事实证明，李鸿章的担心不是多余的。祁门果然是绝地。曾国藩为了做大清的绝对忠臣，将自己置于如此危险的境地，并且不顾幕僚的一致反对，始终不肯离开祁门。这着实令他的那些幕僚们为他的安全感到非常担忧。
为了巩固祁门的东面，曾国藩命好友李元度带三千兵前往驻守。曾国藩之所以如此重用李元度，主要是因为李元度曾经多次在曾国藩困难之时给予他帮助。第一次是在曾国藩兵败靖港之后。当时，湖南官场幸灾乐祸，曾国藩处境非常困难。李元度前往安慰，曾国藩才渡过难关。第二次是在曾国藩兵困江西时。当时，曾国藩所部被太平军围困在南昌周边，随时都有覆灭的危险。李元度自告奉勇，回家乡平江招募一支军队开往江西，虽然打的胜仗不多，但也为保证曾国藩的安全，做出了重要贡献。
李元度带兵太过宽厚，士兵违反纪律也不忍心按规矩处罚。长此以往，士兵们便不太遵守纪律，战斗力也就不强。曾国藩也知道李元度并非大将之才，但为了报答当年的恩情，仍旧选择信任李元度。
李元度临行之时，曾国藩向他面授机宜：到徽州后迅速坚壁清野，一旦太平军来攻，就凭借牢固的防御工事与他们周旋，切不可贸然出战。
1860年9月30日，李元度率部来到徽州府城。很快，太平天国侍王李世贤就率部对徽州发起攻击。
李世贤知道李元度不是一个沉稳的人，于是想方设法激怒李元度，引诱他出城决战。李元度果然上当，违背了当初曾国藩给他制定的战略方针，主动出城作战，结果刚一交战，就遭遇大败。徽州城也很快落入了太平军之手。
李元度在乱军之中逃出徽州。李元度这个人，书生意气很浓，比较看重面子，打了大败仗的他拉不下脸前往祁门找曾国藩，于是四处晃悠。
曾国藩得知徽州失守后非常着急，因为徽州是祁门的东大门，徽州失陷，意味着祁门将直接面对太平军的攻击。曾国藩又为李元度的安危担忧，但据逃回来的士兵报告说，李元度并没有阵亡，而是躲到了他处。
曾国藩本来就对李元度不遵守他的既定方针，主动出战导致徽州失守感到很愤懑，现在又见他浑然不管如何善后，躲着不出来，更加生气。
李元度在外边晃悠了二十多天后才回到祁门。曾国藩不顾朋友挚情，将他痛骂了一顿。李元度哪里受得了这样的侮辱，一气之下就擅自离开祁门回到湖南老家去了。
这样一来，曾国藩再也不可能原谅他了。曾国藩找来李鸿章，让他起草弹劾李元度的奏章。李鸿章擅长处理公文，曾国藩这一时期的奏疏，基本上都是李鸿章代笔。
当初，曾国藩命令李元度率部防守徽州的时候，李鸿章就坚决反对。李鸿章和李元度的关系很好，他深知李元度这个人虽然学问好，但根本就不会打仗，让他去守徽州，肯定会出事。但是，曾国藩顾念旧情，还是给了李元度机会。
然而这时，曾国藩命他起草弹劾李元度的奏折，却被他拒绝了。李鸿章对曾国藩说：“徽州之败，不是次青（李元度，字次青）的过错。李世贤有十万精兵，
而次青只有三千兵，失败是必然的。老师以信义号召天下，次青是老师的救命恩人，老师不能这么绝情地对待他。老师一定要参劾次青的话，鸿章不敢拟稿。”
一听李鸿章这话，曾国藩更气了。他一把推开李鸿章，拿起笔墨纸砚，来到办公桌前，厉声对李鸿章说道：“你不写，我亲自写！”
一向在曾国藩面前毕恭毕敬的李鸿章这时候脾气也上来了，他对曾国藩说：“老师执意要这么做的话，那么鸿章也不想再侍奉老师了。
曾国藩摆摆手，不耐烦地说：“随你的便。”
李鸿章就这么负气离开了曾国藩幕府，去江西他哥哥李瀚章那里住去了。李鸿章这一离开就是将近一年。当初李鸿章在的时候，曾国藩并不感觉他有多重要，现在他离开了，曾国藩才真正感受到，没有李鸿章的出谋划策、处理公文，真是太不方便了。同时，李鸿章也觉得他除了去曾国藩幕府那里，真的是没有其他地方可去了。到处都是兵荒马乱，没有他的容身之处。
曾李不能分家，作为他俩共同朋友的湘军和事佬胡林翼最清楚这一点。他在曾、李之间做了很多的调解工作，最终使得两人重归于好。1861年7月，李鸿章重新回到曾国藩幕府中。
回头再来说说李元度。李元度兵败徽州后，遭到曾国藩的弹劾丢了官。但很快他又被浙江巡抚王有龄请出，率领八千名“安越军”在江西、浙江一带与太平军作战。曾国藩还是不能原谅李元度，再次上奏弹劾李元度。李元度也因此再度丢官。此后，李元度第二次复出，参与镇压贵州苗民起义。中法战争爆发后，他应好友彭玉麟的邀请，前往广东参与防御事宜。至1887年才病逝。
