湘军持续的胜利并没有维持多久，很快他们又栽了一个大跟头。在基本上控制江西以后，湘军李续宾部开始着手攻打安徽。当时，已经改带陆师的李孟群在庐州附近被太平军包围，多次给李续宾发来求救信。于是，李续宾和他的六千将士踏上了远征庐州的征程。曾国藩的弟弟曾国华当时在李续宾军中，也跟随李续宾前往安徽。
本来一切都是很顺利的，但就在李续宾率部长驱直入的时候，发生了一件意外事件。胡林翼的母亲在这节骨眼上病逝了。为了避免权臣拥兵自重，清政府对于孝道的推崇到了无以复加的地步。胡林翼虽然知道此时他万万不能离开，但还是回到了益阳老家，替母亲守丧。
湘军之所以在曾国藩回家的这段时间里取得如此多重大的胜利，胡林翼的调度是非常关键的因素。现在胡林翼离开了，湖北的军政大权落到了无能的官文手中，而曾国藩此时的地位也很尴尬，不能调动太多的兵力支援李续宾。于是，悲剧就不可避免地要发生了。
曾国藩似乎预感到了这一局面，他在给李续宾、李续宜兄弟的信中说：“自润帅（胡林翼，号润芝）离开以后，不但我和你们兄弟、雪琴（彭玉麟，字雪琴）、厚庵（杨载福，字厚庵）等人失去了依仗，而且关系到东南大局的安危。听说湖北方面准备请官帅（官文）上奏朝廷，命润帅守孝百日后就出来统筹大局。这件事实在是难办，古往今来像润帅这样关系天下安危的人，极为罕见。”
然而，还没等胡林翼守完百日孝，李续宾率领的湘军六千精锐就在庐州周边的三河镇被陈玉成、李秀成的联军包了饺子，李续宾、曾国华都在这一战中丧生。李续宾率领的这支部队，以湘乡勇为老班底，所以是各路湘军当中最精锐的部队。这支部队先后攻克武昌、湖口、九江等具有重大战略意义的城市，能打大仗、硬仗，深为胡林翼、曾国藩等人倚重。它的覆灭，对于胡林翼、曾国藩是沉重一击。得知三河战败的消息后，胡林翼再也没有心思在家守孝了，立马出山收拾残局。
对于曾国藩来说，他最伤心的还不是六千精兵的覆灭，弟弟曾国华的丧生，对他来说，是更大的打击。
当初他还在家中为父亲守丧的时候，曾国荃曾请人在家中扶乩。扶乩和我们今天常见的算卦差不多，是古时候人们卜问吉凶的一种常用方式。扶乩的方法是扶乩之人自称神灵附体，拿着一支笔，根据人们的提问，在沙盘上画字，据说画出的字句就是神灵的指示。
当时李续宾率领的湘军陆师，在彭玉麟、杨载福所率领的湘军水师的支援下，刚刚打下九江，湘军在江西的局面得到了根本的转变。那时候，曾国藩以为，湘军乘胜顺流东下，很快就能灭亡太平天国。
然而，扶乩的结果却令曾国藩大吃一惊，那扶乩之人手舞足蹈，最终画在沙盘上的是一个“败”字。那扶乩之人又说，这个“败”字和九江之战的胜利有关。
曾国藩大惊，问道：“九江刚刚攻克，现在湘军的气运正好。敢问仙人，这个‘败’字到底指的是什么？”
那扶乩之人微微一笑，抹了抹白胡子，故作神秘道：“天机不可泄露。我只能说，这个‘败’字不仅关系到天下大局，也关系到曾家的家运。”
曾国藩听了以后，感觉到有一丝丝的恐惧在无形之中向他袭来。之后的一段时间，曾国藩总是在思考那个扶乩之人说的话，到底指的是什么。
现在，湘军六千精锐在三河镇一战丧尽，曾国藩既失去了一个弟弟，又丧失了一支足以横扫大江南北的精锐部队，悲痛之余，生性迷信的他想起了那位扶乩之人的话。原来所谓的“败”指的就是这个！果然关系曾家的家运，更关系到天下大局！他在给弟弟们的信中还煞有介事地写道：“现在看来，三河大败，六弟（曾国华排行第六）遇难，正与扶乩的结果相吻合，这难道不是天意吗！”
曾国藩一生迷信，他的其他迷信行为或许令人鄙夷，但这次的迷信，却使我看到了一个至情至深的曾国藩。因为悲痛，所以迷信，将这一切归结为命运的安排，兄弟之间的感情不深，是达不到这种境界的。
曾国藩刚出山的时候，是被朝廷派往援浙的，但之后石达开将主要进攻目标改为福建，朝廷也就命令曾国藩停止援浙，转而援闽。由于1858年10月江北大营的彻底溃败以及11月的三河镇大败，太平军的实力有所恢复。曾国藩以及归他指挥的湘军张运兰、萧启江两部都不敢贸然进入福建，在今后的将近一年时间里，他们都在江西、福建交界处徘徊，没有任何大的作为。
