顿月多吉遇害后，周垣批准了政治保卫局、卡托加管理局的锄奸计划，帝国的内卫部队以摧枯拉朽之势，一举歼灭潜藏在甘孜内部新噶当派叛乱分子一千多余人。其他地方的新噶当派开始妖言惑众，指责华夏军屠杀无辜的百姓，并开始煽动普通民众造反，将华夏军赶出高原。
在增派遣阿萨辛组织四处刺杀的同时，新噶当派所属的10万多反动军队，20万寺庙武装僧侣，在德干高原莫卧尔王朝以及阿三土王的支持下，发动并逐步扩大叛乱。云南迪庆、甘南和青海藏区的新噶当派头人以及反动僧侣，也趁机率领部落军队进攻帝国的政府驻地，军营以及集体农庄。
喜马拉雅山北部的高原上，空阴云密布，大有黑云压城之势。
在叛军的营地，邪教教主以及上层僧侣，燃灯焚香，在白布、黄布画上千奇百怪的符箓，什么太上老君，观音菩萨，关二爷，周公祖、桃花仙、金罩铁甲护金身、猪八戒、沙和尚，金毛老鼠精等字样应有尽有，并将画好的符咒分发给分散在各地的邪教分子。
除了发放符咒之外，邪教教主还不遗余力的传授咒语，诵咒焚符，冲水令其跪饮。“诵咒之夜即能刀枪不入。你们放心的去杀人吧。”
次日，狂热的新噶当派叛乱分子7000多人，身上贴满符咒，手持砍刀和长矛，念着六字真言，走上街头，逢人便砍。
这些宗教狂热分子，不为谋财，不为占地，不是侵入喇铩或者日喀则，就是在当地进攻县城，围猎村庄，对所有反新噶当派人员，不分男女老幼，挨村挨户，全部用刀砍死，用火烧死，单纯为杀人而杀人，种族灭绝。
叛匪把拥护帝国中央政府土著居民以及宗教界人士抓到之后，剥皮挖眼，残酷杀害。令人发指的是，藏巴汗的特使遭到叛军绑架之后，被拖在狂奔的马后，活活的拖死。
时康北高原民谣：“3月春草绿，杀气弥漫天。十余万人一朝尽，问谁不心酸。桃含愁兮柳带烟，万里黄流寒。阖邑子弟泪潸潸，染成红杜鹃。清歌一曲信史传，千秋寿名山。碧血洒地白骨撑天，哭声达乌兰。”
以甘孜城为例。在新噶当派叛乱期间。叛军疯狂地进攻帝国政府机关、学校、商店和华夏军驻地。普通民众的商店，住宅以及其他教派的寺庙，也跟着遭殃。两百多家店铺和700多间民房被焚，数百年精华尽矣。延及城阙，火光烛天，三日不灭。及至延及旁处，叛军不许扑救。既至火势大发，不可挽救，而放火之叛军，拍手称快，是以各铺户搬移不及，束手待焚，仅将账目抢护而已。一位前乌思藏都司的官员气愤的写道，“若看叛军请神附体，张势作威，焉有杀人放火之神灵乎？且焚烧店铺、残杀妇女儿童，与土匪无异。”
周垣一直密切的关注新噶当派叛乱。
为了尽可能的多见叛军，周垣通过电报告诉罗汝才，“敌之行动，对我彻底解决高原叛军甚为有利。为了麻痹敌人，造成大打一仗的有利形势，你们最近期间对叛乱武装的零星射击和小的挑衅进攻，要故意示弱，暂不还击；纵其嚣张，诱附近的叛乱分子向喇铩多集中一些。这样我增援部队到达时即可对其聚而歼之。”
罗汝才回电，“高原省军区各部队，严格遵守皇帝陛下的指示，对小股叛军的挑衅行动采取忍让的态度，暂不还击。把叛乱武装死死吸在喇铩，等待增援部队进藏时对其进行合围，将邪教叛乱集团干净、全部、彻底歼灭于喇铩。”
殷凤岐在剿匪戡乱会议上指出，“陛下的指示，富于远见，这样可以避免一开始就给敌以很大杀伤，叛乱武装一看形势不好，很可能四处逃窜，而高原地域辽阔，要剿灭分散逃窜的叛乱武装是很困难的。”
高原邪教叛军果然上当，错误地认为华夏军软弱可欺，更加疯狂地向华夏军进攻。
