晋元帝太兴元年（戊寅，公元318年）春季，正月，辽西公疾陆眷死，儿子幼小，叔父涉复辰自立为王。段匹由蓟州出发去奔丧，段末扬言说：“段匹此来，是想篡位。”段匹到达右北平，涉复辰发兵阻拦，段末乘虚击杀涉复辰，兼并其子弟、党羽，自称单于。段末迎战段匹并战胜了他，段匹逃回蓟州。
三月，癸丑（初七），愍帝死讯传至建康，晋王服斩衰丧服，别居倚庐。百官奏请晋王使用皇帝尊号，晋王不同意。纪瞻说：“晋政权灭亡，至今已经两年，陛下应当继承大业。遍观皇室子弟，又有谁值得推让！陛下如果荣登皇位，那么祖先神灵和国民都能有所依凭；如果拂逆天命，违背人心，大势一旦失去，就无法挽回了。现在洛阳、长安两座京城被毁，国家无主，刘聪在西北自立国号，而陛下却在东南清高地推谢帝位，这就如同急于救火却恭礼谦让。”晋王还是不同意，让殿中将军韩绩撤去摆好的皇帝宝座。纪瞻喝斥韩绩说：“皇帝之座与天上列星相应，敢搬动的斩首！”晋王脸色为之一变。
奉朝请周嵩上疏说：“古代帝王，道义周全而后撷取，谦让顺成而后据有，所以能长久地统治国家，恩泽被服万世。现在愍帝的梓宫尚未返国，故都耻辱尚未涤清，胸怀节义者痛心泣血，士子民女惶惶失措。应当广开言路征求良好的建议，训练士卒、整备兵器，先洗雪国家覆亡的大耻，实现天下人民的共同愿望，那么君临天下的大权还能给谁呢！”周嵩的上疏违背了晋王的旨意，被贬黜出京，任新安太守。又因心怀怨谤被夺职。周嵩是周的兄弟。
丙辰（初十），晋王即帝位，文武百官陪列于两侧。元帝令王导登御床同坐，王导坚决拒绝，说：“如果太阳与天下万物等同，怎么能俯照苍生！”元帝便不再坚持。大赦天下，改年号为太兴，文武官员都晋升二级爵位。元帝打算对所有曾经投贴建议自己接受皇位的人格外优宠，凡官吏都增加爵位一等，平民都提升为官吏，总计有二十多万人。散骑常待熊远说：“陛下顺应天命，继承皇位，普天之下莫不拥戴，岂止左近之人情深，偏远之人情浅！不如依照汉朝的做法，普遍赐封臣民官爵，这样皇恩浩荡，而且可以省去考察核实的烦劳，堵塞弄虚作假的渠道。”元帝不听。
庚午（二十四日），立王太子司马绍为皇太子。太子仁义而有孝道，喜欢文学，爱好武艺，礼贤下士，从谏如流，与庾亮、温峤等结为平民之交。庾亮为人端庄肃正，擅长谈论老子、庄子之学，元帝很器重他，礼聘其妹为皇太子妃。元帝任命贺循行使太子太傅职权，周为少傅，庾亮以中书郎身份侍讲东宫。元帝喜好刑名之学，曾把《韩非子》一书赠送给太子。庾亮规谏太子说：“申不害、韩非行事刻薄有伤圣教，不值得圣上留心。”太子听从了。
元帝再次派遣使者任命慕容为龙骧将军、大单于、昌黎公，慕容推辞昌黎公的爵位不肯接受。慕容任命游邃为龙骧长史，刘翔为主簿，让游邃创定军府礼仪。裴嶷对慕容说：“晋王室衰微，孤独地处于江南，国威和恩德都不能覆及远方，中原的战乱局面，除了贤君您无人能够拯救。现在各部族虽然各自拥有军队，但都是由顽钝愚昧的族人聚合而成，应当逐个兼并，充实征讨中原的实力。”慕容说：“您所说的宏图远大，不是孤现在所能做的。不过您是朝中名贤，不因为孤的僻陋而加以教诲，这是上天把您赐给孤而护国家。”于是任裴嶷为长史，委托他策划军国之事，对势力弱小的部族，逐步以武力兼并。
