2004-05——第三冠次轮溃败之后，马刺又一次想要重返西部之巅。球队从西雅图得到了后卫布伦特-巴里，从纽约得到了中锋纳兹尔-穆罕穆德并签下自由球员、老将格伦-罗宾逊，携手马刺旧将布鲁斯-鲍文、罗伯特-霍里、托尼-帕克、马努-吉诺比利和蒂姆-邓肯，马刺队以59胜23负的战绩结束2004-05赛季，在西南分区排名第一，西部排名第二。季后赛中，马刺以4比1轻取丹佛掘金队，4比2击败西雅图超音速队，4比1淘汰菲尼克斯太阳队，并随之进入NBA总决赛。总决赛中，马刺面对卫冕冠军，同时也是本赛季东部冠军的防守强队底特律活塞。马努-吉诺比利前两场比赛分别斩获26分和27分，带领马刺84-69、97-76狂屠活塞。然而移师汽车城再战，又轮到马刺79-96、71-102吞下两场惨败。第五场，双方在常规时间内比分战平。加时赛上半场一分未得的霍里下半场手感火热，在比赛还剩9秒时命中压哨三分，帮助马刺戏剧性地96-95起死回生。然而马刺并没有在第六场把圣安东尼奥马刺队2005夺冠圣安东尼奥马刺队握住夺冠良机，86-95输掉了比赛，把11年内第一个NBA“抢七”大战带到了圣安东尼奥。
总决赛第七场双方上演防守大战，两队的投篮都非常艰难，命中率也都不高。在场上经验最丰富的算是老将罗伯特-霍里，他参加过1994年总决赛的第7场，他的上场时间也因此增加不少。霍里首节4投3中，其中包括一个三分球，拿下了首节全场最高的8分。活塞队本-华莱士多次偷袭得手，首节他也贡献6分。
马刺在三节过后将比分扳成57平。邓肯本节13投仅4中，但是4次罚球全部命中，单节还是贡献12分。
外线射手成为第四节的关键。霍里在本节还有8分22秒时三分命中，在拉希德-华莱士还以三分后，两队都有几次进攻未果。霍里再次三分出手未能命中，但邓肯抢到篮板，传给外线的鲍文，后者稳稳地投中三分，马刺在比赛还有6分11秒时以67比61扩大优势。活塞队在重压之下终于有些变形，此后几次进攻未果。马刺队则内外结合，由邓肯在内线吸引防守，然后外线一击致命。比赛还有2分57秒时，邓肯传球给吉诺比利，后者三分命中，马刺以72比65领先。比赛还剩1分钟时，邓肯两罚一中。活塞队进攻未果后，吉诺比利上篮得分，马刺在比赛还有35.9秒时以75比68扩大优势。活塞队由拉希德-华莱士投中三分，接着马上采取犯规战术，吉诺比利两罚全中。活塞队最后时刻回天无力，最终74-81不敌马刺。蒂姆-邓肯拿下了25分11个篮板3次助攻，当选当年总决赛最有价值球员（fMVP）。进入NBA8年，邓肯已经有3个总冠军在手以及三个总决赛MVP，夺冠速度堪与前辈比肩。当年“魔术师”约翰逊花了6年时间就夺得3个总冠军，“大鸟”伯德花了7年，“飞人”乔丹花了10年才得到第三个冠军。
前锋罗伯特-霍里在关键时刻为马刺稳定了军心，全场拿下15分5个篮板，同时也夺得了自己的第六枚总冠军戒指。
马努-吉诺比利也逐渐成长为一名NBA巨星，第七场斩获23分，一个赛季精彩的表现赢得了圣安东尼奥、美国和全世界球迷的广泛称赞（特别是在他的家乡阿根廷），并入选了这个赛季的全明星赛。
2005-2006六年内三夺总冠军后，马刺仿佛已经成为了NBA的名片，也成了每支想要夺冠的球队必须跨越的一道坎儿。2005-06赛季，马刺得到了两届全明星迈克尔-芬利和全明星尼克-范埃克塞尔。于是马刺前19场比赛取得16场胜利就显得并不奇怪了。为了拿下西南赛区冠军，马刺面对同区的小牛，并最终荣登西南区头名，同时刷新了球队胜负场次的新纪录——63-19。马刺已经连续九年闯入季后赛（直到这个赛季，马刺和印第安纳步行者队同时保持着连年进入季后赛的NBA最长纪录，尽管2006-07赛季马刺连续第10次进入季后赛再次刷新纪录，而步行者的九年季后赛之旅就此结束）。
季后赛首轮面对萨克拉门托国王队，马刺就遇上了不小的麻烦。第二场在加时阶段让马刺艰难地保住了两个主场，紧接着又在客场接连败退。重整旗鼓的马刺取胜拿下第5、6场，在第二轮与小牛展开“群星混战”。
