晋元帝永昌元年（壬午，公元322年）王敦聚集军队，不朝见元帝，放纵士卒劫掠财物，皇宫、朝廷里的人奔逃离散，只有安东将军刘超屯兵不动，当值护卫，以及侍中二人在元帝身边侍奉。元帝脱下军衣，穿上朝服，环顾四周说：“王敦想得到我这个地方，应当早说！何至于如此残害百姓！”又派遣使者告诉王敦说：“你如果还没有将朝廷置于脑后，那么就此罢兵，天下还可以安然相处。如果不是这样，那么朕将回到琅邪，为贤人让路。”
刁协、刘隗战败以后，都进入宫中，在太极殿东侧阶与元帝相见。元帝拉着刁协、刘隗的手，流泪哭泣，呜咽有声，劝说并命令二人出逃以避灾祸。刁协说：“我将守卫到死，不敢有二心。”元帝说：“现在事情紧迫了，怎么能不走呢！”于是下令为刁协、刘隗准备随行的人马，让他们自谋生路。刁协年老，难耐骑乘之苦，平素又缺少恩惠，招募随从人员时，大家都推委不去。刁协出行至江乘，被人所杀，把首级送给王敦。刘隗投奔后赵，在任太子太傅时死去。
元帝命令百官公卿到石头拜见王敦。王敦对戴渊说：“前日的交战，还有剩余的力量吗？”戴渊说：“岂敢留有余力，只是力量不足罢了！”王敦说：“我现在这样的举动，天下人会怎么看？”戴渊说：“只看到表象的人说是叛逆，体会诚心的人说是忠贞。”王敦笑着说：“您可以称得上会说话了。”王敦又对周说：“周伯仁，您辜负了我！”周说：“您依仗武力违背顺上的道德，我亲自统率六军，不能胜任，致使君王的军队战败奔逃，这就是我辜负您的地方。”
辛未（十八日），元帝实行大赦，任命王敦为丞相、都督中外各军、录尚书事、江州牧，赐封武昌郡公，王敦都推辞不受。
当初，西晋都城覆没，四方人士都劝琅琊王即帝位。王敦想把握国政，怕元帝年龄较大，难以控制，想另行商议立君的人选，王导不同意。等到王敦攻克建康，对王导说：“不遵从我的意见，几乎全族覆灭。”
王敦因为太子司马绍有勇有谋，被朝野人士所拥戴，想以不孝的罪名诬陷太子，废除他的太子之位，因此大会百官，问温峤说：“皇太子以什么样的德行著称？”问话时声色俱厉。温峤说：“钩深致远，似乎不是我浅显的度量所能知晓的，依照礼义看来，可以说是做到了孝。”众人都认为的确如此，王敦的阴谋遭到挫败。
元帝在广室召见周，对他说：“近来发生的大事，二宫未受伤害，大家平安，这是否表明大将军王敦本来就符合众望呢？”周说：“二宫的情况，固然与陛下所说的相符，至于我们这些人的遭遇怎样，现在还未可知。”护军长史郝嘏等人劝周避让王敦，周说：“我既然备充大臣的职位，眼见朝廷衰败，难道还能再蛰伏草野中求活命，出外投奔胡、越吗？”王敦的参军吕猗，曾经做过尚书郎，为人奸猾谄谀，戴渊当时任尚书，憎恶他的为人。吕猗劝说王敦道：“周、戴渊都有很高的名望，足以盅惑士众，近来的言谈又豪无惭愧的意思，您不除去他们，恐怕将来必定会有重新举兵讨伐的忧患。”王敦素来忌妒他们二人的才能，心中颇以为然，不动声色地询问王导说：“周、戴渊，分别著称于北方和南方，应当升任三公之位是无疑的了。”王导不置可否。王敦又说：“如果不用为三公，只让他们担任令或仆射的职位如何？”王导又不回答。