，缺口有八九万两之多。广东连本省军队都养不活，更甭提供给湘军军饷了。
劳崇光又指责晏端书等人，说他们到处征收厘金，喧宾夺主，什么事都不向他这个总督请示，不仅导致民怨沸腾，而且加剧了广东财政的困难局面。
劳崇光与曾国藩唱反调，清廷不得已，只好换马。新任命的两广总督是曾国藩的老朋友刘长佑。1859年，刘长佑率部在宝庆击败石达开后，入广西作战。1860年即升任广西巡抚，是湘军集团中较早获得督抚实权的将领之一，比曾国藩还早。
在镇压太平天国的过程中，清廷刻意提拔并非曾国藩嫡系的刘长佑、刘坤一两人，有着很明显的牵制曾国藩的意味。刘长佑一直与曾国藩保持距离，但两人之间并没有矛盾，乡谊之情还在。清廷调刘长佑为两广总督，是在支持曾国藩。
清廷又任命曾国藩的好友黄赞汤为广东巡抚。黄赞汤曾经在江西大办捐输，为湘军筹集过许多军饷。这次，在广东厘金征收迟迟打不开局面的情况下，清廷把他调往广东，对他寄予了很高的期望。
之后不久，刘长佑调任直隶总督。两广总督由晏端书继任。这一时期，主持广东厘金征收的，主要是晏端书和黄赞汤。
黄赞汤到任后，对广东财政情况进行了一番详细考察，之后他写了一封信给曾国藩。在这封信中，他虽然批评劳崇光目光短浅，不能体谅曾国藩，但又认为劳崇光对于广东财政情况的描述是符合实情的。黄赞汤还表示，在目前的情况下，广东不可能为湘军筹措大量军饷。接着，晏端书、黄赞汤又向曾国藩提出了一个四六分成共享广东厘金的方案。
种种迹象表明，晏端书、黄赞汤并不能很好地完成为湘军筹饷的任务。清廷只好继续换马，调湖南巡抚毛鸿宾前往广东，任两广总督。毛鸿宾是曾国藩的同年，和曾国藩、胡林翼等人的关系都非同一般，是曾国藩嫡系集团的重要成员。
毛鸿宾举荐曾国藩的好朋友郭嵩焘代理广东巡抚，获得朝廷通过。这样一来，广东督抚依旧都是曾国藩的好友。
郭嵩焘是个典型的书生，见识过人，但却不太会做事。他到广东后，不顾实际情况，试图对广东厘金的征收进行彻底的整顿，又大力倡导捐输。他的这种急躁的做法，遭致广东绅民普遍的抵制。郭嵩焘、毛鸿宾乃至整个湘军，都成了广东人咒骂的对象。
毛鸿宾一看势头不好，把责任都推到郭嵩焘身上。郭嵩焘生性耿直，不太懂得官场的潜规则。面对毛鸿宾的诬陷，他奋起反击，将毛鸿宾贬的一文不值。他甚至对人说：“曾涤生（曾国藩，号涤生）以识人著称，向朝廷推荐不少人才，但就是看错了这个毛寄云（毛鸿宾，号寄云）。”
对于郭嵩焘这个人，曾国藩看得很准，所以他虽然采纳了郭嵩焘的许多重要建议，比如创建湘军水师之类的，但一直反对郭嵩焘出来做事。当他得知郭嵩焘谩骂毛鸿宾后，很不高兴，对身边的幕僚说：“毛寄云也擅长识人，向朝廷推荐的人才也不少。只是看错了这个郭筠仙（郭嵩焘，号筠仙）。”曾国藩的这句话流传很广，一时间，郭嵩焘成了官场的笑柄。
督抚不和，也就不可能筹集到大量军饷。清廷一而再，再而三地换马，但始终解决不了最根本的问题。复杂的利益链条已经将广东绅民紧紧地捆在了一起，外部人士想要打破这种平衡，无异于痴人说梦。
从1862年晏端书到达广东起，到1864年湘军攻克江宁，前后将近两年时间，曾国藩从广东总共得到白银一百一十万两，每月大概四万七千两左右，离曾国藩预想的每月二十万差了三倍多。就是这点银子，曾国藩还必须分出一部分给左宗棠，真正进入曾国藩嫡系部队腰包的，也就几十万两而已，这对于解决曾国藩嫡系部队日益严重的缺饷问题来说，实在是杯水车薪。
和安徽一样，江西也是湘军和太平军反复争夺的地方，经济非常凋敝。但是，为了筹集到足够的粮饷，曾国藩在明知江西已经不堪重负的情况下，依旧试图从江西获得更多。这自然会引起江西官场上下的集体抵制。与江西争夺饷银，是曾国藩在整个镇压太平天国期间，最感到愤懑的事情之一。
