1990－92：季后赛首轮噩梦马刺队证明了他们在1989－90赛季的表现不是个意外，他们在接下来的赛季中力压犹他爵士队，连续第二年获得中西部分区的冠军。球队取得55胜27负的好成绩。
马刺队以NBA总冠军有力争夺者的姿态进入到季后赛。但球队在同金州勇士队的首轮比赛中就遇到了挫折。3名马刺球员得分超过30，帮助球队在主场以130比121拿下第一场，但勇士队拿下了随后的3场比赛，并赢得整个系列赛。
圣安东尼奥在随后的休赛期中完成了一笔大交易，用德文-辛奇祖斯（DwayneSchintzius）从萨克拉门托换来了6尺9寸高的壮汉安东尼-卡尔（AntonieCarr）。球队的先发控球后卫斯特里克兰由于和球队在合同上有争议而在赛季开始的时候被摁在板凳上，直到12月末才重新上场。尽管缺少了先发控球后卫，马刺队还是在1991－92赛季中，在11月份打出了10胜3负的开局。但球队在随后的两个月中表现不佳，主教练拉里-布朗也在1月21日辞职。当时正担任球队运作方面的副总裁的鲍勃-巴斯（BobBass），在17年中第四次临危受命，出任球队主教练。
在巴斯的带领下，球队在赛季后期打出26胜18负，使得他们总成绩达到47胜35负，这也足够确保他们仅仅落后爵士队而排名中西部分区的第二。但马刺队在季后赛中有所作为的希望由于罗宾逊和威利-安德森（WillieAnderson）的缺席而变得渺茫起来。“海军上将”在经历了左手的韧带修复手术后，于4月1日被球队放入伤病名单中。安德森则由于他的左胫骨的应力骨折而缺席了赛季的最后24场比赛。在季后赛开始的时候，他们2人都无法出场，而马刺也因此在首轮中被菲尼克斯太阳队横扫。
1992－93：卢卡斯临危受命在新赛季开始前马刺队请来了杰里-塔坎尼安（JerryTarkanian）成为他们新的主教练。10天之后，塔坎尼安短暂的执教在持续了6周后就宣告结束。他只留下了9胜11负的战绩。
约翰-卢卡斯随后被授予主教练的职责。马刺队在这名前NBA后卫的带领下打出了灵气十足的比赛，在他接手后的18场比赛中赢下了其中的16场。球队一个重要的变化是在先发阵容中增加了5尺10寸的控球后卫埃弗里-约翰逊（AveryJohnson）。作为卢卡斯教练以前在西雅图时的队友，“A。J.”在他为马刺打先发的前12场比赛中平均每场得到11.4分和9.9次助攻，并帮助球队取得11胜1负。
季后赛第二轮对阵太阳，马刺让菲尼克斯人惊出了一身冷汗。太阳队在菲尼克斯的第五场比赛中以109比96击败了马刺。第六场比赛是在马刺主场半球球馆（又名赫米斯集市球馆）进行的。在100平之后，太阳大前锋查尔斯-巴克利（CharlesBarkley）在比赛还剩下1.8秒时命中了18尺外的跳投，之后大卫-罗宾逊未能命中20尺外的压哨跳投，马刺队被淘汰出局。这也是在半球球馆进行的最后一场比赛。马刺队在1993－94赛季搬到了崭新的阿拉莫球馆（Alamodome）。
1993－94：“上将”独木难支在新赛季开始前马刺队用肖恩-埃利奥特从底特律活塞队交易来了丹尼斯-罗德曼。在整年中不停的变换头发颜色的罗德曼给马刺队在1993－94赛季带来了完全不同的变化。在罗德曼加盟后，上个赛季在进攻篮板上排名倒数第一的马刺队一跃而攀升到了正数第一。然而，罗德曼起到的更加显而易见的影响是使得大卫-罗宾逊减少了争夺篮板球的压力从而能有更多的机会去得分。在赛季的最后一天，罗宾逊在对阵洛杉矶快船队的比赛中砍下70分，生生地从沙奎尔-奥尼尔手中抢过了得分王的头衔，这也使得他成为了NBA历史上第四名在单场比赛中得分超过70分的球员。他还在2月17日对底特律的比赛中创造了另外一项NBA的记录，34分、10个篮板、10次助攻和10个盖帽的成绩使得他成为了又一名拿下四双的球员。场均17.3个篮板的罗德曼与罗宾逊在NBA历史上在同一个赛季的得分和篮板的个人统计上同时分别排在第一。马刺队以55胜17负的成绩落后休斯敦火箭队排名中西部分区第二。但是在以3胜7负结束他们最后10场常规赛之后，马刺队在同犹他爵士队的季后赛中首轮比赛中继续前进的动力。犹他连下四城，而马刺在这个系列赛中平均每场仅得到88.0分。几周之后，卢卡斯离开圣安东尼奥，前往费城76人队担任总经理兼主教练。
