次日，按照既定的议会章程，在朱有见的主持下，资政院选举议长。
此次选举，按照既定章程，没有候选人，直接进行海选式的投票，如果第一轮投票出现了过半数得票人，就直接当选议长，如果没有出现过半，那就再就得票前三名的人中进行第二轮投票。
朱有见在设计这些制度的时候，所有的选举，实行的都是先海选一轮，得票无人过半再选一轮的办法。为什么呢？
明朝皇帝即位之前，群臣要三请，皇帝要三拒。皇帝在启用官员的时候也是，很多人都是要先婉拒一下，等皇帝再下旨启用，然后再受官。这就是所谓的“温良谦恭让”的美德。“毛遂”对明朝人，尤其是文官而言，是非常掉价的事。
如果朱有见设计一个制度说：“谁要当官，先自行申报为候选人。”那坏事了，绝对要冷场。所以只能顺应明朝的国情，搞一个两轮选举。共济会的各种选举是这样，地方议会以及资政院的选举也是这样。
具体选举过程就不细说了。反正结果一出来，居然是共济会总会理事长张溥成功当选。这个结果出乎朱有见的意料之外。不过也在情理之中。朱有见开始建立共济会的时候，设想的就不仅仅是一个慈善组织，而是一个具有政党性质的组织。用经营慈善作为拉拢民心的手段，再以参加选举为动力，促使其更加积极进行慈善活动，这是朱有见没有说出来的目的。
如果没有共济会，原来的东林党声势也很大，如果实行议会制，东林党人占据多数是一定的，但是东林党人热衷的是礼教啊、道德啊之类的话题。这是朱有见所不喜的。朱有见需要一个关注民生的政治组织，来贯彻他的各种政策。而不是一个只会空谈礼教、道德，只会反对而反对的政治组织。
所以成立了共济会。制度上，“陛见会”的设计，让其具有了鲜明的“建制派”特色；宗旨上，具有鲜明的“经世济用”路线；人员构成上，由于共济会特别依赖富裕士绅，所以具有很大的亲商主义色彩。这样，可能东林党人中会有许多人参与进来，但这些能参与进来的，首先把哪些只会空谈道德的人给过滤掉了。
朱有见不反对批评的声音的存在。但是，必须有一种支持自己的声音。否则，就会陷入万历皇帝那种困境，改革就没法进行下去了。
这个选举结果说明，共济会确实在基层开始发挥作用了。
选举前，枢密院情报部门来报，议员们之间活动得非常频繁，据说有与在朝大臣“相勾结”者，请示是否按大明律中的奸党罪处置。朱有见及时制止了，并且把这一决定通知了内阁、刑部、都察院及锦衣卫。
朱有见在设计议会制度的时候，曾经考虑过要不要同时制度一个“政党法”。不过考虑到，此时的英国，议会制也才开始发挥作用。辉格党和托利党也才刚刚出现。所以自己不宜过早设计政党制度，免得出现拔苗助长的结果。不过“奸党罪”是要逐步取消的。
党争不利于国家的政治稳定，朱有见不反对这种观点。但是，党争是否会导致亡国，主要看它是什么样的党争。有底线的党争，相互容忍，以不同观点与理念的较量为主，较量的方式是公开的辩论或争论，党争的结果是“真理越辩越明”，正确的政策路线会得到多数的支持，在更加完善的基础上得到执行。没有底线的党争，你死我活，以不同利益集团之争为主，较量的方式是政变、暗杀、诬告、诋毁与内战，谁的拳头硬谁说了算，无所谓正确与错误的路线，胜者为王，败者为寇，所执行的路线不但没有完善的机会，甚至没有改正有机会。
在原来的历史上，明朝的党争是后者。而朱有见想要的是前者。想法是好的，怎么做到呢？朱有见认为，把党争局限在议会内，是最好的办法。首先，议会内的党争的结果，由于选举制度的作用，是根据大多数百姓的需要决定的。其次，议会由于不直接掌握朝政，所以其争议不会立即反映到朝政上来，只有在最后争论出结果来以后，才能得到执行，所以结果就是谋定而后动。再次，议会斗争的手段是有限的，不会导致你死我活，反对的一方不但不会身死族灭，而且还会在议会中保存相当的力量，这样就制约了胜利的一方，不使其得意忘形，走上由疯狂到灭亡的道路。