和左宗棠在湖南、胡林翼在湖北一样，曾国藩在江西也进行了减漕改革。江西地丁漕折征收的额度本来就不高，各种耗羡、加征也比较少，与湖南、湖北的情况不一样。但曾国藩在进行减漕改革的时候，照搬湖北的模式，结果定的标准过高，不但没有减少漕折的征收，反而增加了。前面说到过，曾国藩在安徽的减漕也存在着同样的问题。这样一来，农民的积极性没法调动，改革也就不会有什么成果。
减漕改革虽然失败了，但在厘金的征收方面，曾国藩却取得了不小的进展。从1856年开始，曾国藩就在江西征收厘金。
和湖北一样，江西的厘金也主要是盐厘。江西历来是淮盐的引地。当时，九洑洲被太平军占领，淮盐无法运往江西，造成了盐荒。于是，大量私盐进入江西。
与此同时，曾国藩为了获得稳定的军饷来源，奏请由湘军组织人员将浙盐运往江西销售，获得朝廷批准。为了保证浙盐的销售，曾国藩必须抵制私盐，最好的办法就是向那些私盐贩子收取重税。于是，曾国藩开始在江西设置厘卡，大量征收厘金。
1860年曾国藩代理两江总督的时候与江西巡抚毓科商定，将江西的主要筹饷源地丁银、漕折银以及厘金一分为二，共同享用。地丁银、漕折银的一半归江西巡抚支配，充作全省行政费用。厘金、漕折银的另一半归曾国藩支配，充作军饷。为了节约军饷，江西本省不养军队。如果遭遇太平军攻击，由曾国藩负责驱逐。
然而，随着战争规模的日益扩大，曾国藩的嫡系部队越来越多，军饷需求也日益增大，曾国藩不得不突破当初的约定，向本属于江西巡抚支配的那一部分税收伸手。
江西巡抚毓科、江西布政使张集馨面对曾国藩日益凶狠的搜刮，被迫起来反抗。张集馨警告曾国藩说，江西每年都入不敷出，如果不提前想办法，就会耽误军需。他要求曾国藩裁撤部分湘军，以减少军饷的供给。他还在私下里指责曾国藩，说他不顾百姓承受能力，一味横征暴敛，是个十足的伪君子、假道学。
张集馨的上述言论使曾国藩意识到，必须通过朝廷罢免毓科、张集馨两人，换上自己的人，后方才能稳固。清廷答应了曾国藩的请求，罢免了毓科、张集馨，并任命曾国藩的亲信沈葆桢为江西巡抚，李桓为江西布政使。
曾国藩以为，换上了自己的人，江西的事就会好办起来。然而，就是沈葆桢、李桓这两个人，后来令曾国藩伤透了脑筋。
李桓的主要问题是渎职、贪污。他纵容手下敲诈勒索商人，商人被迫反击，闹卡之风盛行。部分商人因此停止了货物贩卖。于是，江西的厘金收入大为减少。曾国藩得知后，将李桓革退，又将负责厘金征收的机构大加整顿，在其中安插了更多的亲信成员，以防再出现渎职、贪污现象。厘金征收情况才逐渐有了起色。
相对于李桓来说，沈葆桢更加令曾国藩头疼。沈葆桢和左宗棠、李鸿章一样，心气比较高，离开曾国藩之后就想自立门户。
当时，曾国藩将主要的注意力放在了安徽、江苏两省，对于身后的江西，他很少顾及。太平军趁机袭扰江西，给江西带来毁灭性的灾难。
沈葆桢非常不满曾国藩的作为，为了使江西不遭受更大的损失，他断然下令新招和扩充赣军。这显然违背了当初曾国藩与江西巡抚毓科达成的约定，是对曾国藩的直接挑战。
沈葆桢虽然不满曾国藩，对曾国藩的朋友左宗棠却很友好。当时，左宗棠率军进入浙江，阻挡了太平军进入江西的通道，是江西的一道天然屏障。左宗棠还多次率军进入江西剿杀太平军。曾国藩用着江西的饷银却不为江西办事，左宗棠不用江西的饷银却经常为江西办事，这种滑稽的局面使得沈葆桢终于迈出了背叛曾国藩而与左宗棠联合的第一步。
左宗棠和曾国藩的关系在经过一段蜜月期后，又逐渐恶化。在基本上脱离曾国藩的直接指挥，主持浙江军事之后，左宗棠越来越不把曾国藩放在眼里。曾国藩给他写的信，他经常不回。