为了尽快的剿灭叛军，华夏军总参谋部紧急向甘肃军区、四川军区，昆仑省军区，贵州军区，云南军区下达行动命令，要求第17军与却图汗的蒙古骑兵师，沿着青藏线南下，阻止叛军北上。第26军沿着川藏公路向昌都开进，担负昌都地区的剿匪任务，第34军从高原东南进至盐进地区，截断叛乱武装东南出境之路。藏巴汗遂日喀则的地方部队，防止叛军西逃。高原军区第42军，控制南逃的各个路口。华夏军对叛军形成四面大合围之势。
总参谋部同时命华夏帝国空军及总后勤部有关部门作好空中支援和物资保障工作。
平叛大军大军克服重重困难，翻山越岭，通过茫茫的无人区，到了指定位置之后。
周垣下达作战命令，要求驻喇铩的华夏军在罗汝才、殷凤岐的指挥下，开始对叛乱武装实施反击。
高原军区第47独立师，负责保卫喇铩大桥，高原省政府驻地，高原军区机关，西郊第149医院。高原军区第118混成旅。独立第49师第458炮兵旅，集中兵力于10时发起反击，占领药王山后，炮击罗布林卡。”
第458炮兵旅首先对市区叛军占领的药王山制高点使用喀秋莎火箭炮发起攻击。两轮齐射之后。第118混成旅两个团发起冲击，于13时12分歼灭叛敌，攻占了药王山。
随后，第458炮兵旅向位于喇铩西郊的罗布林卡发射一百多枚凝固汽油弹、将历代邪教头领消夏理政的风格园林，打回到旧石器时代。亭台楼阁，苍松翠柏，连同叛军全部成了碳分子或者二氧化碳。
药王山和罗布林卡的夺取，喇铩的局势基本得到了控制。
为发展胜利，扩大战果，罗汝才令第47独立师214团、159团、特战大队主力连夜进至第49医院、外事处、喇铩大桥一线，对喇铩市区构成合围，防止叛匪外逃，坚决将敌消灭在喇铩市内。
第47独立师特战大队，接到命令之后，于拂晓秘密接近叛军四代本驻地，向院墙内投掷燃烧瓶和燃烧弹。院内四代本的叛军士兵在熊熊烈火当中四散奔逃，仓促应战。特战大队的战士在火光的掩护下打靶子。全歼四代本驻地叛军之后，特战大队又从南向北进攻，利用火焰喷射器，将躲藏在民房中的叛军全部烧死。
第216非洲团接到命令后，使用六零迫击炮对位于功德林的叛军指挥所发射氯气炮弹。功德林的高墙大院，瞬间成为叛军首脑的坟墓。接着，第216非洲团对然巴大院的叛匪继续使用毒气弹发起攻击。这里的叛匪在院墙上修筑了坚固的工事，但是在毒气弹面前根本没有什么用。到最后痛苦不堪的叛军念着六字真言，从高高的院墙上自动跳下去。
最后，只剩下大昭寺和小召寺的叛军还没有消灭。殷凤岐建议保护大昭寺，“这里面的很多文物还是很值钱的。”罗汝才以为然，“那就让防化团向里面投射瓦斯炸弹，把那些秃驴从寺庙中逼出来。”寺庙里的叛乱武装，哪里见过这种新式武器？十多分钟之后，痛哭流涕的叛军，不停的打着喷嚏，咳嗽着、呕吐着向华夏军投降。
此后，华夏军防化团为了保护药王山上的新噶当派教坛以及土王宫里面的大量的文物，向里面发射的高浓度的氯气。屋内的叛军尽被熏死，但是建筑物和所有的文物完好无损。
教坛以及宫里收藏的大量文物、珍宝，全部被小心翼翼的装箱之后，运往内地。若干年之后，这些文物出现在帝国历史博物馆西安分馆内。有各式唐卡近万幅，金质、银质、玉石、木雕、泥塑的各类佛像数以十万计，除此之外，还有，元、明两代皇帝的金册、玉册、金印以及金银器、玉器、瓷器、珐琅和工艺珍玩、赦书、印玺，各界赠送的印鉴、礼品、匾额和经卷，宫中自用的典籍、法器和供器等。其中如金汁书写的《甘珠尔》、《丹珠尔》（两者都是藏文的《大藏经》）、贝叶经《时轮注疏》、释迦牟尼指骨舍利、元朝皇帝御赐的金册金印等价值连城的稀世珍宝，成为帝国的特级文物。
喇铩剿匪战打得如火如荼，其他地区的剿匪工作也在紧锣密鼓的进行。