徽州失守后，太平军对曾国藩所在的祁门发起了一波又一波的进攻。这半年时间，可谓是曾国藩一生当中最惊险的一段时期。
为了解除湘军对安庆的围困，太平天国总理朝政的干王洪仁玕提出了一个南北两路夹击武昌，以迫使湘军曾国荃部退却的作战计划，得到通过。主持长江以北战事的是英王陈玉成，主持长江以南战事的则是忠王李秀成。1860年12月1日，李秀成的大军路过安徽南部，对祁门发起了猛烈攻击。
当时，受曾国藩指挥在祁门周边作战的是鲍超和张运兰的部队。李秀成率部进攻祁门的时候，鲍超、张运兰正在攻打祁门东面的休宁，一时半会调不回来。祁门大营中只有保卫曾国藩的三千兵马，他们将要面对的是李秀成两万精兵。只要李秀成稍微玩命一点，曾国藩很可能被俘，中国近代史或许会因此而改写。
曾国藩几乎失去了斗志，他估计自己很难逃脱，连遗嘱都写好了，并且写信给自己的两个弟弟曾国荃和曾贞幹，妥善安排好了后事。曾贞幹就是曾国藩的那个最小的弟弟曾国葆，他的哥哥曾国华在三河镇被太平军斩杀后，他以报仇为名复出，并改名“贞幹”。此时，他正协助他的另一个哥哥曾国荃攻打安庆。
然而，李秀成并没有决战的意图。李秀成并不是一个坚定的革命者，在他眼中，保存自己的实力永远比保卫太平天国重要得多。他这次西征，名义上是去攻打武昌，实际上去接纳鄂东南的农民起义军，以壮大自己的实力。所以，他不会舍命攻打祁门，后来也没有舍命攻打武昌。正是他的这种消极态度，给了曾国藩千载难逢的脱险机会。
这个时候，鲍超、张运兰接到曾国藩的求救信，已经率部回援祁门，将李秀成所率领的太平军击败。李秀成遭遇小小的挫折之后，便彻底失去了攻陷祁门的信心。此后不久，他就撤销了对祁门的围攻，率部继续西征。身处祁门绝地的曾国藩也就暂时安全了。
然而，这种安全并没有保持多久。1860年12月初，太平军悍将黄文金率部从池州出发，沿着长江西上，准备攻下湖口、景德镇一线，切断湘军的粮饷通道。这条通道对于祁门周边的曾国藩直辖部队来说，是重要的生命线。湖口、景德镇能否保住，成了全局的关键。
湘军水师将领彭玉麟连夜坐船从安庆外围的黄石矶赶往湖口，主持湖口保卫战。湖口新城是1859年彭玉麟亲自督修的，他对湖口的防御要点很清楚，所以兵力分布也很到位。
12月24日，黄文金率领一万多太平军对湖口发起猛攻。彭玉麟率部沉着应战，凭借坚固的防御工事，化解了太平军一次又一次的攻击。12月26日，黄文金久攻湖口不下之后，率部撤出战斗，前往攻打另一个战略要地景德镇。
这个时候，左宗棠的楚军来到了赣东、皖南战场。曾国藩将这支部队布置在景德镇，以保证粮饷运输的畅通。这样一来，黄文金就成了左宗棠带兵以来遇到的第一个对手。与此同时，鲍超也率部来到景德镇，与左宗棠联合对付黄文金。
鲍超不懂兵法，布阵的时候也像曾国藩那样，把军队布置在了一个绝地上。黄文金发现了这一点，准备先吃掉鲍超的部队，然后再对付左宗棠。鲍超带出来的部队是真能打，虽然在地形上处于不利境地，但依旧凭借着顽强的战斗力，将前来挑战的黄文金所部一举击溃。黄文金在战斗中受伤，连夜逃走。左宗棠、鲍超率部追亡逐北，太平军大败输亏。
1861年2月18日发生在景德镇的这一场决战，以湘军完胜而告终。此后，黄文金又纠集一些军队准备拿下景德镇，但都以失败告终。不久，黄文金被调往江北战场。他的这支军队对于祁门大营的威胁，才算真正解除。
就在这时候，太平天国侍王李世贤由于多次攻打祁门没有奏效，也把注意力放在了景德镇上。他率领的太平军在景德镇周边与左宗棠的新楚军长期相持作战，互有胜负。
因为景德镇周边持续战乱，江西的军粮无法运往曾国藩所在的祁门大营。最严重的时候，一连三十天，江西没有往祁门大营运送一粒米。
为了解决粮食问题，曾国藩的幕僚们向他建议向东攻取徽州。那些幕僚认为，此时的李世贤正在景德镇周边与左宗棠大战，一时半会回不来，而留守徽州的太平军兵力并不多，攻下徽州是有可能的。只有攻下徽州，才能筹集到粮食。徽州以东就是浙江，攻下徽州后，也可以从浙江方面获得粮食。
