“双塔”：邓肯和罗宾逊（1997－2003）
1997－98：邓肯到来，马刺从地狱到天堂圣安东尼奥马刺队知道他们会在1997－98赛季中取得很大的进步。毕竟，他们刚过去的赛季的20胜62负的成绩也是球队25年NBA历史上最糟糕的。然而，他们优异的表现还是很快让许多的NBA球队感到吃惊。
在大卫-罗宾逊伤愈复出（他由于受伤而在上个赛季仅出场6次），以及1997年NBA的选秀状元蒂姆-邓肯加入之后，马刺队又再次完成了NBA历史上单个赛季上最大的胜场进步，他们赢下了56场比赛并打入了季后赛的第二轮。
在这个赛季里，邓肯平均每场得到21.1分（NBA中排名第12），11.9个篮板（第3），2.51次盖帽（第6），并取得了最多的57次的两双。他被选入了NBA全明星阵容，并毫无悬念地摘得了年度最佳新秀奖。
马刺在他们最后的62场比赛里面取得了46胜16负的成绩。和邓肯一样，罗宾逊也被选入西部全明星队，并在各项技术统计上都名列前茅：得分21.6分（第10），篮板10.6个（第5），盖帽2.63（第5）以及40次两双（第9）。
在季后赛的首轮中马刺队遭遇菲尼克斯太阳队。但关上菲尼克斯人通往下一轮比赛的大门的，不是太阳队主教练一直担心的邓肯和罗宾逊，而是“小将军”约翰逊。这名5尺10寸的控球后卫的身边一直有马刺需要一个更强壮的控球后卫的传言，而他在同太阳队的系列赛中平均每场得到球队最高的20.5分外加6.0次助攻，帮助球队3比1取胜。
在同犹他爵士队的西部半决赛中，马刺队继续表现出强烈的争冠气势。但他们还是无法找到破解西部卫冕冠军的办法。尽管邓肯砍下了33分，犹他还是以83比82险胜第一场。在第二场中，犹他经过加时以109比106获胜，而马刺队赢球的希望在邓肯扭伤了他的脚踝之后变得渺茫起来。尽管圣安东尼奥回光返照般的赢下了第3场，但他们还是以1比4输掉这个系列赛。
1998—99：第一冠圣安东尼奥在这个缩水的赛季的第一个月中表现不佳。但一旦马刺队找到比赛的感觉之后，就再没有人能阻挡他们第一次夺得NBA总冠军的脚步了。在同纽约尼克队的第五场总决赛中，约翰逊在还剩下47秒时命中了跳投，帮助球队获得了78比77的胜利，也使得球队举起了冠军奖杯。蒂姆-邓肯在这个系列赛中平均每场拿到27.4分、14个篮板和2.2次盖帽，并被选为总决赛的MVP。
邓肯身边的另一名内线大卫-罗宾逊也表现出色。这名全明星球员在他效力马刺的这第10个赛季中，在总决赛的系列赛里面平均每场得到16.6分、11.8个篮板和3.0次盖帽。同时，这也使得圣安东尼奥成为了第一支夺得NBA总冠军的前ABA联盟的球队。
而在赛季结束后另外一件事情引起了人们的关注。先发的小前锋肖恩-埃利奥特透露他是在需要接受肾移植的情况下坚持比赛的。同一种罕见的肾部疾病作斗争的埃利奥特在8月16日接受了移植手术。他的兄弟诺尔捐献了自己的一个肾。
埃利奥特在17场季后赛中平均每场出场33.8分钟，并且他完成了著名的“阵亡将士纪念日的奇迹”。在那一天的比赛中，他在还剩下9秒时，踮着脚尖尽力保持身在场内，并命中了一个关键的三分，帮助马刺队在西部决赛同波特兰的第二场比赛中以86比85反败为胜。
圣安东尼奥的这个冠军赛季有一个糟糕的开局，他们在2月仅仅取得6胜8负。但球员们最终找到了最佳的比赛状态，同时在经验丰富的摇摆人马里奥-埃利进入先发阵容后球队也一下子找到了胜利的感觉。在他们慢热的开局后，马刺以31胜5负完成赛季，而且他们在整个季后赛中的成绩为15胜2负。