第一场比赛就奠定了整个系列赛的基调。邓肯砍下全场最高的31分，帮助马刺87-85艰难取胜。然而第二场，马刺就在主场22分之差被小牛肆虐。移师达拉斯再战，小牛连续两场上演惊魂时刻，将总比分扩至3-1。背水一战的马刺全队疯抢篮板，以98-97赢下这场肉搏战。比赛最后几秒杰森-特里肘击原队友迈克尔-芬利，遭到第六场比赛禁赛的处罚。特里在整个对抗马刺的系列赛中状态都非常好，在季后赛中平均每场贡献17．9分，在队内仅次于头号得分手诺维茨基。他的缺席让马刺占足先机，并最终91-86力克小牛，把“抢七”大战带回AT&T中心。第七场决战，马刺在常规时间末节展开反扑，瞬间抹平了20分的分差，将比赛拖入加时。全场比赛邓肯狂砍41分、怒摘15个篮板，无奈加时赛中德克-诺维茨基率领的小牛火力全开，全队斩获15分，119-111力拔马刺。
2006-07——第四冠满怀着新的决心，为了磨合新老队员，马刺队2006年10月在法国开启了新赛季训练营。在11月2日揭幕战97-91客场挑落达拉斯小牛后，格雷格-波波维奇成为了北美职业篮球历史上第四位执教球队获得10场揭幕战胜利的主教练（另外三位分别是：汤姆-兰德里、比尔-菲奇和乔治-阿伦）。
马刺开局惊艳，14场比赛中赢了11场，包括相继战胜达拉斯、菲尼克斯和休斯敦。蒂姆-邓肯也有幸在那段时间里成为了职业生涯总分超过15000分大家庭中的一员。马刺队史的新纪录12连胜直到102-111不敌金州勇士后才画上了句号。2006年12月2日战胜国王队后，马刺超越凯尔特人，以59.5％的胜率荣登历史第二名。然而随着赛季的进行，马刺实现崇高理想的道路愈加坎坷。一月收获9胜7负担成绩后，二月初又不得不吞下1胜3负的惨淡战果。几场激战过后，马刺很快已经被达拉斯小牛和菲尼克斯太阳落下很远。事实上，马刺领先西南赛区第三名火箭也仅仅1.5个胜场。交易传闻渐渐笼罩灰心丧气的马刺。交易截止日已经非常临近，波波维奇不得不在是否保持现有团队间作出决定。他决定不进行交易。这仿佛成了整个赛季的转折点，马刺暗下决心打好剩下的每一场比赛。二月和三月，马刺通过强硬的防守和在绝境中投进关键球一举豪取13连胜。在常规赛后期的31场比赛中25胜6负，场均得到98.9分，同时将对手限制在场均87.9分，重回西部强队之列。即便马刺依然赶不上西南区冠军小牛队，他们还是以良好的状态杀入季后赛。
马刺在主场赢来2007年季后赛的首场比赛，对手是丹佛掘金。马刺的慢热在常规赛早就显露出来，这样的状态一直延续到了季后赛。相对于掘金的顽强，马刺一开始还没找不到感觉。“黄金双枪”顺势砍下了61分，而邓肯只有14分10个篮板进账。掘金首战95-89力克马刺。
第二场，“石佛”邓肯终于恢复了自己应有的状态，22分7个篮板帮助马刺97-88取得胜利的同时扳平了大比分。从此之后，马刺就再也没有给掘金翻身的机会。除了邓肯和帕克的稳定发挥，老将芬利、霍里纷纷发飙，马刺干净利落地4比1淘汰掘金，迈入第二轮。当马刺将掘金拒之门外时，常规赛67胜15负的小牛却2-4爆冷败给了金州勇士队。小牛队意外出局时的马刺次轮对抗菲尼克斯太阳队的比赛成为了季后赛的焦点之战。场均30.2分12.5个篮板3.1记盖帽的邓肯再次在强强对话中占据了内线的优势。哪怕是不可一世的“小霸王”阿玛雷-斯塔德迈尔，在邓肯面前也显得无能为力。虽有助攻好手史蒂夫-纳什，但“三叉戟”和强硬的板凳让马刺在这次“准冠军”比赛中显得更具冠军气势。马刺最终4-2告捷，但第四场中对纳什恶意犯规的罗伯特-霍里遭到了禁赛2场的处罚。那些说“马刺对太阳系列赛就相当于总决赛”的没有说错。马刺随后4-1轻取犹他爵士，挺进2007NBA总决赛。
马刺队在总决赛中以4比0横扫勒布朗-詹姆斯所率领的克利夫兰骑士队，再夺总冠军，成为NBA历史上继凯尔特人、湖人、公牛队后，第四支夺得4次及以上总冠军的NBA球队。
2007-082007-08赛季中联盟进行了几场大交易，包括凯文-加内特和雷-阿伦携手加盟波士顿凯尔特人队，沙奎尔-奥尼尔进驻菲尼克斯太阳队，以及保罗-加索尔入伙洛杉矶湖人队。马刺没有卷入任何大交易，只是赛季中期交易到了西雅图的“疯狂之眼”科特-托马斯。
尽管打出了17胜3负的强劲开局并且在二、三月份连胜11场，马刺依然屈居几支刚刚经过大交易的球队以及其他几支迅速崛起的球队之下。马刺以56-26的成绩以西部第三的身份挺进季后赛。马刺在季后赛第一轮再次面对去年饱受争议的半决赛对手菲尼克斯太阳队。马刺队4-1淘汰太阳晋级西部半决赛。次轮的对手是以克里斯-保罗为首的新奥尔良黄蜂队。马刺和黄蜂鏖战7场后险胜对手，与湖人会师西部决赛，但最终1-4遗憾结束卫冕之旅。