曾国藩接受了幕僚们的建议，决定亲自带兵攻打徽州。1861年4月14日，曾国藩率部第一次攻打徽州。部队行进到半路上的时候，天下起了大雨，湘军士兵在泥泞中行军，军械丢失了不少。来到徽州城下的时候，曾国藩发现凭借现存的军械，湘军很难拿下徽州，于是下令退兵。
4月19日，修整了几天的湘军再度整装出发，杀至徽州城下。徽州城内的太平军龟缩在堡垒中，并不出来迎战。曾国藩找不到太平军决战，心里很焦急，因为湘军的粮食基本上已经吃光了，如果不能迅速攻克徽州的话，部队可能会哗变。
曾国藩的这种急于求战的心理，早在太平军徽州守将的洞察之中。所以，他们就是不出战，准备将湘军拖垮。曾国藩没有办法，只好命士兵在徽州城外扎下营寨，做长期作战的准备。
4月21日，太平军发现湘军刚到徽州城下时的那种锐气已经丧失殆尽，决定发起进攻，将湘军击溃。这天夜里，徽州城内的太平军蜂拥而出，向湘军营垒发起猛攻。湘军猝不及防，伤亡惨重。
两次徽州之战再次验证了人们对于曾国藩的那句评语：用将则胜，自将则败。自此以后，曾国藩再也没有亲自带兵打仗。无论是安庆、江宁之战，还是后来的剿捻之战，曾国藩扮演的都是一个居中调度者的角色，没有再亲临战场。
曾国藩打了败仗，但并不服输。他命令将领们回到原来的驻地，而他自己则率领少数军队驻守在离徽州只有五十里的休宁，准备再次攻打徽州。将领们都劝他不要这样，因为现在还没有到山穷水尽的地步。然而，曾国藩固执已见，将能否攻下徽州视为自己生命的全部，并且写好遗嘱，寄往湘乡家中。
当时，李世贤的大军随时都可能进攻休宁，曾国藩的那点部队显然不是李世贤的对手，随时可能全军覆没。正在这千钧一发之际，远在安庆的曾国荃给曾国藩送来几千石粮食，一直困扰曾国藩的粮食问题突然得到了解决。
随着粮食到达曾国藩手中的，还有一封曾国荃的亲笔信。曾国荃在信中说：“我听说大哥要拼命攻打徽州，急得每天都睡不好觉，季弟（曾贞幹）比我更急，头发都花白了不少。大哥是胸怀天下的人，不必拘泥于徽州一隅之地，更不要因为一时的失败而轻生。为今之计，应当迅速移师东流。大哥一日不移师东流，我和季弟就一日不得安睡。”
曾国藩读完曾国荃这封饱含真情的信后，长叹了一口气，决定接受弟弟们的劝谏，前往东流。1861年5月10日，曾国藩终于率部来到了东流。东流靠近长江，可以及时获得彭玉麟、杨载福所率领的湘军水师的保护。这样一来，无论哪支太平军，都不可能对曾国藩构成真正威胁了。
从1860年10月李元度兵败徽州起，一直到1861年5月曾国藩移师东流，整整七个月的时间，太平军都在和曾国藩玩猫抓老鼠的游戏。然而现在，老鼠突然离开了猫的视野，变得无影无踪了。这样一来，猫就不得不担忧了。
之后不久，李世贤率领的太平军被左宗棠的新楚军彻底击败，退回浙江。1861年6月19日及20日，留守徽州的太平军也分两批退回了浙江。徽州，这座曾国藩曾经想付出生命代价换来的城市，就这么轻而易举地落到了湘军的手里。或许，曾国藩不得不感叹，命运有时候真的是喜欢捉弄人。
与此同时，安庆、桐城外围的决战也在进行中。1861年初，陈玉成放弃攻打武昌后，退回安徽，从两个方向对湘军发起攻击：一是桐城，湘军方面的主帅是多隆阿；一是安庆，湘军方面的主帅是曾国荃。
曾国荃在安庆城外使用的战术，与李续宾攻克武昌、九江时一样，都是围点打援。李续宾发明的修筑内外两道壕沟的办法，在这里依旧得到运用。外濠用来阻挡前来解围的陈玉成部，内濠用来阻挡从城中突围的叶芸来部。能否抵挡得住援军的冲击，是这一战术能否奏效的关键。
陈玉成手下第一悍将刘玱林率领的四千多精兵，大多是从广西一路打过来的太平军老兵，战斗力非常强，是太平军精锐中的精锐。此时，他们驻扎在安庆外围集贤关的赤岗岭上，对围困安庆的曾国荃吉字营形成了巨大的威胁。
在曾国藩的调度下，1861年5月20日，湘军中最精悍的部队——鲍超霆字营经过长途跋涉，来到了集贤关外，一场针尖对麦芒的大战即将打响。
起初，鲍超指挥部队冲击赤岗岭，被太平军击退。面对失利，鲍超依旧显得很沉稳，他迅速做出了战术调整，在赤岗岭周边修筑炮台十余座。自6月2日起，鲍超指挥炮手，对赤岗岭上的太平军营垒发起一轮又一轮的炮击。