这段时间是曾国藩一生当中最无聊的时光。清廷对他依旧很猜忌，不仅不给他督抚实权，也不命他与胡林翼一起谋取更具战略意义的安徽，只是将他的部队当做偏师，用以对付石达开，甚至也不给他精兵良将，受他指挥的只有张运兰、萧启江两位湘军普通将领。
不过，这一年内，也有两件事值得记述一下。第一件，就是李鸿章前来投靠曾国藩。曾国藩又多了一个重要的帮手。
在投靠曾国藩之前，李鸿章已经在家乡安徽带了五年多兵，和太平军打过很多仗。但他的作战水平，大概也和他的恩师一样，是用将则胜、自将则败。当然这时候，刘铭传、张树声等日后的淮军名将还不是他的部将。所以，他在这段时期内的作战，自将则败的时候多，用将则胜的时候少。他唯一的法宝就是逃跑，打不过就逃，由于擅长逃跑，他居然屡次化险为夷，幸存了下来。
几年的打拼使李鸿章总结出了一套成功经验，其中有一条就是人要想取得成功，必须站在巨人的肩上。他通过比较后觉得，只有恩师曾国藩可以成就大业并且会收留他。于是，他赶往曾国藩的所在地，满怀希望地准备与恩师再续前缘。
然而，曾国藩的态度却令李鸿章感到很困惑。李鸿章多次求见曾国藩，都被他拒绝。后来，李鸿章又托人去说情，曾国藩听完后，淡淡地说：“他李鸿章也是翰林出身，志大才高。我这里局面狭窄，只是一条浅沟，哪里容得下他这条大船呀，他何不回京供职？”
曾国藩之所以这样做，并不是因为他不想收留李鸿章，只是他深知李鸿章这个人懒散放任，性情浮躁，妄自尊大，想要通过这件事情磨练一下李鸿章的耐性。
这个时候的李鸿章，并没有更好的去处，回京供职固然可以不再成天担惊受怕，但那绝不是李鸿章的志向。所以这时候的李鸿章，没有耍小性子，而是锲而不舍地请求曾国藩接见并收留自己。
对于李鸿章的才干，曾国藩是十分清楚的。此时的曾国藩被朝廷轻视，手下并没有多少人才，正需要李鸿章这样的干才辅佐自己。所以，在打压完李鸿章之后，曾国藩很高兴地接见了他。看到自己昔日的弟子已经成长为一个拥有丰富的人生经验和作战经验的能人，曾国藩感到非常欣慰。就这样，1859年1月，李鸿章正式进入曾国藩幕府。这对曾国藩以及李鸿章来说，都是一个重要的时刻。
进入曾国藩幕府后，李鸿章懒散放任的毛病就暴露无遗。曾国藩是习惯早起的，这是曾家的重要家规之一，也是曾国藩师从唐鉴、倭仁之后克己复礼的一个重要方面。曾国藩不仅自己早起，还要求幕府人员以及所有将士全都早起。然而，刚到曾国藩幕府中的李鸿章却不能适应这种生活，每天起来得很晚。
这一天，他骗曾国藩说自己头痛，要晚一点起床。曾国藩很了解李鸿章，知道他这个人喜欢耍把戏，因此断定李鸿章是想装病偷懒。于是，他派了好几拨人前往李鸿章的卧室，请他起来吃早饭。期初，李鸿章并不在意。最后，曾国藩叫人传话给他，说必须等到幕僚全部聚齐之后才开饭。
李鸿章听到这句话，这才慌了神了，他一个做弟子的，又是穷困来投，有什么资格叫恩师等他一起吃饭！李鸿章赶紧披起衣服，前往饭桌前。
李鸿章问心有愧，脸涨得通红，不敢正眼看曾国藩，低着头一个劲地吃饭。平日里在饭桌上谈笑风生的曾国藩，今天也一反常态，一言不发。其他幕僚见到这种情形，知道曾国藩是因为李鸿章晚起生气了，都不敢做声。一时间，气氛非常的紧张。
大家都吃完后，李鸿章这才抬起头看曾国藩，没想到曾国藩也正盯着他。这种锐利尖刻的眼光，李鸿章还是第一次在曾国藩身上看到，他刚刚平复的心情又起了波澜，脸又涨红了。
许久之后，曾国藩站起身来，厉声对李鸿章说道：“少荃（李鸿章，号少荃），你既然来到我的幕府中，那么有句话我必须跟你讲清楚。我这里所尊崇的，只有一个诚实的‘诚’字而已！”说完，曾国藩头也不回地离开了饭桌。
其他幕僚陆陆续续地离开了饭桌，只留下李鸿章一个人目瞪口呆地坐在座位上，半天也不曾移动一下。这件事对李鸿章的促动相当大。自此以后，他也像当年曾国藩遇到唐鉴、倭仁后一样，开始反省自己的不良行为，进而加以改正。久而久之，李鸿章克己复礼的功夫，也是相当了得的了。所以，李鸿章后来回忆起这段岁月，由衷地说：“别人都以为我李鸿章很厉害，甚至我的老师曾文正公都比不上我，却不知我一生功业的基础，就是老师教会给我的那些为人处世的基本道理。”