就在曾国藩为了各种事情和沈葆桢吵得不可开交的时候，左宗棠却和沈葆桢迅速地联合在了一起，他们组成了一个反曾联盟。日后沈葆桢与曾国藩的斗争，左宗棠是重要的推动力量。
曾国藩和沈葆桢之间的矛盾因为沈葆桢不断截留本该运往曾国藩大营的厘金收入而日益激化。当时，在江西境内的勇丁有三万人之多，需要不少饷银才能养活，在这种情况下，沈葆桢不得不冒着被曾国藩弹劾的危险，一再截留本属于曾国藩的厘金收入。
当时，曾国荃正率领吉字营在江宁城下与太平军苦战。吉字营一直缺饷，饷银拖欠几个月，甚至一两年都是很常见的事。饷银不能按时发放已经严重影响到了士兵的士气。当他得知沈葆桢截留军饷后，非常气愤。眼看就要大功告成，曾国荃可不想因为饷银的事而功亏一篑。他一再写信给曾国藩，请求他严厉责备沈葆桢。
此时的曾国藩，已经不是当年的愣头青了。他知道，越是在这种关键时候，越需要忍耐，小不忍则乱大谋。他选择沉默。为了安慰曾国荃，他通过其他途径筹集到了少量军饷，派人火速送往前线。
曾国藩忍耐，沈葆桢则得寸进尺。1863年，曾国藩给管理九江关税务的官员蔡锦青写了一封信，命他将九江关洋税三万两解送至曾国荃大营。
蔡锦青解送到一半的时候，被沈葆桢发现。沈葆桢将他痛骂了一顿，并且扬言说，如果蔡锦青不将已经解送出去的一万五千两收回的话，就撤他的官。
沈葆桢如此不讲情面，令曾国藩感到非常愤慨。曾国藩想：这个沈葆桢真是太不像话了！他是因为我的保荐才从一个小小的道台直升巡抚的，怎么可以恩将仇报？再说了，即便是普通的上下级关系，他一个江西巡抚也该听从我两江总督的指挥吧！
按照曾国藩以往的性格，碰到这种情况，他早就上奏参劾沈葆桢了。然而，曾国藩这次仍然决定忍耐。他将已经收到的一万五千两白银悉数还给了蔡锦青。
曾国荃得知后，破口大骂沈葆桢，甚至责备大哥太窝囊。曾国藩得知后，只是苦笑而已，并不分辩。
沈葆桢对曾国藩的凌辱还没有结束。在1864年初，也就是曾国荃吉字营与太平天国进行最后决战的时候，沈葆桢再次导演后院失火的好戏，把曾国藩、曾国荃兄弟吓出了一身冷汗。
这年初，沈葆桢并未和曾国藩商量，就擅自奏请扣留原本属于曾国藩的江西厘金收入，用来支付本省军队的军饷，使得曾国藩骤然失去每月数万两的饷源。
更为严重的是，户部不仅批准了沈葆桢的这一奏请，还在复奏中列出几笔事实上并不存在的外省协饷，指责曾国藩广揽利权、贪得无厌。清廷之所以这样做，主要是为了借沈葆桢这个事打压一下曾国藩的气焰。
这件事对曾国藩的打击很大。他和曾国荃辛辛苦苦为了大清江山奋战了十几年，现在终于要大功告成了，清廷却如此的猜忌他。
当时，吉字营欠饷的情况非常严重。如果真的失去江西的厘金收入的话，吉字营很可能会崩溃，攻陷江宁的大业很可能功亏一篑。所以，这次曾国藩不能再忍让了。他必须反击，向朝廷申诉，争取属于自己的权利。
清廷也只是想打压一下曾国藩，他们并不希望因此生出事端，致使垂成之功毁于一旦。最终，清廷做出了裁决，江西厘金一半归两江总督，一半归江西巡抚。
曾国藩虽然失去了江西厘金一半的收入，但却因此获得另外一笔巨款。海关总税务司英国人李泰国背着清政府建立起来的阿思本舰队，被清廷勒令解散。李泰国需赔偿中国白银五十万两。清廷便将其中的二十一万两划给曾国藩。
早在1861年，代理海关总税务司英国人赫德就向恭亲王奕提出建议，应该向英国购买军舰，建立起一支强大的现代海军。赫德认为，当时中国的水师，包括湘军水师在内，都没有太大的战斗力。为了迅速镇压太平天国，同时抵御外国的侵略，必须向英国购买军舰，建立起强大的海军。赫德这样做的意图在于通过控制规划中的海军进一步控制中国，攫取更多的在华利益。