到6月8日，太平军在赤岗岭上的四座堡垒已经有三座被毁坏，不少太平军从营垒中跑出来，投降了湘军。湘军冲入三座营垒中，斩杀太平军两千余名。
刘玱林毕竟是陈玉成亲自培养起来的将领，在如此被动的局面之下，他依旧不放弃取胜的信心，固守最后的一座营垒，与湘军不断周旋。6月10日凌晨，刘玱林率领残部向北突围，准备前往桐城外围的陈玉成大营。不幸的是，这天突然下起了大雨，溪水猛涨，太平军无法横渡，被紧随其后的湘军追上，大部分成了俘虏，之后仍被湘军杀掉。刘玱林在转战过程中，被杨载福的湘军水师俘虏并解送至杨载福大营，遭杀害。
刘玱林以及他手下四千多精兵的覆灭，是太平天国的重大损失。太平天国后期，就是靠着陈玉成在支撑台柱，而陈玉成之所以能够打胜仗，靠的就是刘玱林。刘玱林覆灭了，陈玉成的好日子也就到头了。这对太平天国的影响实在是太大了。
赤岗岭之战是安庆攻防战的决定性战役。自此以后，陈玉成再也没有对安庆发起像样的攻势，困守安庆城内的将近两万太平军，真的成了笼中困兽。鲍超自小池驿一战后，又一次打败了太平军的王牌部队，确实是一位难得的将才。
眼看湘军就要攻克安庆大功告成了，曾国藩又是欢喜，又是着急。这个时候，又发生了一件令曾国藩感到揪心的事情。
自1858年中英《天津条约》签订以后，英国商人得以进入长江沿岸经商。当时，中国商人无法通过太平军驻守的九洑洲，所以江路是不通的，但英国人却可以轻而易举地通过。太平军不敢招惹英国人，因为两面受敌对于他们来说，并没有任何好处。英国商人将大量下游的物资，尤其是淮盐，运往长江中游销售，赚了不少钱。
然而，这些英国商人不仅仅只做正规的生意，只要有利益，无论是什么事情，他们都敢做。他们中的一些人，接受了太平军的贿赂，打着经商的旗号，将大量粮食运往安庆外围，交给困守城中的太平军。湘军好不容易才切断的太平军补给线，现在又被英国人恢复了。这样下去的话，安庆将永无攻克之日。
英国人的行为重创了曾国藩攻克安庆的信心。他甚至认为，如果英国人接济安庆太平军的粮食已经足够多了的话，应该考虑撤销对安庆的合围。他和胡林翼、曾国荃、杨载福等人反复商讨对策。曾国荃认为，应该由官文照会英国驻汉领事馆，提出抗议。胡林翼认为，应该由新成立的总理衙门照会英国使节，提出严正交涉。曾国藩认为，这两种做法都不切合实际，因为这些英国商人唯利是图，即便英国使节发出警告，那些人也不会听的。
曾国藩在给杨载福的一封信中，详细地阐述了他对此事的处理办法。他对杨载福说，要解决这个问题，首先必须和英国人搞好关系。以后凡是英国人的商船经过各港口，都要置办酒席款待。平时以小恩小惠笼络他们，到了关键时候他们就会倒向我们这边的。其次要以诚信示人。要态度诚恳地跟英国人讲理，使他们认识到帮助长毛对于他们来说没有好处只有坏处。最后，要以利益打动他们。以高价回收英国人准备卖给长毛的粮食。比如，他们卖给长毛的粮食，是五两银子一石的话，我们也出五两；是十两一石的话，我们也出十两。他们肯定愿意不冒风险地卖给我们，而不会去卖给太平军。
杨载福按照曾国藩的办法行事，虽然不可能完全解决问题，但英国人运往安庆城中的粮食确实减少了。安庆城内有将近两万太平军，每天的粮食消耗是很多的。仅仅依靠少数英国人继续运进去的极少量粮食，完全不够用。安庆城内的太平军，陷入了弹尽粮绝的境地。
1861年9月，曾国荃吉字营对安庆发起了最后的攻击。吉字营第一猛将李臣典率部猛攻安庆北门，同时偷挖地道，埋设火药。
9月5日，李臣典命士兵引爆火药，“轰”地一声，安庆北门城墙瞬间被炸塌几十丈。李臣典的部队率先杀进安庆城，曾国荃督率大军随后杀入。太平军早就失去了斗志，纷纷投降。安庆城外的陈玉成得知这一消息，慌忙率军离开安庆战场，退守庐州。
吉字营经过一年多的鏖战，终于拿下了安庆这座以前的安徽省城。这对湘军以及曾国藩家族来说，都是一个重要的时刻。血战吉安，曾国荃一战成名，而拿下安庆，意味着他正式成为了湘军陆师中最重要的将领。曾国荃的成功，令曾国藩感到特别欣慰。
安庆虽然拿下了，然而有一件事却令曾国荃感到棘手，那就是安庆的善后问题。他手下有一个叫做朱洪章的将领，平时有些谋略。曾国荃便问他：“这次俘虏的长毛有一万多，应当如何处置才能杜绝后患呢？”
朱洪章胸有成竹地说：“只有全部杀掉，才能高枕无忧！”