1994－95：罗宾逊带队打出62胜的赛季1994－95赛季成为了马刺队有史以来最出色的一个赛季，虽然对于马刺队的球迷们来说它结束的稍微有些太早了。球队打出了62胜20负的战绩，在NBA排名第一并且这也是球队历史上的最佳战绩。马刺队上一个最好的战绩是在1989－90赛季的56胜26负，而那也是大卫-罗宾逊的新秀赛季。
这个赛季的开局并不理想。在罗德曼禁赛的情况下，圣安东尼奥跌跌撞撞地取得了7胜9负的成绩。但马刺队在其后的比赛中打出了55胜11负，其中包括了2次的15连胜。他们在常规赛的最后23场比赛中取得了21胜2负。球队在2、3、4月份分别获得了11胜2负、14胜2负和11胜2负，并随之获得中西部分区的冠军。
多名球员取得了优异的表现，罗宾逊场均27.6分、10.8个篮板、3.2个盖帽荣膺MVP。
在和底特律活塞队进行的交易中，马刺用选秀得到的比尔-柯利换来了旧将肖恩-埃利奥特，而他也为马刺的进攻作出了巨大的贡献，场均得到18.1分并且出手三分333次，命中136个，40.8％的三分命中率在NBA排名18。罗德曼外表看上去依旧独一无二，而他的篮板能力也依然无人能及。尽管错过了33场比赛，他还是连续第四年拿下篮板王（16.8个）并且入选NBA第三阵容以及NBA防守第一阵容。
季后赛中，马刺队在第一轮横扫了丹佛掘金队，4比2击败了洛杉矶湖人队，然后在与休斯敦火箭队进行了6场西部决赛后败下阵来。
1995－96：季后赛噩梦延续在1995－96赛季开始前，马刺队用丹尼斯-罗德曼从芝加哥公牛队交换来了中锋威尔-普度（WillPerdue）。尽管罗德曼的才能最终帮助公牛重新夺回了NBA总冠军，但对于这次交易的希望依然有增无减。虽然罗德曼是个空前的篮板高手，但马刺队为了追求总冠军还是将他交易了出去。
这次交易在常规赛中得到了回报，马刺队不断地取得胜利。他们以59胜23负的成绩连续第二年拿下了中西部分区的第一，仅仅比他们打出最好成绩的前一个赛季少赢了3场。球队“化学反应”显著，而按照教练鲍勃-希尔（BobHill）的说法“这是我看过的最好的表现了”。
球员的才能也是同样非凡的。肖恩-埃利奥特和大卫-罗宾逊代表西部参加了全明星赛，同时后场组合维尼-德尔尼格罗和埃弗里-约翰逊也进入了联盟助攻与失误比排行榜的前列。他们还在2月份从纽约得到了查尔斯-史密斯（CharlesSmith）以及蒙蒂-威廉姆斯（MontyWilliams），进一步补充了他们的前场阵容。在3月份，球队取得了16战全胜的完美战绩，这也追平了1971－72年洛杉矶湖人队创造的NBA历史最佳月度战绩。
季后赛首轮，马刺在同菲尼克斯的比赛中连下三城淘汰对手。在第二轮中，马刺队和犹他爵士队大战六场，但同94年的结果如出一辙，马刺队再次被对方淘汰。
1996－97：伤病击倒马刺/天降邓肯1996－97赛季对于圣安东尼奥马刺队来说是历史上最让人失望的赛季之一，但从后来的情况来看，这反而是个最好的结果。尽管马刺队缺少了受伤的大卫-罗宾逊，仅仅取得了20场胜利，同时自1988—89赛季以来首次缺席季后赛，但他们在1997年的选秀抽签中得到了一笔财富，头号选秀权降临到马刺队的头上，这个状元签给他们带来了具有超级球星潜质的蒂姆-邓肯。
马刺队中伤兵满营，而其中对球队来说最糟糕的是罗宾逊的受伤，他一开始遭遇背部伤势困扰而随后又脚部骨折。这名上赛季MVP仅仅出场6次。查克-波森则要更加倒霉，他由于背部手术而错过了整个赛季。查尔斯-史密斯由于右膝的关节炎错过了65场比赛，而肖恩-埃利奥特由于右膝的腱炎而缺席43场。失去了这4名球员，而且他们都是1995－96赛季球队中得分前6的球员，也创造了NBA历史上赛季胜场减少最多的纪录，他们从59场胜利下降到了仅仅20场。
主教练鲍勃-希尔在3胜15负的开局后引咎辞职，而接替他的原总经理格雷格-波波维奇（GreggPopovich）在他担任NBA主教练的第一个赛季中仅仅取得了17胜47负的成绩。
整个1996－97赛季的痛苦经历在5月18日一散而空，在那一天马刺队赢得了1997年NBA选秀的头号选秀权。这给了他们选择来自维克森林大学的具有统治力的明星邓肯的权力。在拥有了由罗宾逊和邓肯组成的强大的前场组合后，圣安东尼奥期望他们能在1997－98赛季中再一次回到冠军争夺者的行列中去。