曾国藩对李鸿章产生了重大影响，是他的引路人，但另一方面，李鸿章对曾国藩的帮助也非常大。曾国藩才具不足，做事喜欢用笨办法，靠韧性取胜。李鸿章的天赋远远高出曾国藩，擅长权谋，往往出奇制胜。李鸿章在曾国藩幕府中的这两三年中，替曾国藩想了许多好点子，处理了许多棘手的问题。另外，李鸿章擅长处理公文，为曾国藩起草了许多重要的奏折、信件，曾国藩因此轻松了许多。可以说，曾国藩和李鸿章是天作之合，两人相互弥补对方的缺陷，精诚合作，从而爆发出了巨大的力量。
另外一件值得记述的大事是曾国藩写作了一首《爱民歌》。湘军和太平军之间的这场旷日持久的战争造成了大量无辜平民的伤亡，如何改善军民关系，赢得民众对湘军的支持，这是湘军能否最终胜利的关键。这也是曾国藩一直在思考的问题。正是在这种背景下，曾国藩写作了《爱民歌》。这是湘军发展史上的重要里程碑。
湘军士兵都是朴实耿直的农民，曾国藩从乡村的实际生活和道德伦理观念入手，要求军士们将心比心，体谅老百姓的苦衷，照顾照顾的利益。
《爱民歌》提出的要求总共三条。第一条是扎营不要懒。不准随便乱拿老百姓的财物用来修建营垒。不准强拉民夫，也不准擅闯民房。凡事都要在老百姓的利益面前退让一步。
第二条是行路要端详。行军宿营时，不准侵犯老百姓的利益。士兵都住帐篷，不准进驻城市和村庄。不准高声喧哗，不准推开挡道的路人。扯菜喝茶都要付钱，不准强拉民夫搬运物资。
第三条是号令要严明。这一条要求将士们遵守与百姓相关的纪律。这其中，曾国藩特别强调不准士兵随便出营，因为出营就会学坏，就会坑害百姓。
《爱民歌》对于湘军争取老百姓支持，起到了非常重要的作用。随着与太平军作战的持续和深化，湘军部队越来越多，鱼龙混杂也是在所难免，湘乡勇军纪严明的传统也越来越得不到继承。在这种情况下，曾国藩提出湘军学习《爱民歌》，在一定程度上缓解了湘军军纪的持续恶化。《爱民歌》在中国近代建军史上有着独特的地位，毛主席后来提出的“三大纪律八项注意”，很大程度上就是曾国藩《爱民歌》的翻版。
后来，曾国藩在祁门的时候，又写作了一首旨在优待俘虏的《解散歌》。在这首歌中，曾国藩首先说明了太平军将士们的痛楚。他们和湘军士兵一样，都是朴实的农民。他们多年的浴血奋战只是成就了洪秀全等人在小天堂的花天酒地，他们自己并没有得到任何好处。他们早就不想打仗了。所以，只要湘军放他们一条生路，他们就会变成良民的。
接着，曾国藩规定了八不杀，即：不杀老和少；不杀老长毛；不杀面刺字；不杀打过仗；不杀做伪官；不杀旧官兵；不杀贼探子；不杀捆送人。按照这个规矩，除了那些情愿为太平天国殉葬的人以外，战场以外基本上是不杀人的。
然而，这一规则在实际操作中，并没有得到完全的执行。比如安庆之战中，湘军俘虏了太平军悍将刘玱林手下两千多士兵，就全部处决了。因为这两千多人是太平军精锐中的精锐，假如他们被释放后重新集结，将会对湘军造成极大威胁，所以曾国荃觉得还是全部处决为好。
《爱民歌》和《解散歌》为湘军争取民心、瓦解太平军的斗志都起到了重要的作用。曾国藩虽然并不擅长打仗，但是搞军队的政治工作，他却是高手。在这一点上，他和罗泽南非常类似。湘军之所以在战斗力上要远远超过太平军，最主要的原因就是因为他们的政治工作搞得非常出色。
1859年初，放弃经营福建的石达开，经江西南部，向湖南南部发起攻击。湖南是湘军的大本营，它的稳固与否，关系到湘军的兴衰存亡。在骆秉章、左宗棠的请求下，各路湘军纷纷回援。石达开率领三十万大军围攻宝庆，被湘军李续宜、刘长佑等部击退。
这个时候，清廷已经得知石达开的最终战略目标很可能是四川。他们开始布置四川的防守。
曾国藩重新复出后，曾左关系进入蜜月期。左宗棠一直在为曾国藩谋取督抚实权，他觉得清廷布防四川是一个很好的机会，只要运作得当，清廷是有可能任命曾国藩为四川总督的。