曾国荃本来还有些犹豫，毕竟杀这么多人是很作孽的事情，此刻听到朱洪章这么肯定的回答，他也下定了决心。他接着问朱洪章：“俘虏这么多，一有风吹草动，恐怕会哗变。就算要杀，也要想个万全之策。”
朱洪章不假思索地答道：“这事好办！我们只需骗他们说发放遣散路费，每次叫进来十几个，进来一批杀一批。如此一来，神不知鬼不觉，不消半天就能全部砍完。”朱洪章一边说，一边还做了个砍人的手势。
曾国荃知道这是一条好计策，但他不敢亲临杀人现场，便把杀人任务交给了朱洪章。曾国荃对朱洪章说：“很好，很好！这件事就交给你去办。记住，要绝对保密！”朱洪章领命而去，果然没过半天，那一万多俘虏就都人头落地了。
曾国荃虽然见惯了刀光剑影，但毕竟是书生，有些仁慈。杀掉这批人后，他于心不安，每天晚上都梦到那些冤魂来索命，一连好几天都没睡好觉，结果就病倒了。
曾国藩得知曾国荃的这一情况后，在家书中开导曾国荃说：“你既然出来带兵，就不要怕多杀人。这些长毛一个个都是恶贯满盈的，我们杀掉他们，是替天行道。根本无需悔恨！”收到曾国藩的家书后，曾国荃的心这才安定下来。
安庆屠城是曾国荃备受后人诟病的重大污点之一。屠城是没有人性的，更何况还造成了大量无辜老百姓的伤亡，曾国荃理应受到批判。
湘军攻克安庆前后，中国发生了一系列大事。首先是1861年8月22日，咸丰皇帝驾崩。第二天，皇太子载淳即位。此时的载淳还不满六岁。围绕着最高权力的争夺，朝廷分裂为两派。一派以顾命八大臣为首，一派以慈禧太后、恭亲王奕䜣为首。
1861年11月2日，慈禧太后联合恭亲王奕䜣，发动辛酉政变，将顾命八大臣赶下了权力舞台。其中，主张重用汉人的协办大学士肃顺、怡亲王载垣以及郑亲王端华三人，被处以极刑。
慈禧太后虽然杀掉了肃顺，却把他的许多好政策继承了下来，其中最重要的一条就是重用汉臣。对于曾国藩的能力，慈禧太后早有所耳闻，她决定把东南大局托付给曾国藩。
1861年11月20日，慈禧太后任命曾国藩统辖江苏、安徽、江苏、浙江四省军务，所有四省巡抚、提督以下各官悉归节制。自三藩被平定后，还从来没有汉人能够取得这么大的权势。接到任命的曾国藩，诚惶诚恐，深怕自己盛极而衰，落得个跟肃顺一样的下场。
湘军方面，这一时期也发生了一件大事，1861年9月30日，湖北巡抚胡林翼病逝于武昌官邸。胡林翼是湘军发展壮大的大功臣，也是曾国藩复出后能够再次得到重用的关键人物。他的逝世，是湘军的重大损失。胡林翼逝世后，曾国藩成了名义上湘军的最高统帅。
正是在上述背景之下，湘军高层将领中掀起了一场推戴曾国藩的高潮。早在1860年曾国藩五十寿辰的时候，胡林翼就曾送给他一副寿联“用霹雳手段，显菩萨心肠”，隐含推戴之意。
左宗棠也曾将一副题神鼎山的对联送给曾国藩：“神所凭依，将在德矣。鼎之轻重，似可问焉！”其中的推戴之意，比胡林翼那副对联更加明显。曾国藩接到后，将“似可问焉”的“似”改成“未”，明确表示自己并没有问鼎天下的雄心。
李元度遭到曾国藩弹劾丢官后，在老家呆了一段时间，后来又来到曾国藩幕府。湘军攻克安庆后，他第一个献上贺联：“王侯无种，帝王有真！”推戴之意非常明显。曾国藩看后，将他痛骂了一顿。曾国藩的好友郭嵩焘也劝曾国藩称帝自立。
湘军水师将领彭玉麟是曾国藩的重要嫡系力量。他给曾国藩送去一封密信，其中有这么一句：“东南半壁无主，老师岂有意乎？”曾国藩看后，吓得冷汗直冒，赶紧将密信揉碎吞进肚子里，以免被别人发现，遭致杀身之祸。
除了上述这些湘军将领或幕僚外，还有一个特殊人物在这场推戴浪潮中扮演了重要角色。那就是王闿运。
王闿运是肃顺的心腹。肃顺与懿贵妃（即后来的慈禧太后）、恭亲王奕䜣的矛盾日益激化后，非常需要得到曾国藩等统兵大将的支持。王闿运在其中发挥了重要的穿针引线的作用。
1860年，王闿运在曾国藩的祁门大营中呆了两个多月。当时，英法联军进逼北京，咸丰皇帝逃往热河。王闿运乘机劝说曾国藩亲自带兵北上勤王。因为只要曾国藩同意北上，肃顺就在宫廷斗争中就多了一个重要的砝码，就不怕懿贵妃、恭亲王他们了。然而，一向处事谨慎的曾国藩并没有听信王闿运，他不愿意卷入宫廷斗争中。
