刑部大堂正在审理许显纯、崔应元、曹钦程、李实等阉党余孽于天启五年参与诬陷杨涟、左光斗、袁化中、魏大中、周朝瑞、顾大章（东林六君子）以及天启六年参与诬陷周起元、高攀龙、周顺昌、缪昌期、李应昇、周宗建、黄尊素等七名官员一案。本案苦主之一，即黄宗羲，黄尊素之子，慷慨激昂地说道：
“显纯与阉构难，忠良尽死其手，当与谋逆同科。夫谋逆则以亲王高煦尚不免诛，况皇后之外亲！”
……
黄宗羲，在原来的历史上与王夫之、顾炎武三人号称明末清初三大思想家。其中黄宗羲著有《明夷待访录》一书。其中《原君》批判现实社会之为君者“以我之大私为天下之大公”，实乃“为天下之大害”，对“家天下”的封建君主专制提出了批判。《原臣》指出，臣之责任，乃“为天下，非为君也；为万民，非为一姓也。”有后世“责任内阁制”的影子。《原法》批评封建国家之法，乃“一家之法，而非天下之法”。有后世“社会契约论”的影子。这本书清末为近代民主思想家梁启超、谭嗣同等广泛宣传，后世誉为中国古代朴素民主思想的代表。
这是穿越前朱有见对黄宗羲的认知。不过，崇祯元年，黄宗羲才十九岁。《明夷待访录》这本奇书，也还要三十多年以后才会问世。十九岁的黄宗羲，这一年做了一件大事，那就是进京上疏，为父申冤，掀起了对阉党余孽彻底清算的*。
黄宗羲的父亲黄尊素，是被阉党用酷刑害死的。当初黄尊素被害的凶讯传到黄的老家作余姚的时候，黄家全家无比悲愤。祖父黄曰中激励孙儿为父报仇，写下了“尔忘勾践杀尔父乎”八个大字贴在墙上。母亲姚氏对儿子说：“汝欲解我，第无忘大父粘壁书耳！”
黄宗羲是崇祯元年正月即出发入京的，估计是一路步行入京，三四月里才到京师。朝廷已经对一些罪大恶极的官员进行了审判，并判处了刑罚。黄宗羲的满腔仇恨，最后发现当年参与诬陷的阉党余孽许显纯、崔应元、曹钦程、李实等人还在，就向朝廷控告。
朱有见按照既定的“罪刑法定”，不搞政治斗争扩大化，具体案件具体处理的指导思想，指示“三法司”（刑部、都察院、大理寺）共同审理此案。四人对参与诬陷的具体犯罪事实没有异议。不过许显纯以自己是万历皇后的外甥，根据“八议”之条，要求减刑。
黄宗羲非常愤怒：“显纯与阉构难，忠良尽死其手，当与谋逆同科。夫谋逆则以亲王高煦尚不免诛，况皇后之外亲！”意思就是，许显纯诬陷忠良的行为，是谋逆。按照封建刑法，谋逆属于“十恶”之首，不在“八议”之列。
以朱有见有限的古代刑法知识，也没看出这个与谋逆有什么关系，并且其援引的朱高煦叛乱的旧例，与许显纯等人“诬陷忠良”并不具有可比性。或者“与谋逆同科”是比附？这可与朱有见罪刑法定的指导思想相背了。终归说起来，其实还是政治斗争成王败寇的思想作祟，欲加之罪罢了。
三法司会审，判许显纯、崔应元死刑。许显纯之事，不属谋逆，应当适用“八议”之条。免死，终身禁锢。
黄宗羲听了这个判决，当场就拿身上藏的椎子去捅许显纯，要扎死他。衙役阻拦，黄宗羲没有扎着许显纯，反手拔了崔应元胡须若干，要回家祭祀亡父之灵。审判官员要治其扰乱公堂之罪的，结果一听说要祭祀忘父，就不好说什么了。
封建法制要求“原心定罪”：“春秋之听狱也，必本其事而原其志。志邪者，不待成；首恶者，罪特重；本直者，其论轻。”这种当堂行凶的事，在后世，最轻也要给个司法拘留吧？在明朝就没人问了。
审判过程中，黄宗羲联合其他死难官员子弟，打死了直接杀害其父的牢头叶咨、颜文仲。考虑到魏忠贤那时对杨涟等人的酷刑迫害，朱有见表示可以理解。