他和巡抚骆秉章商量之后，决定函告胡林翼，请他促使官文领衔上奏。官文是满人，朝廷对他没有任何猜忌，所以湘军将领要有什么大的行动，一般都是由胡林翼促使官文领衔上奏。只要官文愿意挂名，这个奏章在朝廷那里通过的可能性就大的多了。
果然，清廷答应了官文、胡林翼的请求，命曾国藩入川防堵石达开。然而，清廷并没有任命曾国藩为四川总督。
曾国藩真正想进攻的是具有战略决战地位的安徽，但朝廷一直不把他视为主力军，只叫他对付已经成了流寇的石达开。当时，归他指挥的张运兰、萧启江两部已经前往湘南、桂北，脱离了曾国藩的直接指挥。也就是说，这时候的曾国藩差不多就是一个光杆司令。基于上述两大原因，曾国藩其实是不想入川的。但是，这毕竟是几个好朋友共同努力为他争取来的一个机会，他不得不接受，硬着头皮逆江而上，一边慢腾腾地前进，一边观察事态的新变化。
胡林翼见清廷始终不认命曾国藩为四川总督，再次上奏咸丰皇帝，说外省军队进入四川，处境孤立，恐怕难以防堵石达开。他的言下之意便是希望咸丰皇帝任命曾国藩为四川总督。然而这次，清廷没有听他的。这个时候的清廷，似乎很忌讳汉族将领获得督抚实权，湘军的统兵大将中，只有江忠源和胡林翼做到巡抚，总督到目前为止，还没有任何人做到过。清廷实在不愿将督抚实权授予第三个湘军将领。
见清廷始终不肯让步，胡林翼准备改变他最初的想法。他和曾国藩紧急磋商后，请求官文奏请曾国藩暂缓入川，留在湖北与胡林翼共图安徽。
清廷答应了官文的奏请。曾国藩行至武昌附近时收到了咸丰皇帝的谕旨，命他停止入川，与胡林翼共同图皖。这意味着曾国藩的人生命运即将发生重大转折。在此之前，他一直被清廷视作偏师，用来对付并非太平军主力的石达开所部。然而现在，他终于可以作为主要将领，谋划攻取安徽的事宜了。湘军与太平军的真正决战将在安徽展开，他早就预料到了这一点。
曾国藩否极泰来，好运气一发不可收拾。之前，胡林翼有一个三路进兵安徽的计划：都兴阿和杨载福所部为南路，沿着长江东下攻打安庆；曾国藩所部为中路，从太湖出兵攻打桐城；胡林翼所部为北路，从英山向舒城和六安推进。
满族人都兴阿是官文的嫡系，是官文用来钳制湘军的一枚重要棋子。胡林翼将攻取安庆这个最重要的任务，同时也是最大的功劳交给都兴阿，是一种调和满汉矛盾的权宜之计。
胡林翼的这个计划遭到了袁甲三的反对。袁甲三是袁世凯的叔祖，当时在皖北一带与捻军作战。袁甲三认为，胡林翼的三路进兵计划，势必将太平军赶往皖北，将对自己的防区形成威胁。他建议湘军从河南的光山、固始一带出发，绕过蒙城，进入安徽，阻止太平军北上。
清廷看到袁甲三的奏章后，认为他说的不无道理。一旦太平军被驱赶至皖北，冲破袁甲三的防线，就可进入中原腹地，对清朝的统治中心北京形成直接威胁，这是清政府害怕看到的局面。
咸丰皇帝下诏，命曾国藩统筹全局。曾国藩拿出了一个四路进兵的方案：第一路，由宿松、石牌进兵，攻打安庆；第二路，由太湖、潜山进兵，攻打桐城；第三路，由英山、霍山进兵，攻打舒城；第四路，由商城、六安进兵，攻打庐州。
将曾国藩的四路进兵计划与胡林翼的三路进兵计划对比，我们会发现，曾国藩四路进兵中的前三路，就是胡林翼所说的三路。只是考虑到袁甲三的意见，曾国藩才在原来三路的基础上加了一路，彻底堵住了太平军北逃的线路。
清廷不仅同意了曾国藩的四路进兵计划，还给他带来一个意想不到的好消息，由他出任第一路的总指挥。第一路的战略目标是攻占原来的安徽省城安庆（太平军占领安庆后，安徽省城移至庐州），显然是重中之重。清廷的这一决策，标志着曾国藩人生命运发生重大转折。只要他完成攻占安庆的任务，他的地位势必要超过胡林翼。
由于都兴阿告病，他的部队由多隆阿接替统率。多隆阿是满人当中少有的将才，他带出来的部队保持着八旗兵刚刚入关时的那种彪悍之气，因此战斗力相当强。他和此时的湘军第一悍将鲍超将担任第二路的指挥。胡林翼则担任第三路的总指挥。第四路的总指挥，由李续宜担任。
