众多流派在经历了多年历史长河与战火的洗礼后，绝大部分流派已经失传，至今剩下的只有寥寥无几的几个流派仍在延续着这门独特的战争艺术。伊贺，甲贺，纪伊，等叁州。其中后叁州的忍术在日本是最为发达的。
忍术是由忍者的家族世代相传的。在各流派中，有的有森严的等级。最高地位的忍者称“上忍”，统帅一个派别或充当一方的霸主。在他的属下有很多的“中忍”，每个中忍管理一个由三四十名“下忍”组成的小团体。中忍负责将上忍的命令传达下去，将下忍的情况向上忍汇报，起到桥梁的作用。下忍是忍者中最底层的人员，专门执行任务。
忍者技艺超人，擅长使用剑、钩等各种兵器与飞镖等暗器；他们能飞檐走壁，在沙地上飞跑不发出一点声响；在水中屏息可长达五分钟，如用特殊器具可在水底待上一天一夜；他们善于在水面和水底搏斗，甚至能潜到船底，偷听船上人的对话……
忍者这种超人的本领是从小经过艰苦的特殊训练获得的。忍者家庭的小孩不论男女，都必须继承祖先的职业传统，一般从五岁开始就接受训练。训练的种类有五种，即平衡、灵敏、力量、持久及特殊技巧。
平衡训练从走竹竿开始，当能够在滚圆的竹竿上行走而不滑下，就将竹竿逐渐升高，最终要升到三四十尺高，达到奔跑跳跃如履平地的境界，这样就能在树上、屋顶及墙头上下攀援，行走如飞。
灵敏的训练也是如此跳过插着刀片的绳子，在布满利刃、枪尖的狭道中拐弯抹角急速穿行。
持久及力量的训练最为艰苦，如双手挂在树上，支持全身，下面放满暗器，不容你松手跳下，以恐惧来激发体内的潜能作长久的支持。长跑更是忍者的基本功，要求连续跑上五十公里路而不停下来休息，日行百里是家常便饭。
至于特殊技巧训练就更令人吃惊。除了上述说过的，还有徒手搏斗，投毒解毒等。化装术更是忍者的特长，他们能制造人皮假脸，改换性别。有人做过一个试验，让一个忍者在人群中穿行，由几个人在一旁辨认，结果各人所见都不相同，高矮胖瘦，不一而足，忍者真可为“千面人”。还有隐匿术。
忍者的修炼之路，忍术在日本战国时代盛行一时是因为其极强的实用性。忍术是古代日本忍者所掌握的整套完善的间谍情报技术体系，包括有：追踪、侦察、谍报、保镖、暗杀等多方面的内容。忍者技艺超人，擅长使用剑、钩等各种兵器与飞镖等暗器；他们能飞檐走壁，在沙地上飞跑不发出一点声响；在水中屏息可长达五分钟，如用特殊器具可在水底待上一天一夜；他们善于在水面和水底搏斗，甚至能潜到船底，偷听船上人的对话……这种种的超人技能是通过非人的磨练才能习得的。
精神修炼：忍术和其他武术流派强调体质训练不同，它尤其强调精神上的修炼，并将其整个的训练体系，建立在超乎想象的精神修炼基础上。因为忍者所执行的大多是一去不回的高风险性任务，独自一人在敌人的巢穴中完成任务要克服对死亡、孤独、黑暗乃至于饥饿、寒冷、伤病等诸多困难，所以拥有强大的精神力量，是忍术之所以无坚不摧的真正原因。作为一名忍者家族的后代，一经降生就必须接受残酷的命运现实——或者成为忍者，或者死。
忍者从很小的时候起，就被灌输以对主人绝对忠诚的思想：除了自己的主人，任何人命令都不会听哪怕是日本天皇也不行。通过从小开始这种精神洗脑而打造出的忍者比任何的宗教信徒都更加狂热，更加无所畏惧。不过忍者也不是像邪教徒一样的僵尸般的战士，它有着一套切实可行的强大精神力量的训练方法。这种技术才是忍术的秘中之秘，它就是东密的修行。东密和我国的藏密，印度的杂密一样，是佛教中密宗的一个支派，而且东密对于人体念力的开发，向来有着自己独特的传承，在密教界一直以显着快捷著称，忍者通过东密秘法的修习，锤炼自己的意志，精神变得无比纯粹和坚韧，体内的潜能将得到最大限度的开发。可以完全除去心灵的迷惑和恐惧，全神贯注的投入战斗。
此外密宗认为人的身体有许多奥秘和潜能，只要通过密宗法门的不懈努力就能使修行者发挥全部潜力，让身体与宇宙沟通达到天人和一的境界，这和忍者追求的极限体术不谋而合。密宗视大日如来为万物之主，极力推崇传承、真言和密咒。东密主要修法之一的“九字秘印”：“临、兵、斗、者、皆、阵、列、在、前”九字真言。
体质训练：忍术对于身体训练的强度也是非常残忍的。忍术所包括的内容，每一项忍者都必须精通。并且每项训练，都全是死亡淘汰赛，无法承受的人是不允许生存的。除了常规训练外，忍术还包括多种“怪力训练”，忍者通过它进一步磨练意志，忍耐力，生存能力等等。这种怪力训练诸如连续数天不食不动，杀死自己的同伴，以及与猛兽搏斗等，是令人难以想象的。通过这些死亡率极高毫无人性的修行，忍者从精神到肉体都实现了超人的飞越。获得了超越常人的毅力、耐力、战斗力。通过忍术的训练而幸存的忍者，个个都是一部绝对可靠的全功率战斗机器。
秘籍。幕府时代，忍者们干出的离奇惊险、令人咋舌的事件举不胜举，熊野寺秘籍被毁一事，可窥一斑。
熊野寺的主持拥有一本日本武功的秘籍，从不示人，一个名叫上野守直的武士千方百计想得到它。忍者堀川奉令行动，他打听出秘籍收藏在寺内一间小建筑里，寺庙戒备森严，无法进入。于是他花了七个月的时间，挖了一条地道通到小建筑底下，这时才发现，该屋建在一块大石头上，根本无法挖通。可熊野寺主持已经发现有人在挖地道想盗秘籍，他派人在地道口突然用火攻，将堀川活活烧死。上野又派了另一名忍者八郎去盗秘籍。八郎长得年轻貌美，且能歌善舞，他被当作侍童招进寺里，心术不正的僧侣将他打扮一番，当作同性恋的泄欲对象。八郎终于引起了熊野寺主持的兴趣，两人也勾搭上了，八郎巧妙地利用副主持的嫉妒，打听出主持是是半夜躲在密室用很幽暗的灯光来读秘籍的。一天晚上，当主持在密室幽光下读秘籍时，八郎像猫一样潜入密室，勒死主持，将秘籍收入圆筒，立时飞遁回去复命。