李矩派郭默、郭诵救援赵固，屯兵洛水、水一带。郭诵悄悄派遣部将耿稚等人夜间渡过黄河偷袭汉军军营，汉国具丘王翼光得到消息，传告太子刘粲，请求做好防备。刘粲说：“他们听说赵固兵败，自顾不暇，哪儿还敢到这儿来，不要因此惊动将士！”不久，耿稚等人率军扑来，分十路围攻，刘粲所部惊慌溃逃，死伤过半。刘粲奔逃保守阳乡。耿稚等占据其军营，缴获的兵器和军事物资不计其数。到了天亮，刘粲看见耿稚等人兵力不多，又和刘雅生收拾残余部队反攻，汉主刘聪派太尉范隆率骑兵助战，与耿稚等相持，苦战二十多天，不能攻克。李矩进军救援耿稚，汉军凭借黄河拒守，李矩的军队无法渡河。耿稚等人杀掉缴获的牛马，烧掉军事物资，突围奔向虎牢。元帝下诏让李矩总领河南三郡军务。
汉国螽斯则百堂发生火灾，烧死汉主刘聪的儿子会稽王刘康等二十一人。
刘聪任命其子济南王刘骥为大将军、都督中外诸军事、录尚书，任命齐王刘劢为大司徒。
焦嵩、陈安起兵进*上，相国司马保派人向张告急，张派金城太守窦涛督率步、骑兵二万人赴援。军队行至新阳，听说愍帝死，司马保策划自立为帝。破羌都尉张诜对张说：“南阳王司马保是晋皇室中血统疏远的宗族，把巨大的耻辱忘于脑后，急于想自己称帝，一定不会成功。晋王司马睿是皇室近亲，而且有贤名，应当率天下之人共同奉他为主。”张听从，派遣牙门蔡忠奉呈劝进表书去建康。等到了建康，晋王已即帝位。张不用江南新改的年号，仍用愍帝建兴的年号。
夏季，四月，丁丑朔（初一），出现日食。
元帝加任王敦为江州牧，王导为骠骑大将军、开府仪同三司。
王导分遣八部从事八人行察扬州所属八郡，回来后同时召见。各位从事纷纷禀告二千石官长的为政得失，唯独顾和默默无言。王导询问他，顾和说：“贤君您辅佐国政，宁可使法网宽松以至可以漏过大鱼，为什么又要搜集、听信道听途说，以斤斤计较来治理政事呢！”王导感叹称赞。顾和是顾荣的同族子侄。
成汉丞相范长生故去，成汉主李雄任命其子侍中范贲为丞相。范长生博学多能，享年近百岁，蜀地人民尊奉他有如神灵。
汉国中常侍王沈的养女容颜美丽，汉主刘聪立她为左皇后。尚书令王鉴、中书监崔懿之、中书令曹恂进谏说：“臣听说帝王册立王后，效法乾坤相配之理，在世时承嗣宗庙祭祀，去世后配祀土神，必须选择道德传家、名门显族的女子，本人也应幽闲贤淑，才能与四海之民的期望相称，使神祗满意。汉成帝立赵飞燕为皇后，结果使子嗣灭绝，社稷毁为废墟，这是前代的教训。本期从麟嘉年间开始，选立皇后不以道德为准绳。即便是王沈的妹妹或亲女儿，也不过如同阉宦丑类，尚且不能让她们沾污后妃之位，更何况王沈的婢女呢！君王六宫的嫔妃，都是王公贵胄的子孙，怎能轻率地让婢女做她们的主人！臣恐怕这不是国家的福兆。”刘聪大为生气，让中常侍宣怀对太子刘粲说：“王鉴这帮小子，口出狂言，侮慢尊上，不再有君臣上下的礼节，望从速定罪！”于是收捕王鉴等人送往刑场斩首。金紫光禄大夫王延骑马赶来，要进宫规谏，守门者不给通报。