邓肯连续第二年被选入NBA的第一阵容。他同时也是NBA中唯一一个在得分21.7（第6）、篮板11.4（第5）、盖帽2.52（第7）和投篮命中率统计49.5％（第10）中都名列前10的球员。
冠军形态（1999至今）
1999年，NBA因为劳资纠纷一度停摆，常规赛也因此从82场变为50场，就在这个特殊的赛季里，马刺队在“双塔”的带领下闯进季后赛，接着又一路横行，最终杀入总决赛，并以4比1战胜了纽约尼克斯队，这是马刺队历史上第一次实现总冠军之梦，邓肯也当选为总决赛MVP。
2000年到2002年，由于处于“湖人王朝”时期，马刺队两度遭湖人队淘汰。
2002-03——第二冠进入2002－03赛季，马刺知道这将成为大卫-罗宾逊在球队新主场圣安东尼奥SBC中心（后更名为AT&T中心）征战的最后一个赛季。为了铭记这个特殊的时刻，马刺更新了“嘉年华彩色”队标，回归原始的银、黑图形（虽然在“嘉年华彩色”队标时期球衣依旧使用的是银色和黑色）。
今年的马刺与以往大不相同。2001年NBA选秀大会上选中的法国明星球员托尼-帕克已经成为了球队首发控球后卫。此外，马刺阵容还集结了一批新得来的三分手，包括斯蒂芬-杰克逊、丹尼-费里、布鲁斯-鲍文、史蒂夫-科尔、史蒂夫-史密斯以及1999年二轮签抽中而今年才开始其NBA菜鸟赛季的阿根廷“妖刀”马努-吉诺比利。
马刺开局并没有想象中的顺风顺水，以19－13的战绩进入一月。一月份马刺全新的体系开始逐渐成型，随后在连续的9个主场比赛里拿下8场，重登榜首。马刺队一路高奏凯歌，在赛季结束前抹去了7场胜差，与达拉斯小牛队并列赢得NBA最佳战绩。蒂姆-邓肯随后打破平局，帮助马刺赢得了队史第三个赛区冠军，自己也理所当然地赢得了职业生涯第二个NBA最有价值球员奖。
以中西部赛区第一身份进入季后赛后，马刺迎来的第一个对手是太平洋赛区第四菲尼克斯太阳队。第一场比赛马刺队就送给了球迷们一个“惊喜”，95：96一分输给西部第八太阳队。太阳队新秀阿玛雷-斯塔达迈尔利用终场前7.9秒的三分把双方拖进加时赛并最终险胜。这场比赛，马刺全队罚球41罚仅26中。尽管首轮告负，马刺队依然凭借高出一筹的实力拿下了第2、3、5、6场比赛，顺利晋级。
第二轮马刺队迎来了洛杉矶湖人队。在过往的几个赛季里，马刺曾屡次被湖人击败。不过眼看湖人队日渐衰弱，马刺复仇的机会到了。他们一开始便在主场以87：82击败了湖人。前两场比赛，凭借着邓肯、罗宾逊和鲍文的出色发挥，马刺没有让家乡球迷失望。但来到洛杉矶后，马刺前两场的优势消失殆尽，湖人主场两连胜扳平了总比分。第5场比赛回到马刺主场，湖人“关键先生”罗伯特-霍里最后一击失手，2分惜败马刺。洛杉矶人感到了不祥之兆。回到湖人主场，马刺队110：82让“OK”组合哭了个痛快。
西部决赛，马刺迎来了最强劲的一个对手——达拉斯小牛队。两队的比赛相当胶着，但在第二场较量中，小牛当家球星德克-诺维茨基在比赛中与马努-吉诺比利的一次相撞受伤，导致了前者随后三场比赛的缺阵。马刺顺利地4-2战胜对手，晋级总决赛。总决赛对手新泽西网队在东区决赛中以4：0横扫了底特律活塞队，坐看马刺苦战6局出线。而马刺队与网队的总决赛着实可以用“丑陋”来形容，马刺队有些漫不经心，始终保持着胜一场输一场的节奏，似乎铁着心要在家乡球迷面前夺一回冠，邓肯永远不温不火，不知不觉连续拿下了14个两双！网队在马刺的防守面前无所适从，主动权一直掌握在马刺手中。马刺再次不出意料4：2战胜了对手，于是赢得了球队历史上第二个NBA总冠军。邓肯加冕NBA常规赛和总决赛双项MVP；大卫-罗宾逊带着总冠军戒指在圣安东尼奥告别了14年的NBA生涯；老将史蒂夫-科尔终于能将一只手的5根手指都套满总冠军戒指了；威利斯、史密斯、费里、帕克、吉诺比利、巴特尔等人也第一次亲手触摸到了奥布莱恩杯。
