而噶尔丹军虽然是一时慌乱，但是很快在大军两翼使用火枪的配合下，五百人就将偷袭的清军击败。
作为战事的挑起方，阿刺尼也是没有想到自己居然会如此惨败，看着四处逃散的士兵，阿刺尼只能逃走。
如此，九千人的队伍更乱。很快噶尔丹的大军杀到驻扎地，看着自乱阵脚的清军，“皇帝若是看着这样的士卒，只怕是再无气焰。”噶尔丹不禁感慨道。
率众冲向四处奔走的逃兵，大杀清军。一个时辰后，阿刺尼所率领的士兵三分之二投降。准噶尔缴获大车五百多辆以及全部辎重。
其余的三分之一，随着阿剌尼等人被迫逃走，在奔逃了一夜后，阿刺尼到了漠南科尔沁。皇帝驻扎后，就接到了阿刺尼战败的消息。
本来是打算将其按照逃兵斩首示众，随后皇帝想到阿刺尼一死，若是蒙古其它部落认为自己太过严苛，从而军心不稳还是得不偿失。
最后，阿刺尼被皇帝降四级调用。但是，皇帝自己心中已经决定，事后秋后算帐。
初战不利的消息传到京师，皇帝此时已经驻扎在了乌兰布通。皇后在慈宁宫率领后妃向皇太后请安，皇帝出征还是在蒙古，皇太后心中担忧可想而知。
“大阿哥的书信，惠妃收到了。那么以后就多到慈宁宫走一走，皇太后跟前也是需要后妃孝顺的。”
纳兰夫人已经是一个月在宫中两次，这对于皇后来说不是件好事。后宫之中虽然是女眷没有前朝约束多，但是也不是世家夫人想来就来的地方。
所以，这一次大皇子平安后，皇后希望惠妃能够适可而止。
皇帝到了乌兰布通后，面对众将士再次强调，各路大军会合前不得与噶尔丹交战。皇帝希望能够给噶尔丹，率先在心理上造成一定的震慑。
皇帝希望噶尔丹能够轻敌，如此这就是先机。所以，皇帝再三说大军陆续前进，朕亦亲征，姑勿与战，以待各路军至齐发，毋致失利。
皇帝宣布以皇长兄、裕亲王福全为抚远大将军，命皇长子胤礼为副将，出古北口北上，以皇弟恭亲王常宁为安北大将军，简亲王雅布、信郡王鄂札为副将，出喜峰口。
因为大皇子安全，所以皇帝觉得令自己的庶长子出兵随军，并非是坏事。以后，大清至少是要平定的其它有异心的人。
所以作为贤王，大皇子今后是定然要好好的为今后的皇太子效命的，那么皇帝如今就需要为皇太子，栽培一个得力的将军。
其它几路兵马还包括阿拉尼部的残余部队，科尔沁方向的大军，盛京和绥化方向等的大军。
左路军就是裕亲王与大皇子的军队，出古北口。右路军就是恭亲王常宁的大军，皇帝要求出喜峰口评叛。
皇帝的意思，两军从左右两翼迂回北进，消灭噶尔丹军于乌珠穆沁地区。康熙亲临博洛和屯指挥，除了左右两翼大军。
同时令盛京将军，吉林将军各率所部兵力，西出西辽河、洮儿河，与科尔沁蒙古兵会合，协同清军主力作战。
右路军北进至乌珠穆沁境，率先遇噶尔丹军，在交战中常宁发现，敌我双方武器差距太大，最后战局对大清不利。
“你快南回，向圣上禀报，说噶尔丹手中红衣大炮，以及火枪不少。”常宁没有想到，居然是自己先遇见噶尔丹，但是现在的情况，也是不容常宁后退。
“将军，我军已经损失一千士兵，若是照着这样的速度，只怕后果堪忧。”作为副将能够给常宁的建议，那就是南下撤军。
“再等一等，等到传令兵从卡尔回来后，知道了圣上的圣意后，再行决定吧。”常宁只是右军大将军，皇帝亲征的情况下，怎么能够违背皇帝的意思。
若是皇帝要求此时作战，常宁也只能遵守。不然，还能如何呢？
不过好在皇帝也知道，这样下去只能是自己损失更多，所以皇帝下令右军南退。右军撤退，噶尔丹乘势长驱南进，渡过西拉木伦河。
噶尔丹的大军如今失去了阻拦后，与早已经就在乌兰布通的准噶尔人汇合。“既然噶尔丹手下的人，火枪更多，那么传令左路大将军，小心行事。”
就在噶尔丹率领大军全部达到了乌兰布通后，裕亲王率领的左路军也进至乌兰布通南，但是却并没有与噶尔丹相遇。
“右路军停止南撤，与左路军会合，合击噶尔丹于乌兰布通。”皇帝下令两路大军汇合，皇帝自己同时也在调兵，与左右两路大军汇合。
皇帝亲自率领大军五万，带着武器前往乌兰布通。其中红衣大炮五十门，已经若干的火药，还有更多的火枪的弹药。