王敦说：“如果不这样，正该诛戮他们！”王导还是不回答。丙子（二十三日），王敦派遣部将陈郡人邓岳拘捕周和戴渊。此前，王敦对谢鲲说：我将任用周为尚书令，任戴渊为仆射。”这天，王敦又问谢鲲说：“近来民情如何？”谢鲲说：“明公的举动，虽然是想保全国家社稷，但民间的议论却认为不合大义。如果真能举用周和戴渊，那么民众的心情就熨帖平静了。”王敦发怒，说：“你这是粗疏不察，这二人名实不相称，已被我收捕了。”谢鲲愕然自失。参军王峤说：‘济济一堂人才多，文王安宁国富强’，怎么能诛戮诸位名士呢！”王敦勃然大怒，要将王峤斩首，众人中没有谁敢出言相救。谢鲲说：“明公图谋大业，不屠戮一个人。现在王峤因陈献可否违背意旨，便要杀戮，不也太过分了吗？”王敦这才放了王峤，贬职为领军长史。王峤是王浑的族孙。
周被捕，路经太庙，高声说：“贼臣王敦，颠覆国家社稷，胡乱杀害忠臣，神祗如呆显灵，应当快快杀掉他！”捕卒用戟刺伤周的嘴，鲜血下流直至脚后跟，但他容颜举止泰然自若，观望的人都因此而落泪。周和戴渊都在石头城南门外被杀。
元帝派侍中王彬犒劳王敦，王彬素来与周交好，先去哭吊周，然后去见王敦。王敦见他容颜凄惨，心中奇怪，便加询问。王彬说：“我刚才去哭吊周伯仁，情不自禁。”王敦发怒说：“周伯仁自找刑戮，再说他把你当作一般人看待，你为什么悲哀并去哭吊他？”王彬说：“周伯仁是长者，也是兄长你的亲友。他在朝时虽算不上正直，也并不结党营私，却在大赦天下后遭受极刑，我因此伤痛惋惜。”尔后勃然发怒，数落王敦说：“兄长违抗君命，有违顺德，杀戮忠良，图谋不轨，灾祸将要降临到门户了！”言辞情感激扬慷慨，声泪俱下。王敦大怒，厉声说：“你狂妄悖乱以至于此！以为我不能杀你吗！”当时王导在坐，为了王彬担心，劝王彬起来谢罪。王彬说：“我脚痛不能跪拜，再说这又有什么可谢罪的！”王敦说：“脚痛与颈痛比起来怎样？”王彬毫无惧色，最终不肯下拜。
王导后来清理中书省的旧有档案，才见到周救护自己的上表，拿着流下了眼泪，说：“我虽没杀周伯仁，伯仁是因我而死，我有负于冥间这样的好友！”
沈充攻取了吴国，杀了内史张茂。
当初，王敦听说甘卓起兵，大为恐惧。甘卓兄长之子甘是王敦的参军，王敦派甘回去游说甘卓说：“你这自然是臣子的节义，我不责怪你。但我们王家没有更好的办法，不得不这样做。希望你这就回军至襄阳，我将与你重新交好。”甘卓虽然仰慕忠义之事，但性格多疑，缺少决断。驻军于猪口，想等待各方共同出兵，稽留数十天，停足不前。王敦得占建康以后，便派遣朝廷使者传送饰有驺虞这种传说中的仁兽图案的旗帜给甘卓，让他的军队不要前进。甘卓听说周、戴渊的死讯，流着眼泪对甘说：“我所忧患的，正是今天这样的情况。倘若圣上大吉无凶，太子不受伤害，我虽然占据着王敦的上游地区，也不敢仓促发兵而使社稷遭到危难。恰好我直接进攻武昌，王敦为情势所*，必定会劫持天子，用以断绝天下人的期望，不如回到襄阳，再图谋后策。”立即下令回军。都尉秦康和乐道融劝阻甘卓说：“如果现在分出一部分兵力截断彭泽县的通路，使王敦的军队上下不能救援，他的部众自然会离散，那么便可以一战而将他擒获。将军您发动正义的军队却半途而止，我私下认为将军不该如此。再说将军手下的士卒，各自谋求自己的利益，即便想向西退还，恐怕也不一定能够做到。”甘卓不听。乐道融日日夜夜哭泣苦谏，甘卓仍不听从，乐道融忧愤而死。甘卓性格本来宽和，现在忽然变得强硬不可通融，直接退还到襄阳，神情惶惑不宁，举动失常，有见识的人知道他距死不远了。