四路进兵的计划虽然敲定了，但是前敌总指挥的人选，却还有待考虑。胡林翼心目中的理想人选是多隆阿。这当然是为了照顾以官文为首的满族权贵们的情绪。
官文并不完全是胡林翼的傀儡，他始终没有忘记他那监督湘军的职责。为了钳制湘军，他大力发展都兴阿、多隆阿的马队。在官文的支持下，多隆阿多次向胡林翼提出扩充马队的请求，并索取前敌总指挥的职位。清廷也不愿湘军的实力过分膨胀，因此着意提拔多隆阿，在给胡林翼的谕旨中，明令胡林翼任命多隆阿为前敌总指挥。
然而，曾国藩并不认可胡林翼的这一想法。曾国藩认为多隆阿虽然作战勇猛，但是缺乏谋略，不能胜任前敌总指挥的重任。另外，这次攻打安徽的主力部队是湘军，却让一个满族人当上了前敌总指挥，湘军将领都会不服，不肯出力。其中鲍超的情绪尤其值得注意。自多隆阿可能被任命为前敌总指挥的消息传出后，鲍超就多次表示准备称病辞职。曾国藩希望胡林翼能够都考虑考虑。
胡林翼虽然尊重曾国藩发表意见的权力，却没有听从他的建议。多隆阿就这样被推上了前敌总指挥的位子。就在这时候，湘军进入安徽后的第一场恶仗，即太湖、潜山之战打响了。
原来，陈玉成得知湘军即将对安徽发动大规模进攻，而且太湖、潜山两城已经被湘军包围，于是率领十万精兵南下，妄图将湘军击退，稳固安庆的前沿阵地。
多隆阿知道陈玉成大军即将来到后，做出了一个大胆的作战计划。他解除对潜山的包围，命鲍超率领三千士兵驻守前面的小池驿，直接对阵陈玉成，而他自己驻守在后边的新仓，随时准备接应鲍超。
多隆阿的这一计划把曾国藩吓着了。曾国藩用兵呆滞，无论战略还是战术，都很笨拙。按照他的规划，太湖、潜山之战应该这样打：将兵力收缩，包围住太湖城，凭借牢固的营垒，抵挡住陈玉成的反包围，待重创敌军后，再顺势拿下太湖城，趁势进攻潜山，拿下潜山城。这种办法非常保险，胜算也很大，但是不能速胜，至少需要一两年才能拿下太湖、潜山。
所以，当他得知多隆阿的规划后，着实吓得不轻。他最担心的是顶在前面的鲍超。鲍超手下只有三千兵，却要抵挡一向号称精悍的陈玉成十万大军。即便是古代的名将，面对这样的局面，恐怕都很难生还，何况是鲍超？他担心鲍超会成为李续宾第二。于是，他多次写信给胡林翼，请求他命令多隆阿改变作战计划。
胡林翼得知多隆阿的作战计划后，也吓了一跳。但他并不认同曾国藩的作战想法。他想打一场大的歼灭战，不仅要迅速拿下太湖、潜山，还要争取干掉陈玉成。在这一点上，多隆阿的想法和他是一致的。但他也担心鲍超的三千兵会被陈玉成吞掉，所以一直催促多隆阿救援鲍超。
当曾国藩、胡林翼还在为战略问题争论不休的时候，小池驿大战已经打响了。湘军第一悍将鲍超对阵太平军第一悍将陈玉成，这真是一场惊天地泣鬼神的厮杀。这场大战是鲍超的成名之战，他的三千士兵挡住了十万太平军一轮又一轮的进攻，为湘军调整兵力，发动反击，争取了宝贵的时间。
多隆阿虽然与鲍超有矛盾，但是到了关键时候，他还是不敢犯浑。在他的指挥下，新仓的援军不断开往小池驿。曾国藩、胡林翼也从各处调来军队，一部分增援小池驿、新仓，力图保住前沿阵地，另一部分参与对太湖城的围攻，力图攻下太湖，使陈玉成此行失去意义，自动退兵。
在小池驿大战之前，胡林翼在潜山西北的天堂镇埋伏有一支八千人的部队。当小池驿之战进行到最艰苦的时候，这支部队出其不意地从太平军背后杀出，斩杀太平军数千。
陈玉成的大军被阻在了小池驿，不能前进一步，而太湖城中的太平军由于得不到救援，已经弹尽粮绝，城池随时都可能被攻破。在这种情况下，陈玉成为了避免被湘军反包围歼灭，主动撤出了战斗。湘军趁机攻下太湖、潜山，为从陆路进攻安庆扫清了障碍。
胡林翼、曾国藩打赢了关键的太湖、潜山之战，人生进入辉煌时期。但他们的一位老朋友，此时却进入了人生的低潮期。这个人，就是左宗棠。
自1854年进入湖南巡抚骆秉章的幕府之后，左宗棠一直是湖南军政大权的实际掌控者。然而此时，这一局面被一个叫樊燮的总兵给打破了。