2003-04赛季二度夺冠后，大卫-罗宾逊的退役使得圣安东尼奥从前令人胆寒的防守不复存在。季后赛英豪史蒂夫-科尔（SteveKerr）和老前锋丹尼-费里（DannyFerry）也渐渐步入生涯暮年。与此同时，替补控卫斯比迪-克拉克斯顿（SpeedyClaxton）转投勇士，斯蒂芬-杰克逊远赴亚特兰大。为了填补阵容轮转中存在的多处漏洞，马刺在赛季前先后签约了几名重磅球员。从明尼苏达森林狼队签约的中锋拉休-内斯特洛维奇（RashoNesterovic）弥补了球队失去罗宾逊后的缺憾。马刺随后又低薪捡到了因得到布拉德-米勒（BradMiller）而遭到萨克拉门托国王队抛弃的希度-特克格鲁（HedoTurkgolu），后者代替杰克逊担当了锋线得分机器的职责。不过赛季前中最引人注目的签约还属加盟老将罗伯特-霍里（RobertHorry）。这位人称“关键先生”（亦称“六月先生”）的前锋拥有无比强悍的心理素质以及出色的贴身防守技术。他的加盟为马刺队角色球员阵容中增添了浓墨重彩的一笔。
马刺在新失罗宾逊的情况下，努力磨合着9名新队员，截至12月3日仅仅交出了9-10的成绩。然而，马刺并不是没有机会逆转颓势。他们在年底连胜13场，重返联盟榜首。马刺为保住西部第一的位置一直奋战到了赛季结束，并以一个11连胜为常规赛收尾，但可惜以一场之差错失赛区冠军和西部最佳历史成绩。
季后赛中，马刺依旧状态火热，4场横扫孟菲斯灰熊队。第二轮，马刺遭遇“老冤家”洛杉矶湖人队。之前一年，马刺4比2淘汰湖人，让“OK”组合在斯台普斯球馆里大肆飙泪，同时也阻却了对手四连霸的企图。如今再度拍马叫阵，双方各有思量——湖人想证明去年只是个意外，而马刺想用一次连冠来镀一镀王朝的金身。总之，他们必须从对手的身上践踏过去。而罗伯特-霍里赛季前从湖人转投马刺；卡尔-马龙舍圣城而奔洛城，无疑为这组对决火上浇油。
马刺拿到了和湖人对决时的主场优势，他们的连胜势头在一上来的两个主场还得以延续，然而在洛城SBC中心却突然没了手感，被马刺连扳两城。整个圣安东尼奥都想把科比生吞活剥——球迷甚至也打出了“滚蛋吧，*犯”的标语牌，让科比恍然以为来到了纽约。
第五场“天王山之战”，之前26投10中的科比在还剩11.5秒时投中一球，湖人72-71领先。随后邓肯在高位接球，奥尼尔紧贴。邓肯向里运了两次球，来不及看时间，邓肯向左后方侧仰，迎着奥尼尔的巨掌，用一个不规则的动作将球扔进篮筐。马刺73比72。可惜邓肯留给了对手0.4秒。连续三次暂停过后，佩顿在界外伺机发球，奥尼尔佯下篮下，带走防守球员；科比跑到三分线外，吉诺比利和霍里上去夹击；德里克-费舍尔身前空空如也。刹那间，佩顿将球抛了出去，费舍尔翻身在空中将球信手掷出。皮球划出高高的弧线，栽进篮筐。
主裁丹-克劳福德与两名裁判一遍遍回看录像，最终认定费舍尔在时间还剩0.1秒时出手，所以进球有效，马刺遗憾出局。