为了彻底的将叛军以及邪教分子消灭，永远不能翻身，华夏军的剿匪部队对没有多少油水的叛军碉楼和哨所，多使用火焰喷射器和凝固汽油弹予以摧毁。虽然他们有坚固的石头城墙作为防护，但在凝固汽油目前，即使不被烧死，也会窒息而死。
而对于诸如旺波日山上甘丹寺，里面保存着大量的文物以及珍宝，烧掉实在是可惜。剿匪部队多使用毒气炮弹，这样叛军被消灭之后，劳动人民所创造的财富都被保留，归帝国政府所有。
尽管盼望武装人数众多，但是在华夏军雷霆万钧的打击之下，多灰飞烟灭。
但是，并不是所有的地方剿匪工作都很顺利，比如来说，平定康巴叛乱武装，就让华夏军大费周折。，
“e-Yv康巴叛匪长期生活在高原，单兵作战能力很强，野外生存能力也很强，而且随身携带高热量的糌粑酥油可维持一个月食用，一般在野外蒙上皮衣即可睡眠。又因经常打猎，射箭比较准，还会用皮带夹石子投射也能伤人，且擅长腰刀格斗。
这支野蛮而凶残的武装，以游击战的方式，帝国政府造成了巨大损失。有十多各拥护帝国政府的土著部落，展昭他们灭族。
为了打击敌人的嚣张气焰，周垣决定动用第一高原山地师和高原军区雪豹支队。这两支帝国在高原的精英部队，拥有17世纪世界上最好的装备，包括野战服、陆军钢盔、迷彩雨衣、手榴弹、1640步枪、1640刺刀、转轮手枪、60发子弹、3个弹夹、枪套、防毒面具、作战靴、指南针。军工铲、压缩饼干、牛肉罐头、自热食品等。保暖军服、医疗保包、双人野营帐篷等。
在后世看来，这些装备不算什么，但是在这个时空，已经是个逆天的存在。
除了战斗装备和战斗素质高于叛军之外，华夏军最大的优势在于组织协同能力强。军事集团的效率主要不在单兵素质。而在于整体力量协同。
而这些叛乱武装，由头人、教主靠宗教煽动纠集而成，虽以教主作为精神支柱，作风极为野蛮，但是打起仗却多是一盘散沙。众多叛乱分子还沿袭宗教风俗和古老习惯，认为沾染血迹会弄脏身上的护身符，神佛就不能保佑，因而对负伤出血的同伙不加救护，任其自生自灭。结果负伤的叛乱分子多数都因伤口恶化死亡。3l4@o
为了剿灭康巴叛军，帝国中央政府甚至动用飞艇部队。
青藏高原面积达250多万平方千米，很多地方人迹罕，山路崎岖难行，华夏君只能以有限的兵力，进行守点保线。在平叛作战中，地面部队在高原难以携带重炮，叛乱分子经常依托石质的坚固寺庙顽抗，摧毁这类据点就要靠投掷重磅航弹。追剿部队难以随身携带一星期以上的补给，需要大量空投。在茫茫草原追击叛乱武装又需要空中引导。华夏军飞艇部队在平叛期间连续出动，不仅完成了空投和引导任务，还以持续的轰炸扫射使大股叛乱武装白天多不敢集中活动。
叛乱发生之后，很多孤立的县城在遭到攻击之后，连到河边取水都成了问题，守城部队也急需要补给弹药粮食和药品。
因为山川阻隔，陆路增援非常困难，帝国总参谋部，命令四川军区，甘肃军区，云南军区的飞艇部队从最近的机场出发，长途奔袭打击叛军。
飞艇部队到达指定是地区的上空之后，立刻对聚集在地面上的叛军武装进行扫射，投掷炸弹。那些愚昧无知的叛乱者，从来没有见如此庞大并带着巨大轰鸣声的铁鸟，遭到重创之后，立刻魂飞魄散。
到了夜间，飞行悬停在城市的上空，利用大功率的探照灯，对城外的各个叛军营地进行照射，叛军误以为是天灯而惶惑不安，四下里躲藏。
为了彻底滴摧毁叛军脆弱的神经，飞行员在夜间依旧不定期的扫射叛军居住区。这个时代，无论是是上层僧侣还是部落民众？都迷信的认为飞行是天空中的神鹰，是天兵天将在惩罚他们。有人经不住这种场合瘫倒在地，甚至有人尿了一裤子。
轰炸停止之后的第二天，叛军要么投降，要么疯了，要么逃到家中，总之，没有人敢再对抗中央政府。