这个樊燮，在石达开大军袭扰湘南的时候，不认真筹备防守，天天和一帮狐朋狗友置酒高会，结果被人告了。樊燮得知此事后，连忙赶往省城长沙，向巡抚骆秉章解释。骆秉章对于樊燮的劣迹早有所耳闻，不想管这件事情，便让樊燮去找左宗棠。
樊燮仗着自己是湖广总督官文的亲戚，看不起左宗棠这个小小的幕僚，在见面的时候并没有按常规向左宗棠请安，结果惹恼了以毛驴子脾气著称的左宗棠。左宗棠对着他破口大骂，并将他赶出了巡抚衙门。
樊燮是二品大员，哪能承受这样的侮辱！气急败坏的他将此事上诉至湖广总督衙门，又去京城都察院告御状。同时，湖广总督官文也将此事添油加醋一番，上奏给朝廷。
咸丰皇帝看过官文的奏章后，对左宗棠的专横很是不满。他命湖北学政钱宝青审查此案，并且对他说：“如果你查明左宗棠果然干了违法的事情，可以将他就地处决。”
左宗棠得到这个消息后，不愿接受朝廷的调查，于是以参加会试为名，辞别骆秉章，前往京城。当他走到湖北襄阳的时候，接到了胡林翼的一封信。胡林翼告诉他京城已经布下了天罗地网，只要他一进京城，就必然被抓。胡林翼对左宗棠说，他是左宗棠的亲戚，为了避嫌，不能收留他。对于左宗棠来说，现在最好的办法是去宿松，寻求曾国藩的庇护。
左宗棠听从了胡林翼的建议，很快就来到了宿松。之后，胡林翼也以吊丧为名，来到宿松。当时，李元度、李鸿章、李瀚章等人也在宿松。这些湘军中的顶级人物聚集在一起，天天谈论天下大事，规划消灭太平天国的宏伟蓝图。
也就是在这期间，被清廷寄予厚望的江南大营被太平军彻底端掉，两江总督何桂清潜逃，名将张国梁、和春先后毙命，丹阳、常州等重要城镇也先后失守，清廷上下陷入一片慌乱之中。江南大营的覆灭，标志着清廷想要依靠绿营镇压太平天国的黄粱美梦彻底破碎。镇压太平天国的重任，历史性地落到了胡林翼、曾国藩等湘军将领的身上。
得知江南大营溃败的消息后，曾国藩感到非常悲哀，而左宗棠却觉得异常兴奋。他对胡林翼和曾国藩说：“我看东南大局的转机，就在这件事情上。江南大营的那些绿营兵根本就没有什么战斗力，经过这一番清扫，反倒宁静了。这对我们湘军来说，不是坏事，而是大大的好事。以后就看我们湘军的了。”
胡林翼的看法与左宗棠相同，他认为朝廷必将任命曾国藩为新任两江总督，并且会将恢复东南太平的重任完全托付给他。胡林翼说：“只要朝廷将东南的军事完全交给涤帅来处理，用不了多久，长毛必定彻底完蛋。”
曾国藩此时也清楚，新的两江总督只能在他和胡林翼两人当中选一个。不论是他自己还是胡林翼来当这个两江总督，都意味着他以后办事要方便多了。
咸丰皇帝的想法是让胡林翼担当两江总督。胡林翼这几年，不仅战功赫赫，而且政绩显著。武昌、湖口、九江的攻取，都是他指挥调度的，而湖北在他的治理下，迅速成为了湘军最值得信赖的大后方。更加难能可贵的是，他作为汉人，却和身为满人的总督官文关系非常融洽。所以，咸丰皇帝属意胡林翼。
这时候，肃顺的一句话，改变了咸丰皇帝的决策。肃顺，满洲镶蓝旗人，出身宗室贵族。他是继文庆之后，又一个主张重用汉人，实施以汉制汉策略的代表人物。
肃顺和曾国藩等湘军将领之间有着一种微妙的关系。肃顺喜欢收罗人才，在他的幕府当中，有许多人和湘军将领有着密切联系，甚至有些人本身就是湘军集团中的人物。曾国藩、胡林翼等人的政治诉求通过这些中间人，传递到了肃顺耳中。肃顺又将这些诉求告知咸丰皇帝。所以，曾国藩、胡林翼等人的愿望往往能够得以实现。总而言之，肃顺是湘军集团得以迅速崛起的关键人物。
在两江总督的人选问题上，肃顺进言道：“胡林翼在湖北干得很好，将他挪动不是明智的选择。曾国藩现在并没有担任督抚，不如就用曾国藩。”
肃顺的这句话决定了曾国藩的命运。咸丰皇帝不久之后就正式任命曾国藩为代理两江总督。这个督抚实权来的实在是太不容易了！早在1854年攻克武昌后，他就有可能当上湖北巡抚的，但因为他主动推辞，弄巧成拙，最终与湖北巡抚失之交臂。兵败湖口后，他曾多次向清廷索求督抚实权，但都被拒绝。如今，被朝廷寄予厚望的江南大营灰飞烟灭，朝廷终于想起他曾国藩来了。这对于曾国藩的一生来说，是一个重要的转折点。