王敦让西阳王司马为太宰，授予王导尚书令，王为荆州刺史，改换朝廷官员和各军镇守将，被降职、免官和迁徙的人数以百计。有时朝令夕改，随心所欲。王敦将要返回武昌，谢鲲对他说：“明公自到京都以来，一直以有病为由不朝见皇上，所以虽然建有功勋，民心其实并未平服。现在如果朝见天子，使得君上和臣民都心情舒畅，那么民心都会心悦诚服的。”王敦说：“你能保证不发生变故吗？”谢鲲回答说：“我近些天入宫觐见皇上，皇上侧席而坐，等待得见主公，宫省之内穆然整肃，必定不会有什么可担忧的。主公如果入朝，我请求充当您的侍从。”王敦发怒变色说：“我正要再杀掉你这样的数百人，对时局也不会有什么损害！”最终也没有朝见天子便离去。夏季，四月，王敦回到武昌。
当初，宜都内史、天门郡人周级听说谯王司马起兵，让自己兄长的儿子周该潜入长沙，向司马效忠。魏等人急攻湘州，司马派周该和从事邵陵人周崎悄悄地外出寻求救兵，都被巡逻部队抓获。魏让周崎向城中喊话，说大将军王敦已经攻克建康，甘卓已回军襄阳，外缓已经断绝。周崎假装同意，等到了城下，大声呼喊说：“援兵不久就到，努力坚守！”魏杀了他。魏拷问周该，周该至死不说事情的原委，周该因此免遭祸殃。
魏等人攻战日紧，王敦又送来他所得到的朝廷中人的上书和奏疏，令魏用箭射入城中晓示司马。城中军民知道朝廷失守，莫不惆怅惋惜。相持将近百日，刘翼战死，士卒死伤众多，纵横枕藉。癸巳（初十），魏拔取长沙城，司马等人都被俘获。魏将要杀死虞悝，虞悝的子弟面对他号陶大哭，虞悝说：“人生该当有一死，现在我满门都是忠义之鬼，又有什么遗憾！”
魏用槛车载着司马和易雄押送去武昌，司马手下的佐吏大多逃奔离散，只有主簿桓雄、西曹书佐韩阶、从事武延三人，毁去官服，充当僮仆追随司马，不离左右。魏见桓雄姿态容貌、言行举止都与众不同，心内忌惮，因而将他杀害。韩阶、武延持守心志更加坚定。荆州刺史王接到王敦的旨意，在半道杀掉了司马，韩阶、武延为司马送丧至京都，安葬了他以后才离去。易雄到达武昌，意气慷慨，毫无惧色。王敦派人拿着易雄当初起草的讨罪檄书给他看，数落易雄的罪状，易雄说：“确有此事，可惜我职位低微，力量不足，不能挽救国难。今天赴死，本来就是我的心愿。”王敦忌惮他义正辞严，将他释放回家。众人都来称贺，易雄笑着说：“王敦怎能容我活下去！”不久王敦派人将易雄暗杀。
魏寻找邓骞十分急迫，乡人们都为邓骞担心，邓骞笑着说：“这是想任用我而已。魏刚刚统治本州，杀害了不少忠良之士，所以要找我来安定民心。”于是前往拜见魏。魏欢喜地说：“您是古代的解扬。”任他为别驾。
元帝下诏让陶侃兼领湘州刺史职，王敦上书，又让陶侃返回广州，授予散骑常侍。