李实在审判的时候辩解说，当年诬陷黄尊素等人的公文，是魏忠贤指使别人冒充他的名义在盖有官印的白纸上填写的。不过他做贼心虚，审讯前给黄宗羲送银三百两，乞求其对证不追究他，黄宗羲拒绝了，还把这事上报，说：“实当今日，犹能贿赂公行，其所辩岂足信！”
（其实从今天的角度看，这笔钱完全可以作为犯罪人对受害者的赔偿金或补偿金的。只是当时的中国，没有刑事附带民事诉讼这种玩意，连民法都没有。又讲究重义轻利，耻于谈钱。这种风气延续到了后世的共和国时代，很多人在对侵犯名誉等犯罪分子进行起诉时，都要“一元钱赔偿”。“不争馒头争口气”的结果就是，一定要置犯罪人于死地，以报其仇。这样的社会戾气太重。不过，考虑到这个时代的人的思想观念，朱有见才不会做呼吁废除死刑这种步子迈得太大容易扯着蛋的事呢，能废除酷刑并坚持基本的罪刑法定就不错了。）
时值资政院开会，倪元路等人奏请毁《三朝要典》，定“逆案”。内阁大学士韩爌、刑部尚书乔允升等虽是位列《东林点将录》，但拒绝广为牵连，导致内阁与资政院出现了异议。朱有见仲裁，不定逆案但允许受害者家属随时可以继续控告。民间舆论和资政院内出现了不信任现有法司的言论。
黄宗羲也心有不甘，上疏皇帝道：来宗道、张瑞图、施凤来等人还在内阁，阉党之人俱在，所以对逆案之人颇多回护，许显纯等人俱是“谋逆”，并且作为魏忠贤的打手，直接执行了迫害活动，所作所为惨无人道，怎么还可以享受“八议”的优待呢？定是现有法司在内阁的干预之下，违心判案。
朱有见顺势提出，由内阁重新提名审判官，经过资政院审查同意之后再组织法庭进行审判。法庭再审之后，将许显纯定为谋逆，改判死罪，又加重了对李实等人的判刑。如此之下，汹涌的舆论方才稍稍平息。
在把许显纯定为“谋逆”罪的理由是称呼魏忠贤为“九千岁”，属于严重的僭越。朱有见一看，这样一定罪，又是牵连甚广的趋势。不过没办法了。因为这确实不违背“罪刑法定”。此次事件之后，以来宗道、张瑞图、施凤来等人为代表的一些原来阿附于魏忠贤的人赶紧辞职回家了。
当然有了这个先例，倒成全了朱有见一直想让“法司”独立于内阁六部的想法。自从银川闹饷，朱有见指示明报在报道时要突出对贪官污吏的公正审判，并在其宣传中突出了一个“巡回法庭”的作用。到资政院召开时，各地实际已经设立了独立的军事法庭了。
所有这些都为朱有见后来提出的一个议案铺平了道路，其内容如下：
把大理寺改为大理院，为最高裁判所；刑部改为法部，掌握狱政、侦缉、提刑等事，惟审理与判决之权归于大理院；在地方省、府、县各设裁判所；地方“三司”中的提刑按察使司，区分提刑与按察功能，保留提刑权，“按察”权归于省级裁判所；府州县的推官、典史等，也重新定义司法职权；把原来设置的军事法庭也并入各地的裁判所；规定了三审定谳（yan4）；规定法官必须经过“明法”科考试方可任职。
元老院开会时，又从大宗正之请，通过了允许朱姓宗室担任法官的议案。朱姓宗室一直被限制为官或经商等，考虑到现下朝廷财政困难，无法再养那么多宗室，必须为其找一个出路，而且由于宗室之人，心思纯正不阿，正好适合当法官。基于这些理由，资政院只好批准。
后来随着独立的裁判所运行良好，根据朱有见这个皇帝的建议，通过了新的议案，允许从中央内阁六部到省级的“三司”再到各府州县的官府，如果对资政院及本级地方议会的决议有异议，可以提交裁判所裁决。裁判所作出的裁决，效力等同于皇帝的裁决。
当然，这都是后话了。