代理两江总督后，曾国藩开始谋划攻打安庆。他的弟弟曾国荃此时来到宿松，曾国藩命他统率军队推进至安庆外围，开始了对安庆的长期围困。
就在曾国藩人生命运发生重大转折的同时，左宗棠的命运也发生了彻底的改变。这其中的关键人物，依旧是肃顺。
左宗棠的遭遇，引起了肃顺以及他周边的那些与湘军将领关系密切的人物的注意。这其中，包括郭嵩焘、王闿运等人。他们决定，先找一个人上奏替左宗棠辩解，然后再由肃顺进言替左宗棠说些好话。这样一来，皇帝肯定会做主，替左宗棠洗刷冤屈。
郭嵩焘找到了在南书房当值的潘祖荫。不久后，潘祖荫上疏力保左宗棠。这份奏疏中的那句“国家不可一日无湖南，湖南不可一日无左宗棠”引起了咸丰皇帝的兴趣。他问一旁的肃顺是否知道左宗棠这个人，肃顺趁机说了一大堆左宗棠的好话。这样一来，左宗棠的被重用也就成了顺理成章的事情了。
如何使用左宗棠，咸丰皇帝心里并没有底，他向曾国藩征求意见。当时，曾国藩刚刚当上两江总督，成为湘军东征的领袖人物，但他手下并没有多少真正的将才。他非常希望左宗棠能够出来带兵，帮他独当一面。他在答复皇帝垂询的奏折中，反复强调自己兵力单薄，缺乏著名统将，明显流露出希望左宗棠帮办军务的意味。
咸丰皇帝接到曾国藩的奏折后，即任命左宗棠以四品候补京堂襄办曾国藩军务。左宗棠接到圣旨后，通过与骆秉章、胡林翼、曾国藩等人商量，最终决定在湖南招募乡勇五千，组建一支新的军队，开赴皖南战场。
左宗棠一直看重王錱，王錱的早逝令他很伤心。他建立的这支新楚军，骨干力量都来自王錱的老湘营。左宗棠曾宣称他所用的人都是曾国藩不用的，以此来表达他对曾国藩用人术的鄙视。新楚军在创建之初，就注入了很多反对曾国藩的元素。
左宗棠的出处问题得到了圆满的解决，曾国藩却又摊上了麻烦事。原来，清政府一直催促他迅速带领前往下游，克复苏州、常州。清廷认为，苏州是经济发达的地方，财税收入很多，而从军事的角度来看，苏州是兵家必争之地，它的得失关系到江苏、浙江、安徽三省的安危。所以，必须先拿下苏州。
曾国藩的看法与朝廷截然相反。他认为自古以来平定江南，都是先占据上游，高屋建瓴，然后顺江东下，势如破竹。目前最重要的是攻取安庆。拿下安庆，淮南也就容易收复了，并且也可以为下一步的攻取江宁奠定坚实的基础。江南大营正是因为没有占据上游的有利地势，所以覆灭了。现在如果舍弃安庆而去攻取苏州、常州的话，势必重蹈覆辙。
同时，曾国藩又根据当时的形势，进一步分析不能立即东进的理由。江南大营以苏州、常州作为依托，而现在这两座城市都已经被太平军占领，湘军东进会成为没有依托的孤军，陷入绝境。湘军以湖南、湖北为大本营，一旦东进，远离大本营，将会陷入孤立无援的境地。更为重要的是，太平军在东线获胜，夺取苏州、常州之后，势必会发动西征，以解除湘军对安庆的围困，夺回上游的有利地势。所以，湘军必须留下来阻击太平军西征。总之，湘军立即大举东征，在战略上是错误的。
曾国藩虽然对于自己的判断充满自信，但此时的他已不是当年上《敬陈圣德三端预防流弊疏》的那个愣头青了。他知道，和朝廷对着干是没有好果子吃的。一向主张以诚信待人的他，此刻也准备对朝廷耍耍权谋了。
为了做出东进苏州、常州的姿态，曾国藩带着张运兰等一万多将士从江北的宿松渡江南下，在祁门扎下营寨。同时，他煞有介事地拟定了一个三路进兵夺取苏常的作战计划，上报给清廷：一路从池州进攻芜湖；一路从祁门向旌德以北推进，进图溧阳；一路分别防守广信、玉山，进图衢州。
其实，当时太平军刚刚攻克江南大营，兵势正盛，而曾国藩手下并没有好的统将，是完全不可能三路进兵，深入太平天国中心区域的。所谓的三路进兵，只是曾国藩为了敷衍咸丰皇帝，不得不做出的一种姿态而已，并不会真正执行。
不过，咸丰皇帝看到曾国藩的奏章之后，很是欣慰。不知他是真看不出曾国藩在敷衍他，还是虽然看出来了也不好太过苛责。反正，这位昏庸无能的皇帝最终相信了曾国藩的忠心。