对于赫德的这一建议，恭亲王表示赞同。清政府也表示欢迎。在镇压太平天国以及与英、法等列强交手的过程中，清政府已经意识到了强大海军的重要性。或许他们也知道赫德居心不轨，但当时中国科技实在太落后，根本无法建造新式军舰，所以他们不得不迁就赫德。
赫德向清政府提交了一份购船的清单，得到清政府的同意。随即，赫德以清政府的名义请求当时的海关总税务司李泰国协助他购买军舰。和赫德一样，他也是英国人。他是一个极具野心的英国殖民主义的代表人物。在对华政策上，他主张强硬，认为英国政府应当全面公开地插手中国的内政。李泰国认为，他应当充当中国的海军大臣，并且是唯一的海军大臣。
赫德以清政府的名义请他协助购船，使他认为实现自己在华政治抱负的机会终于到了。作为清政府雇用和任命的中国海关总税务司，李泰国并不认为仅仅参预购买军舰就算完成了使命。相反，他要整个事态朝着他所预期的方向发展。他要全面掌握这支由英国装备起来了舰队，进而控制未来的中国海军。
1863年1月16日，李泰国背着清政府，以中国政府全权代表的身份，与英国海军上校阿思本签订了所谓“合同十三条”，并擅自制订了“英中联合海军舰队章程”。在上述文件中，李泰国规定由自己完全控制这支舰队的指挥权，并且不顾清廷原议，擅自决定舰上人员全部由英国人出任。这将他企图支配中国海军的野心完全暴露了。在做完各项安排之后，李泰国于1863年4月返回了中国。
6月12日。李泰国向总署汇报购买船舰事宜，并附上了一份经费清单。同时。李泰国又向总署提出借用白银一千万两，用来雇佣英国军人。
清政府终于明白了李泰国的狼子野心。包括恭亲王奕、两江总督曾国藩、江苏巡抚李鸿章等在内的一批清廷重臣，全都站出来反对李泰国。
建立一支强大的近代海军，一直以来都是曾国藩的一个重要梦想。他很清楚，湘军水师用来镇压太平天国还可以，但无法抵御列强的坚船利炮。要想不再遭受列强的侮辱，建立新式海军是十分必要的。曾国藩也在为这一目标而努力，他在安庆设立的安庆内军械所，就曾制造出中国的第一艘轮船。
曾国藩认为，为了更快地建设好海军，直接购买西方国家的军舰，也未尝不可，但前提是中国在这件事情上必须独立自主。李泰国建立的这支所谓的阿思本舰队，完全掌控在李泰国的手中，中国完全不能过问。这是曾国藩不能允许的。李鸿章在这件事情上，跟他的老师看法相同。
1863年11月15日，阿思本舰队被清廷勒令解散。随即，李泰国的海关总税务司一职被清政府革去，赫德取而代之，并在这个职位上干了整整四十五年。
舰队解散后，李泰国需要赔偿清政府五十万两白银。正好这时候，曾国藩、沈葆桢因为饷银的事闹得不可开交。清廷便将其中的二十一万两拨给曾国藩，以解他的燃眉之急。
这样一来，曾国藩其实并没有亏。因为太平天国的首都天京在这件事情发生后几个月，就被湘军攻陷了。即便江西的厘金收入悉数交到曾国藩大营，曾国藩最终能得到的，也未必能有二十一万两之多。更何况沈葆桢会经常截留，真正能到手的，只会更少。与其天天催饷，担惊受怕，还不如拿着二十一万现银，更加安心。这样一来，江宁城下的曾国荃吉字营，总算没有因为缺饷而哗变，最终顺利地完成了对太平天国的最后一击。
从这一章的讲述中，我们可以看出曾国藩筹集军饷是多么的困难。湘军的最终“成功”，是多么的来之不易。
曾国藩布置出去的三枚重要棋子，即李鸿章、左宗棠、沈葆桢三人，都背叛了曾国藩，为了争夺饷银，不惜与曾国藩唱对台戏。从中，我们也可以看出人性的复杂性。一般人都是这样，一旦羽翼丰满，就想自立门户。要让一个有能力的人保持忠诚，实在是太难太难。
饷银的长期拖欠，也是导致湘军攻陷安庆、江宁之后大肆抢掠的重要原因。这样的一支靠抢掠老百姓才能养活的军队，退出历史舞台是必然的。湘军攻克江宁后不久，曾国藩就主动裁撤了湘军。各省的供饷压力，这才逐渐得到缓解。