东林党人在有阉党这一对手时，能人辈出。崇祯一个钦定逆案，把东林党的所有政治对手赶尽杀绝了。结果如何呢？空谈误国的空谈误国，卖国求荣的卖国求荣。
选出议长来之后，按照既定章程，正式开始议事了。程序上是先接受各种提案，拟定议事日程。
朱有见决定闪人。自己在这里，议员们放不开不说，如果一说到什么议题，自己一激动，插嘴了。那势必就成了“一言堂”，那这资政院与皇帝的早朝又有什么区别？朱有见让内阁与各部把要作出决策的一些提案准备好了，然后……闪人了。
有读者要说了，要是议出太不靠谱的决议怎么办？毕竟这些人，很多是“白身”，不但没有从政的经验，而且容易被人一激就丧失了理性，就通过一个不靠谱的决议。看看后世微博上在很多问题上一面倒的舆论，看看天朝首都民意机关通过的要把外地人撵走的条例，朱有见是相信有这种情况发生的可能的。但是，朱有见是不担心的。因为这还是明朝，皇帝的权威还是很大的。朱有见给定的章程里，对资政院的决议是有驳回的权力的。
而且如果资政院的决议太不靠谱，首先就被内阁与六部给挡回去了，等到内阁与六部争得不可开交的时候，朱有见作为皇帝再出面作一个“仲裁”。嗯，这个办法想想就是好主意，既不用与资政院直接冲突，又能提高皇帝的威信，当然，还能给皇帝“减负”。
原来的历史上，崇祯皇帝的真身朱由检，从勤政角度来看，是多么好的一个好皇帝啊！可惜啊，治国没有经验，出的都是昏招，身死国灭，为后人耻笑。煤山上吊之前还留一个血书，说什么“大臣皆可杀”，推卸责任。死都没死个明白，好可怜！
明朝的六科给事中，是监察制度的极品，是明朝监察制度中，唯一的职责比较清晰明确地定位于监督的制度。历史上的御史台，明朝改为了都察院。这一机构，不但掌握监察权，还有一定的司法权。它派到各地的巡抚，从临时派遣变成了长期驻扎，从监督巡视到军政大权一把抓，最后篡夺了地方“三司”（布政司、按察司、都司）的权力。还有地方的各种“道”，如袁崇焕的“宁前道”，原来也只是一种履行监督职责的官。
除此之外，六科给事中直接驻六部，从内部实现了监督。所以，理论上朱有见是非常赞赏这一制度设计的。为了将原来的监察制度与新的议会制度衔接，（也为了自己耳根子清静清静，）资政院一成立，朱有见就宣布让六科给事中直接对资政院负责。这样也弥补了资政院权力过于弱小，不足以制衡内阁与六部的弊端。
仿佛就是为了考验朱有见的议会制度的生命力似的，资政院上来第一个议题就是兵科给事中倪元路为首的科道官员联名提出议案，要求毁《三朝要典》彻查阉党逆案，称应当以党派划线，原来魏忠贤在时与之勾结，反对东林党的官员都应应该罢免并追究责任。
与此同时，一些魏忠贤时代的受害者官员及其子孙，也要求翻案，并追求一些人的责任。比如，黄宗羲之父黄尊素，万历进士，天启中官御史，东林党人，因弹劾魏忠贤而被削职归籍，不久下狱，受酷刑而死。黄宗羲上书请诛阉党余孽许显纯、崔应元等。资政院开会，他们又过来请愿。
由于东林党人舆论声势很大，又包括议长张溥在内的资政院议员中，很多都是东林党的同情者。所以这个议案就很快就通过了。内阁中以韩爌（虽然他也是东林党人，曾为阉党所排挤）为首的某些大臣，坚决反对作过分牵连之举。另外，由于朱有见的“妇人之仁”。内阁与六部等部门，可以确实存在着很多的非东林党人，他们纷纷自辩，并反对东林党的党争扩大化行为。
就这样形成了僵局，这个有争议的决议就上了朱有见的御案。朱有见最后决定，听从倪元路等的请求，毁《三朝要典》。但是在具体案件上，重申了罪刑法定的原则，要求允许受害者进行控告，然后公开审理。没有被控告的，就先不予追究。
没有学原来历史上的崇祯皇帝朱由检，“钦定逆案”牵连六百多人。