同时皇帝并派兵一部进驻归化城，伺机从侧击噶尔丹皇帝决心，要在此地活捉了噶尔丹。
乌兰布通该地北面靠山，南有河，地势险要。当皇帝与左右两路大军汇合后，才发现噶尔丹背山面水布阵，觅山林深堑，倚险结营。
“噶尔丹倒是一个用兵奇才，只是可惜这地势还是有限制。”皇帝用西洋来的望远镜，远观眺望后见，噶尔丹布阵于山上林内。
准葛尔用骆驼上万，环绕乌兰布通山摆成一条防线，而噶尔丹大军系数尽在此防线之后士兵依托箱垛，发射弓矢。
万余骆驼缚蹄卧地，背负木箱，蒙以湿毡，环列为营。骆驼将整个乌兰布通，全部围绕像是另外一座城池。
皇帝见此，将如今的乌兰布通称为驼城。
“虽然驼城之内，不能窥得究竟是有准噶尔大军多少，但是至少摧毁它也并非是件难事。”皇帝心中想出良策，比如以火炮攻击。
“若是以火器为前列，遥攻中坚，摧毁驼城。”皇帝将自己的想法说出，“众卿以为如何。”有木箱易燃，而骆驼乃动物，怕火。
“以火器部队在前，步骑兵在后，隔河布阵。”明珠作为曾经的大学士，也在皇帝的意思上，说出了良计。
除了明珠，这一次陪同皇帝出征的，还有皇帝的舅舅、内大臣佟国纲、佟国维，内大臣索额图等朝中重臣。当然，皇后在后宫坐镇，钮怙禄家的兄弟也一并随着皇帝出征了。
就在大军军营大帐之内，皇帝还作壮行诗一首来鼓舞士气，
“获丑宁遗类，筹边重此行。据鞍军令奏，横槊凯书成。烟火疆隅堠，牛羊塞上耕。遐荒安一体，归奏慰予情。”
八月初一午时，两军交战开始。
清军首先集中火炮，猛烈轰击驼阵。就像是皇帝所预料的，虽然这样减少了噶尔丹士兵的伤亡，但是在死亡面前，人都要逃走，更何况是畜生。
自午后至日落，大清的炮火终究还是将驼阵轰断为二。然后皇帝挥军渡河进攻，以步兵从正面发起冲击，又以骑兵从左翼迂回侧击。
“大汗，大清的炮火威力太大，我们不能抵挡，只怕此地守不住了。可汗，不如我们还是撤军吧。”作为前锋，率先从驼城里冲出来。
大清的炮火实在是有些威猛，将骆驼击败，令其四散逃串。因为驼群恐慌，所以大军也不得不从驼群背后逃出来。
四散的骆驼已经完全不再听从指挥，将自己身后的人全部践踏。若不是逃亡的快，只怕最后，也只能是令所有人受到伤害。
“可汗，此地实在是危险，不如还是先撤离，然后再另行寻找他处决定吧。”右前锋对着噶尔丹汇报了最近的情况，大清的军队用火炮攻击。
虽然是射程不是足够的远，但是却威力巨大，火炮所到之处就是三丈深的大坑。随之而来的，还有无穷的野火。
“撤军，召集所有剩余的部队，全部向着北边撤离百里。然后再一次的整顿大军。”噶尔丹也知道，现在情况危急。眼看着大清的大军，再一点点的向着自己逼近。
噶尔丹知道，如今自己只能撤退，否则定然是要遭受更大的损失。
“圣上，噶尔丹准备撤退，我们是否要乘胜追击。”右翼骑兵包抄，是完全有可能活捉了噶尔丹，只是右翼军队不如噶尔丹的人数多。
若是皇帝下令，噶尔丹准备背水一战与大清军队来一个鱼死网破，最后只怕是造成骑兵的损失，两败俱伤。
皇帝希望能够更好的保全自己的大军，皇帝不希望最后造成无法挽回的损失。“稳中求胜，切莫因小失大。此时夜深，不要轻易追击。”
皇帝下令后，因为此战大捷，所以皇帝下令大军可以开怀畅饮一夜。噶尔丹元气大伤，皇帝也在帅帐布置了精兵，不怕噶尔丹来袭。
对于皇帝的提议，众将士全部欢喜。作为主帅，皇帝与左右前锋，以及几个亲王郡王，一起好好的畅饮一番。
只不过，皇帝难得生病，而康熙二十八年皇帝难得大病一场后，身体似乎就受到了损害。昨夜的一夜酣畅，康熙皇帝不慎受了风寒。
“圣上身体高热，这是风寒与饮酒综合起来后，引起的。”随军的太医，也是皇帝自己的专用。看了皇帝的病症后，太医开始开药方。
“何太医你可是说的实话，如今圣上在军中，军中药材不如京师齐全，若是龙体有了损伤，这是你我不能负担的重责。”裕亲王没有预料到，皇帝居然说病就病。
况且此时还是在军中，若是皇帝有个什么意外，只怕后果。裕亲王简直不敢想象。好在最后，第二日皇帝是苏醒了。
但是从生病至二十七日，皇帝的身体依然低烧，似乎是没有什么好转。