有学者根据相关的蛛丝马迹判断，在这段时间里，深谙帝王之术的王闿运曾经为曾国藩规划过另一条发展道路，那就是扯旗造反。当然，曾国藩不可能听从他。
这么多人都劝曾国藩造反，说明当时确实存在着改朝换代的机会。首先，清廷内部斗争非常激烈。以肃顺为首的朝臣势力、以恭亲王为首的帝胤势力、以懿贵妃（慈禧太后）为首的帝后势力互相倾轧，不能形成对外的合力。此时，湘军如果造反，确实是有机会的。
其次，经过江南大营覆灭、八里桥惨败、咸丰帝北逃、英法联军进北京、咸丰驾崩、六岁孩童即位等一系列事件，清政府的威望急剧下降，人心比较浮动。这种时候举旗造反，民众不会对清朝绝对忠诚，是有成功的可能性的。
再次，江南大营覆灭，僧格林沁、胜保率领的八旗兵也兵败八里桥，清朝的正规部队遭受了重创。一旦湘军起义，基本上不会遇到清朝正规军强有力的抵挡，是有可能会成功的。
对于湘军起义的最好时机，不少湘军史爱好者有个误解。他们认为曾国藩应该在攻陷江宁后，趁消灭太平天国之势，举兵北上，却不知攻陷江宁后，湘军起义成功的主要条件已经不复存在了。湘军最好的举义时间，只能是攻陷安庆后的这段时间。史料中记载的湘军将领对曾国藩的推戴，几乎全部发生在1860、1861两年，而在1864年湘军攻陷江宁后，除了一两则不太靠谱的野史材料外，别无史料记载。这正说明了湘军起义的最佳时机，是在攻克安庆后。
为什么湘军在攻克江宁后再起义的话，毫无胜算呢？首先，当时慈禧太后的地位已经相当稳固。1865年，她罢免恭亲王奕䜣议政王与军机大臣之职，奕䜣丝毫不敢反抗。从这件事情中，我们可以看出此时的慈禧太后拥有着怎样的权势。这时候的清廷，在慈禧太后的领导下，已经拧成了一股绳。老百姓对清廷的信心，压有所恢复。这个时候的清朝，其实是不太容易被推翻的。
其次，此时的曾国藩对于湘军的统摄能力已经下降了许多。攻克安庆后不久，胡林翼病逝，这时候曾国藩成了名义上湘军的唯一统帅。此时的曾国藩，对于除了刘长佑、刘坤一一系湘军以外的各路湘军，都有着比较强的统摄能力。左宗棠羽翼未丰，也比较听曾国藩指挥。
然而，从1862年淮军建立到1864年湘军攻克江宁这段时间里，左宗棠、李鸿章都自立门户。如果曾国藩在攻克江宁后造反，左宗棠、李鸿章很可能不会跟从，甚至会帮助清廷消灭曾国藩。此时的曾国藩，真正能够控制的部队，只有曾国荃的吉字营以及彭玉麟的湘军水师。以这点实力争衡天下，无异于蚍蜉撼树。
再次，曾国藩嫡系部队的战斗力下降了许多。吉字营攻克安庆时，只有万多人，基本上都是精兵。但之后为了迅速攻克江宁，盲目扩招，士兵的平均战斗力下滑。这时候的吉字营，已经没有了刚开始的那种冲劲，都指望着攻克江宁抢掠一番，然后回家过好日子。所以，战斗力早已不能和攻克安庆后那段时间相比。靠这样的军队争夺天下，是完全不行的。
既然湘军起义的最佳时机是在攻克安庆后，那为什么曾国藩没有行动呢？很多学者认为这是由于曾国藩脑袋中有着根深蒂固的忠君思想，所以他不敢跨越雷池一步。这固然是重要原因之一，但这恐怕不是唯一的原因。曾国藩之所以不造反，恐怕也是基于形势的考虑。
湘军要想起义成功，必须首先处理好和太平天国之间的关系。如果湘军能和太平军达成谅解，在“驱除鞑虏，恢复中华”的旗帜下实现联合的话，推翻清朝易如反掌。如果湘军能够稳住太平军，虽然不联合但也不相互攻击，则湘军北伐推翻清朝的可能性是有的。如果湘军完全不能和太平军改善关系，则不可能推翻清朝。依照洪秀全的个性，他是不大可能向湘军做任何妥协的。所以，第三种情况发生的可能性要远远大于前两者。所以，曾国藩造反的可能性很小。
湘军要想北上推翻清朝，还必须解决一个重要的问题，那就是军饷的问题。关于湘军军饷，我在下一章将会详细叙述。大家会看到，军饷的筹集是多么的困难。
就攻陷安庆前后这个时间段来说，曾国藩所能依仗的军饷来源其实只有湖南一省。但即便是湖南，也因为石达开的两次袭扰，经济受到重创，能够提供给湘军的军饷不会太多。
湖北在胡林翼逝世后，成了官文的天下。湘军要造反的话，他不但不会帮助，反而会成为镇压湘军的急先锋。江西官场与曾国藩关系一直很僵，所以不可能为造反的湘军提供军饷。安徽刚刚经历大的战乱，根本没有可能提供军饷。至于其他省，更不会提供军饷。
