国藩请以散员留营自效，奏言：朝廷体恤下情，不责臣以治军，但责臣以筹饷；不令留营勉图后效，但令回署调理病躯。臣屡陈病状，求开各缺，若为将帅则辞之，为封疆则就之。则是去危而就安，避杂而趋易。臣内度病体，外度大义，减轻事权则可，竟回本任则不可。故前两次奏称，但求开缺，不求离营。盖自抱病以来，反复筹思，必出于此，然后心安理得。请开江督各缺，目下仍在周口军营照料一切，维湘淮之军心，联将帅之情谊。凡臣材力所可勉，精神所能到，必当殚竭愚忱，力图补救，断不因兵符已解，稍涉疏懈，致乖古人尽瘁之义。上谕曾国藩请以散员仍在军营自效之处，具征奋勉图功、不避艰难之意。惟两江总督责任綦重，湘淮各军尤须曾国藩筹办接济，与前敌督军同为朝廷所倚赖。该督忠勤素著，且系朝廷特简正，不必以避劳就逸为嫌，致多过虑。著遵奉前旨，仍回本任，以便李鸿章酌量移营前进，并免后顾之忧。国藩复奏，陈江督之繁，非病躯所能胜任。与其勉强回任，辜恩溺职，不如量而后入，避位让贤。吁请仍开各缺。
上谕前因曾国藩患病未痊，军营事繁，特令回两江总督本任，以资调摄。并因请以散员自效，复迭次谕令迅速回任，俾李鸿章得以相机进剿。曾国藩为国家心膂之臣，诚信相孚已久。当此捻逆未平，后路粮饷军火无人筹办，岂能无误事机。曾国藩当仰体朝廷之意，为国家分忧，岂可稍涉疑虑，固执己见。著即懔遵前旨，克期回任，俾李鸿章得以专意剿贼，迅奏肤功。该督回任以后，遇有湘淮军事，李鸿章仍当虚心咨商，以期联络。毋许再有固请，用慰廑念。国藩回任后，六年，奏称：制造轮船为救时要策，请将江海关洋税酌留二成，一成为专造轮船之用，一成酌济淮军及添兵等事。从之。七月，补授体仁阁大学士，仍留两江总督之任；十二月捻匪平，赏云骑尉世职。七年四月，补武英殿大学士。七月调直隶总督。十二月到京，赏紫禁城骑马。八年二月，查明积涝大洼地亩应征粮赋，请分别豁减。从之。三月，奏直隶刑案积多，与臬司张树声力筹清厘，甫有端绪。张树声见调任山西，请暂留畿辅一年，以清积案。
上谕曾国藩到任后，办事认真，于吏治民风实心整顿，力挽敝习。著如所请，俾收指臂之助。又先后二次查明属员优劣，开单具奏。得旨分别嘉勉降革，以肃吏治。时直隶营务废弛，廷议选练六军。上谕国藩将前定练军章程，妥筹经理。
五月，国藩奏言：臣见内外臣工章奏于直隶不宜屯留客勇一节，言之详矣。惟养勇虽非长策，而东南募勇多年，其中亦有良法美意。为此练军所当参用者：一曰文法宜简，勇丁朴诚耐苦，不事虚文，营规只有数条，别无文告，管辖只论差事，不计官阶。挖濠筑垒，刻日而告成。运米搬柴，崇朝而集事。兵则编籍入伍，伺应差使，讲求仪节。及其出征，则行路须用官车，扎营须用民夫，油滑偷惰，积习使然。而前此所定练军规制，至一百五十余条之多，虽士大夫不能骤通而全记。文法太繁，官气太重。此当参用勇营之意者也。
一曰事权宜专。一营之权全付营官，统领不为遥制；一军之权，全付统领，大帅不为遥制。近来江楚良将为统领时，即能大展其才，纵横如意，皆由事权归一之故。今直隶六军统领迭次更换，所部营哨文武各官，皆由总督派拨。下有翼长分其任，上有总督揽其全，统领并无进退人才、总管饷项之权。一旦驱之赴敌，群下岂肯用命。加以总理衙门、户部、兵部层层检制，虽良将亦瞻前顾后，莫敢放胆任事，又焉能尽其所长，此亦当参用勇营之意者也。