祁门位于安徽西南部，是安徽、江西、浙江三省的交界地带。地理位置注定祁门将是太平军的主要攻击区域。然而，祁门并不是一个驻兵的好地方。它的四周全是高山，从军事的角度来讲，这是一个绝地，只要太平军占据四周的高山，就可以居高临下，一举端掉曾国藩的老巢。
曾国藩的那个幕僚们看到了危险，都劝曾国藩找一个靠近长江的城镇驻兵，因为那样可以和长江中的彭玉麟、杨载福湘军水师取得联络，就不会有覆灭的危险。其中，李鸿章的态度最为坚决。
李鸿章等人只是从军事角度考虑，担心曾国藩的安危，而曾国藩自己却有着更深的考虑。他很清楚，他现在不能躲在长江边。因为那样做的话，完全没有东进苏州、常州的态势，咸丰皇帝会怀疑他不听调遣、拥兵自重，言官们也必将纷纷上书弹劾他。到时候，局面就被动了。反之，如果驻兵祁门，被太平军攻击一番，让大家都看到东进的危险，那么不但言官们无话可说，咸丰皇帝也不好再责怪他。最终，所谓的东进，也就可以不了了之了。此举虽然危险，但却是避免局面被动的唯一选择。所以，曾国藩不顾幕僚们的纷纷反对，坚持驻兵祁门。
东进苏州、常州的风波刚过，曾国藩又遇到了另一件麻烦事。原来，1860年9月，英法联军攻占天津，兵锋直逼北京。满清贵族僧格林沁率领的蒙古铁骑和胜保率领的八旗兵在北京郊外的八里桥与英法联军决战，结果大败。僧格林沁狼狈逃窜，胜保还受了枪伤。昏庸无能的咸丰皇帝一看形势不对，赶紧逃亡承德避暑山庄。同时，他向曾国藩发出谕旨，命湘军精锐鲍超部北上救援。
曾国藩接到这份谕旨后，感到非常为难。一方面，作为一个普通的中国人，作为大清的臣子，他不该阻止鲍超为国家效力，为朝廷尽忠，理应允许他北上，与侵略军决一死战。但是，当时湘军和太平军在安徽的决战即将打响，一旦鲍超北上，湘军将失去霆字营这支湘军当中最能打硬仗的部队，这对战局的影响是不言而喻的。从这个角度出发，曾国藩实在不愿意鲍超北上。
曾国藩一个人决策不了，只好召集幕僚来商议。幕僚中的大多数，以民族大义为重，都劝曾国藩同意鲍超北上。只有李鸿章表示了反对。
李鸿章对曾国藩说：“学生以为，英法联军已经杀到了北京城下，破城而入是迟早的事。这个时候再调兵北上保卫京城，已经没有任何意义了。英法联军入侵中国，目的只有一个，那就是通商。灭亡中国对于他们来说，没有好处，只有坏处，他们不会干这么傻的事。所以，学生估计，英法联军在攻下京城之后，马上就会和中国议和。总而言之，对我大清构成真正威胁的，是长毛，而不是英法联军。我们应该集中力量对付长毛，而不必管那英法联军。”
曾国藩经过慎重的思考，觉得李鸿章的话是有道理的。既然北援完全没有必要，那么朝廷那边如何搪塞过去呢？曾国藩想不到好办法，只好依旧询问李鸿章。
李鸿章说：“解决这个问题的关键，就在这八个字，‘按兵请旨，且无稍动’。”
李鸿章的意思，曾国藩是最明白不过的。思考良久之后，他决定按照李鸿章的计策行事。他给朝廷上了一道折子，提出鲍超人生地不熟，断不能至，必须在他和胡林翼之间选一个人北上保卫京师根本。这其实是在拖延时间。当时还没有电报，奏折往返需要一个多月的时间。在这段时间内清廷议和的话，李鸿章的谋划就实现了。
果然不出李鸿章所料，清廷很快就和英法两国议和了，所谓的北援，也就没有了任何的意义。当曾国藩接到咸丰皇帝和议已成、不必北援的谕旨后，很是佩服李鸿章的远见卓识，对他也更加信任了。
咸丰十年，也就是1860年，这是中国局势发生重大转折的一年。这一年，清政府的正规军，无论是外战还是内战，都遭遇惨败。外战方面，僧格林沁、胜保兵败八里桥，英法联军进了北京，圆明园被烧。内战方面，江南大营被太平军彻底端掉，七八万的正规军飞灰烟灭，名将张国梁、和春等先后毙命，丹阳、常州等重要城镇也先后失陷。清政府在老百姓以及士大夫当中的威望，急剧下降。
与此形成鲜明对比的则是湘军的表现。江南大营溃败后不久，彭玉麟、杨载福率领湘军水师攻克了安庆外围的重镇枞阳镇，彻底切断了安庆城内太平军的补给线路，实现了对安庆的合围。湘军就此掌握了安庆攻防战战略上的主动权。无论是清廷，还是那些渴望重获太平的老百姓和士大夫们，都把镇压太平天国的希望寄托到了湘军身上。