没有军饷，湘军不可能打胜仗，最终将自动解体。从这个角度来说，曾国藩也是几乎没有可能造反的。
总而言之，曾国藩不反，一是由于他有着根深蒂固的忠君思想，二是攻克安庆前后虽然存在着造反成功的时机，但并不成熟。很多人因为曾国藩不反清，非常反感他。其实，这种态度是完全没有必要的。客观形势不允许，还强行去做，最终除了自我爆炸之外，不会对历史产生任何推动作用。舍生取义固然可嘉，但更多的人必须卑贱地活着。只有活着，才能为国家民族做出更多更有意义的事情。
安庆落入湘军之手后，湘军与太平军在安徽的争夺主要围绕庐州展开。这个时候，一个叫苗沛霖的人将皖北搅得天翻地覆。
苗沛霖本也是书生，在乱世之中拉起一支部队，时而参加捻军，时而参加太平军，时而投降清朝，进行军事投机和政治赌博。这样一个反复无常的小人，却深得胜保的喜欢。胜保将他招抚，命他带兵镇压捻军。
与胜保这位满族将领不同，当时几乎所有的汉族将领都认为苗沛霖不可用。袁甲三以及安徽巡抚翁同书与苗沛霖矛盾很大。苗沛霖不满袁甲三、翁同书两人对他的排挤，于是再度谋反。
1861年初，苗沛霖率十万大军渡淮南下，以主力攻打翁同书驻守的寿州城，另派部将攻打皖北的多座城市，并与太平军、捻军取得联系，宣布共同抗清。
翁同书是个书生，见苗沛霖来势汹汹，害怕作战，一味主张招抚。结果反而使得苗沛霖得寸进尺。1861年底，苗沛霖的大军攻克寿州，堂堂安徽巡抚成了苗沛霖的俘虏。
被俘之后，翁同书又苟且求生，拼命讨好苗沛霖。苗沛霖也想留下翁同书作为和朝廷对话的人质，所以也就没有杀他。翁同书在苗沛霖的授意下，接二连三地上奏替苗沛霖表明心迹。苗沛霖无意斩杀翁同书，最终将他释放。
翁同书处置失当，给曾国藩造成了很大的麻烦。后路不靖，湘军就不可能继续东征。曾国藩决定弹劾翁同书，以杜绝朝廷招抚苗沛霖的幻想。
曾国藩最负盛名的奏折《参翁同书片》，就是在这种情况下产生的。写作这份奏折的不是曾国藩，而是李鸿章。就像曾国藩所说的那样，李鸿章最擅长处理公文，所以当时曾国藩的奏折，往往都是李鸿章起草的。
翁同书家是当时的世家大族。翁同书的父亲是咸丰皇帝以及恭亲王奕䜣的老师，历任工部、户部尚书，权倾一时。以翁家的权势，曾国藩要想扳倒翁同书，绝对不容易。
曾国藩对这封奏折也很重视，特意叫文案房多准备几道草稿。最终，曾国藩在其中选中了李鸿章的这一份。李鸿章的这道奏折，虽然只有区区六百字，却字字千钧，句句见血。
这份奏折首先指出翁同书的几大罪状，包括举措失当、苟且贪生等等，然后指出翁同书几道奏折的自相矛盾之处，反驳他的种种辩解，令翁同书百口莫辩。
接着，李鸿章又站在朝廷的角度考虑。翁同书有这么大的罪状，怎么还能逍遥法外，应该迅速将他革职拿问。这样一来，朝廷也就不好再包庇翁同书。
最后，李鸿章又从自己的角度阐述，说自己绝不敢因为翁同书门第鼎盛而不敢参劾。这种大义凛然的气势，使得朝廷不敢从轻发落翁同书。
李鸿章的奏折起到了雷霆万钧的作用，朝廷不得已，只好将翁同书判为斩监侯。然而，处置翁同书并没有使清廷坚定彻底剿灭苗沛霖的信心。清廷不顾曾国藩的反对，依旧采取剿抚兼用的方略对待苗沛霖，一边调集军队前往围剿，一边又命胜保前往招抚。
胜保的招抚起到了作用。苗沛霖在清军与太平军、捻军展开决战的时候，突然从太平军、捻军的背后杀出。太平军、捻军措手不及，损失惨重。
苗沛霖在前线叛变后，一面下令全军剃发，归顺清朝，一面按照胜保的授意，以再度反清为诱饵，引诱陈玉成北上。当时，陈玉成手下兵力已经不多，无法再守住庐州。万般无奈之下，他只好选择相信苗沛霖，放弃庐州，北上会见苗沛霖。
太平军放弃庐州后，湘军李续宜部趁机进入。陈玉成来到苗沛霖大营后即被俘虏，最终惨遭杀害。庐州的失陷以及陈玉成的遇害，意味着皖北抗清斗争的彻底失败。对于曾国藩来说，现在他终于可以放心大胆地东征，向太平天国首都天京发起攻击了。
湘军在安徽战场取得重大突破的时候，东线战场的清军却遭遇惨败。太平军攻克了杭州，并且威逼上海。
上海是当时中国最大的商业城市，有钱人很多。太平军的凌厉攻势使他们感受到巨大的威胁。人可以跑，但是产业不能跑。他们要想保住家业，就必须击退太平军。于是，他们一方面和英、法等国驻上海领事商量，请求借师助剿，成立中外会防军，另一方面派出了以钱鼎铭为首的代表团前往安庆，向曾国藩求援。