甲午（十一日），前赵的羊后去世，谥号献文。
甘卓的家人都劝甘卓防备王敦，甘卓不听，把兵众悉数遣散从事佃作，一听到有人谏诤就发怒。襄阳太守周虑秘密接受王敦的旨意，诈称湖中有许多鱼，劝甘卓派身边的侍从人众都下湖捕鱼。五月，乙亥（二十三日），周虑带兵偷袭，把甘卓杀死于寝室，将首级传送给王敦，同时杀掉甘卓诸子。王敦让从事中郎周抚督察沔北地区军务，代替甘卓镇守沔中。周抚是周访之子。
王敦得志以后，越发暴虐傲慢，四方贡献的物品大多送入他的府第，将相及地方的文武大员，全都出自他的门下。王敦任用沈充、钱凤为谋主，只对他们二人言听计从，凡被他们谮言诋毁之人无不遇害。又任用诸葛瑶、邓岳、周抚、李恒、谢雍等人为武臣。沈充等人都是凶恶阴险骄恣之徒，大肆建造军营府第，侵占他人田宅，公然拦路抢劫。有识之士都知道他们行将败亡。
秋季，七月，后赵的中山公石虎攻取泰山，擒获徐龛送往襄国。后越王石勒把徐龛塞进袋中，从百尺高楼上扔下摔死，又命令王伏都等人的妻子儿女割下徐龛身体上的肉吃掉，坑杀降卒三千人。
兖州刺史郗鉴留住邹山三年，拥有士众数万。因为当时争战不息，百姓饥馑难忍，以至挖掘田鼠和藏伏避寒的燕子作为食物，后赵乘机进*，郗鉴退守合肥，尚书右仆射纪瞻认为郗鉴名望不错，道德高尚，应当在朝中施展才能，于是上疏请求征用他。元帝便征召郗鉴任尚书。徐州、兖州地区的坞堡大多投降后赵，后赵在当地设置官员加以抚慰。
王敦自任宁州、益州都督。
冬季，十月，己丑（初九），荆州刺史、武陵康侯王死。
王敦让下邳内史王邃都督青、徐、幽、平四州军务，镇守淮阴；让卫将军王含都督沔南军务，兼任荆州刺史；让武昌太守、丹杨人王谅出任交州刺史。又让王谅拘捕原交州刺史湛、新昌太守梁硕并处死。王谅诱捕湛，将他斩首。梁硕发兵在龙编包围了王谅。
祖逖死后，后赵屡屡侵犯黄河以南，拔取襄城、城父，又围攻谯。豫州刺史祖约抵挡不住，退守寿春。后赵于是攻取了陈留，梁州、郑州地区的形势又变得动荡不安。
十一月，东晋任命临颍元公荀组为太尉。辛酉（十二日），荀组故去。
东晋取消司徒这种官衔，将其执掌的事务并入丞相府管辖。王敦把原司徒官属成员组成留守府。
元帝因忧愤染病，闰月，己丑（初十），元帝驾崩。司空王导接受元帝遗诏辅佐朝政。元帝恭俭有余而明断不足，所以未能恢复大业却在内部发生祸乱。庚寅（十一日），太子司马绍继承帝位，大赦天下，尊奉生母荀氏为建安君。
十二月，前赵主刘曜将其父母安葬在粟邑，大赦天下。陵墓基长周圆二里，上高百尺，共计动用六万人，建造了一百天才成。从事劳役的人挑灯夜作，不分昼夜，百姓深感劳苦。游子远谏诤，刘曜不听。
后赵濮阳景侯张宾故去，后赵王石勒哭吊时十分悲恸，说：“是上天不愿让我成就事业吗？为何这么早便夺去了我的右侯！”程遐代替张宾为右长史。程遐是世子石弘的娘舅，石勒每逢与程遐议事，意见有所不合，总要叹息说：“右侯舍我而去，却让我和这种人共事，难道不是太残酷了吗！”为此终日流泪。
张茂让将军韩璞率领部众攻取陇西、南安地区，设置秦州。
慕容派世子慕容袭击段末，攻入令支，劫掠一千多家居民后返回。