王鉴等人临刑前，王沈用手杖叩击他们说：“无用奴才，还能再作恶吗？老公关你们什么事！”王鉴目叱骂说：“小子！覆灭大汉的人，正是你这样的鼠辈和靳准之流！我一定要向先帝控告你，把你拘到地下治罪。”靳准对王鉴说：“我接受诏命拘捕你，有什么不对，你却说汉国覆灭是因为我？”王鉴说：“你杀死皇太弟，使主上蒙受不友爱的恶名。国家畜养你这样的人，怎能不灭亡！”崔懿之对靳准说：“你的心像枭和破镜这种畜类一样残忍，必定是国家的祸害。你既然要吃人，别人也会吃掉你。”
刘聪又立宣怀的养女为中皇后。
司徒荀组在许昌，被石勒所*，率领部属数百人渡过长江。元帝下诏让荀组和太保、西阳王司马同录尚书事。
段匹为疾陆眷奔丧时，刘琨让自己的嫡长子刘群陪送。段匹兵败，刘群被段末俘获。段末对他非常有礼，并答应让刘琨当幽州刺史，想和刘琨共同攻击段匹。段末秘密派遣使者携带刘群写的信，请刘琨当内应，结果被段匹的巡逻骑兵抓获。当时刘琨单独屯兵于征北小城，不知内情，来见段匹。段匹把刘群的信给他看，并说：“我心中也没有怀疑您，所以告诉您。”刘琨说：“我和您共同结盟，但愿能洗雪国家的耻辱，即便儿子的信秘密地送到我手中，我最终也不会因为一个儿子的缘故辜负您而忘大义。”段匹素来看重刘琨，本来也没有加害刘琨的意思，准备听任他返回驻屯地。但段匹的弟弟段叔军对他说：“我们是胡夷族，之所以能够让晋国人服从我们，是因为畏惧我们人数众多。现在我们骨肉不和，正是晋人图谋我们的良机，如果有人推奉刘琨为首而起兵，我们这一族就完了。”段匹于是羁留了刘琨，不让他返回。刘琨的庶长子刘遵惧怕因此被杀，和刘琨的左长史杨桥等人闭门自守，被段匹攻破。代郡太守辟闾嵩、后将军韩据又密谋偷袭段匹，事情泄露，段匹抓获辟闾嵩、韩据及其党徒，一并处决。五月，癸丑（初八），段匹假称奉诏拘捕刘琨，把他勒死，并杀掉他子、侄四人。刘琨的从事中郎卢谌、崔悦等率领刘琨余部逃奔辽西，依附段末，尊奉刘群为主，将佐们大多投奔石勒。崔悦是崔林的曾孙。朝廷因为段匹势力尚强，希望他能平定河朔，于是不为刘琨发丧。温峤上表称颂：“刘琨尽忠于晋室，家破身亡，应当褒扬优恤。”卢谌、崔悦通过段末的使节，也上表为刘琨诉冤。过了几年，才追赠刘琨太尉、侍中，谥号为“愍”。此时夷人、晋人因为刘琨之死，都不再附从段匹。
段末派他兄弟进攻段匹，段匹率其部众数千人准备投奔邵续，石勒部将石越在盐山截击段匹，重创其军。段匹又回头保守蓟州。段末自称幽州刺史。
当初，温峤受刘琨之命奉呈上表到建康，母亲崔氏坚持阻拦，温峤断袖而去。到达建康以后，温峤多次请求返回复命，朝廷不同意。适逢刘琨死，元帝提升温峤任散骑侍郎。温峤听说母亲亡故，因战乱阻隔不能前去奔丧并安葬，所以坚持辞谢封职，苦苦请求北归家乡。元帝下诏说：“凡是遵循礼节的人，行为应当常常符合大道理。现在逆贼未能翦除，奉迎愍帝梓宫的军队尚且无法北进，温峤怎能让自己只顾个人私难，不听从王命呢！”漫峤不得已，只好接受封职。
当初，曹嶷已经占据青州，于是背叛汉国来投降东晋。又因为建康遥远，威势、军援均不能及远，又与石勒勾结。石勒委授崔嶷为东州大将军、青州牧，封琅邪公。