钱鼎铭来到安庆后，向曾国藩表示，只要湘军愿意分兵守卫上海，上海绅民愿意每月自筹六十万两白银供给湘军。当时，曾国藩嫡系部队正缺军饷，这笔钱对曾国藩有着不小的诱惑力。但曾国藩考虑到，上海偏处下游，战略意义不大，而且分兵作战是兵家大忌，所以没有答应钱鼎铭。
钱鼎铭没有放弃，他知道曾国藩最喜欢李鸿章，对于李鸿章的谋划几乎是言听计从，于是利用自己的父亲钱宝琛和李鸿章的父亲李文安是同年的关系，前往游说李鸿章。李鸿章被他说动，进而劝说曾国藩。曾国藩果然听从了李鸿章的劝说，决定出兵救援上海。
曾国藩觉得，上海之行关系大局，必须派最信得过的人前往。他首先想到的是弟弟曾国荃。当时，曾国荃带着攻克安庆的巨大战功，回老家湘乡炫耀去了。曾国藩给曾国荃写信，询问他是否愿意带兵保卫上海。当时的曾国荃，一心想着攻打江宁，夺取镇压太平天国的首功。他不愿意带兵深入下游。
这样一来，曾国藩就把目光放在了李鸿章身上。他找来李鸿章，与他商议这件事情。在此之前，曾国藩已经有了建立淮军的想法。曾国藩认为，湘军暮气沉重，迟早要退出历史舞台。皖北一带民风彪悍，有好兵源，完全可以成立一支新军。镇压太平天国或许靠湘军就能成事，但镇压捻军必须得靠熟悉中原地形的皖北新军。现在，曾国藩想借着出兵上海的机会，命李鸿章这个皖北人回家乡招募一支新军，带往下游独立作战。
李鸿章在曾国藩幕府里的这几年，各方面的才干虽然得到了展示，但多少仍有一点怀才不遇的感觉。他对当年办理团练的失败耿耿于怀，一心想要洗刷耻辱，他觉得经过在曾国藩幕府里这几年的历练，他已经懂得了如何训练出一支精兵，如何打胜仗，他觉得自己能比老师做得更好。所以，李鸿章决定接受挑战，建立淮军，保卫上海。
李鸿章之前办理团练，和淮北的一些团练头子有着不错的交情，像刘铭传、张树声这些人。凭借着这些人的支持，李鸿章迅速拉起了一支军队。对中国近代史产生了巨大影响的淮军就这么诞生了。
此后不久，李鸿章带着新组建的淮军来到上海。期初，李鸿章的处境并不好，就像当年曾国藩在江西那样，李鸿章在上海也处处遭受排挤。但很快，李鸿章就向世人证实了他的实力。他的这支并不被人看好的淮军，击败了太平军李秀成部的多轮进攻。同时，李鸿章通过手段，成功地从上海道吴煦手里，夺取了上海的财政大权。李鸿章和他的淮军在上海站住了脚跟。
凭借着上海强大的财力支持，李鸿章不断扩编淮军，淮军总人数达到七万多，比曾国荃吉字营人数最多时候的五万多人，还多出了两万。
与李鸿章在上海站住脚跟同时，左宗棠在浙江也站住了脚跟。李鸿章的淮军，左宗棠的新楚军，犹如两把尖刀，从背后插向太平天国的首都天京。
与此同时，曾国荃率领的吉字营以及彭玉麟率领的湘军水师，也沿着长江东下，准备攻打江宁，完成对太平天国的最后一击。
安庆的陷落，引发了多米诺骨牌的倒塌，太平军在安徽的布防纷纷溃败，湘军迅速占领了多座城市。这样一来，东进的湘军曾国荃、彭玉麟等部就有了稳固的后方，完全不必担心太平军切断后路。所以，湘军东进的速度是非常快的。
5月中旬，彭玉麟率领湘军水师杀到金柱关下。金柱关是长江天险，这里河网密布，上游可通往太平军的重要物资转运站，也就是高淳县的东坝镇。所以，对于太平军来说，金柱关有着非常重要的战略意义，他们在这里的防守很严密。由于过分强调金柱关的防守，太平军并没有在与金柱关临近的太平府城中布置重兵。
这一切，都在曾国荃的洞察中。一个声东击西的作战计划在他的脑海中形成。在对金柱关周边据点发动了几天的佯攻之后，1862年5月18日凌晨，曾国荃率部在湘军水师的帮助下秘密渡江南下，对太平府城发动突然袭击。驻守太平府的太平军猝不及防，纷纷逃窜。湘军轻而易举地占据了太平府。
太平府的失陷，沉重地打击了太平军固守金柱关的决心。彭玉麟趁机率部猛攻金柱关。第二天，金柱关落入湘军之手。
突破金柱关后，湘军继续长驱直进。彭玉麟率领湘军水师推进至江宁护城河口，曾国荃则率部驻扎在江宁城外雨花台。湘军对江宁长达两年的长期围困，就此拉开序幕。曾国藩嫡系湘军与太平军最后的搏杀，即将开始。